5160: Workbench hides anonymous sharing when browsing disabled.

This commit updates Workbench to filter out the anonymous group from
the group sharing modal when anonymous browsing is disabled.  That
helps avoid situations where users think their work is publicly
sharable, but that's been disabled by the administrator.

5160: Make anonymous group fixture match database seed.

Refer to /services/api/app/models/database_seeds.rb.

5160: Fix typo in Workbench default config comments.

5160: All users have API read permission to anonymous group.

Workbench makes public data available to everyone by including the
anonymous user API token as a reader token for every request.
However, model-level validations do not respect reader tokens.  As a
consequence, users cannot make their project public by sharing it with
the anonymous group.  They can't create the necessary link, because
the validation can't confirm that the creator can see the anonymous
group.

There are a few ways we could've tackled this, but granting all users
permission to see the anonymous group seems like the most reliable,
since it works within our existing permissions infrastructure as much
as possible.

Relax version limit of python-daemon dependencies.

We imposed this limit in 9c2e673ba96ba5d11e56a4aba67157e64dfe01e2.
The issues seem to be ironed out as of version 2.0.4.  See:

* <http://lists.alioth.debian.org/pipermail/python-daemon-devel/2015-January/000114.html>
* <https://bitbucket.org/pypa/setuptools/issue/338/__future__-imports-are-not-effective-in>

No issue #.

Merge branch '5141-workbench-numeric-inputs-wip'

Closes #5141, #5143.

5141: Workbench permits float values for number pipeline inputs.

Previously, when a pipeline input had the number dataclass, we
rendered the input form with type=number.  However, the Arvados number
dataclass is meant to allow all numeric types.  The HTML 5 number
input type only permits integers.

Unfortunately, X-Editable does not have any built-in validation for a
broader range of numeric types.  This commit simply removes any
validation.

Avoid optional disk cache usage if it is owned by a different user. refs #2659.

5135: Workbench consistently orders modal buttons.

Primary buttons should be first from the right, following Bootstrap
conventions and Tom's edict.  Closes #5135.

Merge branch '4472-save-partial-output' closes #4472

Merge branch '2659-anonymous-share-projects' refs #2659

2659: Use a partial instead of a switch block for the not-so-generic "create object" button. Don't show one at /jobs or /collections.

2659: Use assert_operator to help debug unreliable test.

2659: Split skip_around_filter back into two separate cases. 063c546 was misguided here.

5131: Document run-command's escape sequences.

Refs #5131.

2659: Do not turn on anonymous config by default in test mode; instead make the tests set it as needed.
Also convert some of the simple integration tests into controller tests.

2659: add publicly accessible pipeline instance and template to the list of objects to be expected in the project.

Merge branch '2659-anonymous-share-projects' of git.curoverse.com:arvados into 2659-anonymous-share-projects

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados into 2659-anonymous-share-projects

2659: Fix up chicken-and-egg conditions in seed setup.

2659: Fix infinite recursion while creating system_user.

Merge branch '2659-anonymous-share-projects' of git.curoverse.com:arvados into 2659-anonymous-share-projects

2659: tests do not "assume" that anonymous configuration is enabled.

2659: Token fail during download is 404 when anon token is enabled, 302 otherwise.

2659: Fix anonymous token test.

2659: add test cases where anonymous config is turned off for collections, jobs, pipeline instances, templates, and projects controller show method.

2659: Add separate test for "run pipeline" notification when anonymous token is configured, skip it for now.

2659: Do not ask to skip_around_filter(only:...) and skip_around_filter(if:...) for the same filter, because that doesn't work.

2659: Check anon config at runtime instead of boot time in skip_before_filter. This makes it possible for test cases to toggle behavior by changing configuration on the fly.

Merge branch '5131-run-command-consume-backslashes-wip'

Closes #5131, #5132.

5131: run-command consumes escape backslashes.

run-command has long recognized backslashes to inhibit
substitution, but it was leaving those backslashes in the string,
which could lead to incorrect commands.  This commit makes sure
they're removed after they're parsed.

2659: Remove obsolete "don't create jobs in workbench" rule.

2659: Update test to match changed error message.

2659: Remove obsolete "don't create collections in workbench" rule.

2659: Back out unneeded condition. Fix up whitespace.

2659: Toggle features according to editable? and creatable? instead of current_user.is_active. Fix up whitespace.

2659: Fix indentation.

2659: Use Collection.creatable? to toggle selection actions.

2659: Reload seeds (system_user et al.) after cache is cleared. Be more careful about errors while creating seeds.

5087: API server uses a crunch-job with bugfix.

Refs #5087.

2659: Set group_class=role on anonymous group, change name to "Anonymous users".

2659: Fix crash in /users/current when not logged in.

2659: Fix up 404 page.

2659: Fix crashes when current_user is nil.

2659: Send anonymous token as a reader token with all requests.

2659: Finally understood the mystery behind the "anonymous tests are failing when run with all other tests".
There is a permission link fixture for anonymous group. I needed to create read permission link for anonymous user.
(Tom thinks) the groups permission cache may be getting out of sync somehow.

2659: Expect redirect to login page when show method is executed in jobs controller etc when no anonymous configuration is set.
Something is overriding the configured value from application.default.yml when the test is executed along with all other tests!

