Checking CONTRIBUTING.md (without YAML)
[rnaseq-cwl-training.git] / bin / lesson_check.py
1 #!/usr/bin/env python
2
3 """
4 Check lesson files and their contents.
5 """
6
7 import sys
8 import os
9 import glob
10 import json
11 import yaml
12 import re
13 from optparse import OptionParser
14
15 from util import Reporter, read_markdown
16
17 __version__ = '0.2'
18
19 # Where to look for source Markdown files.
20 SOURCE_DIRS = ['', '_episodes', '_extras']
21
22 # Required files: each entry is ('path': YAML_required).
23 # FIXME: We do not yet validate whether any files have the required
24 #   YAML headers, but should in the future.
25 # The '%' is replaced with the source directory path for checking.
26 # Episodes are handled specially, and extra files in '_extras' are also handled specially.
27 # This list must include all the Markdown files listed in the 'bin/initialize' script.
28 REQUIRED_FILES = {
29     '%/CONDUCT.md': True,
30     '%/CONTRIBUTING.md': False,
31     '%/LICENSE.md': True,
32     '%/README.md': False,
33     '%/_extras/discuss.md': True,
34     '%/_extras/figures.md': True,
35     '%/_extras/guide.md': True,
36     '%/index.md': True,
37     '%/reference.md': True,
38     '%/setup.md': True,
39 }
40
41 # Episode filename pattern.
42 P_EPISODE_FILENAME = re.compile(r'/_episodes/(\d\d)-[-\w]+.md$')
43
44 # What kinds of blockquotes are allowed?
45 KNOWN_BLOCKQUOTES = {
46     'callout',
47     'challenge',
48     'checklist',
49     'discussion',
50     'keypoints',
51     'objectives',
52     'prereq',
53     'quotation',
54     'solution',
55     'testimonial'
56 }
57
58 # What kinds of code fragments are allowed?
59 KNOWN_CODEBLOCKS = {
60     'error',
61     'output',
62     'source',
63     'bash',
64     'make',
65     'python',
66     'r',
67     'sql'
68 }
69
70 # What fields are required in teaching episode metadata?
71 TEACHING_METADATA_FIELDS = {
72     ('title', str),
73     ('teaching', int),
74     ('exercises', int),
75     ('questions', list),
76     ('objectives', list),
77     ('keypoints', list)
78 }
79
80 # What fields are required in break episode metadata?
81 BREAK_METADATA_FIELDS = {
82     ('layout', str),
83     ('title', str),
84     ('break', int)
85 }
86
87 # How long are lines allowed to be?
88 MAX_LINE_LEN = 100
89
90 def main():
91     """Main driver."""
92
93     args = parse_args()
94     args.reporter = Reporter()
95     check_config(args.reporter, args.source_dir)
96     docs = read_all_markdown(args.source_dir, args.parser)
97     check_fileset(args.source_dir, args.reporter, docs.keys())
98     for filename in docs.keys():
99         checker = create_checker(args, filename, docs[filename])
100         checker.check()
101     args.reporter.report()
102
103
104 def parse_args():
105     """Parse command-line arguments."""
106
107     parser = OptionParser()
108     parser.add_option('-l', '--linelen',
109                       default=False,
110                       dest='line_len',
111                       help='Check line lengths')
112     parser.add_option('-p', '--parser',
113                       default=None,
114                       dest='parser',
115                       help='path to Markdown parser')
116     parser.add_option('-s', '--source',
117                       default=os.curdir,
118                       dest='source_dir',
119                       help='source directory')
120
121     args, extras = parser.parse_args()
122     require(args.parser is not None,
123             'Path to Markdown parser not provided')
124     require(not extras,
125             'Unexpected trailing command-line arguments "{0}"'.format(extras))
126
127     return args
128
129
130 def check_config(reporter, source_dir):
131     """Check configuration file."""
