19092: upload crunchstat_summary to Pypi
[arvados-dev.git] / jenkins / run-deploy.sh
1 #!/bin/bash
2
3 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
4 #
5 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
6
7 set -e
8
9 DEBUG=0
10 UNMANAGED=0
11 SSH_PORT=22
12 PUPPET_CONCURRENCY=5
13
14 read -d] -r SCOPES <<EOF
15 --scopes
16 '["GET /arvados/v1/virtual_machines",\n
17 "GET /arvados/v1/keep_services",\n
18 "GET /arvados/v1/keep_services/",\n
19 "GET /arvados/v1/groups",\n
20 "GET /arvados/v1/groups/",\n
21 "GET /arvados/v1/links",\n
22 "GET /arvados/v1/collections",\n
23 "POST /arvados/v1/collections",\n
24 "POST /arvados/v1/links",\n
25 "GET /arvados/v1/users/current",\n
26 "POST /arvados/v1/users/current",\n
27 "GET /arvados/v1/jobs",\n
28 "POST /arvados/v1/jobs",\n
29 "GET /arvados/v1/pipeline_instances",\n
30 "POST /arvados/v1/pipeline_instances",\n
31 "PUT /arvados/v1/pipeline_instances/",\n
32 "GET /arvados/v1/collections/",\n
33 "POST /arvados/v1/collections/",\n
34 "GET /arvados/v1/logs"]'
35 EOF
36
37 function usage {
38     echo >&2
39     echo >&2 "usage: $0 [options] <identifier>"
40     echo >&2
41     echo >&2 "   <identifier>                 Arvados cluster name"
42     echo >&2
43     echo >&2 "$0 options:"
44     echo >&2 "  -n, --node <node>             Single machine to deploy, use fqdn, optional"
45     echo >&2 "  -p, --port <ssh port>         SSH port to use (default 22)"
46     echo >&2 "  -c, --concurrency <max>       Maximum concurrency for puppet runs (default 5)"
47     echo >&2 "  -u, --unmanaged               Deploy to unmanaged node/cluster"
48     echo >&2 "  -d, --debug                   Enable debug output"
49     echo >&2 "  -h, --help                    Display this help and exit"
50     echo >&2
51     echo >&2 "Note: this script requires an arvados token created with these permissions:"
52     echo >&2 '  arv api_client_authorization create_system_auth \'
53     echo -e $SCOPES"]'" >&2
54     echo >&2
55 }
56
57
58 # NOTE: This requires GNU getopt (part of the util-linux package on Debian-based distros).
59 TEMP=`getopt -o hudp:c:n: \
60     --long help,unmanaged,debug,port:,concurrency:,node: \
61     -n "$0" -- "$@"`
62
63 if [ $? != 0 ] ; then echo "Use -h for help"; exit 1 ; fi
64 # Note the quotes around `$TEMP': they are essential!
65 eval set -- "$TEMP"
66
67 while [ $# -ge 1 ]
68 do
69     case $1 in
70         -n | --node)
71             NODE="$2"; shift 2
72             ;;
73         -p | --port)
74             SSH_PORT="$2"; shift 2
75             ;;
76         -c | --concurrency)
77             PUPPET_CONCURRENCY="$2"; shift 2
78             ;;
79         -u | --unmanaged)
80             UNMANAGED=1
81             shift
82             ;;
83         -d | --debug)
84             DEBUG=1
85             set -x
86             shift
87             ;;
88         --)
89             shift
90             break
91             ;;
92         *)
93             usage
94             exit 1
95             ;;
96     esac
97 done
98
99 IDENTIFIER=$1
100
101 if [[ "$IDENTIFIER" == '' ]]; then
102   usage
103   exit 1
104 fi
105
106 EXITCODE=0
107
108 COLUMNS=80
109
110 PUPPET_AGENT='
111 if [[ -e "/usr/local/rvm/scripts/rvm" ]]; then
112         source /usr/local/rvm/scripts/rvm
113         __rvm_unload
114 fi
115 now() { date +%s; }
116 let endtime="$(now) + 600"
117 while [ "$endtime" -gt "$(now)" ]; do
118     puppet agent --test --detailed-exitcodes
119     agent_exitcode=$?
