Merge pull request #73 from fmichonneau/knitr_fig_path
[rnaseq-cwl-training.git] / bin / lesson_check.py
1 #!/usr/bin/env python
2
3 """
4 Check lesson files and their contents.
5 """
6
7 import sys
8 import os
9 import glob
10 import json
11 import re
12 from optparse import OptionParser
13
14 from util import Reporter, read_markdown, load_yaml
15
16 __version__ = '0.2'
17
18 # Where to look for source Markdown files.
19 SOURCE_DIRS = ['', '_episodes', '_extras']
20
21 # Required files: each entry is ('path': YAML_required).
22 # FIXME: We do not yet validate whether any files have the required
23 #   YAML headers, but should in the future.
24 # The '%' is replaced with the source directory path for checking.
25 # Episodes are handled specially, and extra files in '_extras' are also handled specially.
26 # This list must include all the Markdown files listed in the 'bin/initialize' script.
27 REQUIRED_FILES = {
28     '%/CONDUCT.md': True,
29     '%/CONTRIBUTING.md': False,
30     '%/LICENSE.md': True,
31     '%/README.md': False,
32     '%/_extras/discuss.md': True,
33     '%/_extras/figures.md': True,
34     '%/_extras/guide.md': True,
35     '%/index.md': True,
36     '%/reference.md': True,
37     '%/setup.md': True,
38 }
39
40 # Episode filename pattern.
41 P_EPISODE_FILENAME = re.compile(r'/_episodes/(\d\d)-[-\w]+.md$')
42
43 # Pattern to match lines ending with whitespace.
44 P_TRAILING_WHITESPACE = re.compile(r'\s+$')
45
46 # What kinds of blockquotes are allowed?
47 KNOWN_BLOCKQUOTES = {
48     'callout',
49     'challenge',
50     'checklist',
51     'discussion',
52     'keypoints',
53     'objectives',
54     'prereq',
55     'quotation',
56     'solution',
57     'testimonial'
58 }
59
60 # What kinds of code fragments are allowed?
61 KNOWN_CODEBLOCKS = {
62     'error',
63     'output',
64     'source',
65     'bash',
66     'make',
67     'python',
68     'r',
69     'sql'
70 }
71
72 # What fields are required in teaching episode metadata?
73 TEACHING_METADATA_FIELDS = {
74     ('title', str),
75     ('teaching', int),
76     ('exercises', int),
77     ('questions', list),
78     ('objectives', list),
79     ('keypoints', list)
80 }
81
82 # What fields are required in break episode metadata?
83 BREAK_METADATA_FIELDS = {
84     ('layout', str),
85     ('title', str),
86     ('break', int)
87 }
88
89 # How long are lines allowed to be?
90 MAX_LINE_LEN = 100
91
92 def main():
93     """Main driver."""
94
95     args = parse_args()
96     args.reporter = Reporter()
97     check_config(args.reporter, args.source_dir)
98     docs = read_all_markdown(args.source_dir, args.parser)
99     check_fileset(args.source_dir, args.reporter, docs.keys())
100     for filename in docs.keys():
101         checker = create_checker(args, filename, docs[filename])
102         checker.check()
103     args.reporter.report()
104
105
106 def parse_args():
107     """Parse command-line arguments."""
108
109     parser = OptionParser()
110     parser.add_option('-l', '--linelen',
111                       default=False,
112                       action="store_true",
113                       dest='line_lengths',
114                       help='Check line lengths')
115     parser.add_option('-p', '--parser',
116                       default=None,
117                       dest='parser',
118                       help='path to Markdown parser')
119     parser.add_option('-s', '--source',
120                       default=os.curdir,
121                       dest='source_dir',
122                       help='source directory')
123     parser.add_option('-w', '--whitespace',
124                       default=False,
125                       action="store_true",
126                       dest='trailing_whitespace',
127                       help='Check for trailing whitespace')
128
129     args, extras = parser.parse_args()
130     require(args.parser is not None,
131             'Path to Markdown parser not provided')
132     require(not extras,
133             'Unexpected trailing command-line arguments "{0}"'.format(extras))
134
135     return args
136
137
138 def check_config(reporter, source_dir):
139     """Check configuration file."""
