fix call to api_client.uuid when api_client is nil

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:orvos-server

Move auto-generated REST discovery document to the right path.

refs #1406

use new permission methods to check model transactions. refs #1415

add per-user and per-session default_owner. refs #1415

fix exception when tasks_summary[:running] == nil

rename job steps to job tasks. refs #1416

rename job steps to job tasks. refs #1416

rename pipeline to pipeline template. refs #1416

rename pipeline to pipeline template. refs #1416

rename pipeline invocation to pipeline instance. refs #1416

rename pipeline invocation to pipeline instance. refs #1416

rename job command to script. refs #1416

fix cache keys

rename job command to script. refs #1416

Initial version of the cli client.

generate discovery document at /orvos/v1/rest. refs #1406

add group#index and group#show pages. refs #1415

add Job#show template. refs #1417

relocate permissions code, use resulting :read permissions in #index. refs #1415

current_group_permissions, groups_i_can(:read). refs #1415

amends cf70bb6f00f0ded0624bac59a909a1cf8602dbff

show progress bar and tasks summary on /jobs page. refs #1417

maxResults is really called limit, update the discovery document accordingly

add helpers: current_group_permissions, groups_i_can(:read). refs #1415

clean up /jobs page. refs #1417

enable auto job links

add /jobs page. refs #1417

Add Job#resource_limits to API response. refs #1417

record started_at, and command_version reported by whjobmanager. refs #1417

add output to Job api response. refs #1417

fix dispatch_jobs restart in 3260a10f0a9396b1ad0b8abe34f9808927311876

Fix slurm node counting, and pass along min_nodes to salloc. refs #1417

Do not try to start a job when too few slurm nodes are idle. refs #1417

add Jobs#resource_limits attribute. refs #1417

fix no-tasks-todo -> success logic

restart dispatch_jobs service on deploy

upcase job command parameters when passing to whjobmanager

add script/dispatch_jobs.rb and related Job features

rename Project to Group

rename Project to Group

refuse to change ec2_instance_id once an EC2 instance has claimed a Node

use spot instances for compute nodes

ignore Keep hints when verifying collection uuid == md5sum

prepare pipeline summary CSV and save in specimen->result link. refs #1239

add chromosome_calls and inferred_sex to factory job summary

add picard-casm statistics to factory job summary

add fill_ftp_accounts script

Remove superfluous fields from the Link object.

add a Link from specimen to collection when pipeline finishes (instead of storing summary info in the pipeline_invocation)

Weed out (most of) the unnecessary leftover bits in our rest discovery file.

add region_padding=10

add pipelines#show

show "sinfo" results on /nodes page

tweak factory_jobs display

move vcf pipeline stats code to a helper, generate stats when pipeline finishes, cache in #properties

add first,last,[] methods

show raw components json on pipeline_invocations#show

add PipelineInvocation#properties

set exome regions

Rearrange pipeline_invocation handling
* move whpipeline bits into a separate cron job (just 1 proc per site)
* use native code instead of whpipeline to set pipeline job parameters
* add "reset pipeline" buttons to /factory_jobs table

let pipeline_invocation#active be a regular attribute

accept json-encoded pipeline[components] param

do not delete uuid if provided in new object (notably collection)

allow re-saving an existing collection without complaint

fix broken orvos_model#initialize

be more selective about invoking array-of-strings display on generic object#show page

emphasize local part of uuid

render pipeline_invocation components as job/progress table

check serialized attribute types during create/update

set modified_by_user=nil instead of breaking if no user is logged in

do not require user login for node#ping

do not hyperlink collections that do not have corresponding objects to look up

use Enumerable and to_ary for implicit conversion to array instead of forcing caller to use where()

use generic orvos link helper in collections#index

sort lists on modified_at by default

use old owner, not new owner, when checking permission to change attributes

add links to generic specimen and project #show

link to pipeline invocations from factory_jobs page

fix double render

fix misleading label

make resource_class_for_uuid more convenient and robust

add generic #show page for orvos objects and use it for Log and User

show log#event_type

update server-assigned attributes after saving objects

add logs#show

use JSON.dump so timestamps load back as Time, and Oj.load for fast loading

add orvos_resource_list#to_hash

fix storage=cache pill coloron Source data tab

add Files pane on Collections#show

split jobs into provenance chart and job list

abandon "bold megabytes" feature

use real instead of test data size

default to data page instead of factory_jobs

obey eager() and limit() in all()

limit 100 instead of 1000

human readable data size

make bootstrap tabs really work

fix commit-id -> redmine link

include data_size and files list in Collection api response

add Collections#show page