3036: Removed special case normalize_collection_uuids.  Removed special case
'name' links granting read permission.  Renamed helper function
"collection_uuid" to "stripped_portable_data_hash" and moved to helpers
directory.

3036: Removed special case find_object_by_uuid.  Converted some queries that
interact with jobs to use portable_data_hash instead of uuid.

3112: trailing white spaces

Merge branch 'master' into 3112-report-bug

3112: report issue works for no user and inactive user cases.

Merge branch '3505-virtual-work-dir' refs #3505

3036: Removed special case uuid_like_pattern.  Removed special case in
resource_class_for_uuid.  Removed special cases for "name" links.

3036: Removed "add can_read link after creating collection record" logic.

3036: Manually migrated collections and name links on test fixtures.

3112: add tests for the new show version info and report problem buttons in help menu. yes, the tests did uncover a couple edge cases not covered by manual testing.

Merge branch 'master' into 3505-virtual-work-dir

3505: tinker with logging

3505: Fix typo in run-command

3505: Move helper scripts into crunchutil module.  In run-command, added
task.stdin redirection, and renamed save.stdout to task.stdout for consistency.
Stylistic change "x == None" and "x != None" to "x is None" and "x is not
None".

3036: More work on migration.  Converts collection->collection provenance links into jobs.  Handles orphan collections;

3112: add "report issue" button to 404 error page

3551: Revert "3551: When testing keep clients, write keepstore/keepproxy logs to"

This reverts commit 63871346153fea194b169eec38f6efae3061ebf6.

The default Popen behavior is to use stderr, and that's fine. This was
a mistaken attempt to reveal missing logs, the real solution for which
is 5fcff4c13ae17527ee1efd6fa01d08133212085b.

3551: Remove superfluous chmod(). Umask is 022 here.

3112: simplify report message send logic

3112: when you experience a git error, that is when you see it's true colors!!

3354: try again with edit (pencil) icon to the _right_ of the editable textile-rendered text

(Neither to the right nor underneath look perfect in all circumstances, but to the right is the better compromise.)

3114: bug fix: when rendering JSON response to a generic #show action, correctly set an 'href' attribute in the response to be the #show url for the object

Merge branch 'master' into 3112-report-bug

3112: config settings, mailer, popup display

Increase Capybara timeout to accommodate slow test server. No issue #

Report unexpected slurm states as "down". No issue #

3551: Use FileUtils.rm_r so deleting stale generated/{dir} works.

Merge branch '3421-wide-project-tables-wip'

Closes #3421, #3584.

3421: Make Workbench project contents tables variable width.

This change will ensure that users can see the "edit name" buttons, by
letting a table row grow as needed to accommodate long names.  It puts
each row's buttons in dedicated cells to try to stay true to the
original layout as much as possible.

Merge branch '3405-pipeline-error-logging-wip'

Closes #3405, #3582.

3405: Mark pipeline instances failed when they're aborted.

3405: Log errors about launching pipeline instances.

There's a couple of components to this:

* Do some basic checks on the organization of the pipeline instance
  before we start running it, and abort if any of them fail.

* If the pipeline runner aborts for any reason, send that as pipeline
  instance stderr to the API server, so other tools like Workbench can
  render it for users' benefit.

3551: Remove chmod 755, no longer necessary now that config.rb does that.

3551: Set mode of generated files more aggressively (overrule umask).

3551: Handle missing GOPATH and multiple-entry GOPATH sensibly.

3551: Merge branch 'master' into 3551-go-layout

3551: When invoking run_test_server.py during tests, pass stderr
through to caller instead of discarding.

3551: Behave correctly when Read() yields some data along with the EOF condition.

"a Reader returning a non-zero number of bytes at the end of the input
stream may return either err == EOF or err == nil."

-- http://golang.org/pkg/io/#Reader

3505: Fixed typo comparison of list against 0 instead of len(list).

3551: When invoking run_test_server.py during tests, pass stderr
through to caller instead of discarding.

3551: When testing keep clients, write keepstore/keepproxy logs to
tmp/run_test_server.log instead of discarding.

3505: Adjust order of initialization to reflect potential side effects (e.g. file
creation) on using functions such as $(glob) in the command.

Fix degenerate case exponential runtime in regular expression use by
CollectionReader to validate locators and manifests.  no issue #

Merge branch '3457-pysdk-logging-wip'

Closes #3457, #3577.

3457: Make arv-get display interface messages directly.

