Checking for .nojekyll file
[rnaseq-cwl-training.git] / bin / lesson_check.py
1 #!/usr/bin/env python
2
3 """
4 Check lesson files and their contents.
5 """
6
7 import sys
8 import os
9 import glob
10 import json
11 import re
12 from optparse import OptionParser
13
14 from util import Reporter, read_markdown, load_yaml, check_unwanted_files
15
16 __version__ = '0.2'
17
18 # Where to look for source Markdown files.
19 SOURCE_DIRS = ['', '_episodes', '_extras']
20
21 # Required files: each entry is ('path': YAML_required).
22 # FIXME: We do not yet validate whether any files have the required
23 #   YAML headers, but should in the future.
24 # The '%' is replaced with the source directory path for checking.
25 # Episodes are handled specially, and extra files in '_extras' are also handled specially.
26 # This list must include all the Markdown files listed in the 'bin/initialize' script.
27 REQUIRED_FILES = {
28     '%/CONDUCT.md': True,
29     '%/CONTRIBUTING.md': False,
30     '%/LICENSE.md': True,
31     '%/README.md': False,
32     '%/_extras/discuss.md': True,
33     '%/_extras/figures.md': True,
34     '%/_extras/guide.md': True,
35     '%/index.md': True,
36     '%/reference.md': True,
37     '%/setup.md': True,
38 }
39
40 # Episode filename pattern.
41 P_EPISODE_FILENAME = re.compile(r'/_episodes/(\d\d)-[-\w]+.md$')
42
43 # Pattern to match lines ending with whitespace.
44 P_TRAILING_WHITESPACE = re.compile(r'\s+$')
45
46 # Pattern to match figure references in HTML.
47 P_FIGURE_REFS = re.compile(r'<img[^>]+src="([^"]+)"[^>]*>')
48
49 # What kinds of blockquotes are allowed?
50 KNOWN_BLOCKQUOTES = {
51     'callout',
52     'challenge',
53     'checklist',
54     'discussion',
55     'keypoints',
56     'objectives',
57     'prereq',
58     'quotation',
59     'solution',
60     'testimonial'
61 }
62
63 # What kinds of code fragments are allowed?
64 KNOWN_CODEBLOCKS = {
65     'error',
66     'output',
67     'source',
68     'bash',
69     'make',
70     'python',
71     'r',
72     'sql'
73 }
74
75 # What fields are required in teaching episode metadata?
76 TEACHING_METADATA_FIELDS = {
77     ('title', str),
78     ('teaching', int),
79     ('exercises', int),
80     ('questions', list),
81     ('objectives', list),
82     ('keypoints', list)
83 }
84
85 # What fields are required in break episode metadata?
86 BREAK_METADATA_FIELDS = {
87     ('layout', str),
88     ('title', str),
89     ('break', int)
90 }
91
92 # How long are lines allowed to be?
93 MAX_LINE_LEN = 100
94
95 def main():
96     """Main driver."""
97
98     args = parse_args()
99     args.reporter = Reporter()
100     check_config(args.reporter, args.source_dir)
101     docs = read_all_markdown(args.source_dir, args.parser)
102     check_fileset(args.source_dir, args.reporter, docs.keys())
103     check_unwanted_files(args.source_dir, args.reporter)
104     for filename in docs.keys():
105         checker = create_checker(args, filename, docs[filename])
106         checker.check()
107     check_figures(args.source_dir, args.reporter)
108     args.reporter.report()
109
110
111 def parse_args():
112     """Parse command-line arguments."""
113
114     parser = OptionParser()
115     parser.add_option('-l', '--linelen',
116                       default=False,
117                       action="store_true",
118                       dest='line_lengths',
119                       help='Check line lengths')
120     parser.add_option('-p', '--parser',
121                       default=None,
122                       dest='parser',
123                       help='path to Markdown parser')
124     parser.add_option('-s', '--source',
125                       default=os.curdir,
126                       dest='source_dir',
127                       help='source directory')
128     parser.add_option('-w', '--whitespace',
129                       default=False,
130                       action="store_true",
131                       dest='trailing_whitespace',
132                       help='Check for trailing whitespace')
133
134     args, extras = parser.parse_args()
135     require(args.parser is not None,
136             'Path to Markdown parser not provided')
137     require(not extras,
138             'Unexpected trailing command-line arguments "{0}"'.format(extras))
139
140     return args
141
142
143 def check_config(reporter, source_dir):
144     """Check configuration file."""
