bin/lesson_check.py: allow 'language-*' code blocks (#532)
[rnaseq-cwl-training.git] / bin / lesson_check.py
1 """
2 Check lesson files and their contents.
3 """
4
5
6 import os
7 import glob
8 import re
9 from argparse import ArgumentParser
10
11 from util import (Reporter, read_markdown, load_yaml, check_unwanted_files,
12                   require)
13
14 __version__ = '0.3'
15
16 # Where to look for source Markdown files.
17 SOURCE_DIRS = ['', '_episodes', '_extras']
18
19 # Where to look for source Rmd files.
20 SOURCE_RMD_DIRS = ['_episodes_rmd']
21
22 # Required files: each entry is ('path': YAML_required).
23 # FIXME: We do not yet validate whether any files have the required
24 #   YAML headers, but should in the future.
25 # The '%' is replaced with the source directory path for checking.
26 # Episodes are handled specially, and extra files in '_extras' are also handled
27 # specially. This list must include all the Markdown files listed in the
28 # 'bin/initialize' script.
29 REQUIRED_FILES = {
30     'CODE_OF_CONDUCT.md': True,
31     'CONTRIBUTING.md': False,
32     'LICENSE.md': True,
33     'README.md': False,
34     os.path.join('_extras', 'discuss.md'): True,
35     os.path.join('_extras', 'guide.md'): True,
36     'index.md': True,
37     'reference.md': True,
38     'setup.md': True,
39 }
40
41 # Episode filename pattern.
42 P_EPISODE_FILENAME = re.compile(r'(\d\d)-[-\w]+.md$')
43
44 # Pattern to match lines ending with whitespace.
45 P_TRAILING_WHITESPACE = re.compile(r'\s+$')
46
47 # Pattern to match figure references in HTML.
48 P_FIGURE_REFS = re.compile(r'<img[^>]+src="([^"]+)"[^>]*>')
49
50 # Pattern to match internally-defined Markdown links.
51 P_INTERNAL_LINK_REF = re.compile(r'\[([^\]]+)\]\[([^\]]+)\]')
52
53 # Pattern to match reference links (to resolve internally-defined references).
54 P_INTERNAL_LINK_DEF = re.compile(r'^\[([^\]]+)\]:\s*(.+)')
55
56 # Pattern to match {% include ... %} statements
57 P_INTERNAL_INCLUDE_LINK = re.compile(r'^{% include ([^ ]*) %}$')
58
59 # What kinds of blockquotes are allowed?
60 KNOWN_BLOCKQUOTES = {
61     'callout',
62     'challenge',
63     'checklist',
64     'discussion',
65     'keypoints',
66     'objectives',
67     'prereq',
68     'quotation',
69     'solution',
70     'testimonial',
71     'warning'
72 }
73
74 # What kinds of code fragments are allowed?
75 KNOWN_CODEBLOCKS = {
76     'error',
77     'output',
78     'source',
79     'warning'
80 }
81
82 # What fields are required in teaching episode metadata?
83 TEACHING_METADATA_FIELDS = {
84     ('title', str),
85     ('teaching', int),
86     ('exercises', int),
87     ('questions', list),
88     ('objectives', list),
89     ('keypoints', list)
90 }
91
92 # What fields are required in break episode metadata?
93 BREAK_METADATA_FIELDS = {
94     ('layout', str),
95     ('title', str),
96     ('break', int)
97 }
98
99 # How long are lines allowed to be?
100 # Please keep this in sync with .editorconfig!
101 MAX_LINE_LEN = 100
102
103
104 def main():
105     """Main driver."""
106
107     args = parse_args()
108     args.reporter = Reporter()
109     life_cycle = check_config(args.reporter, args.source_dir)
110     # pre-alpha lessons should report without error
111     if life_cycle == "pre-alpha":
112         args.permissive = True
113     check_source_rmd(args.reporter, args.source_dir, args.parser)
114     args.references = read_references(args.reporter, args.reference_path)
115
116     docs = read_all_markdown(args.source_dir, args.parser)
117     check_fileset(args.source_dir, args.reporter, list(docs.keys()))
118     check_unwanted_files(args.source_dir, args.reporter)
119     for filename in list(docs.keys()):
120         checker = create_checker(args, filename, docs[filename])
121         checker.check()
122
123     args.reporter.report()
124     if args.reporter.messages and not args.permissive:
125         exit(1)
126
127
128 def parse_args():
129     """Parse command-line arguments."""
130
131     parser = ArgumentParser(description="""Check episode files in a lesson.""")
