Merge branch '20318-disk-cache'

closes #20318

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20318: Fix arvados-login-sync and arvados-cli dependencies.

Previous requirement '~> 2.7.0.rc1' excluded the current prerelease
version '2.8.0.dev20231214204948' that the test suite deliberately
installs ahead of time, so bundler overrode that and selected the last
released published version 2.7.1 from rubygems, which is not
compatible with Ruby 3.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20318: Update stale comments to match current error handling.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21379-user-activity-remote-collection'

fixes #21379

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21285-installer-updates'. Closes #21285

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

21285: Fixes worker & nofile calculations on nginx config.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

Merge branch '21315-row-select'

closes #21315

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21317: increased checkbox hitbox size Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '21316-left-panel-collapse'

closes #21316

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21379: Follow rules for federated list queries.

* cannot execute federated list query unless count=="none"

* cannot execute federated list query with limit (1) < nUUIDs (1),
  offset (0) > 0, or order ([created_at]) parameter

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20318: Avoid error when cache file is deleted while being written.

The previous code had one goroutine writing the cache file, and
another goroutine(s) waiting for it to finish, then opening the file
for reading. If the cache file was deleted before being opened for
reading, ReadAt would return an error.

The new code shares the writer's filehandle with all of the goroutines
that are waiting for it to finish writing. This ensures ReadAt can
always read from the newly written file even if it is deleted
mid-write.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20318: Bypass disk cache in keep-rsync.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20318: Fix tests that expect Get to work on bare hashes.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20318: Fix ornery tests that hang/panic instead of failing.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20318: Fix settled condition.

Intention was to stop iterating when *all* of the keepstore servers
need 0 pulls, but the code as written stops on the N>1st iteration
when *any* of the keepstore servers need 0 pulls. This caused a false
negative when it took more than one iteration for keepstore to
complete the requested pulls.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20318: Clean up some gocheck usage: Equals, Nil -> IsNil

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20318: Route (*KeepClient)Get() through disk cache layer.

The updated implementation maintains the existing calling signature
but has some semantic differences:

The block size returned by Get is now -1 if the block size is not
indicated by the supplied locator. All locators generated by Arvados
include sizes, and Get() doesn't work on bare hashes because they have
no permission signature, so in practice this only comes up for test
cases and keepstore's pull worker.

The url returned by Get is now "" because
* in general it is not necessarily available in principle (data often
  comes from the cache instead of a backend server)
* in the cases where it is available in principle, it would be a lot
  of trouble to propagate it
* the only known reason to reveal the url is to provide detail about
  an error, in which case the error message should already include the
  relevant url.

In some cases where the upstream server responds 200 but an error is
detected early in the response content, Get() now returns the error
itself, where the old Get() implementation would have returned a
reader whose Read method returns an error.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20318: Fix DiskCacheSize not propagated by (*KeepClient)Clone().

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20318: Bypass disk cache in certain tests, keepstore, and keepproxy.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20318: Propagate Close error from http backend.

This isn't known to happen, but if it does, it should propagate.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20318: Fix BadChecksum error not propagated through cache layer.

Previously, ReadAt would not return an error as long as enough bytes
were read, because the error might mean the read was truncated after
the point needed for the current read. This had the unintended
consequence that even a BadChecksum error returned on the final read
would not be propagated.

The updated version propagates errors even if the requested bytes were
retrieved, so the only case where a bad checksum error can be
undetected is when the read does not reach the end of the block *and*
the block has not been fully retrieved yet.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20318: Remove redundant WriteTo case already handled by io.Copy.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21367: Use --dist-dir option of setup.py sdist

Way cleaner and clearer. Refs #21367.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '21367-arvados-jobs-update'

Closes #21367.
Refs #21230.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21367: Prefer COPY to ADD

This avoids ADD's auto-extract behavior and helps keep the image a
little cleaner.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21367: Explicitly install setuptools

Prepare for a PEP 517 world.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21367/21230: Set up dev-jobs with virtualenv

The functional goal here is to do all pip installs inside the Dockerfile
inside a virtualenv to avoid the global pip install issues.