2659: fix test assertion

2659: enable anonymous user config in test environment.

2659: add a "you are not logged in" warning in 404 page.

Merge branch 'master' into 2659-anonymous-share-projects

2659: skip require_thread_api_token filter only when anonymous config enabled.

2659: Do not require login for project tab_counts method as well.
Remove anonymous login tests for /users and /groups pages since we are no longer doing session establishment for anonymous user login.
These are like any other un-shared pages and show login page to user.

2659: load @prov_svg outside of the 'if current_user' block so that an anonymous user can see the provenance graph when accessing publicly accessible collection.

2659: prevent nil exception when a content hash link is clicked by anonymous user

2659: anonymous token handling in api client updated

2659: no need for permit_anonymous_browsing_for_public_data filter; instead, directly use the anonymous token in arvados_api_client.

2659: is_anonymous helper method is not needed anymore.

2659: do not include "You are viewing public data" in topnav when anonymous user is accessing a shared project.

Documentation cleanup: CLI SDK:

- merge some information from the wiki.
- reorganize things a bit.

No issue #

2659: instead of setting up a session as anonymous user, just use anonymous token to serve publicly accessible resources.

2659: add some more text assertions; several of the same tests are failing quite consistently when run with the entire test suite.

2659: remove most of the user-based tests since they are covered in other test files to make the test cases  as minimal as possible.

2659: slightly improved test flows

2659: add completed job fixture in publicly accessible project and test assertions for re-run job button for it.

2659: (1) Update link_to_if_arvados_object method to display an object name as link for User type only when the user is active.
Otherwise, an anonymous user will always see 404 when such a link is clicked.
(2) In the unlikely event of an anonymous user traversing to /users or /groups pages, there will be an 'Add a new xxx' link,
which is undesirable (even though they do eventually fail when accessed). Hence, hide them for inactive users.
(3) Add test assertions for both the updates.

2659: It appears that a job's log file is stored in a user's Home project, instead of the project in which the job originated from.
Due to this, when an anonymous user accesses the job from the publicly accessible project, the Log tab is failing.
Hence, display job -> Log tab for active users only.

2659: show job cancel button only when user is_active.

2659: more asserts in dashboard testing

2659: trailing white space

Merge branch 'master' into 2659-anonymous-share-projects

2659: Collection show_files shows selection dropdown (which has only create new collection from selected files option) when user is active.
Also, dashboard displays the 'Run a pipeline' selector for active users. Upated anonymous user test to verify dashboard access.

5037: Fix tearDown error handling in PySDK Websockets test.

I accidentally broke this in 51f9e6cb.  That version would crash if
the test failed to assign self.ws.  Refactor to be more robust in that
case.  No issue #.

2659: hide job re-run button when user is inactive and add fixtures and tests for anonymous user to access tabs in publicly accessible project.

2659: show tab buttons, selection actions etc only when the current_user is_active to allow clean anonymous user experience.

2659: when an anonymous user is accessing public data, offer "Log in" button instead of "Log out" button.

2659: add text message "You are viewing public data" to top nav when anonymous user is accessing a public project. also add anonymous access tests.

2659: add permit_anonymous_browsing_for_public_data

Merge branch '5037-python-sdk-thread-safe' refs #5037

5037: Mention where this cache is, instead of describing what a cache is.

5037: Remove unnecessary cache=False from arv-copy.

5037: Fix race condition in PySDK Websockets test.

This might just be bad luck, but for some reason when testing Tom's
changes I ran into a situation where this test failed because it
started processing the Websocket event about the new human before it
assigned self.h, so the assertion failed.  Fix the race condition by
asserting against a thread-aware Queue.

5037: Add test for new PySDK API cache behavior.

Merge branch '4562-crunch-tools-docs-wip'

Closes #4562, #5015.

4562: Add Crunch tools overview to the documentation.

5037: Remove connection pool. Now, api(cache=False) refers only to the discovery document cache.

4472: Include output of failed tasks when generating job output manifest.

closes #3686
Merge branch '3686-sharing-repositories'

Merge branch 'master' into 3686-sharing-repositories

3686: correct one test assertion and refine some other assertions.

Fix preview pane disappearing on narrow displays. closes #4918

Merge branch '5074-ruby-sdk-discovery-cache-wip'

Closes #5074, #5091.

5074: CLI SDK uses Google API client extensions from Ruby SDK.

5074: Improve discovery document caching in Ruby SDK.

* Report a warning if there's an error reading or parsing a cached
  discovery document.
* Cache discovery documents to a tempfile and rename, to reduce the
  chances that we'll write corrupted caches due to I/O errors.
* Make this extension a separate module that can be loaded by users
  like the CLI SDK.
* Tighten exception handling throughout.

3686: add unit and controller tests for repository updates

3686: update the repository row to offer an exclusive Share link than make the repo name clickable.

3686: verify repositories testing uses hard coded repo info.

Merge branch 'master' into 3686-sharing-repositories

closes #4902
Merge branch '4902-use-fixture-to-rerun-pipelines'

Merge branch 'master' into 4902-use-fixture-to-rerun-pipelines