3036: Fix #updating collection objects.  Fixed database seed for empty_collection.

3610: Move live log display into its own tab, avoid clobbering with tab reload.

* PipelineInstances#show gets a Log tab dedicated to the live log
  window, rather than hiding it below the components table.

* Jobs#show uses its Log tab to show a live log window (instead of a
  teaser) when the log is not yet finished/written to disk.

* In both cases, the live log window's tab pane intercepts and ignores
  the arv:tab:reload event. (Previously, in addition to appending log
  entries to the live window, websocket events would trigger a
  "refresh all tabs" event, which would blow away the whole log viewer
  anyway.)

* Behave sensibly when multiple lines of stderr arrive in a single
  websocket update event.

* Stop displaying "update {pipeline-uuid}" messages that have no
  additional content.

* Stop scrolling to bottom every time an ajax:complete fires
  somewhere. (Previously, seeing anything above the last page of logs
  was somewhere between annoying and impossible.)

* Make the log window taller.

Merge branch 'master' into 3153-auto-setup-user

3153: auto-setup user during creation.

3036: Fix merge mistakes in collection_controller.

3036: Fixed migration to migrate modified_by_client_uuid and
modified_by_user_uuid (because modified_by isn't a column, whoops).  Also fills
in in useless updated_at column because it has a NOT NULL constraint.

Merge branch 'master' into 3036-collection-uuids

Conflicts:
services/api/app/controllers/arvados/v1/collections_controller.rb
services/api/app/models/collection.rb

3036: Updated migration to set modified_at instead of updated_at, added modified_by.

Merge branch 'master' into 3504-clients-compatible-with-3036

3504: Fix collection chooser.  Fix generic link render to use uuid if nothing
else is available.  Fix tags for objects other than collections.

3504: Fix collection page rendering to work with collections as regular uuids.
Render tags onn project page.  Improve helper function for rendering links to
Arvados objects.

Merge branch '3114-copy-to-project' closes #3114

3114: Follow return_to param, if given, when redirecting users#show to projects#show.

Don't redirect non-html requests.

3114: Update test case: searching for own uuid now shows home project.

3114: Merge branch 'master' into 3114-copy-to-project

3593: Add explanatory comment about Workbench's user cache.

Refs #3593.

3114: Fix href in json response for generic #create action too. See 7485476.

Merge branch '2800-pgs' refs #2800

2800: Sort import statements.

Merge branch '3604-theme-and-new-user-process' closes #3604

3036: Ruby style change, use :search_up and :search_down symbols instead of UP and DOWN constants.

2800: Restore deleted comment which is still relevant.

2800: Remove unnecessary sha1. Just use the tuple as an array key.

3188: add data-toggle to link

3604: Remove useless slice.

3604: Remove useless loop.

Do not try to predict uuid of new collection. refs #3261 refs #3504

Do not throw away permission hints when writing data. refs #3261

3036: API server unit tests pass again after adding uniqueness constraints.

3604: Update comment to reflect lack of built-in default.

3604: Remove unused style.

Display progress by default when writing to regular files and stderr isatty. No issue #

3112: add caret to email address dropdown in topnav.

Merge branch 'master' into 3112-report-bug

3112: use alert-success and alert-danger when reporting ajax events after submitting a report.

Merge branch '3441-python-keep-log-level' refs #3441

3036: Migration will rename rows if necessary to ensure (owner_uuid, name) uniqueness

3604: Fix user deactivation test.

3604: Fix tests, and restore ability to view user agreement before completing profile.

3604: Fix up profile and redirect handling.

3604: Fix user_agreements behavior, update tests to expect redirects.

3604: Add test for redirect to welcome page

3604: Verify permission cache behavior in unsetup test

3604: Remove test for persistent/cache switch on wrong page.

3604: Do not check for notifications if user is not even activated.

3604: Fix stale permission cache by using destroy instead of delete.

3604: Fix theme support for welcome page

3036: Migration adding (owner_uuid, name) uniqueness constraints to
collections, pipeline_templates, pipeline_instances, jobs, groups.

3036: API server tests pass

3441: Change logging level of nonfatal Keep errors to "debug".

2800: Clean up exceptions, variable names, handling of discoveryServiceUrl vs host args.

