Remove software carpentries logo
[rnaseq-cwl-training.git] / bin / lesson_check.py
1 """
2 Check lesson files and their contents.
3 """
4
5
6 import os
7 import glob
8 import re
9 from argparse import ArgumentParser
10
11 from util import (Reporter, read_markdown, load_yaml, check_unwanted_files,
12                   require)
13
14 __version__ = '0.3'
15
16 # Where to look for source Markdown files.
17 SOURCE_DIRS = ['', '_episodes', '_extras']
18
19 # Where to look for source Rmd files.
20 SOURCE_RMD_DIRS = ['_episodes_rmd']
21
22 # Required files: each entry is ('path': YAML_required).
23 # FIXME: We do not yet validate whether any files have the required
24 #   YAML headers, but should in the future.
25 # The '%' is replaced with the source directory path for checking.
26 # Episodes are handled specially, and extra files in '_extras' are also handled
27 # specially. This list must include all the Markdown files listed in the
28 # 'bin/initialize' script.
29 REQUIRED_FILES = {
30     'CODE_OF_CONDUCT.md': True,
31     'CONTRIBUTING.md': False,
32     'LICENSE.md': True,
33     'README.md': False,
34     os.path.join('_extras', 'discuss.md'): True,
35     os.path.join('_extras', 'guide.md'): True,
36     'index.md': True,
37     'reference.md': True,
38     'setup.md': True,
39 }
40
41 # Episode filename pattern.
42 P_EPISODE_FILENAME = re.compile(r'(\d\d)-[-\w]+.md$')
43
44 # Pattern to match lines ending with whitespace.
45 P_TRAILING_WHITESPACE = re.compile(r'\s+$')
46
47 # Pattern to match figure references in HTML.
48 P_FIGURE_REFS = re.compile(r'<img[^>]+src="([^"]+)"[^>]*>')
49
50 # Pattern to match internally-defined Markdown links.
51 P_INTERNAL_LINK_REF = re.compile(r'\[([^\]]+)\]\[([^\]]+)\]')
52
53 # Pattern to match reference links (to resolve internally-defined references).
54 P_INTERNAL_LINK_DEF = re.compile(r'^\[([^\]]+)\]:\s*(.+)')
55
56 # Pattern to match {% include ... %} statements
57 P_INTERNAL_INCLUDE_LINK = re.compile(r'^{% include ([^ ]*) %}$')
58
59 # What kinds of blockquotes are allowed?
60 KNOWN_BLOCKQUOTES = {
61     'callout',
62     'caution',
63     'challenge',
64     'checklist',
65     'discussion',
66     'keypoints',
67     'objectives',
68     'prereq',
69     'quotation',
70     'solution',
71     'testimonial',
72     'warning'
73 }
74
75 # What kinds of code fragments are allowed?
76 # Below we allow all 'language-*' code blocks
77 KNOWN_CODEBLOCKS = {
78     'error',
79     'output',
80     'source',
81     'warning'
82 }
83
84 # What fields are required in teaching episode metadata?
85 TEACHING_METADATA_FIELDS = {
86     ('title', str),
87     ('teaching', int),
88     ('exercises', int),
89     ('questions', list),
90     ('objectives', list),
91     ('keypoints', list)
92 }
93
94 # What fields are required in break episode metadata?
95 BREAK_METADATA_FIELDS = {
96     ('layout', str),
97     ('title', str),
98     ('break', int)
99 }
100
101 # How long are lines allowed to be?
102 # Please keep this in sync with .editorconfig!
103 MAX_LINE_LEN = 100
104
105
106 def main():
107     """Main driver."""
108
109     args = parse_args()
110     args.reporter = Reporter()
111     life_cycle = check_config(args.reporter, args.source_dir)
112     # pre-alpha lessons should report without error
113     if life_cycle == "pre-alpha":
114         args.permissive = True
115     check_source_rmd(args.reporter, args.source_dir, args.parser)
116     args.references = read_references(args.reporter, args.reference_path)
117
118     docs = read_all_markdown(args.source_dir, args.parser)
119     check_fileset(args.source_dir, args.reporter, list(docs.keys()))
120     check_unwanted_files(args.source_dir, args.reporter)
121     for filename in list(docs.keys()):
122         checker = create_checker(args, filename, docs[filename])
123         checker.check()
124
125     args.reporter.report()
126     if args.reporter.messages and not args.permissive:
127         exit(1)
128
129
130 def parse_args():
131     """Parse command-line arguments."""
132
133     parser = ArgumentParser(description="""Check episode files in a lesson.""")
