jenkins/run-deploy.sh

   1 #!/bin/bash
   2
   3 DEBUG=0
   4
   5 function usage {
   6     echo >&2
   7     echo >&2 "usage: $0 [options] <identifier>"
   8     echo >&2
   9     echo >&2 "   <identifier>                 Arvados cluster name"
  10     echo >&2
  11     echo >&2 "$0 options:"
  12     echo >&2 "  -d, --debug                   Enable debug output"
  13     echo >&2 "  -h, --help                    Display this help and exit"
  14     echo >&2
  15     echo >&2 "Note: this script requires an arvados token created with these permissions:"
  16     echo >&2 '  arv api_client_authorization create_system_auth \'
  17     echo >&2 '    --scopes "[\"GET /arvados/v1/virtual_machines\",'
  18     echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/keep_services\",'
  19     echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/keep_services/\",'
  20     echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/groups\",'
  21     echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/groups/\",'
  22     echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/links\",'
  23     echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/collections\",'
  24     echo >&2 '               \"POST /arvados/v1/collections\",'
  25     echo >&2 '               \"POST /arvados/v1/links\"]"'
  26     echo >&2
  27 }
  28
  29 # NOTE: This requires GNU getopt (part of the util-linux package on Debian-based distros).
  30 TEMP=`getopt -o hd \
  31     --long help,debug \
  32     -n "$0" -- "$@"`
  33
  34 if [ $? != 0 ] ; then echo "Use -h for help"; exit 1 ; fi
  35 # Note the quotes around `$TEMP': they are essential!
  36 eval set -- "$TEMP"
  37
  38 while [ $# -ge 1 ]
  39 do
  40     case $1 in
  41         -d | --debug)
  42             DEBUG=1
  43             shift
  44             ;;
  45         --)
  46             shift
  47             break
  48             ;;
  49         *)
  50             usage
  51             exit 1
  52             ;;
  53     esac
  54 done
  55
  56 IDENTIFIER=$1
  57
  58 if [[ "$IDENTIFIER" == '' ]]; then
  59   usage
  60   exit 1
  61 fi
  62
  63 EXITCODE=0
  64
  65 COLUMNS=80
  66
  67 PUPPET_AGENT='
  68 now() { date +%s; }
  69 let endtime="$(now) + 600"
  70 while [ "$endtime" -gt "$(now)" ]; do
  71     puppet agent --test --detailed-exitcodes
  72     agent_exitcode=$?
  73     if [ 0 = "$agent_exitcode" ] || [ 2 = "$agent_exitcode" ]; then
  74         break
  75     else
  76         sleep 10s
  77     fi
  78 done
  79 exit ${agent_exitcode:-99}
  80 '
  81
  82 title () {
  83   date=`date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'`
  84   printf "$date $1\n"
  85 }
  86
  87 function run_puppet() {
  88   node=$1
  89   return_var=$2
  90
  91   title "Running puppet on $node"
  92   TMP_FILE=`mktemp`
  93   if [[ "$DEBUG" != "0" ]]; then
  94     ssh -t -p2222 -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C bash -c "'$PUPPET_AGENT'" | tee $TMP_FILE
  95   else
  96     ssh -t -p2222 -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C bash -c "'$PUPPET_AGENT'" > $TMP_FILE 2>&1
  97   fi
  98
  99   ECODE=${PIPESTATUS[0]}
 100   RESULT=$(cat $TMP_FILE)
 101
 102   if [[ "$ECODE" != "255" && ! ("$RESULT" =~ 'already in progress') && "$ECODE" != "2" && "$ECODE" != "0"  ]]; then
 103     # Ssh exits 255 if the connection timed out. Just ignore that.
 104     # Puppet exits 2 if there are changes. For real!
