jenkins/run-deploy.sh

   1 #!/bin/bash
   2
   3 DEBUG=0
   4
   5 function usage {
   6     echo >&2
   7     echo >&2 "usage: $0 [options] <identifier>"
   8     echo >&2
   9     echo >&2 "   <identifier>                 Arvados cluster name"
  10     echo >&2
  11     echo >&2 "$0 options:"
  12     echo >&2 "  -d, --debug                   Enable debug output"
  13     echo >&2 "  -h, --help                    Display this help and exit"
  14     echo >&2
  15     echo >&2 "Note: this script requires an arvados token created with these permissions:"
  16     echo >&2 '  arv api_client_authorization create_system_auth \'
  17     echo >&2 '    --scopes "[\"GET /arvados/v1/virtual_machines\",'
  18     echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/keep_services/\",'
  19     echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/groups\",'
  20     echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/links\",'
  21     echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/groups/\",'
  22     echo >&2 '               \"POST /arvados/v1/collections\",'
  23     echo >&2 '               \"POST /arvados/v1/links\"]"'
  24     echo >&2
  25 }
  26
  27 # NOTE: This requires GNU getopt (part of the util-linux package on Debian-based distros).
  28 TEMP=`getopt -o hd \
  29     --long help,debug \
  30     -n "$0" -- "$@"`
  31
  32 if [ $? != 0 ] ; then echo "Use -h for help"; exit 1 ; fi
  33 # Note the quotes around `$TEMP': they are essential!
  34 eval set -- "$TEMP"
  35
  36 while [ $# -ge 1 ]
  37 do
  38     case $1 in
  39         -d | --debug)
  40             DEBUG=1
  41             shift
  42             ;;
  43         --)
  44             shift
  45             break
  46             ;;
  47         *)
  48             usage
  49             exit 1
  50             ;;
  51     esac
  52 done
  53
  54 IDENTIFIER=$1
  55
  56 if [[ "$IDENTIFIER" == '' ]]; then
  57   usage
  58   exit 1
  59 fi
  60
  61 EXITCODE=0
  62
  63 COLUMNS=80
  64
  65 title () {
  66   date=`date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'`
  67   printf "$date $1\n"
  68 }
  69
  70 function run_puppet() {
  71   node=$1
  72   return_var=$2
  73
  74   title "Running puppet on $node"
  75   TMP_FILE=`mktemp`
  76   if [[ "$DEBUG" != "0" ]]; then
  77     ssh -t -p2222 -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C "/usr/bin/puppet agent -t" | tee $TMP_FILE
  78   else
  79     ssh -t -p2222 -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C "/usr/bin/puppet agent -t" > $TMP_FILE 2>&1
  80   fi
  81
  82   ECODE=$?
  83   RESULT=$(cat $TMP_FILE)
  84
  85   if [[ "$ECODE" != "255" && ! ("$RESULT" =~ 'already in progress') && "$ECODE" != "2" && "$ECODE" != "0"  ]]; then
  86     # Ssh exits 255 if the connection timed out. Just ignore that.
  87     # Puppet exits 2 if there are changes. For real!
  88     # Puppet prints 'Notice: Run of Puppet configuration client already in progress' if another puppet process
  89     #   was already running
  90     echo "ERROR running puppet on $node: exit code $ECODE"
  91     if [[ "$DEBUG" == "0" ]]; then
  92       title "Command output follows:"
  93       echo $RESULT
  94     fi
  95   fi
  96   if [[ "$ECODE" == "255" ]]; then
  97     title "Connection timed out"
  98     ECODE=0
  99   fi
 100   if [[ "$ECODE" == "2" ]]; then
 101     ECODE=0
 102   fi
 103   rm -f $TMP_FILE
 104   eval "$return_var=$ECODE"
 105 }
 106
 107 function run_command() {
 108   node=$1
 109   return_var=$2
 110   command=$3
 111
 112   title "Running '$command' on $node"
 113   TMP_FILE=`mktemp`
 114   if [[ "$DEBUG" != "0" ]]; then
 115     ssh -t -p2222 -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C "$command" | tee $TMP_FILE
 116   else
 117     ssh -t -p2222 -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C "$command" > $TMP_FILE 2>&1
 118   fi
 119
 120   ECODE=$?
 121   RESULT=$(cat $TMP_FILE)
 122
 123   if [[ "$ECODE" != "255" && "$ECODE" != "0"  ]]; then
 124     # Ssh exists 255 if the connection timed out. Just ignore that, it's possible that this node is
 125     #   a shell node that is down.
 126     title "ERROR running command on $node: exit code $ECODE"
 127     if [[ "$DEBUG" == "0" ]]; then
 128       title "Command output follows:"
 129       echo $RESULT
 130     fi
 131   fi
 132   if [[ "$ECODE" == "255" ]]; then
 133     title "Connection timed out"
 134     ECODE=0
 135   fi
 136   rm -f $TMP_FILE
 137   eval "$return_var=$ECODE"
 138 }
 139
 140 title "Loading ARVADOS_API_HOST and ARVADOS_API_TOKEN"
 141 if [[ -f "$HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf" ]]; then
 142   . $HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf
 143 else
 144   title "WARNING: $HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf not found."
 145 fi
 146 if [[ "$ARVADOS_API_HOST" == "" ]] || [[ "$ARVADOS_API_TOKEN" == "" ]]; then
 147   title "ERROR: ARVADOS_API_HOST and/or ARVADOS_API_TOKEN environment variables are not set."
