Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Add `make realclean' target for removing cached Docker images from a build.

Updated Gemfile to include all dependencies of 'arv' command line tool so bundler
can auto-install them.

Added pip requirements.txt to automatically install python dependencies for Arvados Python SDK.

Fixed more broken links, normalized styles. (refs #1608)

Normalize API documentation names, fix links, etc. (refs #1608)

Fix return_to on generic "Create" button.

(was "return_to=./", causing a redirect to "http://host:port./")

Add --yaml output format choice to arv.

Merge branch '1608-api-documentation'

Adding REST method documentation stubs (resolves #1608)

* Added method documentation pages for all REST method endpoints.
* Updated left navbar for all pages.
* Moved schema pages to doc/api/schema.

Fix exception when no authorized_key hash provided in create request.

Merge branch '1608-api-documentation' of git.clinicalfuture.com:arvados into 1608-api-documentation

Fix bug in default argument types.

Reorganizing API documentation to support new navbar (refs #1651).

Add site.navbar.api to _config.yml, and add matching "navmenu" fields to API documentation pages.

Reorganize navbars.

Move top and left-side navbars to their own _include pages.
Define navbar sections in _config.yml.

Updated table headings, removed redundant fields.

Linking all generated doc pages to index. (refs #1608)

Added skeleton doc files for all API resources.

Updated table headings, removed redundant fields.

Linking all generated doc pages to index. (refs #1608)

Added skeleton doc files for all API resources.

Do not ignore attributes received with create request.

Redirect to a suitable page when HTML response requested for create/update.

Undo `docker build' hack fixed in docker 0.7; add git repo to support JobsController.

`docker build' bug #1875 supposedly fixed in https://github.com/dotcloud/docker/commit/751250015bbecd9d8c4158b7a8398b3dc2eccde4

Fix bug in default argument types.

Reorganizing API documentation to support new navbar (refs #1651).

Add site.navbar.api to _config.yml, and add matching "navmenu" fields to API documentation pages.

Reorganize navbars.

Move top and left-side navbars to their own _include pages.
Define navbar sections in _config.yml.

Specify apiVersion when instantiating Arvados client. closes #1773

Specify api_version when instantiating Arvados client. refs #1773

Use arvados.api('v1') accessor instead of arvados.service. refs #1773

Merge branch '1608-api-documentation' of git.clinicalfuture.com:arvados into 1608-api-documentation

Updated table headings, removed redundant fields.

Linking all generated doc pages to index. (refs #1608)

Added skeleton doc files for all API resources.

Remove extra `shift' screwing up argument processing.

Update favicon to Dax

Add Python SDK doc page. closes #1754

Accept an API version argument to arvados.api(). refs #1772

Updated documentation for clarity.

Fix up usage error message

Updated table headings, removed redundant fields.

Merge branch '1495-crunch-documentation'

* mailto:arvados@clinicalfuture.com is now arvados@curoverse.com
* git clone in install guide now clones from github

* Fixed template so subsections only show up in userguide
* Removed obsolete tutorial files
* Copy edits

* Finished trait search tutorial
* Finished GATK tutorial
* Noted that arv ls -s print size in kilobytes

* Almost done with trait search tutorial
* Working on GATK tutorial
* Added section on putting directories into Keep

Add new user activation + setup script. closes #1738

Return API response objects as Models (with save() etc) instead of Hashes

closes #1756

Propagate API errors as exceptions

Linking all generated doc pages to index. (refs #1608)

Working on traits document

Change arv-put default behavior: write a manifest, even for a single file.

refs #1646

Return empty-block locator in data_locators() for zero-byte stream

Remove extra trailing newline in --raw mode output

Fix some typos and long lines

* Fixed links
* Added bootstrap and jquery snapshots

Reorganized user manual into sections

Reorganization, added parallel jobs and new pipeline tutorial.

Added skeleton doc files for all API resources.

Add example ruby client: list idle/busy worker nodes and age of last ping

closes #1729

Obey ARVADOS_API_HOST_INSECURE if host came from ARVADOS_API_HOST env var

Set jobs.log_tail_follow default buffer size in discovery document.

refs #1743

Fix parsing of buffer_size parameter in jobs.log_tail_follow

refs #1743

Stream API responses for jobs.log_tail_follow and users.log_stream

 * Mostly done on "Debug a Crunch Script"

Handle unexpected server responses better, clean up usage/help code

Merge remote-tracking branch 'origin' into 1495-crunch-documentation

* split out sections into their own documents
* defined typeface conventions and applied them some existing
  documents
* finished writing/documenting/testing tutorial hash crunch script
* split out first crunch script into a standalone runnable python file

Remove TMP/src.commit too, when removing TMP/src.

Fix left nav link order

Store crunch-job log in a collection instead of just raw data blocks.

Fix gatk_tbz locator.

Revert "Rename annotation DepthOfCoverage to Coverage"

This reverts commit 6d21143f763a0a3a5098acb5698cb549f37a6db5.

Rename annotation DepthOfCoverage to Coverage

GATK 2.6-4-g3e5ff60 says:

Annotation DepthOfCoverage is no longer available in the GATK; it has
been deprecated since version 2.4 (renamed to Coverage)

Add input parameter tables and source code link for each crunch example.

closes #1656

Fix reference to picard source distribution -> binary distribution.

refs #1656

Remove unused module import.

Use git@git.[...] not git://git.[...] as default repository fetch_url.

closes #1691

Formatting tweaks, mosting changing <pre> to textiles block code (bc.) mark.

Merge branch '1637-improve-arv-tutorial'

Fixed formatting.

Added Keep tutorial (refs #1647)

Add "crunch examples" and "crunch utility libraries" pages
in doc/user/.

refs #1513
refs #1656

Clear $CRUNCH_TMP/src when starting a job.

closes #1687

Add GATK2 exome fastq->vcf pipeline example

closes #1574

When running "arv-get -n", it is OK if destination files already exist.

refs #1646

Add docstrings to arvados_samtools module.

closes #1639

Removed numbering and put navorder for tutorial 2 at 102 to hide it.

Missing file

Cleaned up comments to be hidden from rendered page (still visible in
page source).  Tutorial 2 is glaringly unfinished but otherwise we can
go ahead and merge into master to end the sprint.

Cleaned up old files and reorganized navigation order.

Finished first tutorial.

Merge branch '1646-arv-put'

Point "arv keep get/put" to arv-get/put and unsupport "arv get/put"
style.

refs #1646

Add "Install client libraries" page to doc/install/.

refs #1646

Support invoking arv-get and arv-put via "arv get" and "arv put".

refs #1646

Add python client library package: arv-get, arv-put, arvados module

refs #1646

Fix port flags for "run.sh start".

Rename doc page to match title.

Add "Create standard objects" page in install docs.