2800: Merge branch 'master' into 2800-pgs

Merge branch '2800-python-global-state' into 2800-pgs

Conflicts:
sdk/python/arvados/api.py

3036: Restored normalize_collection_uuids removed in 22457e1

3036: Remove include_linked from project contents method because 'name' links
are obsolete.  Remove tests related to include_linked.  Fix docker image lookups.

3112: trailing white space

3112: update tests to test ajax success and associated popup changes when a report is sent.

3112: improve errors test to exercise the report issue button.

Merge branch 'master' into 3112-report-bug

3112: add test to check the existence of "report issue" button in fiddlesticks error page

3036: Test fixing work in progress.

3112: add "report issue" button to fiddlesticks error page

docker: be a bit smarter in the make clean target, so that we also
accomodate diretories underneath the generated directory.

refs #3551

Merge branch '3593-workbench-exception-rendering'

Closes #3593, #3595.

Merge branch 'master' into 3112-report-bug

3593: Another round of hardening Workbench's render_exception.

render_exception was counting on session[:user] to help render the
error page.  We recently excised that, which is turning exceptions
into 500s.  This commit restores the session user object, but uses it
only for error rendering, in keeping with the spirit of the previous
revert.  This commit also defends against more possible failure cases
in render_exception, and adds a basic test for it.

Merge branch 'master' into 3112-report-bug

3112: add ajax event handling

gitignore sdk/cli/vendor. refs #3551

Restore trailing newline in manifest format sanity check.

Amends 3cc80b447efcaf416ea4d6857d6d40583e462ff8
No issue #

3036: Adding pre-validation callback to set the portable_data_hash if necessay.
Added validation callback to check that portable_data_hash matches manifest_text.

3036: ensure_owner_uuid_is_permitted checks that owner_uuid is a User or Group.
Added comments on permission logic.

3036: Fixing uuid -> portable_data_hash in collections controller tests.

3036: Remove obsolete 'name' link tests.

3036: Split out logic to determine if a user is actually allowed to set the
uuid into validate_uuid.  Fix docker/collection/job tests to use
portable_data_hash instead of uuid where appropriate.

3112: minor label updates

Merge branch '3551-go-layout' closes #3551

3551: Merge branch 'master' into 3551-go-layout

3112: log when an issue is reported

3036: Removed special case normalize_collection_uuids.  Removed special case
'name' links granting read permission.  Renamed helper function
"collection_uuid" to "stripped_portable_data_hash" and moved to helpers
directory.

3036: Removed special case find_object_by_uuid.  Converted some queries that
interact with jobs to use portable_data_hash instead of uuid.

3112: trailing white spaces

Merge branch 'master' into 3112-report-bug

3112: report issue works for no user and inactive user cases.

Merge branch '3505-virtual-work-dir' refs #3505

3036: Removed special case uuid_like_pattern.  Removed special case in
resource_class_for_uuid.  Removed special cases for "name" links.

3036: Removed "add can_read link after creating collection record" logic.

3036: Manually migrated collections and name links on test fixtures.

3112: add tests for the new show version info and report problem buttons in help menu. yes, the tests did uncover a couple edge cases not covered by manual testing.

Merge branch 'master' into 3505-virtual-work-dir

3505: tinker with logging

3505: Fix typo in run-command

3505: Move helper scripts into crunchutil module.  In run-command, added
task.stdin redirection, and renamed save.stdout to task.stdout for consistency.
Stylistic change "x == None" and "x != None" to "x is None" and "x is not
None".

3036: More work on migration.  Converts collection->collection provenance links into jobs.  Handles orphan collections;

3112: add "report issue" button to 404 error page

3551: Revert "3551: When testing keep clients, write keepstore/keepproxy logs to"

This reverts commit 63871346153fea194b169eec38f6efae3061ebf6.

The default Popen behavior is to use stderr, and that's fine. This was
a mistaken attempt to reveal missing logs, the real solution for which
is 5fcff4c13ae17527ee1efd6fa01d08133212085b.

3551: Remove superfluous chmod(). Umask is 022 here.

3112: simplify report message send logic

3112: when you experience a git error, that is when you see it's true colors!!

3114: bug fix: when rendering JSON response to a generic #show action, correctly set an 'href' attribute in the response to be the #show url for the object