docker/snpeff/Dockerfile

   1 # Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 FROM python:3.11-buster
   6 USER root
   7
   8 # Install necessary dependencies
   9
  10 RUN apt-get update --fix-missing -qy
  11
  12 RUN apt-get install -qy wget \
  13         build-essential \
  14         cmake \
  15         zlib1g-dev \
  16         libbz2-dev \
  17         liblzma-dev \
  18         libncurses5-dev \
  19         libncursesw5-dev \
  20         gcc \
  21         make \
  22         python \
  23         python3 \
  24         git \
  25         default-jdk \
  26         unzip
  27
  28 # Getting HTSLIB 1.10.2 for tabix/bgzip
  29
  30 RUN wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.10.2/htslib-1.10.2.tar.bz2 && tar -xjvf htslib-1.10.2.tar.bz2 && \
  31     cd htslib-1.10.2 && ./configure && make && make install
  32
  33 WORKDIR /
  34
  35 # Installing samtools 1.10
  36
  37 RUN wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.10/samtools-1.10.tar.bz2 && tar -xjvf samtools-1.10.tar.bz2 && \
  38     cd samtools-1.10 && ./configure && make && make install
  39
  40 WORKDIR /
  41
  42 # Installing bcftools 1.10.2
  43
  44 RUN wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.10.2/bcftools-1.10.2.tar.bz2 && tar -xjvf bcftools-1.10.2.tar.bz2 && \
  45     cd bcftools-1.10.2 && ./configure && make && make install
  46
  47 WORKDIR /
  48
  49 # Getting snpEff4.3t
  50
  51 RUN wget http://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_v4_3t_core.zip && \
  52     unzip snpEff_v4_3t_core.zip
  53
  54 WORKDIR /