132
133     config_file = os.path.join(source_dir, '_config.yml')
134     with open(config_file, 'r') as reader:
135         config = yaml.load(reader)
136     reporter.check_field(config_file, 'configuration', config, 'kind', 'lesson')
137
138
139 def read_all_markdown(source_dir, parser):
140     """Read source files, returning
141     {path : {'metadata':yaml, 'metadata_len':N, 'text':text, 'lines':[(i, line, len)], 'doc':doc}}
142     """
143
144     all_dirs = [os.path.join(source_dir, d) for d in SOURCE_DIRS]
145     all_patterns = [os.path.join(d, '*.md') for d in all_dirs]
146     result = {}
147     for pat in all_patterns:
148         for filename in glob.glob(pat):
149             data = read_markdown(parser, filename)
150             if data:
151                 result[filename] = data
152     return result
153
154
155 def check_fileset(source_dir, reporter, filenames_present):
156     """Are all required files present? Are extraneous files present?"""
157
158     # Check files with predictable names.
159     required = [p.replace('%', source_dir) for p in REQUIRED_FILES]
160     missing = set(required) - set(filenames_present)
161     for m in missing:
162         reporter.add(None, 'Missing required file {0}', m)
163
164     # Check episode files' names.
165     seen = []
166     for filename in filenames_present:
167         if '_episodes' not in filename:
168             continue
169         m = P_EPISODE_FILENAME.search(filename)
170         if m and m.group(1):
171             seen.append(m.group(1))
172         else:
173             reporter.add(None, 'Episode {0} has badly-formatted filename', filename)
174
175     # Check for duplicate episode numbers.
176     reporter.check(len(seen) == len(set(seen)),
177                         None,
178                         'Duplicate episode numbers {0} vs {1}',
179                         sorted(seen), sorted(set(seen)))
180
181     # Check that numbers are consecutive.
182     seen = [int(s) for s in seen]
183     seen.sort()
184     clean = True
185     for i in range(len(seen) - 1):
186         clean = clean and ((seen[i+1] - seen[i]) == 1)
187     reporter.check(clean,
188                    None,
189                    'Missing or non-consecutive episode numbers {0}',
190                    seen)
191
192
193 def create_checker(args, filename, info):
194     """Create appropriate checker for file."""
195
196     for (pat, cls) in CHECKERS:
197         if pat.search(filename):
198             return cls(args, filename, **info)
199
200
201 def require(condition, message):
202     """Fail if condition not met."""
203
204     if not condition:
205         print(message, file=sys.stderr)
206         sys.exit(1)
207
208
209 class CheckBase(object):
210     """Base class for checking Markdown files."""
211
212     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
213         """Cache arguments for checking."""
214
215         super(CheckBase, self).__init__()
216         self.args = args
217         self.reporter = self.args.reporter # for convenience
218         self.filename = filename
219         self.metadata = metadata
220         self.metadata_len = metadata_len
221         self.text = text
222         self.lines = lines
223         self.doc = doc
224
225         self.layout = None
226
227
228     def check(self):
229         """Run tests on metadata."""
230
231         self.check_metadata()
232         self.check_text()
233         self.check_blockquote_classes()
234         self.check_codeblock_classes()
235
236
237     def check_metadata(self):
238         """Check the YAML metadata."""
239
240         self.reporter.check(self.metadata is not None,
241                             self.filename,
242                             'Missing metadata entirely')
243
244         if self.metadata and (self.layout is not None):
245             self.reporter.check_field(self.filename, 'metadata', self.metadata, 'layout', self.layout)
246
247
248     def check_text(self):
249         """Check the raw text of the lesson body."""
250
251         if self.args.line_len:
252             over = [i for (i, l, n) in self.lines if (n > MAX_LINE_LEN) and (not l.startswith('!'))]
253             self.reporter.check(not over,
254                                 self.filename,
255                                 'Line(s) are too long: {0}',
256                                 ', '.join([str(i) for i in over]))
257
258
259     def check_blockquote_classes(self):
260         """Check that all blockquotes have known classes."""
261
262         for node in self.find_all(self.doc, {'type' : 'blockquote'}):
263             cls = self.get_val(node, 'attr', 'class')
264             self.reporter.check(cls in KNOWN_BLOCKQUOTES,
265                                 (self.filename, self.get_loc(node)),
266                                 'Unknown or missing blockquote type {0}',
267                                 cls)
268
269
270     def check_codeblock_classes(self):
271         """Check that all code blocks have known classes."""