132     parser.add_argument('-l', '--linelen',
133                         default=False,
134                         action="store_true",
135                         dest='line_lengths',
136                         help='Check line lengths')
137     parser.add_argument('-p', '--parser',
138                         default=None,
139                         dest='parser',
140                         help='path to Markdown parser')
141     parser.add_argument('-r', '--references',
142                         default=None,
143                         dest='reference_path',
144                         help='path to Markdown file of external references')
145     parser.add_argument('-s', '--source',
146                         default=os.curdir,
147                         dest='source_dir',
148                         help='source directory')
149     parser.add_argument('-w', '--whitespace',
150                         default=False,
151                         action="store_true",
152                         dest='trailing_whitespace',
153                         help='Check for trailing whitespace')
154     parser.add_argument('--permissive',
155                         default=False,
156                         action="store_true",
157                         dest='permissive',
158                         help='Do not raise an error even if issues are detected')
159
160     args, extras = parser.parse_known_args()
161     require(args.parser is not None,
162             'Path to Markdown parser not provided')
163     require(not extras,
164             'Unexpected trailing command-line arguments "{0}"'.format(extras))
165
166     return args
167
168
169 def check_config(reporter, source_dir):
170     """Check configuration file."""
171
172     config_file = os.path.join(source_dir, '_config.yml')
173     config = load_yaml(config_file)
174     reporter.check_field(config_file, 'configuration',
175                          config, 'kind', 'lesson')
176     reporter.check_field(config_file, 'configuration',
177                          config, 'carpentry', ('swc', 'dc', 'lc', 'cp'))
178     reporter.check_field(config_file, 'configuration', config, 'title')
179     reporter.check_field(config_file, 'configuration', config, 'email')
180
181     for defaults in [
182             {'values': {'root': '.', 'layout': 'page'}},
183             {'values': {'root': '..', 'layout': 'episode'}, 'scope': {'type': 'episodes', 'path': ''}},
184             {'values': {'root': '..', 'layout': 'page'}, 'scope': {'type': 'extras', 'path': ''}}
185             ]:
186         reporter.check(defaults in config.get('defaults', []),
187                    'configuration',
188                    '"root" not set to "." in configuration')
189     return config['life_cycle']
190
191 def check_source_rmd(reporter, source_dir, parser):
192     """Check that Rmd episode files include `source: Rmd`"""
193
194     episode_rmd_dir = [os.path.join(source_dir, d) for d in SOURCE_RMD_DIRS]
195     episode_rmd_files = [os.path.join(d, '*.Rmd') for d in episode_rmd_dir]
196     results = {}
197     for pat in episode_rmd_files:
198         for f in glob.glob(pat):
199             data = read_markdown(parser, f)
200             dy = data['metadata']
201             if dy:
202                 reporter.check_field(f, 'episode_rmd',
203                                      dy, 'source', 'Rmd')
204
205 def read_references(reporter, ref_path):
206     """Read shared file of reference links, returning dictionary of valid references
207     {symbolic_name : URL}
208     """
209
210     if not ref_path:
211         raise Warning("No filename has been provided.")
212
213     result = {}
214     urls_seen = set()
215
216     with open(ref_path, 'r', encoding='utf-8') as reader:
217         for (num, line) in enumerate(reader, 1):
218
219             if P_INTERNAL_INCLUDE_LINK.search(line): continue
220
221             m = P_INTERNAL_LINK_DEF.search(line)
222
223             message = '{}: {} not a valid reference: {}'
224             require(m, message.format(ref_path, num, line.rstrip()))
225
226             name = m.group(1)
227             url = m.group(2)
228
229             message = 'Empty reference at {0}:{1}'
230             require(name, message.format(ref_path, num))
231
232             unique_name = name not in result
233             unique_url = url not in urls_seen
234
235             reporter.check(unique_name,
236                            ref_path,
237                            'Duplicate reference name {0} at line {1}',
238                            name, num)
239
240             reporter.check(unique_url,
241                            ref_path,
242                            'Duplicate definition of URL {0} at line {1}',
243                            url, num)
244
245             result[name] = url
246             urls_seen.add(url)
247
248     return result
249
250
251 def read_all_markdown(source_dir, parser):
252     """Read source files, returning
253     {path : {'metadata':yaml, 'metadata_len':N, 'text':text, 'lines':[(i, line, len)], 'doc':doc}}
254     """
255
256     all_dirs = [os.path.join(source_dir, d) for d in SOURCE_DIRS]
257     all_patterns = [os.path.join(d, '*.md') for d in all_dirs]
258     result = {}
259     for pat in all_patterns:
260         for filename in glob.glob(pat):
261             data = read_markdown(parser, filename)
262             if data:
263                 result[filename] = data
264     return result
265
266
267 def check_fileset(source_dir, reporter, filenames_present):
268     """Are all required files present? Are extraneous files present?"""
