src/models/workflow.ts

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   3 // SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 import { Resource, ResourceKind } from "./resource";
   6 import { safeLoad } from 'js-yaml';
   7 import { CommandOutputParameter } from "cwlts/mappings/v1.0/CommandOutputParameter";
   8
   9 export interface WorkflowResource extends Resource {
  10     kind: ResourceKind.WORKFLOW;
  11     name: string;
  12     description: string;
  13     definition: string;
  14 }
  15 export interface WorkflowResourceDefinition {
  16     cwlVersion: string;
  17     $graph?: Array<Workflow | CommandLineTool>;
  18 }
  19 export interface Workflow {
  20     class: 'Workflow';
  21     doc?: string;
  22     id?: string;
  23     inputs: CommandInputParameter[];
  24     outputs: any[];
  25     steps: any[];
  26     hints?: ProcessRequirement[];
  27 }
  28
  29 export interface CommandLineTool {
  30     class: 'CommandLineTool';
  31     id: string;
  32     inputs: CommandInputParameter[];
  33     outputs: any[];
  34     hints?: ProcessRequirement[];
  35 }
  36
  37 export type ProcessRequirement = GenericProcessRequirement | WorkflowRunnerResources;
  38
  39 export interface GenericProcessRequirement {
  40     class: string;
  41 }
  42
  43 export interface WorkflowRunnerResources {
  44     class: 'http://arvados.org/cwl#WorkflowRunnerResources';
  45     ramMin?: number;
  46     coresMin?: number;
  47     keep_cache?: number;
  48     acrContainerImage?: string;
  49 }
  50
  51 export type CommandInputParameter =
  52     BooleanCommandInputParameter |
  53     IntCommandInputParameter |
  54     LongCommandInputParameter |
  55     FloatCommandInputParameter |
  56     DoubleCommandInputParameter |
  57     StringCommandInputParameter |
  58     FileCommandInputParameter |
  59     DirectoryCommandInputParameter |
  60     StringArrayCommandInputParameter |
  61     IntArrayCommandInputParameter |
  62     FloatArrayCommandInputParameter |
  63     FileArrayCommandInputParameter |
  64     DirectoryArrayCommandInputParameter |
  65     EnumCommandInputParameter;
  66
  67 export enum CWLType {
  68     NULL = 'null',
  69     BOOLEAN = 'boolean',
  70     INT = 'int',
  71     LONG = 'long',
  72     FLOAT = 'float',
  73     DOUBLE = 'double',
  74     STRING = 'string',
  75     FILE = 'File',
  76     DIRECTORY = 'Directory',
  77 }
  78
  79 export interface CommandInputEnumSchema {
  80     symbols: string[];
  81     type: 'enum';
  82     label?: string;
  83     name?: string;
  84 }
  85
  86 export interface CommandInputArraySchema<ItemType> {
  87     items: ItemType;
  88     type: 'array';
  89     label?: string;
  90 }
  91
  92 export interface File {
  93     class: CWLType.FILE;
  94     location?: string;
  95     path?: string;
  96     basename?: string;
  97 }
  98
  99 export interface Directory {
 100     class: CWLType.DIRECTORY;
 101     location?: string;
 102     path?: string;
 103     basename?: string;
 104 }
 105
 106 export interface GenericCommandInputParameter<Type, Value> {
 107     id: string;
 108     label?: string;
 109     doc?: string | string[];
 110     default?: Value;
 111     type?: Type | Array<Type | CWLType.NULL>;
 112     value?: Value;
 113     disabled?: boolean;
 114 }
 115 export type GenericArrayCommandInputParameter<Type, Value> = GenericCommandInputParameter<CommandInputArraySchema<Type>, Value[]>;
 116
 117 export type BooleanCommandInputParameter = GenericCommandInputParameter<CWLType.BOOLEAN, boolean>;
 118 export type IntCommandInputParameter = GenericCommandInputParameter<CWLType.INT, number>;
 119 export type LongCommandInputParameter = GenericCommandInputParameter<CWLType.LONG, number>;
 120 export type FloatCommandInputParameter = GenericCommandInputParameter<CWLType.FLOAT, number>;
 121 export type DoubleCommandInputParameter = GenericCommandInputParameter<CWLType.DOUBLE, number>;
 122 export type StringCommandInputParameter = GenericCommandInputParameter<CWLType.STRING, string>;
 123 export type FileCommandInputParameter = GenericCommandInputParameter<CWLType.FILE, File>;
 124 export type DirectoryCommandInputParameter = GenericCommandInputParameter<CWLType.DIRECTORY, Directory>;
 125 export type EnumCommandInputParameter = GenericCommandInputParameter<CommandInputEnumSchema, string>;