272
273         for node in self.find_all(self.doc, {'type' : 'codeblock'}):
274             cls = self.get_val(node, 'attr', 'class')
275             self.reporter.check(cls in KNOWN_CODEBLOCKS,
276                                 (self.filename, self.get_loc(node)),
277                                 'Unknown or missing code block type {0}',
278                                 cls)
279
280
281     def find_all(self, node, pattern, accum=None):
282         """Find all matches for a pattern."""
283
284         assert type(pattern) == dict, 'Patterns must be dictionaries'
285         if accum is None:
286             accum = []
287         if self.match(node, pattern):
288             accum.append(node)
289         for child in node.get('children', []):
290             self.find_all(child, pattern, accum)
291         return accum
292
293
294     def match(self, node, pattern):
295         """Does this node match the given pattern?"""
296
297         for key in pattern:
298             if key not in node:
299                 return False
300             val = pattern[key]
301             if type(val) == str:
302                 if node[key] != val:
303                     return False
304             elif type(val) == dict:
305                 if not self.match(node[key], val):
306                     return False
307         return True
308
309
310     def get_val(self, node, *chain):
311         """Get value one or more levels down."""
312
313         curr = node
314         for selector in chain:
315             curr = curr.get(selector, None)
316             if curr is None:
317                 break
318         return curr
319
320
321     def get_loc(self, node):
322         """Convenience method to get node's line number."""
323
324         result = self.get_val(node, 'options', 'location')
325         if self.metadata_len is not None:
326             result += self.metadata_len
327         return result
328
329
330 class CheckNonJekyll(CheckBase):
331     """Check a file that isn't translated by Jekyll."""
332
333     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
334         super(CheckNonJekyll, self).__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
335
336
337     def check_metadata(self):
338         self.reporter.check(self.metadata is None,
339                             self.filename,
340                             'Unexpected metadata')
341
342
343 class CheckIndex(CheckBase):
344     """Check the main index page."""
345
346     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
347         super(CheckIndex, self).__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
348         self.layout = 'lesson'
349
350
351 class CheckEpisode(CheckBase):
352     """Check an episode page."""
353
354     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
355         super(CheckEpisode, self).__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
356
357     def check_metadata(self):
358         super(CheckEpisode, self).check_metadata()
359         if self.metadata:
360             if 'layout' in self.metadata:
361                 if self.metadata['layout'] == 'break':
362                     self.check_metadata_fields(BREAK_METADATA_FIELDS)
363                 else:
364                     self.reporter.add(self.filename,
365                                       'Unknown episode layout "{0}"',
366                                       self.metadata['layout'])
367             else:
368                 self.check_metadata_fields(TEACHING_METADATA_FIELDS)
369
370
371     def check_metadata_fields(self, expected):
372         for (name, type_) in expected:
373             if name not in self.metadata:
374                 self.reporter.add(self.filename,
375                                   'Missing metadata field {0}',
376                                   name)
377             elif type(self.metadata[name]) != type_:
378                 self.reporter.add(self.filename,
379                                   '"{0}" has wrong type in metadata ({1} instead of {2})',
380                                   name, type(self.metadata[name]), type_)
381
382
383 class CheckReference(CheckBase):
384     """Check the reference page."""
385
386     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
387         super(CheckReference, self).__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
388         self.layout = 'reference'
389
390
391 class CheckGeneric(CheckBase):
392     """Check a generic page."""
393
394     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
395         super(CheckGeneric, self).__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
396         self.layout = 'page'
397
398
399 CHECKERS = [
400     (re.compile(r'CONTRIBUTING\.md'), CheckNonJekyll),
401     (re.compile(r'README\.md'), CheckNonJekyll),
402     (re.compile(r'index\.md'), CheckIndex),
403     (re.compile(r'reference\.md'), CheckReference),
404     (re.compile(r'_episodes/.*\.md'), CheckEpisode),
405     (re.compile(r'.*\.md'), CheckGeneric)
406 ]
407
408
409 if __name__ == '__main__':
410     main()