Synchronizing lesson checker with late changes
[rnaseq-cwl-training.git] / bin / lesson_check.py
1 #!/usr/bin/env python
2
3 """
4 Check lesson files and their contents.
5 """
6
7 import sys
8 import os
9 import glob
10 import json
11 import re
12 from optparse import OptionParser
13
14 from util import Reporter, read_markdown, load_yaml, check_unwanted_files, require, IMAGE_FILE_SUFFIX
15
16 __version__ = '0.2'
17
18 # Where to look for source Markdown files.
19 SOURCE_DIRS = ['', '_episodes', '_extras']
20
21 # Required files: each entry is ('path': YAML_required).
22 # FIXME: We do not yet validate whether any files have the required
23 #   YAML headers, but should in the future.
24 # The '%' is replaced with the source directory path for checking.
25 # Episodes are handled specially, and extra files in '_extras' are also handled specially.
26 # This list must include all the Markdown files listed in the 'bin/initialize' script.
27 REQUIRED_FILES = {
28     '%/CONDUCT.md': True,
29     '%/CONTRIBUTING.md': False,
30     '%/LICENSE.md': True,
31     '%/README.md': False,
32     '%/_extras/discuss.md': True,
33     '%/_extras/figures.md': True,
34     '%/_extras/guide.md': True,
35     '%/index.md': True,
36     '%/reference.md': True,
37     '%/setup.md': True,
38 }
39
40 # Episode filename pattern.
41 P_EPISODE_FILENAME = re.compile(r'/_episodes/(\d\d)-[-\w]+.md$')
42
43 # Pattern to match lines ending with whitespace.
44 P_TRAILING_WHITESPACE = re.compile(r'\s+$')
45
46 # Pattern to match figure references in HTML.
47 P_FIGURE_REFS = re.compile(r'<img[^>]+src="([^"]+)"[^>]*>')
48
49 # What kinds of blockquotes are allowed?
50 KNOWN_BLOCKQUOTES = {
51     'callout',
52     'challenge',
53     'checklist',
54     'discussion',
55     'keypoints',
56     'objectives',
57     'prereq',
58     'quotation',
59     'solution',
60     'testimonial'
61 }
62
63 # What kinds of code fragments are allowed?
64 KNOWN_CODEBLOCKS = {
65     'error',
66     'output',
67     'source',
68     'bash',
69     'make',
70     'matlab',
71     'python',
72     'r',
73     'sql'
74 }
75
76 # What fields are required in teaching episode metadata?
77 TEACHING_METADATA_FIELDS = {
78     ('title', str),
79     ('teaching', int),
80     ('exercises', int),
81     ('questions', list),
82     ('objectives', list),
83     ('keypoints', list)
84 }
85
86 # What fields are required in break episode metadata?
87 BREAK_METADATA_FIELDS = {
88     ('layout', str),
89     ('title', str),
90     ('break', int)
91 }
92
93 # How long are lines allowed to be?
94 MAX_LINE_LEN = 100
95
96 def main():
97     """Main driver."""
98
99     args = parse_args()
100     args.reporter = Reporter()
101     check_config(args.reporter, args.source_dir)
102     docs = read_all_markdown(args.source_dir, args.parser)
103     check_fileset(args.source_dir, args.reporter, docs.keys())
104     check_unwanted_files(args.source_dir, args.reporter)
105     for filename in docs.keys():
106         checker = create_checker(args, filename, docs[filename])
107         checker.check()
108     check_figures(args.source_dir, args.reporter)
109     args.reporter.report()
110
111
112 def parse_args():
113     """Parse command-line arguments."""
114
115     parser = OptionParser()
116     parser.add_option('-l', '--linelen',
117                       default=False,
118                       action="store_true",
119                       dest='line_lengths',
120                       help='Check line lengths')
121     parser.add_option('-p', '--parser',
122                       default=None,
123                       dest='parser',
124                       help='path to Markdown parser')
125     parser.add_option('-s', '--source',
126                       default=os.curdir,
127                       dest='source_dir',
128                       help='source directory')
129     parser.add_option('-w', '--whitespace',
130                       default=False,
131                       action="store_true",
132                       dest='trailing_whitespace',
133                       help='Check for trailing whitespace')
134
135     args, extras = parser.parse_args()
136     require(args.parser is not None,
137             'Path to Markdown parser not provided')
138     require(not extras,
139             'Unexpected trailing command-line arguments "{0}"'.format(extras))
140
141     return args
142
143
144 def check_config(reporter, source_dir):
145     """Check configuration file."""