145
146     config_file = os.path.join(source_dir, '_config.yml')
147     config = load_yaml(config_file)
148     reporter.check_field(config_file, 'configuration', config, 'kind', 'lesson')
149
150
151 def read_all_markdown(source_dir, parser):
152     """Read source files, returning
153     {path : {'metadata':yaml, 'metadata_len':N, 'text':text, 'lines':[(i, line, len)], 'doc':doc}}
154     """
155
156     all_dirs = [os.path.join(source_dir, d) for d in SOURCE_DIRS]
157     all_patterns = [os.path.join(d, '*.md') for d in all_dirs]
158     result = {}
159     for pat in all_patterns:
160         for filename in glob.glob(pat):
161             data = read_markdown(parser, filename)
162             if data:
163                 result[filename] = data
164     return result
165
166
167 def check_fileset(source_dir, reporter, filenames_present):
168     """Are all required files present? Are extraneous files present?"""
169
170     # Check files with predictable names.
171     required = [p.replace('%', source_dir) for p in REQUIRED_FILES]
172     missing = set(required) - set(filenames_present)
173     for m in missing:
174         reporter.add(None, 'Missing required file {0}', m)
175
176     # Check episode files' names.
177     seen = []
178     for filename in filenames_present:
179         if '_episodes' not in filename:
180             continue
181         m = P_EPISODE_FILENAME.search(filename)
182         if m and m.group(1):
183             seen.append(m.group(1))
184         else:
185             reporter.add(None, 'Episode {0} has badly-formatted filename', filename)
186
187     # Check for duplicate episode numbers.
188     reporter.check(len(seen) == len(set(seen)),
189                         None,
190                         'Duplicate episode numbers {0} vs {1}',
191                         sorted(seen), sorted(set(seen)))
192
193     # Check that numbers are consecutive.
194     seen = [int(s) for s in seen]
195     seen.sort()
196     clean = True
197     for i in range(len(seen) - 1):
198         clean = clean and ((seen[i+1] - seen[i]) == 1)
199     reporter.check(clean,
200                    None,
201                    'Missing or non-consecutive episode numbers {0}',
202                    seen)
203
204
205 def check_figures(source_dir, reporter):
206     """Check that all figures are present and referenced."""
207
208     # Get references.
209     try:
210         all_figures_html = os.path.join(source_dir, '_includes', 'all_figures.html')
211         with open(all_figures_html, 'r') as reader:
212             text = reader.read()
213         figures = P_FIGURE_REFS.findall(text)
214         referenced = [os.path.split(f)[1] for f in figures if '/fig/' in f]
215     except FileNotFoundError as e:
216         reporter.add(all_figures_html,
217                      'File not found')
218         return
219
220     # Get actual files.
221     fig_dir_path = os.path.join(source_dir, 'fig')
222     actual = [f for f in os.listdir(fig_dir_path) if not f.startswith('.')]
223
224     # Report differences.
225     unexpected = set(actual) - set(referenced)
226     reporter.check(not unexpected,
227                    None,
228                    'Unexpected image files: {0}',
229                    ', '.join(sorted(unexpected)))
230     missing = set(referenced) - set(actual)
231     reporter.check(not missing,
232                    None,
233                    'Missing image files: {0}',
234                    ', '.join(sorted(missing)))
235
236
237 def create_checker(args, filename, info):
238     """Create appropriate checker for file."""
239
240     for (pat, cls) in CHECKERS:
241         if pat.search(filename):
242             return cls(args, filename, **info)
243
244
245 def require(condition, message):
246     """Fail if condition not met."""
247
248     if not condition:
249         print(message, file=sys.stderr)
250         sys.exit(1)
251
252
253 class CheckBase(object):
254     """Base class for checking Markdown files."""
255
256     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
257         """Cache arguments for checking."""
258
259         super(CheckBase, self).__init__()
260         self.args = args
261         self.reporter = self.args.reporter # for convenience
262         self.filename = filename
263         self.metadata = metadata
264         self.metadata_len = metadata_len
265         self.text = text
266         self.lines = lines
267         self.doc = doc
268
269         self.layout = None
270
271
272     def check(self):
273         """Run tests on metadata."""
274
275         self.check_metadata()
276         self.check_line_lengths()
277         self.check_trailing_whitespace()
278         self.check_blockquote_classes()
279         self.check_codeblock_classes()
280
281
282     def check_metadata(self):
283         """Check the YAML metadata."""
284
285         self.reporter.check(self.metadata is not None,
286                             self.filename,
287                             'Missing metadata entirely')
288
289         if self.metadata and (self.layout is not None):
290             self.reporter.check_field(self.filename, 'metadata', self.metadata, 'layout', self.layout)
291
292
293     def check_line_lengths(self):
294         """Check the raw text of the lesson body."""
295
296         if self.args.line_lengths:
297             over = [i for (i, l, n) in self.lines if (n > MAX_LINE_LEN) and (not l.startswith('!'))]
298             self.reporter.check(not over,
299                                 self.filename,
300                                 'Line(s) are too long: {0}',
301                                 ', '.join([str(i) for i in over]))
302
303
304     def check_trailing_whitespace(self):
305         """Check for whitespace at the ends of lines."""
