2659: Toggle features according to editable? and creatable? instead of current_user.is_active. Fix up whitespace.

2659: Fix indentation.

2659: Use Collection.creatable? to toggle selection actions.

2659: Reload seeds (system_user et al.) after cache is cleared. Be more careful about errors while creating seeds.

5087: API server uses a crunch-job with bugfix.

Refs #5087.

2659: Set group_class=role on anonymous group, change name to "Anonymous users".

2659: Fix crash in /users/current when not logged in.

2659: Fix up 404 page.

2659: Fix crashes when current_user is nil.

2659: Send anonymous token as a reader token with all requests.

2659: Finally understood the mystery behind the "anonymous tests are failing when run with all other tests".
There is a permission link fixture for anonymous group. I needed to create read permission link for anonymous user.
(Tom thinks) the groups permission cache may be getting out of sync somehow.

2659: Expect redirect to login page when show method is executed in jobs controller etc when no anonymous configuration is set.
Something is overriding the configured value from application.default.yml when the test is executed along with all other tests!

2659: fix test assertion

2659: enable anonymous user config in test environment.

2659: add a "you are not logged in" warning in 404 page.

Merge branch 'master' into 2659-anonymous-share-projects

2659: skip require_thread_api_token filter only when anonymous config enabled.

2659: Do not require login for project tab_counts method as well.
Remove anonymous login tests for /users and /groups pages since we are no longer doing session establishment for anonymous user login.
These are like any other un-shared pages and show login page to user.

2659: load @prov_svg outside of the 'if current_user' block so that an anonymous user can see the provenance graph when accessing publicly accessible collection.

2659: prevent nil exception when a content hash link is clicked by anonymous user

2659: anonymous token handling in api client updated

2659: no need for permit_anonymous_browsing_for_public_data filter; instead, directly use the anonymous token in arvados_api_client.

2659: is_anonymous helper method is not needed anymore.

2659: do not include "You are viewing public data" in topnav when anonymous user is accessing a shared project.

Documentation cleanup: CLI SDK:

- merge some information from the wiki.
- reorganize things a bit.

No issue #

3021: Use `passenger stop` to shut down passenger. Restore database fixtures after running DatabaseCleaner-powered tests.

2659: instead of setting up a session as anonymous user, just use anonymous token to serve publicly accessible resources.

2659: add some more text assertions; several of the same tests are failing quite consistently when run with the entire test suite.

2659: remove most of the user-based tests since they are covered in other test files to make the test cases  as minimal as possible.

3021: gitignore **/vendor

3021: Use run_test_server.py instead of the special workbench way of starting an API server.

2659: slightly improved test flows

3021: Round up various implementations of "run test servers" into an arvadostest module. Update to work with new run_test_server.py.

* Get the API host, port, and admin token from the run_test_server.py
  --auth output, instead of guessing localhost:3000 etc.

* Fix race condition in proxy TestPutAskGetForbidden: set up the
  client first, then switch back to a real token for the server to
  use, instead of hoping the server grabs its token before sleep(0.1)
  returns and we sabotage the environment with a bogus one.

3021: Refactor run_test_server.

* Always start API server with both https:// and wss:// enabled. Use
  mocks to test the websocket-not-available case.

* Leave the API server running between tests; just hit reset() when
  needed. Wait until exiting the process to stop the server.

* Do not use rake (tmp:cache:clear, db:test:load, db:fixtures:load) to
  reset the API server's database before starting up a new
  server. Instead, call /database/reset after starting it. (If that
  doesn't work, crash instead of proceeding with undefined results.)

* If a parent process has already started an API server and put its
  endpoint in ARVADOS_TEST_API_HOST, use that instead of starting a
  new one, and leave it running at exit.

* Start servers on random port numbers, so [some] test suites can run
  concurrently with others on a single host (assuming they're
  configured to use different databases).

2659: add completed job fixture in publicly accessible project and test assertions for re-run job button for it.

2659: (1) Update link_to_if_arvados_object method to display an object name as link for User type only when the user is active.
Otherwise, an anonymous user will always see 404 when such a link is clicked.
(2) In the unlikely event of an anonymous user traversing to /users or /groups pages, there will be an 'Add a new xxx' link,
which is undesirable (even though they do eventually fail when accessed). Hence, hide them for inactive users.
(3) Add test assertions for both the updates.

3021: Propagate unhandled exceptions back to the caller instead of returning None. Show a warning message only when falling back to polling.

3021: Add comment about IPv4/IPv6 trap in websocket client.

2659: It appears that a job's log file is stored in a user's Home project, instead of the project in which the job originated from.
Due to this, when an anonymous user accesses the job from the publicly accessible project, the Log tab is failing.
Hence, display job -> Log tab for active users only.

2659: show job cancel button only when user is_active.