120     if [ 0 = "$agent_exitcode" ] || [ 2 = "$agent_exitcode" ]; then
121         break
122     else
123         sleep 10s
124     fi
125 done
126 exit ${agent_exitcode:-99}
127 '
128
129 APT_AGENT='
130 now() { date +%s; }
131 let endtime="$(now) + 600"
132 while [ "$endtime" -gt "$(now)" ]; do
133   apt-get update
134   DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get -y upgrade
135   apt_exitcode=$?
136   if [ 0 = "$apt_exitcode" ]; then
137     break
138   else
139     sleep 10s
140   fi
141 done
142 exit ${apt_exitcode:-99}
143 '
144
145 title () {
146   date=`date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'`
147   printf "$date $1\n"
148 }
149
150 function update_node() {
151   if [[ $UNMANAGED -ne 0 ]]; then
152     run_apt $@
153   else
154     run_puppet $@
155   fi
156 }
157
158 function run_apt() {
159   node=$1
160
161   title "Running apt on $node"
162   sleep $[ $RANDOM / 6000 ].$[ $RANDOM / 1000 ]
163   TMP_FILE=`mktemp`
164   if [[ "$DEBUG" != "0" ]]; then
165     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C bash -c "'$APT_AGENT'" 2>&1 | sed 's/^/['"${node}"'] /' | tee $TMP_FILE
166   else
167     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C bash -c "'$APT_AGENT'" 2>&1 | sed 's/^/['"${node}"'] /' > $TMP_FILE 2>&1
168   fi
169
170   ECODE=${PIPESTATUS[0]}
171   RESULT=$(cat $TMP_FILE)
172
173   if [[ "$ECODE" != "255" && "$ECODE" != "0"  ]]; then
174     # Ssh exits 255 if the connection timed out. Just ignore that.
175     echo "ERROR running apt on $node: exit code $ECODE"
176     if [[ "$DEBUG" == "0" ]]; then
177       title "Command output follows:"
178       echo $RESULT
179     fi
180   fi
181   if [[ "$ECODE" == "255" ]]; then
182     title "Connection timed out"
183     ECODE=0
184   fi
185
186   if [[ "$ECODE" == "0" ]]; then
187       rm -f $TMP_FILE
188       title "$node successfully updated"
189   else
190       title "$node exit code: $ECODE see $TMP_FILE for details"
191   fi
192 }
193
194 function run_puppet() {
195   node=$1
196
197   title "Running puppet on $node"
198   sleep $[ $RANDOM / 6000 ].$[ $RANDOM / 1000 ]
199   TMP_FILE=`mktemp`
200   if [[ "$DEBUG" != "0" ]]; then
201     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C bash -c "'$PUPPET_AGENT'" 2>&1 | sed 's/^/['"${node}"'] /' | tee $TMP_FILE
202   else
203     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C bash -c "'$PUPPET_AGENT'" 2>&1 | sed 's/^/['"${node}"'] /' > $TMP_FILE 2>&1
204   fi
205
206   ECODE=${PIPESTATUS[0]}
207   RESULT=$(cat $TMP_FILE)
208
209   if [[ "$ECODE" != "255" && ! ("$RESULT" =~ 'already in progress') && "$ECODE" != "2" && "$ECODE" != "0"  ]]; then
210     # Ssh exits 255 if the connection timed out. Just ignore that.
211     # Puppet exits 2 if there are changes. For real!
