Checking for non-Markdown files.
[rnaseq-cwl-training.git] / bin / lesson_check.py
1 #!/usr/bin/env python
2
3 """
4 Check lesson files and their contents.
5 """
6
7 import sys
8 import os
9 import glob
10 import json
11 import yaml
12 import re
13 from optparse import OptionParser
14
15 from util import Reporter, read_markdown
16
17 __version__ = '0.2'
18
19 # Where to look for source Markdown files.
20 SOURCE_DIRS = ['', '_episodes', '_extras']
21
22 # Required files: each entry is ('path': YAML_required).
23 # FIXME: We do not yet validate whether any files have the required
24 #   YAML headers, but should in the future.
25 # The '%' is replaced with the source directory path for checking.
26 # Episodes are handled specially, and extra files in '_extras' are also handled specially.
27 # This list must include all the Markdown files listed in the 'bin/initialize' script.
28 REQUIRED_FILES = {
29     '%/CONDUCT.md': True,
30     '%/CONTRIBUTING.md': False,
31     '%/LICENSE.md': True,
32     '%/README.md': False,
33     '%/_extras/discuss.md': True,
34     '%/_extras/figures.md': True,
35     '%/_extras/guide.md': True,
36     '%/index.md': True,
37     '%/reference.md': True,
38     '%/setup.md': True,
39 }
40
41 # Required non-Markdown files.
42 NON_MARKDOWN_FILES = {
43     "AUTHORS",
44     "CITATION"
45 }
46
47 # Episode filename pattern.
48 P_EPISODE_FILENAME = re.compile(r'/_episodes/(\d\d)-[-\w]+.md$')
49
50 # What kinds of blockquotes are allowed?
51 KNOWN_BLOCKQUOTES = {
52     'callout',
53     'challenge',
54     'checklist',
55     'discussion',
56     'keypoints',
57     'objectives',
58     'prereq',
59     'quotation',
60     'solution',
61     'testimonial'
62 }
63
64 # What kinds of code fragments are allowed?
65 KNOWN_CODEBLOCKS = {
66     'error',
67     'output',
68     'source',
69     'bash',
70     'make',
71     'python',
72     'r',
73     'sql'
74 }
75
76 # What fields are required in teaching episode metadata?
77 TEACHING_METADATA_FIELDS = {
78     ('title', str),
79     ('teaching', int),
80     ('exercises', int),
81     ('questions', list),
82     ('objectives', list),
83     ('keypoints', list)
84 }
85
86 # What fields are required in break episode metadata?
87 BREAK_METADATA_FIELDS = {
88     ('layout', str),
89     ('title', str),
90     ('break', int)
91 }
92
93 # How long are lines allowed to be?
94 MAX_LINE_LEN = 100
95
96 def main():
97     """Main driver."""
98
99     args = parse_args()
100     args.reporter = Reporter(args)
101     check_config(args)
102     check_non_markdown_files(args.source_dir, args.reporter)
103     docs = read_all_markdown(args, args.source_dir)
104     check_fileset(args.source_dir, args.reporter, docs.keys())
105     for filename in docs.keys():
106         checker = create_checker(args, filename, docs[filename])
107         checker.check()
108     args.reporter.report()
109
110
111 def parse_args():
112     """Parse command-line arguments."""
113
114     parser = OptionParser()
115     parser.add_option('-l', '--linelen',
116                       default=False,
117                       dest='line_len',
118                       help='Check line lengths')
119     parser.add_option('-p', '--parser',
120                       default=None,
121                       dest='parser',
122                       help='path to Markdown parser')
123     parser.add_option('-s', '--source',
124                       default=os.curdir,
125                       dest='source_dir',
126                       help='source directory')
127
128     args, extras = parser.parse_args()
129     require(args.parser is not None,
130             'Path to Markdown parser not provided')
131     require(not extras,
132             'Unexpected trailing command-line arguments "{0}"'.format(extras))
133
134     return args
135
136
137 def check_config(args):
138     """Check configuration file."""
139
140     config_file = os.path.join(args.source_dir, '_config.yml')
141     with open(config_file, 'r') as reader:
142         config = yaml.load(reader)
143
144     args.reporter.check_field(config_file, 'configuration', config, 'kind', 'lesson')
145
146
147 def check_non_markdown_files(source_dir, reporter):
148     """Check presence of non-Markdown files."""