140
141     config_file = os.path.join(source_dir, '_config.yml')
142     config = load_yaml(config_file)
143     reporter.check_field(config_file, 'configuration', config, 'kind', 'lesson')
144
145
146 def read_all_markdown(source_dir, parser):
147     """Read source files, returning
148     {path : {'metadata':yaml, 'metadata_len':N, 'text':text, 'lines':[(i, line, len)], 'doc':doc}}
149     """
150
151     all_dirs = [os.path.join(source_dir, d) for d in SOURCE_DIRS]
152     all_patterns = [os.path.join(d, '*.md') for d in all_dirs]
153     result = {}
154     for pat in all_patterns:
155         for filename in glob.glob(pat):
156             data = read_markdown(parser, filename)
157             if data:
158                 result[filename] = data
159     return result
160
161
162 def check_fileset(source_dir, reporter, filenames_present):
163     """Are all required files present? Are extraneous files present?"""
164
165     # Check files with predictable names.
166     required = [p.replace('%', source_dir) for p in REQUIRED_FILES]
167     missing = set(required) - set(filenames_present)
168     for m in missing:
169         reporter.add(None, 'Missing required file {0}', m)
170
171     # Check episode files' names.
172     seen = []
173     for filename in filenames_present:
174         if '_episodes' not in filename:
175             continue
176         m = P_EPISODE_FILENAME.search(filename)
177         if m and m.group(1):
178             seen.append(m.group(1))
179         else:
180             reporter.add(None, 'Episode {0} has badly-formatted filename', filename)
181
182     # Check for duplicate episode numbers.
183     reporter.check(len(seen) == len(set(seen)),
184                         None,
185                         'Duplicate episode numbers {0} vs {1}',
186                         sorted(seen), sorted(set(seen)))
187
188     # Check that numbers are consecutive.
189     seen = [int(s) for s in seen]
190     seen.sort()
191     clean = True
192     for i in range(len(seen) - 1):
193         clean = clean and ((seen[i+1] - seen[i]) == 1)
194     reporter.check(clean,
195                    None,
196                    'Missing or non-consecutive episode numbers {0}',
197                    seen)
198
199
200 def create_checker(args, filename, info):
201     """Create appropriate checker for file."""
202
203     for (pat, cls) in CHECKERS:
204         if pat.search(filename):
205             return cls(args, filename, **info)
206
207
208 def require(condition, message):
209     """Fail if condition not met."""
210
211     if not condition:
212         print(message, file=sys.stderr)
213         sys.exit(1)
214
215
216 class CheckBase(object):
217     """Base class for checking Markdown files."""
218
219     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
220         """Cache arguments for checking."""
221
222         super(CheckBase, self).__init__()
223         self.args = args
224         self.reporter = self.args.reporter # for convenience
225         self.filename = filename
226         self.metadata = metadata
227         self.metadata_len = metadata_len
228         self.text = text
229         self.lines = lines
230         self.doc = doc
231
232         self.layout = None
233
234
235     def check(self):
236         """Run tests on metadata."""
237
238         self.check_metadata()
239         self.check_line_lengths()
240         self.check_trailing_whitespace()
241         self.check_blockquote_classes()
242         self.check_codeblock_classes()
243
244
245     def check_metadata(self):
246         """Check the YAML metadata."""
247
248         self.reporter.check(self.metadata is not None,
249                             self.filename,
250                             'Missing metadata entirely')
251
252         if self.metadata and (self.layout is not None):
253             self.reporter.check_field(self.filename, 'metadata', self.metadata, 'layout', self.layout)
254
255
256     def check_line_lengths(self):
257         """Check the raw text of the lesson body."""
258
259         if self.args.line_lengths:
260             over = [i for (i, l, n) in self.lines if (n > MAX_LINE_LEN) and (not l.startswith('!'))]
261             self.reporter.check(not over,
262                                 self.filename,
263                                 'Line(s) are too long: {0}',
264                                 ', '.join([str(i) for i in over]))
265
266
267     def check_trailing_whitespace(self):
268         """Check for whitespace at the ends of lines."""
269
270         if self.args.trailing_whitespace:
271             trailing = [i for (i, l, n) in self.lines if P_TRAILING_WHITESPACE.match(l)]
272             self.reporter.check(not trailing,
273                                 self.filename,
274                                 'Line(s) end with whitespace: {0}',
275                                 ', '.join([str(i) for i in trailing]))
276
277
278     def check_blockquote_classes(self):
279         """Check that all blockquotes have known classes."""
