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authorPeter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>
Fri, 29 Jan 2021 22:12:11 +0000 (17:12 -0500)
committerPeter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>
Fri, 29 Jan 2021 22:12:11 +0000 (17:12 -0500)
Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

_episodes/01-introduction.md
index.md

index fe005cc7c999e4e729f2b62a75b465832e8ac883..84cb2746c786aaccf2548a7afb8d34287a176e34 100644 (file)
@@ -6,7 +6,7 @@ questions:
 - "What is CWL?"
 - "What is the goal of this training?"
 objectives:
 - "What is CWL?"
 - "What is the goal of this training?"
 objectives:
-- "Understand how the training will be motivated by an example analysis."
+- "Gain a high level understanding of the example analysis."
 keypoints:
 - "Common Workflow Language is a standard for describing data analysis workflows"
 - "We will use an bioinformatics RNA-seq analysis as an example workflow, but does not require in-depth knowledge of biology."
 keypoints:
 - "Common Workflow Language is a standard for describing data analysis workflows"
 - "We will use an bioinformatics RNA-seq analysis as an example workflow, but does not require in-depth knowledge of biology."
@@ -39,7 +39,7 @@ expression".
 
 The entire process looks like this:
 
 
 The entire process looks like this:
 
-![](/assets/img/RNAseqWorkflow.png){: height="400px"}
+![](../assets/img/RNAseqWorkflow.png){: height="400px"}
 
 For this training, we are only concerned with the middle analytical
 steps (skipping adapter trimming).
 
 For this training, we are only concerned with the middle analytical
 steps (skipping adapter trimming).
index 4eb5417fb24f32a305b3ecf170eb0574f25ba06d..c6bd632a3ac1f73b0fe6bc094c51d0c2fb5c7d42 100644 (file)
--- a/index.md
+++ b/index.md
@@ -9,14 +9,6 @@ best-practices CWL workflow.  At the conclusion of this training, you
 should have a grasp of the essential components of a workflow, and
 have a basis for learning more.
 
 should have a grasp of the essential components of a workflow, and
 have a basis for learning more.
 
-These lessons are based on [Introduction to RNA-seq using
-high-performance computing
-(HPC)](https://github.com/hbctraining/Intro-to-rnaseq-hpc-O2) lessons
-developed by members of the teaching team at the Harvard Chan
-Bioinformatics Core (HBC).  The original training, which includes
-additional lectures about the biology of RNA-seq, can be found at that
-link.
-
 > ## Prerequisites
 >
 > This training assumes some basic familiarity with editing text files,
 > ## Prerequisites
 >
 > This training assumes some basic familiarity with editing text files,
@@ -31,4 +23,12 @@ link.
 >
 {: .prereq}
 
 >
 {: .prereq}
 
+These lessons are based on [Introduction to RNA-seq using
+high-performance computing
+(HPC)](https://github.com/hbctraining/Intro-to-rnaseq-hpc-O2) lessons
+developed by members of the teaching team at the Harvard Chan
+Bioinformatics Core (HBC).  The original training, which includes
+additional lectures about the biology of RNA-seq, can be found at that
+link.
+
 {% include links.md %}
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