134     parser.add_argument('-l', '--linelen',
135                         default=False,
136                         action="store_true",
137                         dest='line_lengths',
138                         help='Check line lengths')
139     parser.add_argument('-p', '--parser',
140                         default=None,
141                         dest='parser',
142                         help='path to Markdown parser')
143     parser.add_argument('-r', '--references',
144                         default=None,
145                         dest='reference_path',
146                         help='path to Markdown file of external references')
147     parser.add_argument('-s', '--source',
148                         default=os.curdir,
149                         dest='source_dir',
150                         help='source directory')
151     parser.add_argument('-w', '--whitespace',
152                         default=False,
153                         action="store_true",
154                         dest='trailing_whitespace',
155                         help='Check for trailing whitespace')
156     parser.add_argument('--permissive',
157                         default=False,
158                         action="store_true",
159                         dest='permissive',
160                         help='Do not raise an error even if issues are detected')
161
162     args, extras = parser.parse_known_args()
163     require(args.parser is not None,
164             'Path to Markdown parser not provided')
165     require(not extras,
166             'Unexpected trailing command-line arguments "{0}"'.format(extras))
167
168     return args
169
170
171 def check_config(reporter, source_dir):
172     """Check configuration file."""
173
174     config_file = os.path.join(source_dir, '_config.yml')
175     config = load_yaml(config_file)
176     reporter.check_field(config_file, 'configuration',
177                          config, 'kind', 'lesson')
178     reporter.check_field(config_file, 'configuration',
179                          config, 'carpentry', ('swc', 'dc', 'lc', 'cp', 'incubator'))
180     reporter.check_field(config_file, 'configuration', config, 'title')
181     reporter.check_field(config_file, 'configuration', config, 'email')
182
183     for defaults in [
184             {'values': {'root': '.', 'layout': 'page'}},
185             {'values': {'root': '..', 'layout': 'episode'}, 'scope': {'type': 'episodes', 'path': ''}},
186             {'values': {'root': '..', 'layout': 'page'}, 'scope': {'type': 'extras', 'path': ''}}
187             ]:
188         reporter.check(defaults in config.get('defaults', []),
189                    'configuration',
190                    '"root" not set to "." in configuration')
191     return config['life_cycle']
192
193 def check_source_rmd(reporter, source_dir, parser):
194     """Check that Rmd episode files include `source: Rmd`"""
195
196     episode_rmd_dir = [os.path.join(source_dir, d) for d in SOURCE_RMD_DIRS]
197     episode_rmd_files = [os.path.join(d, '*.Rmd') for d in episode_rmd_dir]
198     results = {}
199     for pat in episode_rmd_files:
200         for f in glob.glob(pat):
201             data = read_markdown(parser, f)
202             dy = data['metadata']
203             if dy:
204                 reporter.check_field(f, 'episode_rmd',
205                                      dy, 'source', 'Rmd')
206
207 def read_references(reporter, ref_path):
208     """Read shared file of reference links, returning dictionary of valid references
209     {symbolic_name : URL}
210     """
211
212     if not ref_path:
213         raise Warning("No filename has been provided.")
214
215     result = {}
216     urls_seen = set()
217
218     with open(ref_path, 'r', encoding='utf-8') as reader:
219         for (num, line) in enumerate(reader, 1):
220
221             if P_INTERNAL_INCLUDE_LINK.search(line): continue
222
223             m = P_INTERNAL_LINK_DEF.search(line)
224
225             message = '{}: {} not a valid reference: {}'
226             require(m, message.format(ref_path, num, line.rstrip()))
227
228             name = m.group(1)
229             url = m.group(2)
230
231             message = 'Empty reference at {0}:{1}'
232             require(name, message.format(ref_path, num))
233
234             unique_name = name not in result
235             unique_url = url not in urls_seen
236
237             reporter.check(unique_name,
238                            ref_path,
239                            'Duplicate reference name {0} at line {1}',
240                            name, num)
241
242             reporter.check(unique_url,
243                            ref_path,
244                            'Duplicate definition of URL {0} at line {1}',
245                            url, num)
246
247             result[name] = url
248             urls_seen.add(url)
249
250     return result
251
252
253 def read_all_markdown(source_dir, parser):
254     """Read source files, returning
255     {path : {'metadata':yaml, 'metadata_len':N, 'text':text, 'lines':[(i, line, len)], 'doc':doc}}
256     """
257
258     all_dirs = [os.path.join(source_dir, d) for d in SOURCE_DIRS]
259     all_patterns = [os.path.join(d, '*.md') for d in all_dirs]
260     result = {}
261     for pat in all_patterns:
262         for filename in glob.glob(pat):
263             data = read_markdown(parser, filename)
264             if data:
265                 result[filename] = data
266     return result
267
268
269 def check_fileset(source_dir, reporter, filenames_present):
270     """Are all required files present? Are extraneous files present?"""
