Checking metadata fields more carefully
[rnaseq-cwl-training.git] / bin / lesson_check.py
1 #!/usr/bin/env python
2
3 """
4 Check lesson files and their contents.
5 """
6
7 import sys
8 import os
9 import glob
10 import json
11 import yaml
12 import re
13 from optparse import OptionParser
14
15 from util import Reporter, read_markdown
16
17 __version__ = '0.2'
18
19 # Where to look for source Markdown files.
20 SOURCE_DIRS = ['', '_episodes', '_extras']
21
22 # Required files: each entry is ('path': YAML_required).
23 # FIXME: We do not yet validate whether any files have the required
24 #   YAML headers, but should in the future.
25 # The '%' is replaced with the source directory path for checking.
26 # Episodes are handled specially, and extra files in '_extras' are also handled specially.
27 # This list must include all the Markdown files listed in the 'bin/initialize' script.
28 REQUIRED_FILES = {
29     '%/CONDUCT.md': True,
30     '%/CONTRIBUTING.md': False,
31     '%/LICENSE.md': True,
32     '%/README.md': False,
33     '%/_extras/discuss.md': True,
34     '%/_extras/figures.md': True,
35     '%/_extras/guide.md': True,
36     '%/index.md': True,
37     '%/reference.md': True,
38     '%/setup.md': True,
39 }
40
41 # Episode filename pattern.
42 P_EPISODE_FILENAME = re.compile(r'/_episodes/(\d\d)-[-\w]+.md$')
43
44 # What kinds of blockquotes are allowed?
45 KNOWN_BLOCKQUOTES = {
46     'callout',
47     'challenge',
48     'checklist',
49     'discussion',
50     'keypoints',
51     'objectives',
52     'prereq',
53     'quotation',
54     'solution',
55     'testimonial'
56 }
57
58 # What kinds of code fragments are allowed?
59 KNOWN_CODEBLOCKS = {
60     'error',
61     'output',
62     'source',
63     'bash',
64     'make',
65     'python',
66     'r',
67     'sql'
68 }
69
70 # What fields are required in teaching episode metadata?
71 TEACHING_METADATA_FIELDS = {
72     ('title', str),
73     ('teaching', int),
74     ('exercises', int),
75     ('questions', list),
76     ('objectives', list),
77     ('keypoints', list)
78 }
79
80 # What fields are required in break episode metadata?
81 BREAK_METADATA_FIELDS = {
82     ('layout', str),
83     ('title', str),
84     ('break', int)
85 }
86
87 # How long are lines allowed to be?
88 MAX_LINE_LEN = 100
89
90 def main():
91     """Main driver."""
92
93     args = parse_args()
94     args.reporter = Reporter(args)
95     check_config(args)
96     docs = read_all_markdown(args, args.source_dir)
97     check_fileset(args.source_dir, args.reporter, docs.keys())
98     for filename in docs.keys():
99         checker = create_checker(args, filename, docs[filename])
100         checker.check()
101     args.reporter.report()
102
103
104 def parse_args():
105     """Parse command-line arguments."""
106
107     parser = OptionParser()
108     parser.add_option('-l', '--linelen',
109                       default=False,
110                       dest='line_len',
111                       help='Check line lengths')
112     parser.add_option('-p', '--parser',
113                       default=None,
114                       dest='parser',
115                       help='path to Markdown parser')
116     parser.add_option('-s', '--source',
117                       default=os.curdir,
118                       dest='source_dir',
119                       help='source directory')
120
121     args, extras = parser.parse_args()
122     require(args.parser is not None,
123             'Path to Markdown parser not provided')
124     require(not extras,
125             'Unexpected trailing command-line arguments "{0}"'.format(extras))
126
127     return args
128
129
130 def check_config(args):
131     """Check configuration file."""
