3114: Merge branch 'master' into 3114-copy-to-project

3114: Fix href in json response for generic #create action too. See 7485476.

Merge branch '2800-pgs' refs #2800

2800: Sort import statements.

Merge branch '3604-theme-and-new-user-process' closes #3604

2800: Restore deleted comment which is still relevant.

2800: Remove unnecessary sha1. Just use the tuple as an array key.

3604: Remove useless slice.

3604: Remove useless loop.

Do not try to predict uuid of new collection. refs #3261 refs #3504

Do not throw away permission hints when writing data. refs #3261

3604: Update comment to reflect lack of built-in default.

3604: Remove unused style.

Display progress by default when writing to regular files and stderr isatty. No issue #

Merge branch '3441-python-keep-log-level' refs #3441

3604: Fix user deactivation test.

3604: Fix tests, and restore ability to view user agreement before completing profile.

3604: Fix up profile and redirect handling.

3604: Fix user_agreements behavior, update tests to expect redirects.

3604: Add test for redirect to welcome page

3604: Verify permission cache behavior in unsetup test

3604: Remove test for persistent/cache switch on wrong page.

3604: Do not check for notifications if user is not even activated.

3604: Fix stale permission cache by using destroy instead of delete.

3604: Fix theme support for welcome page

3441: Change logging level of nonfatal Keep errors to "debug".

2800: Clean up exceptions, variable names, handling of discoveryServiceUrl vs host args.

2800: Merge branch 'master' into 2800-pgs

Merge branch '2800-python-global-state' into 2800-pgs

Conflicts:
sdk/python/arvados/api.py

docker: be a bit smarter in the make clean target, so that we also
accomodate diretories underneath the generated directory.

refs #3551

Merge branch '3593-workbench-exception-rendering'

Closes #3593, #3595.

3593: Another round of hardening Workbench's render_exception.

render_exception was counting on session[:user] to help render the
error page.  We recently excised that, which is turning exceptions
into 500s.  This commit restores the session user object, but uses it
only for error rendering, in keeping with the spirit of the previous
revert.  This commit also defends against more possible failure cases
in render_exception, and adds a basic test for it.

gitignore sdk/cli/vendor. refs #3551

Restore trailing newline in manifest format sanity check.

Amends 3cc80b447efcaf416ea4d6857d6d40583e462ff8
No issue #

Merge branch '3551-go-layout' closes #3551

3551: Merge branch 'master' into 3551-go-layout

Merge branch '3505-virtual-work-dir' refs #3505

Merge branch 'master' into 3505-virtual-work-dir

3505: tinker with logging

3505: Fix typo in run-command

3505: Move helper scripts into crunchutil module.  In run-command, added
task.stdin redirection, and renamed save.stdout to task.stdout for consistency.
Stylistic change "x == None" and "x != None" to "x is None" and "x is not
None".

3551: Revert "3551: When testing keep clients, write keepstore/keepproxy logs to"

This reverts commit 63871346153fea194b169eec38f6efae3061ebf6.

The default Popen behavior is to use stderr, and that's fine. This was
a mistaken attempt to reveal missing logs, the real solution for which
is 5fcff4c13ae17527ee1efd6fa01d08133212085b.

3551: Remove superfluous chmod(). Umask is 022 here.

3114: bug fix: when rendering JSON response to a generic #show action, correctly set an 'href' attribute in the response to be the #show url for the object

Increase Capybara timeout to accommodate slow test server. No issue #

Report unexpected slurm states as "down". No issue #

3551: Use FileUtils.rm_r so deleting stale generated/{dir} works.

Merge branch '3421-wide-project-tables-wip'

Closes #3421, #3584.

3421: Make Workbench project contents tables variable width.

This change will ensure that users can see the "edit name" buttons, by
letting a table row grow as needed to accommodate long names.  It puts
each row's buttons in dedicated cells to try to stay true to the
original layout as much as possible.

Merge branch '3405-pipeline-error-logging-wip'

Closes #3405, #3582.

3405: Mark pipeline instances failed when they're aborted.

3405: Log errors about launching pipeline instances.

There's a couple of components to this:

* Do some basic checks on the organization of the pipeline instance
  before we start running it, and abort if any of them fail.