280
281         for node in self.find_all(self.doc, {'type' : 'blockquote'}):
282             cls = self.get_val(node, 'attr', 'class')
283             self.reporter.check(cls in KNOWN_BLOCKQUOTES,
284                                 (self.filename, self.get_loc(node)),
285                                 'Unknown or missing blockquote type {0}',
286                                 cls)
287
288
289     def check_codeblock_classes(self):
290         """Check that all code blocks have known classes."""
291
292         for node in self.find_all(self.doc, {'type' : 'codeblock'}):
293             cls = self.get_val(node, 'attr', 'class')
294             self.reporter.check(cls in KNOWN_CODEBLOCKS,
295                                 (self.filename, self.get_loc(node)),
296                                 'Unknown or missing code block type {0}',
297                                 cls)
298
299
300     def find_all(self, node, pattern, accum=None):
301         """Find all matches for a pattern."""
302
303         assert type(pattern) == dict, 'Patterns must be dictionaries'
304         if accum is None:
305             accum = []
306         if self.match(node, pattern):
307             accum.append(node)
308         for child in node.get('children', []):
309             self.find_all(child, pattern, accum)
310         return accum
311
312
313     def match(self, node, pattern):
314         """Does this node match the given pattern?"""
315
316         for key in pattern:
317             if key not in node:
318                 return False
319             val = pattern[key]
320             if type(val) == str:
321                 if node[key] != val:
322                     return False
323             elif type(val) == dict:
324                 if not self.match(node[key], val):
325                     return False
326         return True
327
328
329     def get_val(self, node, *chain):
330         """Get value one or more levels down."""
331
332         curr = node
333         for selector in chain:
334             curr = curr.get(selector, None)
335             if curr is None:
336                 break
337         return curr
338
339
340     def get_loc(self, node):
341         """Convenience method to get node's line number."""
342
343         result = self.get_val(node, 'options', 'location')
344         if self.metadata_len is not None:
345             result += self.metadata_len
346         return result
347
348
349 class CheckNonJekyll(CheckBase):
350     """Check a file that isn't translated by Jekyll."""
351
352     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
353         super(CheckNonJekyll, self).__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
354
355
356     def check_metadata(self):
357         self.reporter.check(self.metadata is None,
358                             self.filename,
359                             'Unexpected metadata')
360
361
362 class CheckIndex(CheckBase):
363     """Check the main index page."""
364
365     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
366         super(CheckIndex, self).__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
367         self.layout = 'lesson'
368
369
370 class CheckEpisode(CheckBase):
371     """Check an episode page."""
372
373     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
374         super(CheckEpisode, self).__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
375
376     def check_metadata(self):
377         super(CheckEpisode, self).check_metadata()
378         if self.metadata:
379             if 'layout' in self.metadata:
380                 if self.metadata['layout'] == 'break':
381                     self.check_metadata_fields(BREAK_METADATA_FIELDS)
382                 else:
383                     self.reporter.add(self.filename,
384                                       'Unknown episode layout "{0}"',
385                                       self.metadata['layout'])
386             else:
387                 self.check_metadata_fields(TEACHING_METADATA_FIELDS)
388
389
390     def check_metadata_fields(self, expected):
391         for (name, type_) in expected:
392             if name not in self.metadata:
393                 self.reporter.add(self.filename,
394                                   'Missing metadata field {0}',
395                                   name)
396             elif type(self.metadata[name]) != type_:
397                 self.reporter.add(self.filename,
398                                   '"{0}" has wrong type in metadata ({1} instead of {2})',
399                                   name, type(self.metadata[name]), type_)
400
401
402 class CheckReference(CheckBase):
403     """Check the reference page."""
404
405     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
406         super(CheckReference, self).__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
407         self.layout = 'reference'
408
409
410 class CheckGeneric(CheckBase):
411     """Check a generic page."""
412
413     def __init__(self, args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc):
414         super(CheckGeneric, self).__init__(args, filename, metadata, metadata_len, text, lines, doc)
415         self.layout = 'page'
416
417
418 CHECKERS = [
419     (re.compile(r'CONTRIBUTING\.md'), CheckNonJekyll),
420     (re.compile(r'README\.md'), CheckNonJekyll),
421     (re.compile(r'index\.md'), CheckIndex),
422     (re.compile(r'reference\.md'), CheckReference),
423     (re.compile(r'_episodes/.*\.md'), CheckEpisode),
424     (re.compile(r'.*\.md'), CheckGeneric)
425 ]
426
427
428 if __name__ == '__main__':
429     main()