docker/snpeff/Dockerfile

   1 # Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 FROM ubuntu:18.04
   6 MAINTAINER Jiayong Li <jli@curii.com>
   7 USER root
   8
   9 # Install necessary dependencies
  10
  11 RUN apt-get update --fix-missing -qy
  12
  13 RUN apt-get install -qy wget \
  14         build-essential \
  15         cmake \
  16         zlib1g-dev \
  17         libbz2-dev \
  18         liblzma-dev \
  19         libncurses5-dev \
  20         libncursesw5-dev \
  21         gcc \
  22         make \
  23         python \
  24         python3 \
  25         git \
  26         default-jdk \
  27         unzip
  28
  29 # Getting HTSLIB 1.10.2 for tabix/bgzip
  30
  31 RUN wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.10.2/htslib-1.10.2.tar.bz2 && tar -xjvf htslib-1.10.2.tar.bz2 && \
  32     cd htslib-1.10.2 && ./configure && make && make install
  33
  34 WORKDIR /
  35
  36 # Installing samtools 1.10
  37
  38 RUN wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.10/samtools-1.10.tar.bz2 && tar -xjvf samtools-1.10.tar.bz2 && \
  39     cd samtools-1.10 && ./configure && make && make install
  40
  41 WORKDIR /
  42
  43 # Installing bcftools 1.10.2
  44
  45 RUN wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.10.2/bcftools-1.10.2.tar.bz2 && tar -xjvf bcftools-1.10.2.tar.bz2 && \
  46     cd bcftools-1.10.2 && ./configure && make && make install
  47
  48 WORKDIR /
  49
  50 # Getting snpEff4.3t
  51
  52 RUN wget http://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_v4_3t_core.zip && \
  53     unzip snpEff_v4_3t_core.zip
  54
  55 WORKDIR /