149
150     for filename in NON_MARKDOWN_FILES:
151         path = os.path.join(source_dir, filename)
152         reporter.check(os.path.exists(path),
153                        filename,
154                        "File not found")
155
156
157 def read_all_markdown(args, source_dir):
158     """Read source files, returning
159     {path : {'metadata':yaml, 'metadata_len':N, 'text':text, 'lines':[(i, line, len)], 'doc':doc}}
160     """
161
162     all_dirs = [os.path.join(source_dir, d) for d in SOURCE_DIRS]
163     all_patterns = [os.path.join(d, '*.md') for d in all_dirs]
164     result = {}
165     for pat in all_patterns:
166         for filename in glob.glob(pat):
167             data = read_markdown(args.parser, filename)
168             if data:
169                 result[filename] = data
170     return result
171
172
173 def check_fileset(source_dir, reporter, filenames_present):
174     """Are all required files present? Are extraneous files present?"""
175
176     # Check files with predictable names.
177     required = [p.replace('%', source_dir) for p in REQUIRED_FILES]
178     missing = set(required) - set(filenames_present)
179     for m in missing:
180         reporter.add(None, 'Missing required file {0}', m)
181
182     # Check episode files' names.
183     seen = []
184     for filename in filenames_present:
185         if '_episodes' not in filename:
186             continue
187         m = P_EPISODE_FILENAME.search(filename)
188         if m and m.group(1):
189             seen.append(m.group(1))
190         else:
191             reporter.add(None, 'Episode {0} has badly-formatted filename', filename)
192
193     # Check for duplicate episode numbers.
194     reporter.check(len(seen) == len(set(seen)),
195                    None,
196                    'Duplicate episode numbers {0} vs {1}',
197                    sorted(seen), sorted(set(seen)))
198
199     # Check that numbers are consecutive.
200     seen = [int(s) for s in seen]
201     seen.sort()
202     clean = True
203     for i in range(len(seen) - 1):
204         clean = clean and ((seen[i+1] - seen[i]) == 1)
205     reporter.check(clean,
206                    None,
207                    'Missing or non-consecutive episode numbers {0}',
208                    seen)
209
210
211 def create_checker(args, filename, info):
212     """Create appropriate checker for file."""
213
214     for (pat, cls) in CHECKERS:
215         if pat.search(filename):
216             return cls(args, filename, **info)
217
218
219 def require(condition, message):
220     """Fail if condition not met."""
221
222     if not condition:
223         print(message, file=sys.stderr)
224         sys.exit(1)
225
226
227 class CheckBase(object):
228     """Base class for checking Markdown files."""
229
230     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
231         """Cache arguments for checking."""
232
233         super(CheckBase, self).__init__()
234         self.args = args
235         self.reporter = self.args.reporter # for convenience
236         self.filename = filename
237         self.metadata = metadata
238         self.metadata_len = metadata_len
239         self.text = text
240         self.lines = lines
241         self.doc = doc
242         self.layout = None
243
244
245     def check(self):
246         """Run tests on metadata."""
247
248         self.check_metadata()
249         self.check_text()
250         self.check_blockquote_classes()
251         self.check_codeblock_classes()
252
253
254     def check_metadata(self):
255         """Check the YAML metadata."""
256
257         self.reporter.check(self.metadata is not None,
258                             self.filename,
259                             'Missing metadata entirely')
260
261         if self.metadata and (self.layout is not None):
262             self.reporter.check_field(self.filename, 'metadata', self.metadata, 'layout', self.layout)
263
264
265     def check_text(self):
266         """Check the raw text of the lesson body."""
267
268         if self.args.line_len:
269             over = [i for (i, l, n) in self.lines if (n > MAX_LINE_LEN) and (not l.startswith('!'))]
270             self.reporter.check(not over,
271                                 self.filename,
272                                 'Line(s) are too long: {0}',
273                                 ', '.join([str(i) for i in over]))
274
275
276     def check_blockquote_classes(self):
277         """Check that all blockquotes have known classes."""
