20497/17846 Updating WGS tutorial for based on roadbumps.
authorAlex Coleman <alex.coleman@curii.com>
Mon, 31 Jul 2023 19:06:06 +0000 (13:06 -0600)
committerAlex Coleman <alex.coleman@curii.com>
Mon, 31 Jul 2023 19:06:06 +0000 (13:06 -0600)
Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Alex Coleman <alex.coleman@curii.com>

doc/user/tutorials/wgs-tutorial.html.textile.liquid

index ba5a6b95ad8895045116c3e210f40ba569a0f677..c33c2106a0093a281c315771dfd2bac02468f73f 100644 (file)
@@ -114,10 +114,9 @@ We have already previously registered the WGS workflow and set default input val
 
 Let’s find the registered WGS Processing Workflow and run it interactively in our newly created project.
 
-# To find the registered workflow, you can search for it in the search box located in the top right corner of the Arvados Workbench by looking for the name  “WGS Processing Workflow”.
+# To find the registered workflow, you can search for it in the search box located in the top right corner of the Arvados Workbench by looking for the name "WGS processing workflow scattered over samples".
 # Once you have found the registered workflow, you can run it your project by using the  <span class="btn btn-sm btn-primary" >Run Workflow</span> button and selecting your project ("WGS Processing Tutorial") that you set up in Section 3a, under *Project where the workflow will be done*.
 # Default inputs to the registered workflow will be automatically filled in.  These inputs will still work.  You can verify this by checking the addresses of the collections you copied over to your New Project.
-# The input *Directory of paired FASTQ files* will need to be set.  Click the box, select "PGP UK FASTQs" under the *Choose a directory* dialog, then click <span class="btn btn-sm btn-primary" >OK</span>.
 # Now, you can submit your workflow by scrolling to the bottom of the page and hitting the <span class="btn btn-sm btn-primary" >Run</span> button.
 
 Congratulations! You have now submitted your workflow to run. You can move to Section 5 to learn how to check the state of your submitted workflow and Section 6 to learn how to examine the results of and logs from your workflow.