132
133     config_file = os.path.join(args.source_dir, '_config.yml')
134     with open(config_file, 'r') as reader:
135         config = yaml.load(reader)
136
137     args.reporter.check_field(config_file, 'configuration', config, 'kind', 'lesson')
138
139
140 def read_all_markdown(args, source_dir):
141     """Read source files, returning
142     {path : {'metadata':yaml, 'metadata_len':N, 'text':text, 'lines':[(i, line, len)], 'doc':doc}}
143     """
144
145     all_dirs = [os.path.join(source_dir, d) for d in SOURCE_DIRS]
146     all_patterns = [os.path.join(d, '*.md') for d in all_dirs]
147     result = {}
148     for pat in all_patterns:
149         for filename in glob.glob(pat):
150             data = read_markdown(args.parser, filename)
151             if data:
152                 result[filename] = data
153     return result
154
155
156 def check_fileset(source_dir, reporter, filenames_present):
157     """Are all required files present? Are extraneous files present?"""
158
159     # Check files with predictable names.
160     required = [p.replace('%', source_dir) for p in REQUIRED_FILES]
161     missing = set(required) - set(filenames_present)
162     for m in missing:
163         reporter.add(None, 'Missing required file {0}', m)
164
165     # Check episode files' names.
166     seen = []
167     for filename in filenames_present:
168         if '_episodes' not in filename:
169             continue
170         m = P_EPISODE_FILENAME.search(filename)
171         if m and m.group(1):
172             seen.append(m.group(1))
173         else:
174             reporter.add(None, 'Episode {0} has badly-formatted filename', filename)
175
176     # Check for duplicate episode numbers.
177     reporter.check(len(seen) == len(set(seen)),
178                         None,
179                         'Duplicate episode numbers {0} vs {1}',
180                         sorted(seen), sorted(set(seen)))
181
182     # Check that numbers are consecutive.
183     seen = [int(s) for s in seen]
184     seen.sort()
185     clean = True
186     for i in range(len(seen) - 1):
187         clean = clean and ((seen[i+1] - seen[i]) == 1)
188     reporter.check(clean,
189                    None,
190                    'Missing or non-consecutive episode numbers {0}',
191                    seen)
192
193
194 def create_checker(args, filename, info):
195     """Create appropriate checker for file."""
196
197     for (pat, cls) in CHECKERS:
198         if pat.search(filename):
199             return cls(args, filename, **info)
200
201
202 def require(condition, message):
203     """Fail if condition not met."""
204
205     if not condition:
206         print(message, file=sys.stderr)
207         sys.exit(1)
208
209
210 class CheckBase(object):
211     """Base class for checking Markdown files."""
212
213     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
214         """Cache arguments for checking."""
215
216         super(CheckBase, self).__init__()
217         self.args = args
218         self.reporter = self.args.reporter # for convenience
219         self.filename = filename
220         self.metadata = metadata
221         self.metadata_len = metadata_len
222         self.text = text
223         self.lines = lines
224         self.doc = doc
225
226         self.layout = None
227
228
229     def check(self):
230         """Run tests on metadata."""
231
232         self.check_metadata()
233         self.check_text()
234         self.check_blockquote_classes()
235         self.check_codeblock_classes()
236
237
238     def check_metadata(self):
239         """Check the YAML metadata."""
240
241         self.reporter.check(self.metadata is not None,
242                             self.filename,
243                             'Missing metadata entirely')
244
245         if self.metadata and (self.layout is not None):
246             self.reporter.check_field(self.filename, 'metadata', self.metadata, 'layout', self.layout)
247
248
249     def check_text(self):
250         """Check the raw text of the lesson body."""
251
252         if self.args.line_len:
253             over = [i for (i, l, n) in self.lines if (n > MAX_LINE_LEN) and (not l.startswith('!'))]
254             self.reporter.check(not over,
255                                 self.filename,
256                                 'Line(s) are too long: {0}',
257                                 ', '.join([str(i) for i in over]))
258
259
260     def check_blockquote_classes(self):
261         """Check that all blockquotes have known classes."""
262
263         for node in self.find_all(self.doc, {'type' : 'blockquote'}):
264             cls = self.get_val(node, 'attr', 'class')
265             self.reporter.check(cls in KNOWN_BLOCKQUOTES,
266                                 (self.filename, self.get_loc(node)),
267                                 'Unknown or missing blockquote type {0}',
268                                 cls)
269
270
271     def check_codeblock_classes(self):
272         """Check that all code blocks have known classes."""
