generate discovery document at /orvos/v1/rest. refs #1406

add group#index and group#show pages. refs #1415

add Job#show template. refs #1417

relocate permissions code, use resulting :read permissions in #index. refs #1415

current_group_permissions, groups_i_can(:read). refs #1415

amends cf70bb6f00f0ded0624bac59a909a1cf8602dbff

show progress bar and tasks summary on /jobs page. refs #1417

maxResults is really called limit, update the discovery document accordingly

add helpers: current_group_permissions, groups_i_can(:read). refs #1415

clean up /jobs page. refs #1417

enable auto job links

add /jobs page. refs #1417

Add Job#resource_limits to API response. refs #1417

record started_at, and command_version reported by whjobmanager. refs #1417

add output to Job api response. refs #1417

fix dispatch_jobs restart in 3260a10f0a9396b1ad0b8abe34f9808927311876

Fix slurm node counting, and pass along min_nodes to salloc. refs #1417

Do not try to start a job when too few slurm nodes are idle. refs #1417

add Jobs#resource_limits attribute. refs #1417

fix no-tasks-todo -> success logic

restart dispatch_jobs service on deploy

upcase job command parameters when passing to whjobmanager

add script/dispatch_jobs.rb and related Job features

rename Project to Group

rename Project to Group

refuse to change ec2_instance_id once an EC2 instance has claimed a Node

use spot instances for compute nodes

ignore Keep hints when verifying collection uuid == md5sum

prepare pipeline summary CSV and save in specimen->result link. refs #1239

add chromosome_calls and inferred_sex to factory job summary

add picard-casm statistics to factory job summary

add fill_ftp_accounts script

Remove superfluous fields from the Link object.

add a Link from specimen to collection when pipeline finishes (instead of storing summary info in the pipeline_invocation)

Weed out (most of) the unnecessary leftover bits in our rest discovery file.

add region_padding=10

add pipelines#show

show "sinfo" results on /nodes page

tweak factory_jobs display

move vcf pipeline stats code to a helper, generate stats when pipeline finishes, cache in #properties

add first,last,[] methods

show raw components json on pipeline_invocations#show

add PipelineInvocation#properties

set exome regions

Rearrange pipeline_invocation handling
* move whpipeline bits into a separate cron job (just 1 proc per site)
* use native code instead of whpipeline to set pipeline job parameters
* add "reset pipeline" buttons to /factory_jobs table

let pipeline_invocation#active be a regular attribute

accept json-encoded pipeline[components] param

do not delete uuid if provided in new object (notably collection)

allow re-saving an existing collection without complaint

fix broken orvos_model#initialize

be more selective about invoking array-of-strings display on generic object#show page

emphasize local part of uuid

render pipeline_invocation components as job/progress table

check serialized attribute types during create/update

set modified_by_user=nil instead of breaking if no user is logged in

do not require user login for node#ping

do not hyperlink collections that do not have corresponding objects to look up

use Enumerable and to_ary for implicit conversion to array instead of forcing caller to use where()

use generic orvos link helper in collections#index

sort lists on modified_at by default

use old owner, not new owner, when checking permission to change attributes

add links to generic specimen and project #show

link to pipeline invocations from factory_jobs page

fix double render

fix misleading label

make resource_class_for_uuid more convenient and robust

add generic #show page for orvos objects and use it for Log and User

show log#event_type

update server-assigned attributes after saving objects

add logs#show

use JSON.dump so timestamps load back as Time, and Oj.load for fast loading

add orvos_resource_list#to_hash

fix storage=cache pill coloron Source data tab

add Files pane on Collections#show

split jobs into provenance chart and job list

abandon "bold megabytes" feature

use real instead of test data size

default to data page instead of factory_jobs

obey eager() and limit() in all()

limit 100 instead of 1000

human readable data size

make bootstrap tabs really work

fix commit-id -> redmine link

include data_size and files list in Collection api response

add Collections#show page

Support

  where={"any":["contains","hu34"]}

style parameter. For now, 'any' just means a field called 'name'

When no limit is supplied, limit number of index results to 100.

limit data page to 1-3000 collections

support limit parameter in #index

add Job#dependencies

Back out upgrade to MultiJson for now until we upgrade to rails 3.2. See
comment in Gemfile.

Switch to MultiJson which uses Oj under the hood (since it is available).

Switch to MultiJson which uses Oj under the hood (since it is available).

Switch to Oj for faster JSON handling.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:orvos-server

Switch to Oj for JSON parsing.

add some nil checks

Be careful with the shovel (<<) operator. It modifies the object on the
left hand side. And if that object is just a copy (i.e. reference to) of
another object, bad things like on-the-fly modification of the
orvos_login_base configuration value occur...

This fixes the multiplication of return_to parameters on every call to
the login url.

Do not show a 'Log out' link when the user is not logged in.

fix "home" link

Fix test for :orvos_api_token in Thread.current, and log errors if it is
not there.