146
147     config_file = os.path.join(source_dir, '_config.yml')
148     config = load_yaml(config_file)
149     reporter.check_field(config_file, 'configuration', config, 'kind', 'lesson')
150     reporter.check_field(config_file, 'configuration', config, 'carpentry', ('swc', 'dc'))
151     reporter.check_field(config_file, 'configuration', config, 'title')
152     reporter.check_field(config_file, 'configuration', config, 'email')
153
154
155 def read_all_markdown(source_dir, parser):
156     """Read source files, returning
157     {path : {'metadata':yaml, 'metadata_len':N, 'text':text, 'lines':[(i, line, len)], 'doc':doc}}
158     """
159
160     all_dirs = [os.path.join(source_dir, d) for d in SOURCE_DIRS]
161     all_patterns = [os.path.join(d, '*.md') for d in all_dirs]
162     result = {}
163     for pat in all_patterns:
164         for filename in glob.glob(pat):
165             data = read_markdown(parser, filename)
166             if data:
167                 result[filename] = data
168     return result
169
170
171 def check_fileset(source_dir, reporter, filenames_present):
172     """Are all required files present? Are extraneous files present?"""
173
174     # Check files with predictable names.
175     required = [p.replace('%', source_dir) for p in REQUIRED_FILES]
176     missing = set(required) - set(filenames_present)
177     for m in missing:
178         reporter.add(None, 'Missing required file {0}', m)
179
180     # Check episode files' names.
181     seen = []
182     for filename in filenames_present:
183         if '_episodes' not in filename:
184             continue
185         m = P_EPISODE_FILENAME.search(filename)
186         if m and m.group(1):
187             seen.append(m.group(1))
188         else:
189             reporter.add(None, 'Episode {0} has badly-formatted filename', filename)
190
191     # Check for duplicate episode numbers.
192     reporter.check(len(seen) == len(set(seen)),
193                         None,
194                         'Duplicate episode numbers {0} vs {1}',
195                         sorted(seen), sorted(set(seen)))
196
197     # Check that numbers are consecutive.
198     seen = [int(s) for s in seen]
199     seen.sort()
200     clean = True
201     for i in range(len(seen) - 1):
202         clean = clean and ((seen[i+1] - seen[i]) == 1)
203     reporter.check(clean,
204                    None,
205                    'Missing or non-consecutive episode numbers {0}',
206                    seen)
207
208
209 def check_figures(source_dir, reporter):
210     """Check that all figures are present and referenced."""
211
212     # Get references.
213     try:
214         all_figures_html = os.path.join(source_dir, '_includes', 'all_figures.html')
215         with open(all_figures_html, 'r') as reader:
216             text = reader.read()
217         figures = P_FIGURE_REFS.findall(text)
218         referenced = [os.path.split(f)[1] for f in figures if '/fig/' in f]
219     except FileNotFoundError as e:
220         reporter.add(all_figures_html,
221                      'File not found')
222         return
223
224     # Get actual image files (ignore non-image files).
225     fig_dir_path = os.path.join(source_dir, 'fig')
226     actual = [f for f in os.listdir(fig_dir_path) if os.path.splitext(f)[1] in IMAGE_FILE_SUFFIX]
227
228     # Report differences.
229     unexpected = set(actual) - set(referenced)
230     reporter.check(not unexpected,
231                    None,
232                    'Unexpected image files: {0}',
233                    ', '.join(sorted(unexpected)))
234     missing = set(referenced) - set(actual)
235     reporter.check(not missing,
236                    None,
237                    'Missing image files: {0}',
238                    ', '.join(sorted(missing)))
239
240
241 def create_checker(args, filename, info):
242     """Create appropriate checker for file."""
243
244     for (pat, cls) in CHECKERS:
245         if pat.search(filename):
246             return cls(args, filename, **info)
247
248
249 class CheckBase(object):
250     """Base class for checking Markdown files."""
251
252     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
253         """Cache arguments for checking."""
254
255         super(CheckBase, self).__init__()
256         self.args = args
257         self.reporter = self.args.reporter # for convenience
258         self.filename = filename
259         self.metadata = metadata
260         self.metadata_len = metadata_len
261         self.text = text
262         self.lines = lines
263         self.doc = doc
264
265         self.layout = None
266
267
268     def check(self):
269         """Run tests on metadata."""
270
271         self.check_metadata()
272         self.check_line_lengths()
273         self.check_trailing_whitespace()
274         self.check_blockquote_classes()
275         self.check_codeblock_classes()
276
277
278     def check_metadata(self):
279         """Check the YAML metadata."""
280
281         self.reporter.check(self.metadata is not None,
282                             self.filename,
283                             'Missing metadata entirely')
284
285         if self.metadata and (self.layout is not None):
286             self.reporter.check_field(self.filename, 'metadata', self.metadata, 'layout', self.layout)
287
288
289     def check_line_lengths(self):
290         """Check the raw text of the lesson body."""
291
292         if self.args.line_lengths:
293             over = [i for (i, l, n) in self.lines if (n > MAX_LINE_LEN) and (not l.startswith('!'))]
294             self.reporter.check(not over,
295                                 self.filename,
296                                 'Line(s) are too long: {0}',
297                                 ', '.join([str(i) for i in over]))
298
299
300     def check_trailing_whitespace(self):
301         """Check for whitespace at the ends of lines."""