212     # Puppet prints 'Notice: Run of Puppet configuration client already in progress' if another puppet process
213     #   was already running
214     echo "ERROR running puppet on $node: exit code $ECODE"
215     if [[ "$DEBUG" == "0" ]]; then
216       title "Command output follows:"
217       echo $RESULT
218     fi
219   fi
220   if [[ "$ECODE" == "255" ]]; then
221     title "Connection timed out"
222     ECODE=0
223   fi
224   if [[ "$ECODE" == "2" ]]; then
225     ECODE=0
226   fi
227
228   if [[ "$ECODE" == "0" ]]; then
229       rm -f $TMP_FILE
230       echo $node successfully updated
231   else
232       echo $node exit code: $ECODE see $TMP_FILE for details
233   fi
234 }
235
236 if [[ "$NODE" == "" ]] || [[ "$NODE" == "$IDENTIFIER.arvadosapi.com" ]]; then
237   title "Updating API server"
238   SUM_ECODE=0
239   update_node $IDENTIFIER.arvadosapi.com ECODE
240   SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
241
242   if [[ "$SUM_ECODE" != "0" ]]; then
243     title "ERROR: Updating API server FAILED"
244     EXITCODE=$(($EXITCODE + $SUM_ECODE))
245     exit $EXITCODE
246   fi
247 fi
248
249 if [[ "$NODE" == "$IDENTIFIER.arvadosapi.com" ]]; then
250         # we are done
251         exit 0
252 fi
253
254 title "Loading ARVADOS_API_HOST and ARVADOS_API_TOKEN"
255 if [[ -f "$HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf" ]]; then
256   . $HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf
257 else
258   title "WARNING: $HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf not found."
259 fi
260 if [[ "$ARVADOS_API_HOST" == "" ]] || [[ "$ARVADOS_API_TOKEN" == "" ]]; then
261   title "ERROR: ARVADOS_API_HOST and/or ARVADOS_API_TOKEN environment variables are not set."
262   exit 1
263 fi
264
265 title "Gathering list of nodes"
266 start_nodes="workbench"
267 if [[ "$IDENTIFIER" != "ce8i5" ]] && [[ "$IDENTIFIER" != "tordo" ]]; then
268   start_nodes="$start_nodes manage switchyard"
269 fi
270 SHELL_NODES=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv virtual_machine list |jq .items[].hostname -r`
271 KEEP_NODES=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv keep_service list |jq .items[].service_host -r`
272 SHELL_NODE_FOR_ARV_KEEPDOCKER="shell.$IDENTIFIER"
273 start_nodes="$start_nodes $SHELL_NODES $KEEP_NODES"
274
275 nodes=""
276 for n in $start_nodes; do
277   ECODE=0
278   if [[ $n =~ $ARVADOS_API_HOST$ ]]; then
279     # e.g. keep.qr1hi.arvadosapi.com
280     node=$n
281   else
282     # e.g. shell
283     node=$n.$ARVADOS_API_HOST
284   fi
285         if [[ "$NODE" == "" ]] || [[ "$NODE" == "$node" ]]; then
286           # e.g. keep.qr1hi
287           nodes="$nodes ${node%.arvadosapi.com}"
288         fi
289 done
290
291 if [[ "$nodes" != "" ]]; then
292   ## at this point nodes should be an array containing
293   ## manage.qr1hi,  keep.qr1hi, etc
294   ## that should be defined in the .ssh/config file
295   title "Updating in parallel:$nodes"
296   export -f update_node
297   export -f run_puppet
298   export -f run_apt
299   export -f title
300   export SSH_PORT
301   export PUPPET_AGENT
302   export APT_AGENT
303   export UNMANAGED
304   echo $nodes|xargs -d " " -n 1 -P $PUPPET_CONCURRENCY -I {} bash -c "update_node {}"
305 fi
306
307 if [[ "$NODE" == "" ]]; then
308   title "Locating Arvados Standard Docker images project"
309
310   JSON_FILTER="[[\"name\", \"=\", \"Arvados Standard Docker Images\"], [\"owner_uuid\", \"=\", \"$IDENTIFIER-tpzed-000000000000000\"]]"
311   DOCKER_IMAGES_PROJECT=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv --format=uuid group list --filters="$JSON_FILTER"`
312
313   if [[ "$DOCKER_IMAGES_PROJECT" == "" ]]; then
314     title "Warning: Arvados Standard Docker Images project not found. Creating it."
