doc/user/crunch-examples.textile

   1 ---
   2 layout: default
   3 navsection: userguide
   4 title: "Crunch examples"
   5 navorder: 30
   6 ---
   7
   8 h1. Crunch examples
   9
  10 Several crunch scripts are included with Arvados in the @/crunch_scripts@ directory. They are intended to provide examples and starting points for writing your own scripts.
  11
  12 h4. bwa-aln
  13
  14 Run the bwa aligner on a set of paired-end fastq files, producing a BAM file for each pair.
  15
  16 h4. bwa-index
  17
  18 Generate an index of a fasta reference genome suitable for use by bwa-aln.
  19
  20 h4. picard-gatk2-prep
  21
  22 Using the FixMateInformation, SortSam, ReorderSam, AddOrReplaceReadGroups, and BuildBamIndex modules from picard, prepare a BAM file for use with the GATK2 tools. Additionally, run picard's CollectAlignmentSummaryMetrics module to produce a @*.casm.tsv@ statistics file for each BAM file.
  23
  24 h4. GATK2-bqsr
  25
  26 Run GATK's BaseQualityScoreRecalibration module on a set of BAM files.
  27
  28 h4. GATK2-merge-call
  29
  30 Merge a set of BAM files using picard, and run GATK's UnifiedGenotyper module on the merged set to produce a VCF file.
  31
  32 h4. GATK2-realign
  33
  34 Run GATK's RealignerTargetCreator and IndelRealigner modules on a set of BAM files.
  35