302
303         if self.args.trailing_whitespace:
304             trailing = [i for (i, l, n) in self.lines if P_TRAILING_WHITESPACE.match(l)]
305             self.reporter.check(not trailing,
306                                 self.filename,
307                                 'Line(s) end with whitespace: {0}',
308                                 ', '.join([str(i) for i in trailing]))
309
310
311     def check_blockquote_classes(self):
312         """Check that all blockquotes have known classes."""
313
314         for node in self.find_all(self.doc, {'type' : 'blockquote'}):
315             cls = self.get_val(node, 'attr', 'class')
316             self.reporter.check(cls in KNOWN_BLOCKQUOTES,
317                                 (self.filename, self.get_loc(node)),
318                                 'Unknown or missing blockquote type {0}',
319                                 cls)
320
321
322     def check_codeblock_classes(self):
323         """Check that all code blocks have known classes."""
324
325         for node in self.find_all(self.doc, {'type' : 'codeblock'}):
326             cls = self.get_val(node, 'attr', 'class')
327             self.reporter.check(cls in KNOWN_CODEBLOCKS,
328                                 (self.filename, self.get_loc(node)),
329                                 'Unknown or missing code block type {0}',
330                                 cls)
331
332
333     def find_all(self, node, pattern, accum=None):
334         """Find all matches for a pattern."""
335
336         assert type(pattern) == dict, 'Patterns must be dictionaries'
337         if accum is None:
338             accum = []
339         if self.match(node, pattern):
340             accum.append(node)
341         for child in node.get('children', []):
342             self.find_all(child, pattern, accum)
343         return accum
344
345
346     def match(self, node, pattern):
347         """Does this node match the given pattern?"""
348
349         for key in pattern:
350             if key not in node:
351                 return False
352             val = pattern[key]
353             if type(val) == str:
354                 if node[key] != val:
355                     return False
356             elif type(val) == dict:
357                 if not self.match(node[key], val):
358                     return False
359         return True
360
361
362     def get_val(self, node, *chain):
363         """Get value one or more levels down."""
364
365         curr = node
366         for selector in chain:
367             curr = curr.get(selector, None)
368             if curr is None:
369                 break
370         return curr
371
372
373     def get_loc(self, node):
374         """Convenience method to get node's line number."""
375
376         result = self.get_val(node, 'options', 'location')
377         if self.metadata_len is not None:
378             result += self.metadata_len
379         return result
380
381
382 class CheckNonJekyll(CheckBase):
383     """Check a file that isn't translated by Jekyll."""
384
385     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
386         super(CheckNonJekyll, self).__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
387
388
389     def check_metadata(self):
390         self.reporter.check(self.metadata is None,
391                             self.filename,
392                             'Unexpected metadata')
393
394
395 class CheckIndex(CheckBase):
396     """Check the main index page."""
397
398     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
399         super(CheckIndex, self).__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
400         self.layout = 'lesson'
401
402
403 class CheckEpisode(CheckBase):
404     """Check an episode page."""
405
406     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
407         super(CheckEpisode, self).__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
408
409     def check_metadata(self):
410         super(CheckEpisode, self).check_metadata()
411         if self.metadata:
412             if 'layout' in self.metadata:
413                 if self.metadata['layout'] == 'break':
414                     self.check_metadata_fields(BREAK_METADATA_FIELDS)
415                 else:
416                     self.reporter.add(self.filename,
417                                       'Unknown episode layout "{0}"',
418                                       self.metadata['layout'])
419             else:
420                 self.check_metadata_fields(TEACHING_METADATA_FIELDS)
421
422
423     def check_metadata_fields(self, expected):
424         for (name, type_) in expected:
425             if name not in self.metadata:
426                 self.reporter.add(self.filename,
427                                   'Missing metadata field {0}',
428                                   name)
429             elif type(self.metadata[name]) != type_:
430                 self.reporter.add(self.filename,
431                                   '"{0}" has wrong type in metadata ({1} instead of {2})',
432                                   name, type(self.metadata[name]), type_)
433
434
435 class CheckReference(CheckBase):
436     """Check the reference page."""
437
438     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
439         super(CheckReference, self).__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
440         self.layout = 'reference'
441
442
443 class CheckGeneric(CheckBase):
444     """Check a generic page."""
445
446     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
447         super(CheckGeneric, self).__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
448         self.layout = 'page'
449
450
451 CHECKERS = [
452     (re.compile(r'CONTRIBUTING\.md'), CheckNonJekyll),
453     (re.compile(r'README\.md'), CheckNonJekyll),
454     (re.compile(r'index\.md'), CheckIndex),
455     (re.compile(r'reference\.md'), CheckReference),
456     (re.compile(r'_episodes/.*\.md'), CheckEpisode),
457     (re.compile(r'.*\.md'), CheckGeneric)
458 ]
459
460
461 if __name__ == '__main__':
462     main()