306
307         if self.args.trailing_whitespace:
308             trailing = [i for (i, l, n) in self.lines if P_TRAILING_WHITESPACE.match(l)]
309             self.reporter.check(not trailing,
310                                 self.filename,
311                                 'Line(s) end with whitespace: {0}',
312                                 ', '.join([str(i) for i in trailing]))
313
314
315     def check_blockquote_classes(self):
316         """Check that all blockquotes have known classes."""
317
318         for node in self.find_all(self.doc, {'type' : 'blockquote'}):
319             cls = self.get_val(node, 'attr', 'class')
320             self.reporter.check(cls in KNOWN_BLOCKQUOTES,
321                                 (self.filename, self.get_loc(node)),
322                                 'Unknown or missing blockquote type {0}',
323                                 cls)
324
325
326     def check_codeblock_classes(self):
327         """Check that all code blocks have known classes."""
328
329         for node in self.find_all(self.doc, {'type' : 'codeblock'}):
330             cls = self.get_val(node, 'attr', 'class')
331             self.reporter.check(cls in KNOWN_CODEBLOCKS,
332                                 (self.filename, self.get_loc(node)),
333                                 'Unknown or missing code block type {0}',
334                                 cls)
335
336
337     def find_all(self, node, pattern, accum=None):
338         """Find all matches for a pattern."""
339
340         assert type(pattern) == dict, 'Patterns must be dictionaries'
341         if accum is None:
342             accum = []
343         if self.match(node, pattern):
344             accum.append(node)
345         for child in node.get('children', []):
346             self.find_all(child, pattern, accum)
347         return accum
348
349
350     def match(self, node, pattern):
351         """Does this node match the given pattern?"""
352
353         for key in pattern:
354             if key not in node:
355                 return False
356             val = pattern[key]
357             if type(val) == str:
358                 if node[key] != val:
359                     return False
360             elif type(val) == dict:
361                 if not self.match(node[key], val):
362                     return False
363         return True
364
365
366     def get_val(self, node, *chain):
367         """Get value one or more levels down."""
368
369         curr = node
370         for selector in chain:
371             curr = curr.get(selector, None)
372             if curr is None:
373                 break
374         return curr
375
376
377     def get_loc(self, node):
378         """Convenience method to get node's line number."""
379
380         result = self.get_val(node, 'options', 'location')
381         if self.metadata_len is not None:
382             result += self.metadata_len
383         return result
384
385
386 class CheckNonJekyll(CheckBase):
387     """Check a file that isn't translated by Jekyll."""
388
389     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
390         super(CheckNonJekyll, self).__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
391
392
393     def check_metadata(self):
394         self.reporter.check(self.metadata is None,
395                             self.filename,
396                             'Unexpected metadata')
397
398
399 class CheckIndex(CheckBase):
400     """Check the main index page."""
401
402     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
403         super(CheckIndex, self).__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
404         self.layout = 'lesson'
405
406
407 class CheckEpisode(CheckBase):
408     """Check an episode page."""
409
410     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
411         super(CheckEpisode, self).__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
412
413     def check_metadata(self):
414         super(CheckEpisode, self).check_metadata()
415         if self.metadata:
416             if 'layout' in self.metadata:
417                 if self.metadata['layout'] == 'break':
418                     self.check_metadata_fields(BREAK_METADATA_FIELDS)
419                 else:
420                     self.reporter.add(self.filename,
421                                       'Unknown episode layout "{0}"',
422                                       self.metadata['layout'])
423             else:
424                 self.check_metadata_fields(TEACHING_METADATA_FIELDS)
425
426
427     def check_metadata_fields(self, expected):
428         for (name, type_) in expected:
429             if name not in self.metadata:
430                 self.reporter.add(self.filename,
431                                   'Missing metadata field {0}',
432                                   name)
433             elif type(self.metadata[name]) != type_:
434                 self.reporter.add(self.filename,
435                                   '"{0}" has wrong type in metadata ({1} instead of {2})',
436                                   name, type(self.metadata[name]), type_)
437
438
439 class CheckReference(CheckBase):
440     """Check the reference page."""
441
442     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
443         super(CheckReference, self).__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
444         self.layout = 'reference'
445
446
447 class CheckGeneric(CheckBase):
448     """Check a generic page."""
449
450     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
451         super(CheckGeneric, self).__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
452         self.layout = 'page'
453
454
455 CHECKERS = [
456     (re.compile(r'CONTRIBUTING\.md'), CheckNonJekyll),
457     (re.compile(r'README\.md'), CheckNonJekyll),
458     (re.compile(r'index\.md'), CheckIndex),
459     (re.compile(r'reference\.md'), CheckReference),
460     (re.compile(r'_episodes/.*\.md'), CheckEpisode),
461     (re.compile(r'.*\.md'), CheckGeneric)
462 ]
463
464
465 if __name__ == '__main__':
466     main()