cwl/gvcf2fasta/bcftools-consensus.cwl

   1 # Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 cwlVersion: v1.1
   6 class: CommandLineTool
   7 label: Convert VCF to FASTA with bcftools consensus
   8 hints:
   9   DockerRequirement:
  10     dockerPull: vcfutil
  11   ResourceRequirement:
  12     ramMin: 5000
  13 inputs:
  14   sampleid:
  15     type: string
  16     label: sample ID
  17   vcf:
  18     type: File
  19     label: Input VCF
  20     secondaryFiles: [.tbi]
  21   ref:
  22     type: File
  23     label: Reference FASTA
  24   mask:
  25     type: File
  26     label: Mask BED region where FASTA sequence is filled with 'N'
  27   bashscript:
  28     type: File
  29     label: Script to run bcftools consensus
  30     default:
  31       class: File
  32       location: src/bcftools-consensus.sh
  33 outputs:
  34   fas:
  35     type: File[]
  36     label: Output FASTAs
  37     outputBinding:
  38       glob: "*fa.gz"
  39 arguments:
  40   - $(inputs.bashscript)
  41   - $(inputs.sampleid)
  42   - $(inputs.vcf)
  43   - $(inputs.ref)
  44   - $(inputs.mask)