 105     # Puppet prints 'Notice: Run of Puppet configuration client already in progress' if another puppet process
 106     #   was already running
 107     echo "ERROR running puppet on $node: exit code $ECODE"
 108     if [[ "$DEBUG" == "0" ]]; then
 109       title "Command output follows:"
 110       echo $RESULT
 111     fi
 112   fi
 113   if [[ "$ECODE" == "255" ]]; then
 114     title "Connection timed out"
 115     ECODE=0
 116   fi
 117   if [[ "$ECODE" == "2" ]]; then
 118     ECODE=0
 119   fi
 120   rm -f $TMP_FILE
 121   eval "$return_var=$ECODE"
 122 }
 123
 124 function run_command() {
 125   node=$1
 126   return_var=$2
 127   command=$3
 128
 129   title "Running '$command' on $node"
 130   TMP_FILE=`mktemp`
 131   if [[ "$DEBUG" != "0" ]]; then
 132     ssh -t -p2222 -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C "$command" | tee $TMP_FILE
 133   else
 134     ssh -t -p2222 -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C "$command" > $TMP_FILE 2>&1
 135   fi
 136
 137   ECODE=$?
 138   RESULT=$(cat $TMP_FILE)
 139
 140   if [[ "$ECODE" != "255" && "$ECODE" != "0"  ]]; then
 141     # Ssh exists 255 if the connection timed out. Just ignore that, it's possible that this node is
 142     #   a shell node that is down.
 143     title "ERROR running command on $node: exit code $ECODE"
 144     if [[ "$DEBUG" == "0" ]]; then
 145       title "Command output follows:"
 146       echo $RESULT
 147     fi
 148   fi
 149   if [[ "$ECODE" == "255" ]]; then
 150     title "Connection timed out"
 151     ECODE=0
 152   fi
 153   rm -f $TMP_FILE
 154   eval "$return_var=$ECODE"
 155 }
 156
 157 title "Updating API server"
 158 SUM_ECODE=0
 159 run_puppet $IDENTIFIER.arvadosapi.com ECODE
 160 SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 161 run_command $IDENTIFIER.arvadosapi.com ECODE "/usr/local/rvm/bin/rvm-exec /usr/local/bin/arvados-api-server-upgrade.sh"
 162 SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 163 if [ ! "$IDENTIFIER" = "c97qk" ]
 164 then
 165   run_command $IDENTIFIER.arvadosapi.com ECODE "dpkg -L arvados-mailchimp-plugin 2>/dev/null && apt-get install arvados-mailchimp-plugin --reinstall || echo"
 166   SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 167 fi
 168
 169 if [[ "$SUM_ECODE" != "0" ]]; then
 170   title "ERROR: Updating API server FAILED"
 171   EXITCODE=$(($EXITCODE + $SUM_ECODE))
 172   exit $EXITCODE
 173 fi
 174
 175 title "Loading ARVADOS_API_HOST and ARVADOS_API_TOKEN"
 176 if [[ -f "$HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf" ]]; then
 177   . $HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf
 178 else
 179   title "WARNING: $HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf not found."
 180 fi
 181 if [[ "$ARVADOS_API_HOST" == "" ]] || [[ "$ARVADOS_API_TOKEN" == "" ]]; then
 182   title "ERROR: ARVADOS_API_HOST and/or ARVADOS_API_TOKEN environment variables are not set."
 183   exit 1
 184 fi
 185
 186 title "Locating Arvados Standard Docker images project"
 187
 188 JSON_FILTER="[[\"name\", \"=\", \"Arvados Standard Docker Images\"], [\"owner_uuid\", \"=\", \"$IDENTIFIER-tpzed-000000000000000\"]]"
 189 DOCKER_IMAGES_PROJECT=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv --format=uuid group list --filters="$JSON_FILTER"`
 190
 191 if [[ "$DOCKER_IMAGES_PROJECT" == "" ]]; then
 192   title "Warning: Arvados Standard Docker Images project not found. Creating it."