271
272     # Check files with predictable names.
273     required = [os.path.join(source_dir, p) for p in REQUIRED_FILES]
274     missing = set(required) - set(filenames_present)
275     for m in missing:
276         reporter.add(None, 'Missing required file {0}', m)
277
278     # Check episode files' names.
279     seen = []
280     for filename in filenames_present:
281         if '_episodes' not in filename:
282             continue
283
284         # split path to check episode name
285         base_name = os.path.basename(filename)
286         m = P_EPISODE_FILENAME.search(base_name)
287         if m and m.group(1):
288             seen.append(m.group(1))
289         else:
290             reporter.add(
291                 None, 'Episode {0} has badly-formatted filename', filename)
292
293     # Check for duplicate episode numbers.
294     reporter.check(len(seen) == len(set(seen)),
295                    None,
296                    'Duplicate episode numbers {0} vs {1}',
297                    sorted(seen), sorted(set(seen)))
298
299     # Check that numbers are consecutive.
300     seen = sorted([int(s) for s in seen])
301     clean = True
302     for i in range(len(seen) - 1):
303         clean = clean and ((seen[i+1] - seen[i]) == 1)
304     reporter.check(clean,
305                    None,
306                    'Missing or non-consecutive episode numbers {0}',
307                    seen)
308
309
310 def create_checker(args, filename, info):
311     """Create appropriate checker for file."""
312
313     for (pat, cls) in CHECKERS:
314         if pat.search(filename):
315             return cls(args, filename, **info)
316     return NotImplemented
317
318 class CheckBase:
319     """Base class for checking Markdown files."""
320
321     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
322         """Cache arguments for checking."""
323
324         self.args = args
325         self.reporter = self.args.reporter  # for convenience
326         self.filename = filename
327         self.metadata = metadata
328         self.metadata_len = metadata_len
329         self.text = text
330         self.lines = lines
331         self.doc = doc
332
333         self.layout = None
334
335     def check(self):
336         """Run tests."""
337
338         self.check_metadata()
339         self.check_line_lengths()
340         self.check_trailing_whitespace()
341         self.check_blockquote_classes()
342         self.check_codeblock_classes()
343         self.check_defined_link_references()
344
345     def check_metadata(self):
346         """Check the YAML metadata."""
347
348         self.reporter.check(self.metadata is not None,
349                             self.filename,
350                             'Missing metadata entirely')
351
352         if self.metadata and (self.layout is not None):
353             self.reporter.check_field(
354                 self.filename, 'metadata', self.metadata, 'layout', self.layout)
355
356     def check_line_lengths(self):
357         """Check the raw text of the lesson body."""
358
359         if self.args.line_lengths:
360             over = [i for (i, l, n) in self.lines if (
361                 n > MAX_LINE_LEN) and (not l.startswith('!'))]
362             self.reporter.check(not over,
363                                 self.filename,
364                                 'Line(s) too long: {0}',
365                                 ', '.join([str(i) for i in over]))
366
367     def check_trailing_whitespace(self):
368         """Check for whitespace at the ends of lines."""
369
370         if self.args.trailing_whitespace:
371             trailing = [
372                 i for (i, l, n) in self.lines if P_TRAILING_WHITESPACE.match(l)]
373             self.reporter.check(not trailing,
374                                 self.filename,
375                                 'Line(s) end with whitespace: {0}',
376                                 ', '.join([str(i) for i in trailing]))
377
378     def check_blockquote_classes(self):
379         """Check that all blockquotes have known classes."""
380
381         for node in self.find_all(self.doc, {'type': 'blockquote'}):
382             cls = self.get_val(node, 'attr', 'class')
383             self.reporter.check(cls in KNOWN_BLOCKQUOTES,
384                                 (self.filename, self.get_loc(node)),
385                                 'Unknown or missing blockquote type {0}',
386                                 cls)
387
388     def check_codeblock_classes(self):
389         """Check that all code blocks have known classes."""
390
391         for node in self.find_all(self.doc, {'type': 'codeblock'}):
392             cls = self.get_val(node, 'attr', 'class')
393             self.reporter.check(cls in KNOWN_CODEBLOCKS or cls.startswith('language-'),
394                                 (self.filename, self.get_loc(node)),
395                                 'Unknown or missing code block type {0}',
396                                 cls)
397
398     def check_defined_link_references(self):
399         """Check that defined links resolve in the file.
