rename job command to script. refs #1416

add group#index and group#show pages. refs #1415

add Job#show template. refs #1417

show progress bar and tasks summary on /jobs page. refs #1417

clean up /jobs page. refs #1417

enable auto job links

add /jobs page. refs #1417

rename Project to Group

prepare pipeline summary CSV and save in specimen->result link. refs #1239

add chromosome_calls and inferred_sex to factory job summary

add picard-casm statistics to factory job summary

add fill_ftp_accounts script

add a Link from specimen to collection when pipeline finishes (instead of storing summary info in the pipeline_invocation)

add region_padding=10

add pipelines#show

tweak factory_jobs display

move vcf pipeline stats code to a helper, generate stats when pipeline finishes, cache in #properties

add first,last,[] methods

show raw components json on pipeline_invocations#show

set exome regions

Rearrange pipeline_invocation handling
* move whpipeline bits into a separate cron job (just 1 proc per site)
* use native code instead of whpipeline to set pipeline job parameters
* add "reset pipeline" buttons to /factory_jobs table

do not delete uuid if provided in new object (notably collection)

fix broken orvos_model#initialize

be more selective about invoking array-of-strings display on generic object#show page

emphasize local part of uuid

render pipeline_invocation components as job/progress table

do not hyperlink collections that do not have corresponding objects to look up

use Enumerable and to_ary for implicit conversion to array instead of forcing caller to use where()

use generic orvos link helper in collections#index

add links to generic specimen and project #show

link to pipeline invocations from factory_jobs page

fix double render

fix misleading label

make resource_class_for_uuid more convenient and robust

add generic #show page for orvos objects and use it for Log and User

show log#event_type

update server-assigned attributes after saving objects

add logs#show

use JSON.dump so timestamps load back as Time, and Oj.load for fast loading

add orvos_resource_list#to_hash

fix storage=cache pill coloron Source data tab

add Files pane on Collections#show

split jobs into provenance chart and job list

abandon "bold megabytes" feature

use real instead of test data size

default to data page instead of factory_jobs

obey eager() and limit() in all()

limit 100 instead of 1000

human readable data size

make bootstrap tabs really work

fix commit-id -> redmine link

add Collections#show page

limit data page to 1-3000 collections

Switch to MultiJson which uses Oj under the hood (since it is available).

Switch to Oj for faster JSON handling.

add some nil checks

Be careful with the shovel (<<) operator. It modifies the object on the
left hand side. And if that object is just a copy (i.e. reference to) of
another object, bad things like on-the-fly modification of the
orvos_login_base configuration value occur...

This fixes the multiplication of return_to parameters on every call to
the login url.

Do not show a 'Log out' link when the user is not logged in.

fix "home" link

Fix test for :orvos_api_token in Thread.current, and log errors if it is
not there.

Throw an error when the uuid used for find() is invalid.

Do not assume uuid_or_hash is a string when using it in string
concatenation.

Remove some unneeded stuff from the ant deploy file.

add jobs and jobsteps

add deploy files for ant install

support user and API client using different URIs for same API endpoint

allow current_user => nil for pages that do not require login

move logout link to right

add table/graph nav pills

add tabular /collections

add Log out button, hide admin-only nav links if not admin

add bootstrap

spice up collections graph a little

add User resource, restrict generic resource pages to admin users

do find_object_by_uuid after setting up api token

fix unsupported where() style in find_object_by_uuid

basic d3 graph at /collections

improve error handling and reporting

bit more robust in error display

tweak eager loading

Rename leftover Metadatum references to Link.

rename Metadatum to Link, head to head_uuid, tail to tail_uuid

fix use of OrvosBase#new when unpacking lists

handle non-db-column API response fields a bit better

start pipeline after importing

fix up factory_jobs status page

move development.rb to .example

handle invalid token more gracefully

give up on assets for static d3 example

Revert "move html into app/assets"

This reverts commit d338c25fb8ae1085054088b1c00c7a0d9e49e367.

move html into app/assets

host d3 js locally

add example graph of user/project/permission metadata

use Accept header instead of post arg to ask for json

set format=json explicitly when calling api

use factory_jobs#index as front page, disallow robots

send tokenless user through orvos login instead of giving up

add Logs resource

Fix for

  app/models/orvos_api_client.rb:4:in `+': can't convert nil
  into String (TypeError)

pass api_token through to orvos