269
270     # Check files with predictable names.
271     required = [os.path.join(source_dir, p) for p in REQUIRED_FILES]
272     missing = set(required) - set(filenames_present)
273     for m in missing:
274         reporter.add(None, 'Missing required file {0}', m)
275
276     # Check episode files' names.
277     seen = []
278     for filename in filenames_present:
279         if '_episodes' not in filename:
280             continue
281
282         # split path to check episode name
283         base_name = os.path.basename(filename)
284         m = P_EPISODE_FILENAME.search(base_name)
285         if m and m.group(1):
286             seen.append(m.group(1))
287         else:
288             reporter.add(
289                 None, 'Episode {0} has badly-formatted filename', filename)
290
291     # Check for duplicate episode numbers.
292     reporter.check(len(seen) == len(set(seen)),
293                    None,
294                    'Duplicate episode numbers {0} vs {1}',
295                    sorted(seen), sorted(set(seen)))
296
297     # Check that numbers are consecutive.
298     seen = sorted([int(s) for s in seen])
299     clean = True
300     for i in range(len(seen) - 1):
301         clean = clean and ((seen[i+1] - seen[i]) == 1)
302     reporter.check(clean,
303                    None,
304                    'Missing or non-consecutive episode numbers {0}',
305                    seen)
306
307
308 def create_checker(args, filename, info):
309     """Create appropriate checker for file."""
310
311     for (pat, cls) in CHECKERS:
312         if pat.search(filename):
313             return cls(args, filename, **info)
314     return NotImplemented
315
316 class CheckBase:
317     """Base class for checking Markdown files."""
318
319     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
320         """Cache arguments for checking."""
321
322         self.args = args
323         self.reporter = self.args.reporter  # for convenience
324         self.filename = filename
325         self.metadata = metadata
326         self.metadata_len = metadata_len
327         self.text = text
328         self.lines = lines
329         self.doc = doc
330
331         self.layout = None
332
333     def check(self):
334         """Run tests."""
335
336         self.check_metadata()
337         self.check_line_lengths()
338         self.check_trailing_whitespace()
339         self.check_blockquote_classes()
340         self.check_codeblock_classes()
341         self.check_defined_link_references()
342
343     def check_metadata(self):
344         """Check the YAML metadata."""
345
346         self.reporter.check(self.metadata is not None,
347                             self.filename,
348                             'Missing metadata entirely')
349
350         if self.metadata and (self.layout is not None):
351             self.reporter.check_field(
352                 self.filename, 'metadata', self.metadata, 'layout', self.layout)
353
354     def check_line_lengths(self):
355         """Check the raw text of the lesson body."""
356
357         if self.args.line_lengths:
358             over = [i for (i, l, n) in self.lines if (
359                 n > MAX_LINE_LEN) and (not l.startswith('!'))]
360             self.reporter.check(not over,
361                                 self.filename,
362                                 'Line(s) too long: {0}',
363                                 ', '.join([str(i) for i in over]))
364
365     def check_trailing_whitespace(self):
366         """Check for whitespace at the ends of lines."""
367
368         if self.args.trailing_whitespace:
369             trailing = [
370                 i for (i, l, n) in self.lines if P_TRAILING_WHITESPACE.match(l)]
371             self.reporter.check(not trailing,
372                                 self.filename,
373                                 'Line(s) end with whitespace: {0}',
374                                 ', '.join([str(i) for i in trailing]))
375
376     def check_blockquote_classes(self):
377         """Check that all blockquotes have known classes."""
378
379         for node in self.find_all(self.doc, {'type': 'blockquote'}):
380             cls = self.get_val(node, 'attr', 'class')
381             self.reporter.check(cls in KNOWN_BLOCKQUOTES,
382                                 (self.filename, self.get_loc(node)),
383                                 'Unknown or missing blockquote type {0}',
384                                 cls)
385
386     def check_codeblock_classes(self):
387         """Check that all code blocks have known classes."""
388
389         for node in self.find_all(self.doc, {'type': 'codeblock'}):
390             cls = self.get_val(node, 'attr', 'class')
391             self.reporter.check(cls in KNOWN_CODEBLOCKS or cls.startswith('language-'),
392                                 (self.filename, self.get_loc(node)),
393                                 'Unknown or missing code block type {0}',
394                                 cls)
395
396     def check_defined_link_references(self):
397         """Check that defined links resolve in the file.