278
279         for node in self.find_all(self.doc, {'type' : 'blockquote'}):
280             cls = self.get_val(node, 'attr', 'class')
281             self.reporter.check(cls in KNOWN_BLOCKQUOTES,
282                                 (self.filename, self.get_loc(node)),
283                                 'Unknown or missing blockquote type {0}',
284                                 cls)
285
286
287     def check_codeblock_classes(self):
288         """Check that all code blocks have known classes."""
289
290         for node in self.find_all(self.doc, {'type' : 'codeblock'}):
291             cls = self.get_val(node, 'attr', 'class')
292             self.reporter.check(cls in KNOWN_CODEBLOCKS,
293                                 (self.filename, self.get_loc(node)),
294                                 'Unknown or missing code block type {0}',
295                                 cls)
296
297
298     def find_all(self, node, pattern, accum=None):
299         """Find all matches for a pattern."""
300
301         assert type(pattern) == dict, 'Patterns must be dictionaries'
302         if accum is None:
303             accum = []
304         if self.match(node, pattern):
305             accum.append(node)
306         for child in node.get('children', []):
307             self.find_all(child, pattern, accum)
308         return accum
309
310
311     def match(self, node, pattern):
312         """Does this node match the given pattern?"""
313
314         for key in pattern:
315             if key not in node:
316                 return False
317             val = pattern[key]
318             if type(val) == str:
319                 if node[key] != val:
320                     return False
321             elif type(val) == dict:
322                 if not self.match(node[key], val):
323                     return False
324         return True
325
326
327     def get_val(self, node, *chain):
328         """Get value one or more levels down."""
329
330         curr = node
331         for selector in chain:
332             curr = curr.get(selector, None)
333             if curr is None:
334                 break
335         return curr
336
337
338     def get_loc(self, node):
339         """Convenience method to get node's line number."""
340
341         result = self.get_val(node, 'options', 'location')
342         if self.metadata_len is not None:
343             result += self.metadata_len
344         return result
345
346
347 class CheckNonJekyll(CheckBase):
348     """Check a file that isn't translated by Jekyll."""
349
350     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
351         super(CheckNonJekyll, self).__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
352
353
354     def check_metadata(self):
355         self.reporter.check(self.metadata is None,
356                             self.filename,
357                             'Unexpected metadata')
358
359
360 class CheckIndex(CheckBase):
361     """Check the main index page."""
362
363     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
364         super(CheckIndex, self).__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
365         self.layout = 'lesson'
366
367
368 class CheckEpisode(CheckBase):
369     """Check an episode page."""
370
371     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
372         super(CheckEpisode, self).__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
373
374
375     def check_metadata(self):
376         super(CheckEpisode, self).check_metadata()
377         if self.metadata:
378             if 'layout' in self.metadata:
379                 if self.metadata['layout'] == 'break':
380                     self.check_metadata_fields(BREAK_METADATA_FIELDS)
381                 else:
382                     self.reporter.add(self.filename,
383                                       'Unknown episode layout "{0}"',
384                                       self.metadata['layout'])
385             else:
386                 self.check_metadata_fields(TEACHING_METADATA_FIELDS)
387
388
389     def check_metadata_fields(self, expected):
390         for (name, type_) in expected:
391             if name not in self.metadata:
392                 self.reporter.add(self.filename,
393                                   'Missing metadata field {0}',
394                                   name)
395             elif type(self.metadata[name]) != type_:
396                 self.reporter.add(self.filename,
397                                   '"{0}" has wrong type in metadata ({1} instead of {2})',
398                                   name, type(self.metadata[name]), type_)
399
400
401 class CheckReference(CheckBase):
402     """Check the reference page."""
403
404     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
405         super(CheckReference, self).__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
406         self.layout = 'reference'
407
408
409 class CheckGeneric(CheckBase):
410     """Check a generic page."""
411
412     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
413         super(CheckGeneric, self).__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
414         self.layout = 'page'
415
416
417 CHECKERS = [
418     (re.compile(r'CONTRIBUTING\.md'), CheckNonJekyll),
419     (re.compile(r'README\.md'), CheckNonJekyll),
420     (re.compile(r'index\.md'), CheckIndex),
421     (re.compile(r'reference\.md'), CheckReference),
422     (re.compile(r'_episodes/.*\.md'), CheckEpisode),
423     (re.compile(r'.*\.md'), CheckGeneric)
424 ]
425
426
427 if __name__ == '__main__':
428     main()