src/models/workflow.ts

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   3 // SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 import { Resource, ResourceKind } from "./resource";
   6 import { safeLoad } from 'js-yaml';
   7
   8 export interface WorkflowResource extends Resource {
   9     kind: ResourceKind.WORKFLOW;
  10     name: string;
  11     description: string;
  12     definition: string;
  13 }
  14 export interface WorkflowResourceDefinition {
  15     cwlVersion: string;
  16     $graph?: Array<Workflow | CommandLineTool>;
  17 }
  18 export interface Workflow {
  19     class: 'Workflow';
  20     doc?: string;
  21     id?: string;
  22     inputs: CommandInputParameter[];
  23     outputs: any[];
  24     steps: any[];
  25 }
  26
  27 export interface CommandLineTool {
  28     class: 'CommandLineTool';
  29     id: string;
  30     inputs: CommandInputParameter[];
  31     outputs: any[];
  32 }
  33
  34 export type CommandInputParameter =
  35     BooleanCommandInputParameter |
  36     IntCommandInputParameter |
  37     LongCommandInputParameter |
  38     FloatCommandInputParameter |
  39     DoubleCommandInputParameter |
  40     StringCommandInputParameter |
  41     FileCommandInputParameter |
  42     DirectoryCommandInputParameter |
  43     StringArrayCommandInputParameter |
  44     IntArrayCommandInputParameter |
  45     FloatArrayCommandInputParameter |
  46     FileArrayCommandInputParameter |
  47     DirectoryArrayCommandInputParameter |
  48     EnumCommandInputParameter;
  49
  50 export enum CWLType {
  51     NULL = 'null',
  52     BOOLEAN = 'boolean',
  53     INT = 'int',
  54     LONG = 'long',
  55     FLOAT = 'float',
  56     DOUBLE = 'double',
  57     STRING = 'string',
  58     FILE = 'File',
  59     DIRECTORY = 'Directory',
  60 }
  61
  62 export interface CommandInputEnumSchema {
  63     symbols: string[];
  64     type: 'enum';
  65     label?: string;
  66     name?: string;
  67 }
  68
  69 export interface CommandInputArraySchema<ItemType> {
  70     items: ItemType;
  71     type: 'array';
  72     label?: string;
  73 }
  74
  75 export interface File {
  76     class: CWLType.FILE;
  77     location?: string;
  78     path?: string;
  79     basename?: string;
  80 }
  81
  82 export interface Directory {
  83     class: CWLType.DIRECTORY;
  84     location?: string;
  85     path?: string;
  86     basename?: string;
  87 }
  88
  89 export interface GenericCommandInputParameter<Type, Value> {
  90     id: string;
  91     label?: string;
  92     doc?: string | string[];
  93     default?: Value;
  94     type?: Type | Array<Type | CWLType.NULL>;
  95     value?: Value;
  96     disabled?: boolean;
  97 }
  98 export type GenericArrayCommandInputParameter<Type, Value> = GenericCommandInputParameter<CommandInputArraySchema<Type>, Value[]>;
  99
 100 export type BooleanCommandInputParameter = GenericCommandInputParameter<CWLType.BOOLEAN, boolean>;
 101 export type IntCommandInputParameter = GenericCommandInputParameter<CWLType.INT, number>;
 102 export type LongCommandInputParameter = GenericCommandInputParameter<CWLType.LONG, number>;
 103 export type FloatCommandInputParameter = GenericCommandInputParameter<CWLType.FLOAT, number>;
 104 export type DoubleCommandInputParameter = GenericCommandInputParameter<CWLType.DOUBLE, number>;
 105 export type StringCommandInputParameter = GenericCommandInputParameter<CWLType.STRING, string>;
 106 export type FileCommandInputParameter = GenericCommandInputParameter<CWLType.FILE, File>;
 107 export type DirectoryCommandInputParameter = GenericCommandInputParameter<CWLType.DIRECTORY, Directory>;
 108 export type EnumCommandInputParameter = GenericCommandInputParameter<CommandInputEnumSchema, string>;
 109
 110 export type StringArrayCommandInputParameter = GenericArrayCommandInputParameter<CWLType.STRING, string>;
 111 export type IntArrayCommandInputParameter = GenericArrayCommandInputParameter<CWLType.INT, string>;
 112 export type FloatArrayCommandInputParameter = GenericArrayCommandInputParameter<CWLType.FLOAT, string>;
 113 export type FileArrayCommandInputParameter = GenericArrayCommandInputParameter<CWLType.FILE, File>;
 114 export type DirectoryArrayCommandInputParameter = GenericArrayCommandInputParameter<CWLType.DIRECTORY, Directory>;
 115
 116 export type WorkflowInputsData = {
 117     [key: string]: boolean | number | string | File | Directory;
 118 };
 119 export const parseWorkflowDefinition = (workflow: WorkflowResource): WorkflowResourceDefinition => {
 120     const definition = safeLoad(workflow.definition);
 121     return definition;
 122 };
 123
 124 export const getWorkflowInputs = (workflowDefinition: WorkflowResourceDefinition) => {
 125     const mainWorkflow = workflowDefinition.$graph!.find(item => item.class === 'Workflow' && item.id === '#main');
 126     return mainWorkflow
 127         ? mainWorkflow.inputs
 128         : undefined;
 129 };
 130
 131 export const getInputLabel = (input: CommandInputParameter) => {
 132     return `${input.label || input.id}`;
 133 };
 134
 135 export const isRequiredInput = ({ type }: CommandInputParameter) => {
 136     if (type instanceof Array) {
 137         for (const t of type) {
 138             if (t === CWLType.NULL) {
 139                 return false;
 140             }
 141         }
 142     }
 143     return true;
 144 };
 145
 146 export const isPrimitiveOfType = (input: GenericCommandInputParameter<any, any>, type: CWLType) =>
 147     input.type instanceof Array
 148         ? input.type.indexOf(type) > -1
 149         : input.type === type;
 150
 151 export const isArrayOfType = (input: GenericCommandInputParameter<any, any>, type: CWLType) =>
 152     typeof input.type === 'object' &&
 153         input.type.type === 'array'
 154         ? input.type.items === type
 155         : false;
 156
 157 export const stringifyInputType = ({ type }: CommandInputParameter) => {
 158     if (typeof type === 'string') {
 159         return type;
 160     } else if (type instanceof Array) {
 161         return type.join(' | ');
 162     } else if (typeof type === 'object') {
 163         if (type.type === 'enum') {
 164             return 'enum';
 165         } else if (type.type === 'array') {
 166             return `${type.items}[]`;
 167         } else {
 168             return 'unknown';
 169         }
 170     } else {
 171         return 'unknown';
 172     }
 173 };