273
274         for node in self.find_all(self.doc, {'type' : 'codeblock'}):
275             cls = self.get_val(node, 'attr', 'class')
276             self.reporter.check(cls in KNOWN_CODEBLOCKS,
277                                 (self.filename, self.get_loc(node)),
278                                 'Unknown or missing code block type {0}',
279                                 cls)
280
281
282     def find_all(self, node, pattern, accum=None):
283         """Find all matches for a pattern."""
284
285         assert type(pattern) == dict, 'Patterns must be dictionaries'
286         if accum is None:
287             accum = []
288         if self.match(node, pattern):
289             accum.append(node)
290         for child in node.get('children', []):
291             self.find_all(child, pattern, accum)
292         return accum
293
294
295     def match(self, node, pattern):
296         """Does this node match the given pattern?"""
297
298         for key in pattern:
299             if key not in node:
300                 return False
301             val = pattern[key]
302             if type(val) == str:
303                 if node[key] != val:
304                     return False
305             elif type(val) == dict:
306                 if not self.match(node[key], val):
307                     return False
308         return True
309
310
311     def get_val(self, node, *chain):
312         """Get value one or more levels down."""
313
314         curr = node
315         for selector in chain:
316             curr = curr.get(selector, None)
317             if curr is None:
318                 break
319         return curr
320
321
322     def get_loc(self, node):
323         """Convenience method to get node's line number."""
324
325         result = self.get_val(node, 'options', 'location')
326         if self.metadata_len is not None:
327             result += self.metadata_len
328         return result
329
330
331 class CheckNonJekyll(CheckBase):
332     """Check a file that isn't translated by Jekyll."""
333
334     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
335         super(CheckNonJekyll, self).__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
336
337
338     def check_metadata(self):
339         self.reporter.check(self.metadata is None,
340                             self.filename,
341                             'Unexpected metadata')
342
343
344 class CheckIndex(CheckBase):
345     """Check the main index page."""
346
347     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
348         super(CheckIndex, self).__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
349         self.layout = 'lesson'
350
351
352 class CheckEpisode(CheckBase):
353     """Check an episode page."""
354
355     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
356         super(CheckEpisode, self).__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
357
358     def check_metadata(self):
359         super(CheckEpisode, self).check_metadata()
360         if self.metadata:
361             if 'layout' in self.metadata:
362                 if self.metadata['layout'] == 'break':
363                     self.check_metadata_fields(BREAK_METADATA_FIELDS)
364                 else:
365                     self.reporter.add(self.filename,
366                                       'Unknown episode layout "{0}"',
367                                       self.metadata['layout'])
368             else:
369                 self.check_metadata_fields(TEACHING_METADATA_FIELDS)
370
371
372     def check_metadata_fields(self, expected):
373         for (name, type_) in expected:
374             if name not in self.metadata:
375                 self.reporter.add(self.filename,
376                                   'Missing metadata field {0}',
377                                   name)
378             elif type(self.metadata[name]) != type_:
379                 self.reporter.add(self.filename,
380                                   '"{0}" has wrong type in metadata ({1} instead of {2})',
381                                   name, type(self.metadata[name]), type_)
382
383
384 class CheckReference(CheckBase):
385     """Check the reference page."""
386
387     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
388         super(CheckReference, self).__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
389         self.layout = 'reference'
390
391
392 class CheckGeneric(CheckBase):
393     """Check a generic page."""
394
395     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
396         super(CheckGeneric, self).__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
397         self.layout = 'page'
398
399
400 CHECKERS = [
401     (re.compile(r'CONTRIBUTING\.md'), CheckNonJekyll),
402     (re.compile(r'README\.md'), CheckNonJekyll),
403     (re.compile(r'index\.md'), CheckIndex),
404     (re.compile(r'reference\.md'), CheckReference),
405     (re.compile(r'_episodes/.*\.md'), CheckEpisode),
406     (re.compile(r'.*\.md'), CheckGeneric)
407 ]
408
409
410 if __name__ == '__main__':
411     main()