 148   exit 1
 149 fi
 150
 151 title "Locating Arvados Standard Docker images project"
 152
 153 JSON_FILTER="[[\"name\", \"=\", \"Arvados Standard Docker Images\"], [\"owner_uuid\", \"=\", \"$IDENTIFIER-tpzed-000000000000000\"]]"
 154 DOCKER_IMAGES_PROJECT=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv --format=uuid group list --filters="$JSON_FILTER"`
 155
 156 if [[ "$DOCKER_IMAGES_PROJECT" == "" ]]; then
 157   title "Warning: Arvados Standard Docker Images project not found. Creating it."
 158
 159   DOCKER_IMAGES_PROJECT=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv --format=uuid group create --group "{\"owner_uuid\":\"$IDENTIFIER-tpzed-000000000000000\", \"name\":\"Arvados Standard Docker Images\", \"group_class\":\"project\"}"`
 160   ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv link create --link "{\"tail_uuid\":\"$IDENTIFIER-j7d0g-fffffffffffffff\", \"head_uuid\":\"$DOCKER_IMAGES_PROJECT\", \"link_class\":\"permission\", \"name\":\"can_read\" }"
 161   if [[ "$?" != "0" ]]; then
 162     title "ERROR: could not create standard Docker images project Please create it, cf. http://doc.arvados.org/install/create-standard-objects.html"
 163     exit 1
 164   fi
 165 fi
 166
 167 title "Found Arvados Standard Docker Images project with uuid $DOCKER_IMAGES_PROJECT"
 168 GIT_COMMIT=`ssh -o "StrictHostKeyChecking no" $IDENTIFIER cat /usr/local/arvados/src/git-commit.version`
 169
 170 if [[ "$?" != "0" ]] || [[ "$GIT_COMMIT" == "" ]]; then
 171   title "ERROR: unable to get arvados/jobs Docker image git revision"
 172   exit 1
 173 else
 174   title "Found git commit for arvados/jobs Docker image: $GIT_COMMIT"
 175 fi
 176
 177 run_command shell.$IDENTIFIER ECODE "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN /usr/local/rvm/bin/rvm-exec default arv keep docker" |grep -q $GIT_COMMIT
 178
 179 if [[ "$?" == "0" ]]; then
 180   title "Found latest arvados/jobs Docker image, nothing to upload"
 181 else
 182   title "Installing latest arvados/jobs Docker image"
 183   ssh -o "StrictHostKeyChecking no" shell.$IDENTIFIER "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN /usr/local/rvm/bin/rvm-exec default arv keep docker --pull --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs $GIT_COMMIT"
 184   if [[ "$?" -ne 0 ]]; then
 185     title "'git pull' failed exiting..."
 186     exit 1
 187   fi
 188 fi
 189
 190 title "Gathering list of shell and Keep nodes"
 191 SHELL_NODES=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv virtual_machine list |jq .items[].hostname -r`
 192 KEEP_NODES=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv keep_service list |jq .items[].service_host -r`
 193
 194 title "Updating API server"
 195 SUM_ECODE=0
 196 run_puppet $IDENTIFIER.arvadosapi.com ECODE
 197 SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 198 run_command $IDENTIFIER.arvadosapi.com ECODE "/usr/local/bin/arvados-api-server-upgrade.sh"
 199 SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 200 run_command $IDENTIFIER.arvadosapi.com ECODE "dpkg -L arvados-mailchimp-plugin 2>/dev/null && apt-get install arvados-mailchimp-plugin --reinstall || echo"
 201 SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 202
 203 if [[ "$SUM_ECODE" != "0" ]]; then
 204   title "ERROR: Updating API server FAILED"
 205   EXITCODE=$(($EXITCODE + $SUM_ECODE))
 206   exit $EXITCODE
 207 fi
 208
 209 title "Updating workbench"
 210 SUM_ECODE=0
 211 if [[ `host workbench.$ARVADOS_API_HOST` != `host $ARVADOS_API_HOST` ]]; then
 212   # Workbench runs on a separate host. We need to run puppet there too.
 213   run_puppet workbench.$IDENTIFIER ECODE
 214   SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 215 fi
 216
 217 run_command workbench.$IDENTIFIER ECODE "/usr/local/bin/arvados-workbench-upgrade.sh"
 218 SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 219
 220 if [[ "$SUM_ECODE" != "0" ]]; then
 221   title "ERROR: Updating workbench FAILED"
 222   EXITCODE=$(($EXITCODE + $SUM_ECODE))
 223   exit $EXITCODE
 224 fi
 225
 226 for n in manage $SHELL_NODES $KEEP_NODES; do
 227   ECODE=0
 228   if [[ $n =~ $ARVADOS_API_HOST$ ]]; then
 229     # e.g. keep.qr1hi.arvadosapi.com
 230     node=$n
 231   else
 232     # e.g. shell
 233     node=$n.$ARVADOS_API_HOST
 234   fi
 235
 236   # e.g. keep.qr1hi
 237   node=${node%.arvadosapi.com}
 238
 239   title "Updating $node"
 240   run_puppet $node ECODE
 241   if [[ "$ECODE" != "0" ]]; then
 242     title "ERROR: Updating $node node FAILED: exit code $ECODE"
 243     EXITCODE=$(($EXITCODE + $ECODE))
 244     exit $EXITCODE
 245   fi
 246 done