jenkins/run-deploy.sh

   1 #!/bin/bash
   2
   3 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   4 #
   5 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   6
   7 DEBUG=0
   8 SSH_PORT=22
   9 PUPPET_CONCURRENCY=5
  10
  11 read -d] -r SCOPES <<EOF
  12 --scopes
  13 '["GET /arvados/v1/virtual_machines",\n
  14 "GET /arvados/v1/keep_services",\n
  15 "GET /arvados/v1/keep_services/",\n
  16 "GET /arvados/v1/groups",\n
  17 "GET /arvados/v1/groups/",\n
  18 "GET /arvados/v1/links",\n
  19 "GET /arvados/v1/collections",\n
  20 "POST /arvados/v1/collections",\n
  21 "POST /arvados/v1/links",\n
  22 "GET /arvados/v1/users/current",\n
  23 "POST /arvados/v1/users/current",\n
  24 "GET /arvados/v1/jobs",\n
  25 "POST /arvados/v1/jobs",\n
  26 "GET /arvados/v1/pipeline_instances",\n
  27 "POST /arvados/v1/pipeline_instances",\n
  28 "PUT /arvados/v1/pipeline_instances/",\n
  29 "GET /arvados/v1/collections/",\n
  30 "POST /arvados/v1/collections/",\n
  31 "GET /arvados/v1/logs"]'
  32 EOF
  33
  34 function usage {
  35     echo >&2
  36     echo >&2 "usage: $0 [options] <identifier>"
  37     echo >&2
  38     echo >&2 "   <identifier>                 Arvados cluster name"
  39     echo >&2
  40     echo >&2 "$0 options:"
  41     echo >&2 "  -p, --port <ssh port>         SSH port to use (default 22)"
  42     echo >&2 "  -c, --concurrency <max>       Maximum concurrency for puppet runs (default 5)"
  43     echo >&2 "  -d, --debug                   Enable debug output"
  44     echo >&2 "  -h, --help                    Display this help and exit"
  45     echo >&2
  46     echo >&2 "Note: this script requires an arvados token created with these permissions:"
  47     echo >&2 '  arv api_client_authorization create_system_auth \'
  48     echo -e $SCOPES"]'" >&2
  49     echo >&2
  50 }
  51
  52
  53 # NOTE: This requires GNU getopt (part of the util-linux package on Debian-based distros).
  54 TEMP=`getopt -o hdp:c: \
  55     --long help,debug,port:,concurrency: \
  56     -n "$0" -- "$@"`
  57
  58 if [ $? != 0 ] ; then echo "Use -h for help"; exit 1 ; fi
  59 # Note the quotes around `$TEMP': they are essential!
  60 eval set -- "$TEMP"
  61
  62 while [ $# -ge 1 ]
  63 do
  64     case $1 in
  65         -p | --port)
  66             SSH_PORT="$2"; shift 2
  67             ;;
  68         -c | --concurrency)
  69             PUPPET_CONCURRENCY="$2"; shift 2
  70             ;;
  71         -d | --debug)
  72             DEBUG=1
  73             shift
  74             ;;
  75         --)
  76             shift
  77             break
  78             ;;
  79         *)
  80             usage
  81             exit 1
  82             ;;
  83     esac
  84 done
  85
  86 IDENTIFIER=$1
  87
  88 if [[ "$IDENTIFIER" == '' ]]; then
  89   usage
  90   exit 1
  91 fi
  92
  93 EXITCODE=0
  94
  95 COLUMNS=80
  96
  97 PUPPET_AGENT='
  98 now() { date +%s; }
  99 let endtime="$(now) + 600"
 100 while [ "$endtime" -gt "$(now)" ]; do
 101     puppet agent --test --detailed-exitcodes
 102     agent_exitcode=$?