2659: more asserts in dashboard testing

2659: trailing white space

Merge branch 'master' into 2659-anonymous-share-projects

2659: Collection show_files shows selection dropdown (which has only create new collection from selected files option) when user is active.
Also, dashboard displays the 'Run a pipeline' selector for active users. Upated anonymous user test to verify dashboard access.

5037: Fix tearDown error handling in PySDK Websockets test.

I accidentally broke this in 51f9e6cb.  That version would crash if
the test failed to assign self.ws.  Refactor to be more robust in that
case.  No issue #.

2659: hide job re-run button when user is inactive and add fixtures and tests for anonymous user to access tabs in publicly accessible project.

5011: 3410: Export client-specified redundancy as replication_desired.

5011: Fix run_and_find_collection so it works without --portable-data-hash.

5011: Use replication=2 if unspecified.

2659: show tab buttons, selection actions etc only when the current_user is_active to allow clean anonymous user experience.

2659: when an anonymous user is accessing public data, offer "Log in" button instead of "Log out" button.

2659: add text message "You are viewing public data" to top nav when anonymous user is accessing a public project. also add anonymous access tests.

2659: add permit_anonymous_browsing_for_public_data

3021: gitignore rotated log files.

5011: Add --replication option to CLI docs.

5011: Add --replication argument to arv-put.

5011: Add replication argument to CollectionWriter.

Merge branch '5037-python-sdk-thread-safe' refs #5037

5037: Mention where this cache is, instead of describing what a cache is.

5037: Remove unnecessary cache=False from arv-copy.

5037: Fix race condition in PySDK Websockets test.

This might just be bad luck, but for some reason when testing Tom's
changes I ran into a situation where this test failed because it
started processing the Websocket event about the new human before it
assigned self.h, so the assertion failed.  Fix the race condition by
asserting against a thread-aware Queue.

5037: Add test for new PySDK API cache behavior.

Merge branch '4562-crunch-tools-docs-wip'

Closes #4562, #5015.

4562: Add Crunch tools overview to the documentation.

5037: Remove connection pool. Now, api(cache=False) refers only to the discovery document cache.

4904: Fix documentation issues.  Add comments to arv-web.py.

4904: Handle failure to delete non-existent cidfile.  Fix docker_image in sample-static-page.

4904: Finally figured out a (hopefully) reliable way of sending SIGHUP to
service inside Docker container to get it to refresh.

4472: Include output of failed tasks when generating job output manifest.

4904: Eliminate downtime switching collections.

* Now re-uses CollectionDirectory and loads new collection contents instead of
unmounting and remounting.  Now sends sighup instead of restarting Docker if
the image is the same.  Almost no downtime switching collections unless Docker
image changes as well.

* Refactor into functions instead executing directly as a module.

* Use arvados.arv-web logger

4523: full-text search is not supported for individual columns and only 'any' is supported.

Merge branch 'master' into 4904-arv-web

4523: full-text search migration script renamed

Merge branch 'master' into 4523-full-text-search

4523: prepare to merge master into branch

closes #3686
Merge branch '3686-sharing-repositories'

Merge branch 'master' into 3686-sharing-repositories

3686: correct one test assertion and refine some other assertions.

Fix preview pane disappearing on narrow displays. closes #4918

Merge branch '5074-ruby-sdk-discovery-cache-wip'

Closes #5074, #5091.

5074: CLI SDK uses Google API client extensions from Ruby SDK.

5074: Improve discovery document caching in Ruby SDK.

* Report a warning if there's an error reading or parsing a cached
  discovery document.
* Cache discovery documents to a tempfile and rename, to reduce the
  chances that we'll write corrupted caches due to I/O errors.
* Make this extension a separate module that can be loaded by users
  like the CLI SDK.
* Tighten exception handling throughout.

3686: add unit and controller tests for repository updates

3686: update the repository row to offer an exclusive Share link than make the repo name clickable.

3686: verify repositories testing uses hard coded repo info.

Merge branch 'master' into 3686-sharing-repositories

closes #4902
Merge branch '4902-use-fixture-to-rerun-pipelines'

Merge branch 'master' into 4902-use-fixture-to-rerun-pipelines

Merge branch 'master' into 3686-sharing-repositories

refs #4878
Merge branch '4878-rerun-job'

4878: add back the tab buttons partial.

Merge branch '4878-rerun-job-bcs-wip'

Closes #4878, #5067.

4878: Refactor Workbench "Re-run job" button for more code reuse.

* Avoid adding new routes: add the modal directly to the job show
  page, and submit the new work with the existing job creation route.
* Fix id references; e.g., for labels.

4902: re-run pipeline instance tests use fixtures instead of creating a new pipeline to be re-run.

4878: update the popup display to not display radio button when only "use same" option is available.

Merge branch 'master' into 4878-rerun-job

refs #4523
Merge branch '4523-search-index'

Merge branch 'master' into 3686-sharing-repositories

4523: a little bit simpler script

Merge branch 'master' into 4523-search-index