 126
 127 export type StringArrayCommandInputParameter = GenericArrayCommandInputParameter<CWLType.STRING, string>;
 128 export type IntArrayCommandInputParameter = GenericArrayCommandInputParameter<CWLType.INT, string>;
 129 export type FloatArrayCommandInputParameter = GenericArrayCommandInputParameter<CWLType.FLOAT, string>;
 130 export type FileArrayCommandInputParameter = GenericArrayCommandInputParameter<CWLType.FILE, File>;
 131 export type DirectoryArrayCommandInputParameter = GenericArrayCommandInputParameter<CWLType.DIRECTORY, Directory>;
 132
 133 export type WorkflowInputsData = {
 134     [key: string]: boolean | number | string | File | Directory;
 135 };
 136 export const parseWorkflowDefinition = (workflow: WorkflowResource): WorkflowResourceDefinition => {
 137     const definition = safeLoad(workflow.definition);
 138     return definition;
 139 };
 140
 141 export const getWorkflow = (workflowDefinition: WorkflowResourceDefinition) => {
 142     if (!workflowDefinition.$graph) { return undefined; }
 143     const mainWorkflow = workflowDefinition.$graph.find(item => item.id === '#main');
 144     return mainWorkflow
 145         ? mainWorkflow
 146         : undefined;
 147 };
 148
 149 export const getWorkflowInputs = (workflowDefinition: WorkflowResourceDefinition) => {
 150     if (!workflowDefinition) { return undefined; }
 151     return getWorkflow(workflowDefinition)
 152         ? getWorkflow(workflowDefinition)!.inputs
 153         : undefined;
 154 };
 155
 156 export const getWorkflowOutputs = (workflowDefinition: WorkflowResourceDefinition) => {
 157     if (!workflowDefinition) { return undefined; }
 158     return getWorkflow(workflowDefinition)
 159         ? getWorkflow(workflowDefinition)!.outputs
 160         : undefined;
 161 };
 162
 163 export const getInputLabel = (input: CommandInputParameter) => {
 164     return `${input.label || input.id.split('/').pop()}`;
 165 };
 166
 167 export const getIOParamId = (input: CommandInputParameter | CommandOutputParameter) => {
 168     return `${input.id.split('/').pop()}`;
 169 };
 170
 171 export const isRequiredInput = ({ type }: CommandInputParameter) => {
 172     if (type instanceof Array) {
 173         for (const t of type) {
 174             if (t === CWLType.NULL) {
 175                 return false;
 176             }
 177         }
 178     }
 179     return true;
 180 };
 181
 182 export const isPrimitiveOfType = (input: GenericCommandInputParameter<any, any>, type: CWLType) =>
 183     input.type instanceof Array
 184         ? input.type.indexOf(type) > -1
 185         : input.type === type;
 186
 187 export const isArrayOfType = (input: GenericCommandInputParameter<any, any>, type: CWLType) =>
 188     input.type instanceof Array
 189         ? (input.type.filter(t => typeof t === 'object' &&
 190             t.type === 'array' &&
 191             t.items === type).length > 0)
 192         : (typeof input.type === 'object' &&
 193             input.type.type === 'array' &&
 194             input.type.items === type);
 195
 196 export const getEnumType = (input: GenericCommandInputParameter<any, any>) => {
 197     if (input.type instanceof Array) {
 198         const f = input.type.filter(t => typeof t === 'object' &&
 199             !(t instanceof Array) &&
 200             t.type === 'enum');
 201         if (f.length > 0) {
 202             return f[0];
 203         }
 204     } else {
 205         if ((typeof input.type === 'object' &&
 206             !(input.type instanceof Array) &&
 207             input.type.type === 'enum')) {
 208             return input.type;
 209         }
 210     }
 211     return null;
 212 };
 213
 214 export const stringifyInputType = ({ type }: CommandInputParameter) => {
 215     if (typeof type === 'string') {
 216         return type;
 217     } else if (type instanceof Array) {
 218         return type.join(' | ');
 219     } else if (typeof type === 'object') {
 220         if (type.type === 'enum') {
 221             return 'enum';
 222         } else if (type.type === 'array') {
 223             return `${type.items}[]`;
 224         } else {
 225             return 'unknown';
 226         }
 227     } else {
 228         return 'unknown';
 229     }
 230 };