Merge remote-tracking branch 'origin' into 1678-new-active-user-orientation

Do not ignore attributes received with create request.

Redirect to a suitable page when HTML response requested for create/update.

* A couple of tweaks in response to Tom's feedback
* Additional styling
* Added Dax

Undo `docker build' hack fixed in docker 0.7; add git repo to support JobsController.

`docker build' bug #1875 supposedly fixed in https://github.com/dotcloud/docker/commit/751250015bbecd9d8c4158b7a8398b3dc2eccde4

* User is now taken to a "welcome" page where they click button to log in
* Simplified inactive user page and rewrote copy to be more friendly.

Specify apiVersion when instantiating Arvados client. closes #1773

Specify api_version when instantiating Arvados client. refs #1773

Use arvados.api('v1') accessor instead of arvados.service. refs #1773

Remove extra `shift' screwing up argument processing.

Update favicon to Dax

Add Python SDK doc page. closes #1754

Accept an API version argument to arvados.api(). refs #1772

Updated documentation for clarity.

Fix up usage error message

Merge branch '1495-crunch-documentation'

* mailto:arvados@clinicalfuture.com is now arvados@curoverse.com
* git clone in install guide now clones from github

* Fixed template so subsections only show up in userguide
* Removed obsolete tutorial files
* Copy edits

* Finished trait search tutorial
* Finished GATK tutorial
* Noted that arv ls -s print size in kilobytes

* Almost done with trait search tutorial
* Working on GATK tutorial
* Added section on putting directories into Keep

Add new user activation + setup script. closes #1738

Return API response objects as Models (with save() etc) instead of Hashes

closes #1756

Propagate API errors as exceptions

Working on traits document

Change arv-put default behavior: write a manifest, even for a single file.

refs #1646

Return empty-block locator in data_locators() for zero-byte stream

Remove extra trailing newline in --raw mode output

Fix some typos and long lines

* Fixed links
* Added bootstrap and jquery snapshots

Reorganized user manual into sections

Reorganization, added parallel jobs and new pipeline tutorial.

Add example ruby client: list idle/busy worker nodes and age of last ping

closes #1729

Obey ARVADOS_API_HOST_INSECURE if host came from ARVADOS_API_HOST env var

Set jobs.log_tail_follow default buffer size in discovery document.

refs #1743

Fix parsing of buffer_size parameter in jobs.log_tail_follow

refs #1743

Stream API responses for jobs.log_tail_follow and users.log_stream

 * Mostly done on "Debug a Crunch Script"

Handle unexpected server responses better, clean up usage/help code

Merge remote-tracking branch 'origin' into 1495-crunch-documentation

* split out sections into their own documents
* defined typeface conventions and applied them some existing
  documents
* finished writing/documenting/testing tutorial hash crunch script
* split out first crunch script into a standalone runnable python file

Remove TMP/src.commit too, when removing TMP/src.

Fix left nav link order

Store crunch-job log in a collection instead of just raw data blocks.

Fix gatk_tbz locator.

Revert "Rename annotation DepthOfCoverage to Coverage"

This reverts commit 6d21143f763a0a3a5098acb5698cb549f37a6db5.

Rename annotation DepthOfCoverage to Coverage

GATK 2.6-4-g3e5ff60 says:

Annotation DepthOfCoverage is no longer available in the GATK; it has
been deprecated since version 2.4 (renamed to Coverage)

Add input parameter tables and source code link for each crunch example.

closes #1656

Fix reference to picard source distribution -> binary distribution.

refs #1656

Remove unused module import.

Use git@git.[...] not git://git.[...] as default repository fetch_url.

closes #1691

Formatting tweaks, mosting changing <pre> to textiles block code (bc.) mark.

Merge branch '1637-improve-arv-tutorial'

Fixed formatting.

Added Keep tutorial (refs #1647)

Add "crunch examples" and "crunch utility libraries" pages
in doc/user/.

refs #1513
refs #1656

Clear $CRUNCH_TMP/src when starting a job.

closes #1687

Add GATK2 exome fastq->vcf pipeline example

closes #1574

When running "arv-get -n", it is OK if destination files already exist.

refs #1646

Add docstrings to arvados_samtools module.

closes #1639

Removed numbering and put navorder for tutorial 2 at 102 to hide it.

Missing file

Cleaned up comments to be hidden from rendered page (still visible in
page source).  Tutorial 2 is glaringly unfinished but otherwise we can
go ahead and merge into master to end the sprint.

Cleaned up old files and reorganized navigation order.

Finished first tutorial.

Merge branch '1646-arv-put'

Point "arv keep get/put" to arv-get/put and unsupport "arv get/put"
style.

refs #1646

Add "Install client libraries" page to doc/install/.

refs #1646

Support invoking arv-get and arv-put via "arv get" and "arv put".

refs #1646

Add python client library package: arv-get, arv-put, arvados module

refs #1646

Fix port flags for "run.sh start".

Rename doc page to match title.

Add "Create standard objects" page in install docs.

Support the use of groups to grant repository permissions.

Now, if user A can_read group B, and group B can_read repository C,
then /arvados/v1/repositories/get_all_permissions will indicate that
user A has gitolite_permissions "R" on repository C.

Clean up arvados_bwa module and add docstrings.

closes #1638

Merge branch 'master' into 1646-arv-put

Conflicts:
sdk/python/arvados.py

Merge branch '1587-fix-test-suites-in-devsandbox'

Add arv-get -f (force overwrite) and --skip-existing flags.

If neither is specified, and local destination files exist, refuse to
write anything.

refs #1646

Support "arv-get {locator}/filename path/to/localdir" invocation:
write file data to path/to/localdir/file

refs #1646

Fail gracefully when fetching a raw block that does not exist

Fail more gracefully on some common error conditions

Use our own exception classes, instead of just Exception

Fix crash when destination directory supplied without trailing slash,
and crash when asked to copy a directory to a file.

refs #1646

Use body={...} instead of object_type=json.dumps({...})

Add example scripts and libraries for bwa, samtools, picard, gatk2

closes #1598

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 1637-improve-arv-tutorial

A little bit of documentation work from home

Adding 'run.sh test api' to run API server Rails tests.

Documentation work in progress, making evening check-in.

Ignore config/environments/test.rb and production.rb

Ignore tmp directory created by cli tests

Added 'test' command to run.sh.

run.sh: bug fixes

Rewriting documentation work in progress.

run.sh: add "stop" command, also remove old containers before trying to start them

Remove spurious "if".

Use some helpful HTTP status codes, not just generic 422.

* 403 for PermissionDeniedError
* 401 for UnauthorizedError

Check permission before deleting objects

Reorganized code to support 'start' command.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados into 1637-improve-arv-tutorial

run.sh prints instructions/settings for running a test suite.