315
316     DOCKER_IMAGES_PROJECT=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv --format=uuid group create --group "{\"owner_uuid\":\"$IDENTIFIER-tpzed-000000000000000\", \"name\":\"Arvados Standard Docker Images\", \"group_class\":\"project\"}"`
317     ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv link create --link "{\"tail_uuid\":\"$IDENTIFIER-j7d0g-fffffffffffffff\", \"head_uuid\":\"$DOCKER_IMAGES_PROJECT\", \"link_class\":\"permission\", \"name\":\"can_read\" }"
318     if [[ "$?" != "0" ]]; then
319       title "ERROR: could not create standard Docker images project Please create it, cf. http://doc.arvados.org/install/create-standard-objects.html"
320       exit 1
321     fi
322   fi
323
324   title "Found Arvados Standard Docker Images project with uuid $DOCKER_IMAGES_PROJECT"
325
326   if [[ "$SHELL_NODE_FOR_ARV_KEEPDOCKER" == "" ]]; then
327     VERSION=`ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 125" -o "LogLevel QUIET" $IDENTIFIER apt-cache policy python3-arvados-cwl-runner|grep Candidate`
328     VERSION=`echo $VERSION|cut -f2 -d' '|cut -f1 -d-`
329
330     if [[ "$?" != "0" ]] || [[ "$VERSION" == "" ]]; then
331       title "ERROR: unable to get python3-arvados-cwl-runner version"
332       exit 1
333     else
334       title "Found version for python3-arvados-cwl-runner: $VERSION"
335     fi
336
337     set +e
338     CLEAN_VERSION=`echo $VERSION | sed s/~dev/.dev/g | sed s/~rc/rc/g`
339     ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker |grep -qP "arvados/jobs +$CLEAN_VERSION "
340     if [[ $? -eq 0 ]]; then
341       set -e
342       title "Found arvados/jobs Docker image version $CLEAN_VERSION, nothing to upload"
343     else
344       set -e
345       title "Installing arvados/jobs Docker image version $CLEAN_VERSION"
346       ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker --pull --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs $CLEAN_VERSION
347       if [[ $? -ne 0 ]]; then
348         title "'arv-keepdocker' failed..."
349         exit 1
350       fi
351     fi
352   else
353     VERSION=`ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 125" -o "LogLevel QUIET" $SHELL_NODE_FOR_ARV_KEEPDOCKER apt-cache policy python3-arvados-cwl-runner|grep Candidate`
354     VERSION=`echo $VERSION|cut -f2 -d' '|cut -f1 -d-`
355
356     if [[ "$?" != "0" ]] || [[ "$VERSION" == "" ]]; then
357       title "ERROR: unable to get python3-arvados-cwl-runner version"
358       exit 1
359     else
360       title "Found version for python3-arvados-cwl-runner: $VERSION"
361     fi
362
363     set +e
364     CLEAN_VERSION=`echo $VERSION | sed s/~dev/.dev/g | sed s/~rc/rc/g`
365     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 125" -o "LogLevel QUIET" $SHELL_NODE_FOR_ARV_KEEPDOCKER "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker" |grep -qP "arvados/jobs +$CLEAN_VERSION "
366     if [[ $? -eq 0 ]]; then
367       set -e
368       title "Found arvados/jobs Docker image version $CLEAN_VERSION, nothing to upload"
369     else
370       set -e
371       title "Installing arvados/jobs Docker image version $CLEAN_VERSION"
372       ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 125" -o "LogLevel QUIET" $SHELL_NODE_FOR_ARV_KEEPDOCKER "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker --pull --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs $CLEAN_VERSION"
373       if [[ $? -ne 0 ]]; then
374         title "'arv-keepdocker' failed..."
375         exit 1
376       fi
377     fi
378   fi
379 fi