9888: Add find_reusable unit test.

Don't use cached layers and always delete intermediate containers when building
arvados/jobs Docker image. no issue #

Add -f argument to curl to exit nonzero and try mirror if primary
rpmforge-release url fails, refs #9944

Don't pass work_api twice in ArvadosCommandTool constructor.  Bump arvados-python-client minimum dependency because tests depend on it. refs #9944

Merge branch '9944-cwl-lockfile-packaging' closes #9944

Merge branch 'master' into 9944-cwl-lockfile-packaging

9944: Tweak centos6 Dockerfiles to fall back to mirror if repoforge main is
unavailable.

9944: Fix schema-salad 'lockfile' dependency to account for different package
names between centos & debian/ubuntu.

9944: Add 'lockfile' to backports and update cwltool dependency

Merge branch '9679-dispatch-event-logs'

refs #9679

9679: Add trailing newline to log text if necessary.

Merge branch '9932-cwl-style' closes #9932

9932: Copyedits

9679: Mention container state changes in container [request] log messages.

9679: Extricate container/job log code from pipeline-specific code.

Merge branch '9799-nonadmin-logs'

closes #9799

9931: Fix missing include in workbench test support.

refs #9931

9799: Merge branch 'master' into 9799-nonadmin-logs

Conflicts:
apps/workbench/test/integration/application_layout_test.rb

9932: Add CWL best practices guide

9799: Remove duplicate uuids from db queries.

9799: Fix method def style

Merge branch '9858-selenium-locking-port-binding'

Closes #9858

9858: Added Errno::EACCES exception handling just in case it tries to open a low port as a user.

9931: Fix missing module. Remove global "include" in tests, so bugs like this can be caught in tests.

refs #9931
refs #9875

9858: Check if port-1 is available, retry if not when asking an available port for selenium.

Merge branch '9923-cwl-collection-dir' refs #9923

Merge branch '9875-fix-params-digest'

refs #9875

9875: Fix script_parameters_digest to sort hashes hiding inside arrays, too.

9923: Fix instanceof() to check correct base class

Merge branch '9888-move-job-reuse-code'

refs #9888

9888: Move record-filtering code into model classes.

Add cachecontrol and cwltest to PYTHON_BACKPORTS for latest cwltool refs #9850

Add max_request_log_params_size config (was hardcoded to 1000).

No issue #

Add README describing scripts in build/ no issue #

Fix tests refs #9850

Merge branch '9850-cwl-js' closes #9850

9850: Update cwltool to get javascript evaluation performance improvements.

Make flaky test fail less often.

No issue #

closes #9893
Merge branch '9893-java-sdk'

9799: Update tests: non-admin user can see container assigned to committed CR.

9799: Fix bootstrap markup.

9799: Fix up live_log_lines so it works for all work units.

9799: Remove bogus bootstrap classes and fix html syntax.

9799: Move work unit tests from application_layout_test to work_units_test.

9799: Fix show/hide "cancel container req" button: check ArvadosBase#editable?, and use CR priority instead of container priority.

9799: Add forgotten serialized column.

9799: Use more realistic log entries in Workbench live-logging tests. Remove redundant test.

9799: Add missing container request, so container fixture is visible to test user.

9799: Clean up permission code and comments.

9799: Fix test order dependency.

9799: Remove redundant test.

9799: Restore permission on Log entries via owner_uuid.

9799: Dry up SQL statements using named bind parameters.

9799: Update test: "spectator" user is now allowed to read log entries about itself.

9799: Permit read access to containers via container requests. Move Log- and Container-specific permission queries to log.rb and container.rb.

9799: Add tests for container permissions.

9799: Add tests for container log permissions.

9799: Fix container fixture owner_uuid attributes to look like real-life containers.

9799: Use regular (non-admin) user in Workbench websocket tests.

9799: Use regular (non-admin) user in websocket integration tests.

9893: update java sdk test files to match the pom.xml updates.

closes #9824
Merge branch '9824-workflows-in-project-tab'

closes #9767
Merge branch '9767-workflow-link-in-container-request'

Merge branch '9687-container-request-display'
Closes #9687

Merge branch 'master' into 9687-container-request-display

Merge branch '8232-docker-remove-obsolete' closes #8232

Merge branch '9783-cwl-error-invalid-dir' closes #9783

9700: Remove "trashLifetime != 0 is not supported in S3" check, now that it is supported.

refs #9700

9767: add a link to workflow in the container_request#show page.

9687: Added exit_code method to work_unit interface declarations. Simplified state_label method using the new exit_code accessor.

9687: Added method to access container's exit_code. Updated test to explicitly test for exit_code in addition to state_label.

9824: include workflows in project#pipeline_templates tab.

9687: Updated state_label method changes to something more simple and compact. Added exit_code:0 to complete container fixtures. Added explicit test case to check for a not Failed container.

Merge branch 'origin-9043-test-edit-container-request' closes #9043

9043: Remove redundant ex_opt_string and unsupported ex_opt_file_array from test fixture.

9043: Add check that Run button is disabled before filling in final require
value and checking that run button is enabled.

Merge branch '9854-container-validations-produce-bad-errors'

Closes #9854

Merge branch '9463-pysdk-amended'

Refs #9463

9463: Updated CWL tests to match Collection new behaviour.

9854: Added ArvadosModel::UnresolvableContainerError exception to return a 422 http status. Modified container resolving methods to raise this new exception instead of RecordNotFound. Updated related tests.

9043: minor test tweaks

9043: added tests for various input types

Merge branch '9709-restore-manifest-logging'

closes #9709

9709: Tweak config comment.

9709: Test empty unlogged_attributes config.

Merge branch '9705-crunch2-install-guide-wip'

closes #9705
closes #9706

9709: Restore logging of manifest_text by default, add config option to omit it.

9043: Handle errors on when trying to commit container.

9043: Use match_uuid_with_optional_filepath instead of hardcoded uuid regex.

9043: Remove non-existent "Graph" tab.  Fix "false" selection dropdown.  Use
helper function instead of duplicating regex.

9043: Initial commit testing for container request editing

9043: Complete support for editing basic parameter types.

Supported parameter types: boolean, string, int, long, float, double, enum,
File, Directory.  May be specified required or optional.

Not supported: arrays, unions (other than with "null"), records.

9043: Fixup incoming values from x-editable to have correct types.  Work in progress.

9043: Initial work on rendering input forms for CWL workflows.  Works for
simple parameters.  Successfully writes back to container request object.

9043: Expand "uncommitted" test fixture to include more optional parameter types.  Add uncommitted_ready_to_run to test the "Run" button.

Test fixture for uncommitted container request.

refs #9767
Merge branch '9767-workflows-in-chooser'

9767: include workflows in the template chooser.

9463: Several changes to the PySDK, as described below:

* Added ability to define the number of copies on the BlockManager.
* Added optional parameter to RichCollectionBase's method _get_manifest_text so that it returns the manifest text including only those committed blocks (avoiding flushing the others).
* Added ability to set up the replication desired level on Collection class.
* Fixed Collection's _my_api method, avoiding to ovewrite self.keep_client if already assigned.
* On Collection class, instantiate a BlockManager with the "copies" parameter taken from the collection or from the discovery document.
* Modified tests to support the new replication desired param at Collection class.
* Added tests to check if the replication desired parameter is loaded only when necessary.
* Added test to check the new behaviour of getting the manifest text with only committed blocks.

9687: For a ContainerRequest being committed, if its container has the state "Complete" but exit_code not zero, return "Failed" as a state_label so that Workbench won't render its status as "Complete". Added fixture & test to check for this correction.