400
401         Internally-defined links match the pattern [text][label].
402         """
403
404         result = set()
405         for node in self.find_all(self.doc, {'type': 'text'}):
406             for match in P_INTERNAL_LINK_REF.findall(node['value']):
407                 text = match[0]
408                 link = match[1]
409                 if link not in self.args.references:
410                     result.add('"{0}"=>"{1}"'.format(text, link))
411         self.reporter.check(not result,
412                             self.filename,
413                             'Internally-defined links may be missing definitions: {0}',
414                             ', '.join(sorted(result)))
415
416     def find_all(self, node, pattern, accum=None):
417         """Find all matches for a pattern."""
418
419         assert isinstance(pattern, dict), 'Patterns must be dictionaries'
420         if accum is None:
421             accum = []
422         if self.match(node, pattern):
423             accum.append(node)
424         for child in node.get('children', []):
425             self.find_all(child, pattern, accum)
426         return accum
427
428     def match(self, node, pattern):
429         """Does this node match the given pattern?"""
430
431         for key in pattern:
432             if key not in node:
433                 return False
434             val = pattern[key]
435             if isinstance(val, str):
436                 if node[key] != val:
437                     return False
438             elif isinstance(val, dict):
439                 if not self.match(node[key], val):
440                     return False
441         return True
442
443     @staticmethod
444     def get_val(node, *chain):
445         """Get value one or more levels down."""
446
447         curr = node
448         for selector in chain:
449             curr = curr.get(selector, None)
450             if curr is None:
451                 break
452         return curr
453
454     def get_loc(self, node):
455         """Convenience method to get node's line number."""
456
457         result = self.get_val(node, 'options', 'location')
458         if self.metadata_len is not None:
459             result += self.metadata_len
460         return result
461
462
463 class CheckNonJekyll(CheckBase):
464     """Check a file that isn't translated by Jekyll."""
465
466     def check_metadata(self):
467         self.reporter.check(self.metadata is None,
468                             self.filename,
469                             'Unexpected metadata')
470
471
472 class CheckIndex(CheckBase):
473     """Check the main index page."""
474
475     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
476         super().__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
477         self.layout = 'lesson'
478
479     def check_metadata(self):
480         super().check_metadata()
481         self.reporter.check(self.metadata.get('root', '') == '.',
482                             self.filename,
483                             'Root not set to "."')
484
485
486 class CheckEpisode(CheckBase):
487     """Check an episode page."""
488
489     def check(self):
490         """Run extra tests."""
491
492         super().check()
493         self.check_reference_inclusion()
494
495     def check_metadata(self):
496         super().check_metadata()
497         if self.metadata:
498             if 'layout' in self.metadata:
499                 if self.metadata['layout'] == 'break':
500                     self.check_metadata_fields(BREAK_METADATA_FIELDS)
501                 else:
502                     self.reporter.add(self.filename,
503                                       'Unknown episode layout "{0}"',
504                                       self.metadata['layout'])
505             else:
506                 self.check_metadata_fields(TEACHING_METADATA_FIELDS)
507
508     def check_metadata_fields(self, expected):
509         """Check metadata fields."""
510         for (name, type_) in expected:
511             if name not in self.metadata:
512                 self.reporter.add(self.filename,
513                                   'Missing metadata field {0}',
514                                   name)
515             elif not isinstance(self.metadata[name], type_):
516                 self.reporter.add(self.filename,
517                                   '"{0}" has wrong type in metadata ({1} instead of {2})',
518                                   name, type(self.metadata[name]), type_)
519
520     def check_reference_inclusion(self):
521         """Check that links file has been included."""
522
523         if not self.args.reference_path:
524             return
525
526         for (i, last_line, line_len) in reversed(self.lines):
527             if last_line:
528                 break
529
530         require(last_line,
531                 'No non-empty lines in {0}'.format(self.filename))
532
533         include_filename = os.path.split(self.args.reference_path)[-1]
534         if include_filename not in last_line:
535             self.reporter.add(self.filename,
536                               'episode does not include "{0}"',
537                               include_filename)
538
539
540 class CheckReference(CheckBase):
541     """Check the reference page."""
542
543     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
544         super().__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
545         self.layout = 'reference'
546
547
548 class CheckGeneric(CheckBase):
549     """Check a generic page."""
550
551     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
552         super().__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
553
554
555 CHECKERS = [
556     (re.compile(r'CONTRIBUTING\.md'), CheckNonJekyll),
557     (re.compile(r'README\.md'), CheckNonJekyll),
558     (re.compile(r'index\.md'), CheckIndex),
559     (re.compile(r'reference\.md'), CheckReference),
560     (re.compile(os.path.join('_episodes', '*\.md')), CheckEpisode),
561     (re.compile(r'.*\.md'), CheckGeneric)
562 ]
563
564
565 if __name__ == '__main__':
566     main()