 193
 194   DOCKER_IMAGES_PROJECT=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv --format=uuid group create --group "{\"owner_uuid\":\"$IDENTIFIER-tpzed-000000000000000\", \"name\":\"Arvados Standard Docker Images\", \"group_class\":\"project\"}"`
 195   ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv link create --link "{\"tail_uuid\":\"$IDENTIFIER-j7d0g-fffffffffffffff\", \"head_uuid\":\"$DOCKER_IMAGES_PROJECT\", \"link_class\":\"permission\", \"name\":\"can_read\" }"
 196   if [[ "$?" != "0" ]]; then
 197     title "ERROR: could not create standard Docker images project Please create it, cf. http://doc.arvados.org/install/create-standard-objects.html"
 198     exit 1
 199   fi
 200 fi
 201
 202 title "Found Arvados Standard Docker Images project with uuid $DOCKER_IMAGES_PROJECT"
 203 GIT_COMMIT=`ssh -o "StrictHostKeyChecking no" $IDENTIFIER cat /usr/local/arvados/src/git-commit.version`
 204
 205 if [[ "$?" != "0" ]] || [[ "$GIT_COMMIT" == "" ]]; then
 206   title "ERROR: unable to get arvados/jobs Docker image git revision"
 207   exit 1
 208 else
 209   title "Found git commit for arvados/jobs Docker image: $GIT_COMMIT"
 210 fi
 211
 212 run_command shell.$IDENTIFIER ECODE "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN /usr/local/rvm/bin/rvm-exec default arv keep docker" |grep -q $GIT_COMMIT
 213
 214 if [[ "$?" == "0" ]]; then
 215   title "Found latest arvados/jobs Docker image, nothing to upload"
 216 else
 217   title "Installing latest arvados/jobs Docker image"
 218   ssh -o "StrictHostKeyChecking no" shell.$IDENTIFIER "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN /usr/local/rvm/bin/rvm-exec default arv keep docker --pull --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs $GIT_COMMIT"
 219   if [[ "$?" -ne 0 ]]; then
 220     title "'git pull' failed exiting..."
 221     exit 1
 222   fi
 223 fi
 224
 225 title "Gathering list of shell and Keep nodes"
 226 SHELL_NODES=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv virtual_machine list |jq .items[].hostname -r`
 227 KEEP_NODES=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv keep_service list |jq .items[].service_host -r`
 228
 229 title "Updating workbench"
 230 SUM_ECODE=0
 231 if [[ `host workbench.$ARVADOS_API_HOST |cut -f4 -d' '` != `host $ARVADOS_API_HOST |cut -f4 -d' '` ]]; then
 232   # Workbench runs on a separate host. We need to run puppet there too.
 233   run_puppet workbench.$IDENTIFIER ECODE
 234   SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 235 fi
 236
 237 run_command workbench.$IDENTIFIER ECODE "/usr/local/rvm/bin/rvm-exec /usr/local/bin/arvados-workbench-upgrade.sh"
 238 SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 239
 240 if [[ "$SUM_ECODE" != "0" ]]; then
 241   title "ERROR: Updating workbench FAILED"
 242   EXITCODE=$(($EXITCODE + $SUM_ECODE))
 243   exit $EXITCODE
 244 fi
 245
 246 for n in manage switchyard $SHELL_NODES $KEEP_NODES; do
 247   ECODE=0
 248   if [[ $n =~ $ARVADOS_API_HOST$ ]]; then
 249     # e.g. keep.qr1hi.arvadosapi.com
 250     node=$n
 251   else
 252     # e.g. shell
 253     node=$n.$ARVADOS_API_HOST
 254   fi
 255
 256   # e.g. keep.qr1hi
 257   node=${node%.arvadosapi.com}
 258
 259   title "Updating $node"
 260   run_puppet $node ECODE
 261   if [[ "$ECODE" != "0" ]]; then
 262     title "ERROR: Updating $node node FAILED: exit code $ECODE"
 263     EXITCODE=$(($EXITCODE + $ECODE))
 264     exit $EXITCODE
 265   fi
 266 done