Support

  where={"any":["contains","hu34"]}

style parameter. For now, 'any' just means a field called 'name'

When no limit is supplied, limit number of index results to 100.

limit data page to 1-3000 collections

support limit parameter in #index

add Job#dependencies

Back out upgrade to MultiJson for now until we upgrade to rails 3.2. See
comment in Gemfile.

Switch to MultiJson which uses Oj under the hood (since it is available).

Switch to MultiJson which uses Oj under the hood (since it is available).

Switch to Oj for faster JSON handling.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:orvos-server

Switch to Oj for JSON parsing.

add some nil checks

Be careful with the shovel (<<) operator. It modifies the object on the
left hand side. And if that object is just a copy (i.e. reference to) of
another object, bad things like on-the-fly modification of the
orvos_login_base configuration value occur...

This fixes the multiplication of return_to parameters on every call to
the login url.

Do not show a 'Log out' link when the user is not logged in.

fix "home" link

Fix test for :orvos_api_token in Thread.current, and log errors if it is
not there.

Throw an error when the uuid used for find() is invalid.

add permission logging

Do not assume uuid_or_hash is a string when using it in string
concatenation.

Remove some unneeded stuff from the ant deploy file.

add jobs and jobsteps

add Job#priority

fix setting modified_* and default owner when creating objects

add Job and JobStep resources

add deploy files for ant install

support user and API client using different URIs for same API endpoint

allow current_user => nil for pages that do not require login

Add deploy scripts for the Orvos instance on Ant.

move logout link to right

add table/graph nav pills

add tabular /collections

add Log out button, hide admin-only nav links if not admin

fix login bug

support return_to after logout

add bootstrap

spice up collections graph a little

add User resource, restrict generic resource pages to admin users

add /users/current method

move development.rb to development.rb.example

fix permissions to accommodate nodes#ping and user_sessions#create exemptions

add /orvos/v1/users

create content-addressed collections with uuid=locator

tighten up automatic uuid assignment

do find_object_by_uuid after setting up api token

fix unsupported where() style in find_object_by_uuid

basic d3 graph at /collections

improve error handling and reporting

fix (Time.now - nil) exception

bit more robust in error display

add PipelineInvocation#active, and try to set success=false when needed

fix default Link#properties

add Specimen#properties

tweak eager loading

tweak eager loading

Rename leftover Metadatum references to Link.

rename Metadatum to Link, head to head_uuid, tail to tail_uuid

add some admin privileges to make bootstrapping possible

rename Metadatum to Link, head to head_uuid, tail to tail_uuid

fix db query

fix OrvosModel#index permissions

fix ownership-change permission check

fix check for owner==current_user

fix exception when current_api_client==nil

move created_by to owner

fix use of OrvosBase#new when unpacking lists

handle non-db-column API response fields a bit better

add Pipeline#dependencies

Remove duplicate configuration value in lib/josh_id.rb.
CUSTOM_PROVIDER_URL is now only defined in
config/initializers/omniauth.rb

Make josh_id propagate return_to as a GET parameter, and use that GET
parameter instead of session[] when redirecting in create().  Using
session[] is inappropriate: completing a login in browser window A can
cause a token to be sent to a different API client who has requested a
token in window B.

Fix comment.

start pipeline after importing

fix up factory_jobs status page

move development.rb to .example

handle invalid token more gracefully

fix error response

give up on assets for static d3 example

Revert "move html into app/assets"

This reverts commit d338c25fb8ae1085054088b1c00c7a0d9e49e367.

move html into app/assets

host d3 js locally

add example graph of user/project/permission metadata

add permission checks

set created_by/at and modified_by/at attributes when saving objects

fix missing user variable

use Accept header instead of post arg to ask for json

set format=json explicitly when calling api

install omniauth.rb during deploy

connect user authentication to API client authorization

use factory_jobs#index as front page, disallow robots

send tokenless user through orvos login instead of giving up

add User model features and uuid index
add missing attribute Log#modified_at
remove duplicate code blocks

add omniauth.rb.example

Drop superfluous comment.

Authenticate against auth.clinicalfuture.com

add missing timestamp and route, set default event_at=Time.now

add Logs resource

add Log resource

ignore editor backup files

add hardcoded_api_tokens.rb.example

Fix for

  app/models/orvos_api_client.rb:4:in `+': can't convert nil
  into String (TypeError)

stub authentication check