398
399         Internally-defined links match the pattern [text][label].
400         """
401
402         result = set()
403         for node in self.find_all(self.doc, {'type': 'text'}):
404             for match in P_INTERNAL_LINK_REF.findall(node['value']):
405                 text = match[0]
406                 link = match[1]
407                 if link not in self.args.references:
408                     result.add('"{0}"=>"{1}"'.format(text, link))
409         self.reporter.check(not result,
410                             self.filename,
411                             'Internally-defined links may be missing definitions: {0}',
412                             ', '.join(sorted(result)))
413
414     def find_all(self, node, pattern, accum=None):
415         """Find all matches for a pattern."""
416
417         assert isinstance(pattern, dict), 'Patterns must be dictionaries'
418         if accum is None:
419             accum = []
420         if self.match(node, pattern):
421             accum.append(node)
422         for child in node.get('children', []):
423             self.find_all(child, pattern, accum)
424         return accum
425
426     def match(self, node, pattern):
427         """Does this node match the given pattern?"""
428
429         for key in pattern:
430             if key not in node:
431                 return False
432             val = pattern[key]
433             if isinstance(val, str):
434                 if node[key] != val:
435                     return False
436             elif isinstance(val, dict):
437                 if not self.match(node[key], val):
438                     return False
439         return True
440
441     @staticmethod
442     def get_val(node, *chain):
443         """Get value one or more levels down."""
444
445         curr = node
446         for selector in chain:
447             curr = curr.get(selector, None)
448             if curr is None:
449                 break
450         return curr
451
452     def get_loc(self, node):
453         """Convenience method to get node's line number."""
454
455         result = self.get_val(node, 'options', 'location')
456         if self.metadata_len is not None:
457             result += self.metadata_len
458         return result
459
460
461 class CheckNonJekyll(CheckBase):
462     """Check a file that isn't translated by Jekyll."""
463
464     def check_metadata(self):
465         self.reporter.check(self.metadata is None,
466                             self.filename,
467                             'Unexpected metadata')
468
469
470 class CheckIndex(CheckBase):
471     """Check the main index page."""
472
473     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
474         super().__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
475         self.layout = 'lesson'
476
477     def check_metadata(self):
478         super().check_metadata()
479         self.reporter.check(self.metadata.get('root', '') == '.',
480                             self.filename,
481                             'Root not set to "."')
482
483
484 class CheckEpisode(CheckBase):
485     """Check an episode page."""
486
487     def check(self):
488         """Run extra tests."""
489
490         super().check()
491         self.check_reference_inclusion()
492
493     def check_metadata(self):
494         super().check_metadata()
495         if self.metadata:
496             if 'layout' in self.metadata:
497                 if self.metadata['layout'] == 'break':
498                     self.check_metadata_fields(BREAK_METADATA_FIELDS)
499                 else:
500                     self.reporter.add(self.filename,
501                                       'Unknown episode layout "{0}"',
502                                       self.metadata['layout'])
503             else:
504                 self.check_metadata_fields(TEACHING_METADATA_FIELDS)
505
506     def check_metadata_fields(self, expected):
507         """Check metadata fields."""
508         for (name, type_) in expected:
509             if name not in self.metadata:
510                 self.reporter.add(self.filename,
511                                   'Missing metadata field {0}',
512                                   name)
513             elif not isinstance(self.metadata[name], type_):
514                 self.reporter.add(self.filename,
515                                   '"{0}" has wrong type in metadata ({1} instead of {2})',
516                                   name, type(self.metadata[name]), type_)
517
518     def check_reference_inclusion(self):
519         """Check that links file has been included."""
520
521         if not self.args.reference_path:
522             return
523
524         for (i, last_line, line_len) in reversed(self.lines):
525             if last_line:
526                 break
527
528         require(last_line,
529                 'No non-empty lines in {0}'.format(self.filename))
530
531         include_filename = os.path.split(self.args.reference_path)[-1]
532         if include_filename not in last_line:
533             self.reporter.add(self.filename,
534                               'episode does not include "{0}"',
535                               include_filename)
536
537
538 class CheckReference(CheckBase):
539     """Check the reference page."""
540
541     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
542         super().__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
543         self.layout = 'reference'
544
545
546 class CheckGeneric(CheckBase):
547     """Check a generic page."""
548
549     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
550         super().__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
551
552
553 CHECKERS = [
554     (re.compile(r'CONTRIBUTING\.md'), CheckNonJekyll),
555     (re.compile(r'README\.md'), CheckNonJekyll),
556     (re.compile(r'index\.md'), CheckIndex),
557     (re.compile(r'reference\.md'), CheckReference),
558     (re.compile(os.path.join('_episodes', '*\.md')), CheckEpisode),
559     (re.compile(r'.*\.md'), CheckGeneric)
560 ]
561
562
563 if __name__ == '__main__':
564     main()