* If the pipeline runner aborts for any reason, send that as pipeline
  instance stderr to the API server, so other tools like Workbench can
  render it for users' benefit.

3551: Remove chmod 755, no longer necessary now that config.rb does that.

3551: Set mode of generated files more aggressively (overrule umask).

3551: Handle missing GOPATH and multiple-entry GOPATH sensibly.

3551: Merge branch 'master' into 3551-go-layout

3551: When invoking run_test_server.py during tests, pass stderr
through to caller instead of discarding.

3551: Behave correctly when Read() yields some data along with the EOF condition.

"a Reader returning a non-zero number of bytes at the end of the input
stream may return either err == EOF or err == nil."

-- http://golang.org/pkg/io/#Reader

3505: Fixed typo comparison of list against 0 instead of len(list).

3551: When invoking run_test_server.py during tests, pass stderr
through to caller instead of discarding.

3551: When testing keep clients, write keepstore/keepproxy logs to
tmp/run_test_server.log instead of discarding.

3505: Adjust order of initialization to reflect potential side effects (e.g. file
creation) on using functions such as $(glob) in the command.

Fix degenerate case exponential runtime in regular expression use by
CollectionReader to validate locators and manifests.  no issue #

Merge branch '3457-pysdk-logging-wip'

Closes #3457, #3577.

3457: Make arv-get display interface messages directly.

The logger isn't appropriate for this.

3457: Revamp Python SDK and tool logging.

The primary goal of this commit is to introduce a dedicated logging
object to the arvados module, which we configure to our
specifications, and use it consistently throughout the SDK and tools.
This lets us handle our logging configuration consistently in one
place, and avoid interfering with logging in SDK users.  I made some
minor style changes to logging calls while I was at it.

3114: When current user, show root/home project rather than user attributes when landing on show user page.
(This is meant to be a compromise due to the fact that a home project's uuid has "user" as its arvados type, rather than "group".)

3114: bug fix: 'Copy' button is now disabled until a project has been selected for copying to

Added virtual working directory "task.vwd" option to run-command.  Added
"task.cwd" to set the starting directory.  Refactored upload retry logic from
run-command into robust_put.py and modified decompress-all to use it.  no issue #

3551: Fix more package paths.

Update Gemfile to use crunch-job from latest arvados-cli gem. refs #3570

closes #3296
Merge branch '3296-user-profile'

3296: fix test issue

3296: fix tests

Merge branch 'master' into 3296-user-profile

Fix repositories.get_all_permissions to report manage, write, and read. refs #3525

Merge branch '3531-sort-jobs-with-pipelines' closes #3531

Fix "undefined method `uuid' for nil:NilClass". closes #3576

Fix regular expression in decompress-all.py  refs #3373

Fix syntax error in decompress-all.py  refs #3373

3531: Pass through tab_pane to reused partials, so element IDs are really unique
across tabs.

3531: Fix ordering of combined results, add test. Anchor "desc" regexp.

Merge branch '3373-improve-gatk3-snv-pipeline' closes #3373

3373: Test filename extension before attempting to call dtrx.  Non-zero dtrx exit code is now treated as failure.

Merge branch 'master' into 3296-user-profile

Merge branch '3178-discoverable-parameters' closes #3178

3572: Set state to RunningOnServer if --submit given. closes #3572

Merge branch '3570-crunch-race' closes #3570

Merge branch '3412-full-collections-index'

Closes #3412, #3534.

Merge branch 'master' into 3296-user-profile

3296: add span tag to profile message in config to serve as an example for admins.

3412: Make manifest_text selectable from Collections index API.

3412: Make non-database fields selectable from API server.

This makes it possible to pass method-back field names, like
"data_size" and "files" from Collections, to the select parameter.

3412: Refactor common manifest munging in API Collections controller.

3412: Clean API Collections controller trailing whitespace.

3296: cover the case where prefs was there but no profile in profile check.

Update more PGP web links. No issue #

Update PGP download link. No issue #

3178: Merge bogus _setup_requires_parameters into existing class method.

3570: Use exit code 75 to mean "temporary locking failure". Add comments.