Changes that fall out of that:

* Installing python3-venv is all we need to go back to the -slim Debian
  image.
* Stop installing other Python packages we'll just install inside the
  virtualenv anyway.
* Rather than having separate arguments and code blocks for every
  package we might want to install, just set up a dedicated build
  context for the Docker image with all the packages we want to install,
  and install them all unconditionally during the image build. This is
  much less code and hopefully easier to follow.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21367: Remove environment check

You only need for this for `arv-keepdocker` at the end of the process,
which can read from settings.conf just fine too. Even if it fails, the
developer will have the command handy to fix their environment and try
that again easily.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21367: Remove debug print

Doubly redundant since we're using `set -x` here anyway.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21285: Updates overview dashboard to include concurrent reqs queue names.

At the moment we have 2 queues: "api" & "tunnel", I think this change will
allow the dashboard to adapt to potential new queues (instead of hardcoding
queue names in the query)

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20318: Fix bad compare / short read behavior in DiskCache BlockRead.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21367: Use regular bullseye instead of bullseye-slim

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Add arvbox check for fs.inotify.max_user_watches, refs #21349

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21367: Add arvados virtualenv to $PATH

This is both more user-friendly (now a-c-r itself is in $PATH) and a
cleaner implementation than the previous version.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21367: Modernize apt key handling in arvados/jobs Dockerfile

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21367: Remove debug prints

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21367: Update arvados/jobs image to bullseye

Required for Python 3.7 deprecation.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21285: Adds MaxGatewayTunnels' value to nginx's request queue size.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

Merge branch '21258-flaky-adc-test'

fixes #21258

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21036-keep-balance-metrics'

fixes #21036

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21285: Adds max gw tunnels config to multi host installer.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

Merge branch '20846-package-build-fixes'

Closes #21273.
Refs #20846, #21230.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '21285-max-gw-tunnels'

refs #21285

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21315: fixed bug where a deselected item can still be shown in details panel Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21315: extended checkbox click area further Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21315: extended checkbox click area Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21315: rows now deselect properly, fixed some spelling errors Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

20318: Add comments about KeepClient/KeepGateway wiring.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21036: Test all balancerStats metrics.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846: Use Python build variables more consistently

Rather than have the virtualenv process use its own python command,
ensure PYTHON3_EXECUTABLE points to a specific minor version, and use it
throughout the entire build process.

The changes to the virtualenv manipulation with sed are meant to clean
things up with fewer commands and tighter regexps, but not make any
functional change beyond referring to a specific minor Python version.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

20846: Remove unused Python packaging constants

I believe these are remnants from when we packaged our modules for
system use, outside a virtualenv.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21273: Build rocky8 Python packages against python39

We can no longer support the Python 3.6 that ships with rocky8. Building
against the latest appstream release is the most straightforward way to
continue building packages for the distro.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21273: Remove support for unsupported distros

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

20318: Fix nil pointer usage.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20318: Update stale comment.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20318: Note no-op defers in comments.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21316: adjusted margins so collapse button doesnt hide on small(er) screens Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '21278-search-redirect' refs #21278

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '21290-sync-past-versions' refs #21290

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21316: Merge commit '1416f698b72de4b09350d9c2fb25c1405c3247bc' into 21316-left-panel-collapse

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '21128-toolbar-context-menu'

Merging branch copied from arvados-workbench2 repo

refs #21128

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21285: Document that only HPC dispatchers use tunnel slots.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21128: Merge commit 'adbbc9e3c7a36d39b30f403555ee5889e32adcc0' into 21128-toolbar-context-menu

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

20846: Update dpkg .so search to handle merged-/usr systems

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '21200-breadcrumbs-issues'

closes #21200

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21200: removed vestigial virtual machines refs Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21258: Ensure at least one boot failure.

With the previous approach, it was possible for all containers needing
a type4 instance to finish, and a different instance type to report a
quota error and cause the scheduler to shut down the now-unneeded
instance, all before the "guaranteed broken" node reached
TimeoutBooting. In such a case it would not be counted as a boot
failure.

To avoid this, the new approach induces boot failures on *all* type4
instances until 2x TimeoutBooting intervals have passed.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846: Python package build uses one specific Python version

This is meant to prevent all kinds of weird problems that can arise if
`python3` ever stops being the same version that we used to build the
package.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21036: Report remaining balancerStats as prometheus metrics.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846: Remove module versions print

`pip install` writes this information at the end of the process. Writing
it again ourselves is redundant verbosity.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21316: collapsed sidebar splitter no longer moves when opening details panel Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

20846/21230: Remove Python transitional metapackages from the package build

The build process for this is relatively expensive (we set up a
dedicated virtualenv for each one) and not PEP 668-compliant (it tries
to upgrade packages globally). We don't need these packages anymore for
the Arvados 3.0 release. Stop building all of them.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

20846/21230: Modernize virtualenv setup in package building

This change sets up the virtualenv earlier, then does all work inside
it, starting with installing build dependencies, to comply with PEP 668.

