tweak factory_jobs display

move vcf pipeline stats code to a helper, generate stats when pipeline finishes, cache in #properties

add first,last,[] methods

show raw components json on pipeline_invocations#show

add PipelineInvocation#properties

set exome regions

Rearrange pipeline_invocation handling
* move whpipeline bits into a separate cron job (just 1 proc per site)
* use native code instead of whpipeline to set pipeline job parameters
* add "reset pipeline" buttons to /factory_jobs table

let pipeline_invocation#active be a regular attribute

accept json-encoded pipeline[components] param

do not delete uuid if provided in new object (notably collection)

allow re-saving an existing collection without complaint

fix broken orvos_model#initialize

be more selective about invoking array-of-strings display on generic object#show page

emphasize local part of uuid

render pipeline_invocation components as job/progress table

check serialized attribute types during create/update

set modified_by_user=nil instead of breaking if no user is logged in

do not require user login for node#ping

do not hyperlink collections that do not have corresponding objects to look up

use Enumerable and to_ary for implicit conversion to array instead of forcing caller to use where()

use generic orvos link helper in collections#index

sort lists on modified_at by default

use old owner, not new owner, when checking permission to change attributes

add links to generic specimen and project #show

link to pipeline invocations from factory_jobs page

fix double render

fix misleading label

make resource_class_for_uuid more convenient and robust

add generic #show page for orvos objects and use it for Log and User

show log#event_type

update server-assigned attributes after saving objects

add logs#show

use JSON.dump so timestamps load back as Time, and Oj.load for fast loading

add orvos_resource_list#to_hash

fix storage=cache pill coloron Source data tab

add Files pane on Collections#show

split jobs into provenance chart and job list

abandon "bold megabytes" feature

use real instead of test data size

default to data page instead of factory_jobs

obey eager() and limit() in all()

limit 100 instead of 1000

human readable data size

make bootstrap tabs really work

fix commit-id -> redmine link

include data_size and files list in Collection api response

add Collections#show page

Support

  where={"any":["contains","hu34"]}

style parameter. For now, 'any' just means a field called 'name'

When no limit is supplied, limit number of index results to 100.

limit data page to 1-3000 collections

support limit parameter in #index

add Job#dependencies

Back out upgrade to MultiJson for now until we upgrade to rails 3.2. See
comment in Gemfile.

Switch to MultiJson which uses Oj under the hood (since it is available).

Switch to MultiJson which uses Oj under the hood (since it is available).

Switch to Oj for faster JSON handling.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:orvos-server

Switch to Oj for JSON parsing.

add some nil checks

Be careful with the shovel (<<) operator. It modifies the object on the
left hand side. And if that object is just a copy (i.e. reference to) of
another object, bad things like on-the-fly modification of the
orvos_login_base configuration value occur...

This fixes the multiplication of return_to parameters on every call to
the login url.

Do not show a 'Log out' link when the user is not logged in.

fix "home" link

Fix test for :orvos_api_token in Thread.current, and log errors if it is
not there.

Throw an error when the uuid used for find() is invalid.

add permission logging

Do not assume uuid_or_hash is a string when using it in string
concatenation.

Remove some unneeded stuff from the ant deploy file.

add jobs and jobsteps

add Job#priority

fix setting modified_* and default owner when creating objects

add Job and JobStep resources

add deploy files for ant install

support user and API client using different URIs for same API endpoint

allow current_user => nil for pages that do not require login

Add deploy scripts for the Orvos instance on Ant.

move logout link to right

add table/graph nav pills

add tabular /collections

add Log out button, hide admin-only nav links if not admin

fix login bug

support return_to after logout

add bootstrap

spice up collections graph a little

add User resource, restrict generic resource pages to admin users

add /users/current method

move development.rb to development.rb.example

fix permissions to accommodate nodes#ping and user_sessions#create exemptions

add /orvos/v1/users

create content-addressed collections with uuid=locator

tighten up automatic uuid assignment

do find_object_by_uuid after setting up api token

fix unsupported where() style in find_object_by_uuid

basic d3 graph at /collections

improve error handling and reporting

fix (Time.now - nil) exception

bit more robust in error display

add PipelineInvocation#active, and try to set success=false when needed

fix default Link#properties

add Specimen#properties

tweak eager loading