The logger isn't appropriate for this.

3457: Revamp Python SDK and tool logging.

The primary goal of this commit is to introduce a dedicated logging
object to the arvados module, which we configure to our
specifications, and use it consistently throughout the SDK and tools.
This lets us handle our logging configuration consistently in one
place, and avoid interfering with logging in SDK users.  I made some
minor style changes to logging calls while I was at it.

3114: When current user, show root/home project rather than user attributes when landing on show user page.
(This is meant to be a compromise due to the fact that a home project's uuid has "user" as its arvados type, rather than "group".)

3114: bug fix: 'Copy' button is now disabled until a project has been selected for copying to

Added virtual working directory "task.vwd" option to run-command.  Added
"task.cwd" to set the starting directory.  Refactored upload retry logic from
run-command into robust_put.py and modified decompress-all to use it.  no issue #

3551: Fix more package paths.

Update Gemfile to use crunch-job from latest arvados-cli gem. refs #3570

3354: Also render specified attributes as textile when content is read-only

3354: Put edit (pencil) icon _below_ textile rather than to the right of it.

3036: More work verifying that migration does the right thing.

3354: Redirect link#show to "show named object".

This way, if you put a text link like "foo":{uuid-of-name-link} in a
textile description field, it leads to the named object rather than
the generic "show attributes" page for the link object.

Merge branch 'master' into 3112-report-bug

Conflicts:
services/api/config/application.default.yml

closes #3296
Merge branch '3296-user-profile'

3296: fix test issue

3296: fix tests

Merge branch 'master' into 3296-user-profile

Merge branch 'master' into 3112-report-bug

3112: add source_version to discovery document.

Fix repositories.get_all_permissions to report manage, write, and read. refs #3525

Merge branch '3531-sort-jobs-with-pipelines' closes #3531

Fix "undefined method `uuid' for nil:NilClass". closes #3576

Fix regular expression in decompress-all.py  refs #3373

Fix syntax error in decompress-all.py  refs #3373

3531: Pass through tab_pane to reused partials, so element IDs are really unique
across tabs.

3531: Fix ordering of combined results, add test. Anchor "desc" regexp.

Merge branch '3373-improve-gatk3-snv-pipeline' closes #3373

3373: Test filename extension before attempting to call dtrx.  Non-zero dtrx exit code is now treated as failure.

3036: More work on migration code.  Now updates links table.  SQL syntax errors fixed.

Delete obsolete, undesirable HTML page templates.

Merge branch 'master' into 3296-user-profile

Merge branch '3178-discoverable-parameters' closes #3178

3572: Set state to RunningOnServer if --submit given. closes #3572

Merge branch '3570-crunch-race' closes #3570

Merge branch '3412-full-collections-index'

Closes #3412, #3534.

Merge branch 'master' into 3296-user-profile

3296: add span tag to profile message in config to serve as an example for admins.

3412: Make manifest_text selectable from Collections index API.

3412: Make non-database fields selectable from API server.

This makes it possible to pass method-back field names, like
"data_size" and "files" from Collections, to the select parameter.

3412: Refactor common manifest munging in API Collections controller.

3412: Clean API Collections controller trailing whitespace.

3296: cover the case where prefs was there but no profile in profile check.

Update more PGP web links. No issue #

Update PGP download link. No issue #

3178: Merge bogus _setup_requires_parameters into existing class method.

3570: Use exit code 75 to mean "temporary locking failure". Add comments.

Merge branch 'master' into 3296-user-profile

3296: break the tests into multiple tests

3296: minor updates to profile page display

Merge branch '3489-indicate-initial-project-filter' closes #3489

3296: split profile config into two parameters: one for fields and one for message.

3531: Move the tab_line_buttons sections out of the tab pane partials
into the appropriate "index" and "show" pages.

Until now, we have been predicting which tab pane will be rendered
with the initial page view, and putting content_for :tab_line_buttons
in that pane. But the tab_line_buttons aren't really in that tab pane,
so they really don't deserve to be in that partial.

This worked as long as the initial tabs were being rendered in a
different way than subsequent tab loads. Now that we render all tab
pane contents using the same helper method, we have to clean this up.

Merge branch '3570-crunch-race' closes #3570

3036: Work on migration code for 'name' and 'can_read' links to distinct collection entries.

3296: check for prefs_changed instead of cycling through all changes.

3531: Make test case less confusing.

3531: Add large limit parameter to ensure we get all of the user/group objects
we want (within reason).