src/models/workflow.ts

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   4
   5 import { Resource, ResourceKind } from "./resource";
   6 import { safeLoad } from 'js-yaml';
   7
   8 export interface WorkflowResource extends Resource {
   9     kind: ResourceKind.WORKFLOW;
  10     name: string;
  11     description: string;
  12     definition: string;
  13 }
  14 export interface WorkflowResoruceDefinition {
  15     cwlVersion: string;
  16     $graph: Array<Workflow | CommandLineTool>;
  17 }
  18 export interface Workflow {
  19     class: 'Workflow';
  20     doc?: string;
  21     id?: string;
  22     inputs: CommandInputParameter[];
  23     outputs: any[];
  24     steps: any[];
  25 }
  26
  27 export interface CommandLineTool {
  28     class: 'CommandLineTool';
  29     id: string;
  30     inputs: CommandInputParameter[];
  31     outputs: any[];
  32 }
  33
  34 export type CommandInputParameter =
  35     BooleanCommandInputParameter |
  36     IntCommandInputParameter |
  37     LongCommandInputParameter |
  38     FloatCommandInputParameter |
  39     DoubleCommandInputParameter |
  40     StringCommandInputParameter |
  41     FileCommandInputParameter |
  42     DirectoryCommandInputParameter |
  43     StringArrayCommandInputParameter |
  44     FileArrayCommandInputParameter |
  45     DirectoryArrayCommandInputParameter |
  46     EnumCommandInputParameter;
  47
  48 export enum CWLType {
  49     NULL = 'null',
  50     BOOLEAN = 'boolean',
  51     INT = 'int',
  52     LONG = 'long',
  53     FLOAT = 'float',
  54     DOUBLE = 'double',
  55     STRING = 'string',
  56     FILE = 'File',
  57     DIRECTORY = 'Directory',
  58 }
  59
  60 export interface CommandInputEnumSchema {
  61     symbols: string[];
  62     type: 'enum';
  63     label?: string;
  64     name?: string;
  65 }
  66
  67 export interface CommandInputArraySchema<ItemType> {
  68     items: ItemType;
  69     type: 'array';
  70     label?: string;
  71 }
  72
  73 export interface File {
  74     class: CWLType.FILE;
  75     location?: string;
  76     path?: string;
  77     basename?: string;
  78 }
  79
  80 export interface Directory {
  81     class: CWLType.DIRECTORY;
  82     location?: string;
  83     path?: string;
  84     basename?: string;
  85 }
  86
  87 export interface GenericCommandInputParameter<Type, Value> {
  88     id: string;
  89     label?: string;
  90     doc?: string | string[];
  91     default?: Value;
  92     type?: Type | Array<Type | CWLType.NULL>;
  93 }
  94 export type GenericArrayCommandInputParameter<Type, Value> = GenericCommandInputParameter<CommandInputArraySchema<Type>, Value[]>;
  95
  96 export type BooleanCommandInputParameter = GenericCommandInputParameter<CWLType.BOOLEAN, boolean>;
  97 export type IntCommandInputParameter = GenericCommandInputParameter<CWLType.INT, number>;
  98 export type LongCommandInputParameter = GenericCommandInputParameter<CWLType.LONG, number>;
  99 export type FloatCommandInputParameter = GenericCommandInputParameter<CWLType.FLOAT, number>;
 100 export type DoubleCommandInputParameter = GenericCommandInputParameter<CWLType.DOUBLE, number>;
 101 export type StringCommandInputParameter = GenericCommandInputParameter<CWLType.STRING, string>;
 102 export type FileCommandInputParameter = GenericCommandInputParameter<CWLType.FILE, File>;
 103 export type DirectoryCommandInputParameter = GenericCommandInputParameter<CWLType.DIRECTORY, Directory>;
 104 export type EnumCommandInputParameter = GenericCommandInputParameter<CommandInputEnumSchema, string>;
 105
 106 export type StringArrayCommandInputParameter = GenericArrayCommandInputParameter<CWLType.STRING, string>;
 107 export type FileArrayCommandInputParameter = GenericArrayCommandInputParameter<CWLType.FILE, File>;
 108 export type DirectoryArrayCommandInputParameter = GenericArrayCommandInputParameter<CWLType.DIRECTORY, Directory>;
 109
 110 export type WorkflowInputsData = {
 111     [key: string]: boolean | number | string | File | Directory;
 112 };
 113 export const parseWorkflowDefinition = (workflow: WorkflowResource): WorkflowResoruceDefinition => {
 114     const definition = safeLoad(workflow.definition);
 115     return definition;
 116 };
 117
 118 export const getWorkflowInputs = (workflowDefinition: WorkflowResoruceDefinition) => {
 119     const mainWorkflow = workflowDefinition.$graph.find(item => item.class === 'Workflow' && item.id === '#main');
 120     return mainWorkflow
 121         ? mainWorkflow.inputs
 122         : undefined;
 123 };
 124 export const getInputLabel = (input: CommandInputParameter) => {
 125     return `${input.label || input.id}`;
 126 };
 127
 128 export const isRequiredInput = ({ type }: CommandInputParameter) => {
 129     if (type instanceof Array) {
 130         for (const t of type) {
 131             if (t === CWLType.NULL) {
 132                 return false;
 133             }
 134         }
 135     }
 136     return true;
 137 };
 138
 139 export const isPrimitiveOfType = (input: GenericCommandInputParameter<any, any>, type: CWLType) =>
 140     input.type instanceof Array
 141         ? input.type.indexOf(type) > -1
 142         : input.type === type;
 143
 144 export const isArrayOfType = (input: GenericCommandInputParameter<any, any>, type: CWLType) =>
 145     typeof input.type === 'object' &&
 146         input.type.type === 'array'
 147         ? input.type.items === type
 148         : false;
 149
 150 export const stringifyInputType = ({ type }: CommandInputParameter) => {
 151     if (typeof type === 'string') {
 152         return type;
 153     } else if (type instanceof Array) {
 154         return type.join(' | ');
 155     } else if (typeof type === 'object') {
 156         if (type.type === 'enum') {
 157             return 'enum';
 158         } else if (type.type === 'array') {
 159             return `${type.items}[]`;
 160         } else {
 161             return 'unknown';
 162         }
 163     } else {
 164         return 'unknown';
 165     }
 166 };