 103     if [ 0 = "$agent_exitcode" ] || [ 2 = "$agent_exitcode" ]; then
 104         break
 105     else
 106         sleep 10s
 107     fi
 108 done
 109 exit ${agent_exitcode:-99}
 110 '
 111
 112 title () {
 113   date=`date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'`
 114   printf "$date $1\n"
 115 }
 116
 117 function run_puppet() {
 118   node=$1
 119
 120   title "Running puppet on $node"
 121   sleep $[ $RANDOM / 6000 ].$[ $RANDOM / 1000 ]
 122   TMP_FILE=`mktemp`
 123   if [[ "$DEBUG" != "0" ]]; then
 124     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C bash -c "'$PUPPET_AGENT'" | tee $TMP_FILE
 125   else
 126     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C bash -c "'$PUPPET_AGENT'" > $TMP_FILE 2>&1
 127   fi
 128
 129   ECODE=${PIPESTATUS[0]}
 130   RESULT=$(cat $TMP_FILE)
 131
 132   if [[ "$ECODE" != "255" && ! ("$RESULT" =~ 'already in progress') && "$ECODE" != "2" && "$ECODE" != "0"  ]]; then
 133     # Ssh exits 255 if the connection timed out. Just ignore that.
 134     # Puppet exits 2 if there are changes. For real!
 135     # Puppet prints 'Notice: Run of Puppet configuration client already in progress' if another puppet process
 136     #   was already running
 137     echo "ERROR running puppet on $node: exit code $ECODE"
 138     if [[ "$DEBUG" == "0" ]]; then
 139       title "Command output follows:"
 140       echo $RESULT
 141     fi
 142   fi
 143   if [[ "$ECODE" == "255" ]]; then
 144     title "Connection timed out"
 145     ECODE=0
 146   fi
 147   if [[ "$ECODE" == "2" ]]; then
 148     ECODE=0
 149   fi
 150
 151   if [[ "$ECODE" == "0" ]]; then
 152       rm -f $TMP_FILE
 153       echo $node successfully updates
 154   else
 155       echo $node exit code: $ECODE see $TMP_FILE for details
 156   fi
 157 }
 158
 159 function run_command() {
 160   node=$1
 161   return_var=$2
 162   command=$3
 163
 164   title "Running '$command' on $node"
 165   TMP_FILE=`mktemp`
 166   if [[ "$DEBUG" != "0" ]]; then
 167     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 125" root@$node -C "$command" | tee $TMP_FILE
 168   else
 169     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 125" root@$node -C "$command" > $TMP_FILE 2>&1
 170   fi
 171
 172   ECODE=$?
 173   RESULT=$(cat $TMP_FILE)
 174
 175   if [[ "$ECODE" != "255" && "$ECODE" != "0"  ]]; then
 176     # Ssh exists 255 if the connection timed out. Just ignore that, it's possible that this node is
 177     #   a shell node that is down.
 178     title "ERROR running command on $node: exit code $ECODE"
 179     if [[ "$DEBUG" == "0" ]]; then
 180       title "Command output follows:"
 181       echo $RESULT
 182     fi
 183   fi
 184   if [[ "$ECODE" == "255" ]]; then
 185     title "Connection timed out"
 186     ECODE=0
 187   fi
 188   rm -f $TMP_FILE
 189   eval "$return_var=$ECODE"
 190 }
 191
 192 title "Updating API server"
 193 SUM_ECODE=0
 194 run_puppet $IDENTIFIER.arvadosapi.com ECODE
 195 SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 196
 197 if [[ "$SUM_ECODE" != "0" ]]; then
 198   title "ERROR: Updating API server FAILED"
 199   EXITCODE=$(($EXITCODE + $SUM_ECODE))
 200   exit $EXITCODE
 201 fi
 202
 203 title "Loading ARVADOS_API_HOST and ARVADOS_API_TOKEN"
 204 if [[ -f "$HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf" ]]; then
 205   . $HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf
 206 else
 207   title "WARNING: $HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf not found."
 208 fi
 209 if [[ "$ARVADOS_API_HOST" == "" ]] || [[ "$ARVADOS_API_TOKEN" == "" ]]; then
 210   title "ERROR: ARVADOS_API_HOST and/or ARVADOS_API_TOKEN environment variables are not set."