A couple optimizations that were easy to do as part of this work:

* We install modules in as few pip commands as possible, to reduce
  the overhead of determining what's currently installed, what's
  available from PyPI, etc.

* Removed a special case for CentOS 7 that we no longer need.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

20846: Migrate from pkg_resources to importlib in sdk/cwl

Now that we're deprecating Python 3.7, it's easy to rely on importlib
from the stdlib.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

20846: Ensure packages directories and indexes are world-readable

See comments for rationale.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21258: Fix log message.

Reverts an unintentional logging change in
1875af9bcf4a1afe435176e952e63341a9ae9c03 from

msg="creating new instance" InstanceType="type8" ...

to

msg="creating new instance" InstanceType="{type8 providertype8 8 8589934592 0 0 0 0.984 false {  0}}" ...

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21290: Use update_all to efficiently sync past version records

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Fix misspelled configuration in doc AllowTrashWhileReadOnly -> AllowTrashWhenReadOnly

no issue #

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21278: Remove the '/search.*' to '/search-results' redirect

It produces an infinite loop and I don't think the /search endpoint is
really compatible with the /search-results endpoint anyway, and it's
less likely for people to have old hyperlinks to search results than
to projects or collections.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Fix version displayed in workbench2.

refs #18874

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21059-signup-email' refs #21059

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21059: Fix "Arvado" typo.  Use URI::join.

Also delete some commented-out debug code.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '21206-ws-requesting-container-uuid'

closes #21206

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21276-test-race'

fixes #21276

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21285: Propagate HTTP status code in tunnel setup error.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21206: Add test for property fields returned in log events.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21276: Fix unreliable test.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846/20690: Remove Workbench1 build in debian12/ubuntu2204

This applies the change from c7cf228372bee18d84b14fc4089a758bc157fe76 to
the debian12 and ubuntu2204 package build Dockerfiles.

Refs #20690, #20846. These branches were in development in parallel, so
the changes from the former weren't applied to the latter.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

20846/21089: Update BRANCH support in debian12/ubuntu2204

This applies the change from 73cc3ce5feb6d22c40742c499db9c799aa5ff874 to
the debian12 and ubuntu2204 package build Dockerfiles.

Refs #21089, #20846. These branches were in development in parallel, so
the changes from the former weren't applied to the latter.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

20846/18874: Update NodeJS/Yarn in debian12/ubuntu2204

This applies the change from c4d4088d3e7f3e3f896ed0bb482560ab702d5465 to
the debian12 and ubuntu2204 package build Dockerfiles. It uses a
slightly different yarn install recipe to avoid the "double ln" and
associated layer, but the end result is the same.

Refs #18874, #20846. These branches were in development in parallel, so
the changes from the former weren't applied to the latter.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

20318: Add install/upgrade notes about /var/cache.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Copyedit scoped token creation example

* Mark up user input
* Use zzzzz cluster id

No issue #.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Use full paths for API documentation links

Most of the cross-reference links in our documentation point to a
specific page. These links are unusual in that they point to a
directory. Lately the linkchecker has been intermittently complaining
about them:

  URL        `file:///tmp/workspace/developer-run-tests-doc-and-sdk-R/doc/.site/api'
  Name       `API documentation'
  Parent URL file:///tmp/workspace/developer-run-tests-doc-and-sdk-R/doc/.site/admin/scoped-tokens.html, line 306, col 576
  Real URL   file:///tmp/workspace/developer-run-tests-doc-and-sdk-R/doc/.site/api/
  Warning    [file-missing-slash] Added trailing slash to
             directory.
  Result     Valid: directory

This causes a test failure. Spell out the rest of the link to prevent
that. No issue #.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

20318: Sync cache state after 1% churn instead of 5 minute timer.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21285: Send all SSH and tunnel endpoints to tunnel queue.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21316: centered collapse icon Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21285: Update HPC dispatcher install docs, add upgrade note.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21285: Use separate request limit/queue for gateway tunnel requests.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21200: cleanup Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21200: set proper breadcrumbs when nav from all users Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>