 211   exit 1
 212 fi
 213
 214 title "Gathering list of shell and Keep nodes"
 215 SHELL_NODES=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv virtual_machine list |jq .items[].hostname -r`
 216 KEEP_NODES=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv keep_service list |jq .items[].service_host -r`
 217
 218 nodes=""
 219 for n in workbench manage switchyard $SHELL_NODES $KEEP_NODES; do
 220   ECODE=0
 221   if [[ $n =~ $ARVADOS_API_HOST$ ]]; then
 222     # e.g. keep.qr1hi.arvadosapi.com
 223     node=$n
 224   else
 225     # e.g. shell
 226     node=$n.$ARVADOS_API_HOST
 227   fi
 228   # e.g. keep.qr1hi
 229   nodes="$nodes ${node%.arvadosapi.com}"
 230 done
 231
 232 ## at this point nodes should be an array containing
 233 ## manage.qr1hi,  keep.qr1hi, etc
 234 ## that should be defined in the .ssh/config file
 235 title "Updating in parallel: $nodes"
 236 export -f run_puppet
 237 export -f title
 238 export SSH_PORT
 239 export PUPPET_AGENT
 240 echo $nodes|xargs -d " " -n 1 -P $PUPPET_CONCURRENCY -I {} bash -c "run_puppet {}"
 241
 242 title "Locating Arvados Standard Docker images project"
 243
 244 JSON_FILTER="[[\"name\", \"=\", \"Arvados Standard Docker Images\"], [\"owner_uuid\", \"=\", \"$IDENTIFIER-tpzed-000000000000000\"]]"
 245 DOCKER_IMAGES_PROJECT=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv --format=uuid group list --filters="$JSON_FILTER"`
 246
 247 if [[ "$DOCKER_IMAGES_PROJECT" == "" ]]; then
 248   title "Warning: Arvados Standard Docker Images project not found. Creating it."
 249
 250   DOCKER_IMAGES_PROJECT=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv --format=uuid group create --group "{\"owner_uuid\":\"$IDENTIFIER-tpzed-000000000000000\", \"name\":\"Arvados Standard Docker Images\", \"group_class\":\"project\"}"`
 251   ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv link create --link "{\"tail_uuid\":\"$IDENTIFIER-j7d0g-fffffffffffffff\", \"head_uuid\":\"$DOCKER_IMAGES_PROJECT\", \"link_class\":\"permission\", \"name\":\"can_read\" }"
 252   if [[ "$?" != "0" ]]; then
 253     title "ERROR: could not create standard Docker images project Please create it, cf. http://doc.arvados.org/install/create-standard-objects.html"
 254     exit 1
 255   fi
 256 fi
 257
 258 title "Found Arvados Standard Docker Images project with uuid $DOCKER_IMAGES_PROJECT"
 259 GIT_COMMIT=`ssh -o "StrictHostKeyChecking no" shell.$IDENTIFIER "python -c 'import arvados_cwl ; print arvados_cwl.__version__'" 2>&1 |grep -v INFO:rdflib:RDFLib`
 260
 261 if [[ "$?" != "0" ]] || [[ "$GIT_COMMIT" == "" ]]; then
 262   title "ERROR: unable to get arvados/jobs Docker image git revision"
 263   exit 1
 264 else
 265   title "Found git commit for arvados/jobs Docker image: $GIT_COMMIT"
 266 fi
 267
 268 run_command shell.$IDENTIFIER ECODE "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN /usr/local/rvm/bin/rvm-exec default arv keep docker" |grep -q $GIT_COMMIT
 269
 270 if [[ "$?" == "0" ]]; then
 271   title "Found latest arvados/jobs Docker image, nothing to upload"
 272   # Just in case it isn't yet, tag the image as latest
 273   ssh -o "StrictHostKeyChecking no" shell.$IDENTIFIER "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker arvados/jobs latest"
 274 else
 275   title "Installing latest arvados/jobs Docker image"
 276   ssh -o "StrictHostKeyChecking no" shell.$IDENTIFIER "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN /usr/local/rvm/bin/rvm-exec default arv keep docker --pull --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs $GIT_COMMIT"
 277   ssh -o "StrictHostKeyChecking no" shell.$IDENTIFIER docker tag --force >/dev/null 2>&1
 278   # docker 1.13 no longer supports --force. Sigh.
 279   if [[ "$?" == "125" ]]; then
 280     FORCE_TAG=""
 281   else
 282     FORCE_TAG="--force"
 283   fi
 284   ## adding latest tag too  refs 9254
 285   ssh -o "StrictHostKeyChecking no" shell.$IDENTIFIER docker tag $FORCE_TAG arvados/jobs:$GIT_COMMIT arvados/jobs:latest
 286   ssh -o "StrictHostKeyChecking no" shell.$IDENTIFIER "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs latest"
 287   if [[ "$?" -ne 0 ]]; then
 288     title "'git pull' failed exiting..."
 289     exit 1
 290   fi
 291 fi