jenkins/run-deploy.sh

   1 #!/bin/bash
   2
   3 DEBUG=0
   4
   5 function usage {
   6     echo >&2
   7     echo >&2 "usage: $0 [options] <identifier>"
   8     echo >&2
   9     echo >&2 "   <identifier>                 Arvados cluster name"
  10     echo >&2
  11     echo >&2 "$0 options:"
  12     echo >&2 "  -d, --debug                   Enable debug output"
  13     echo >&2 "  -h, --help                    Display this help and exit"
  14     echo >&2
  15     echo >&2 "Note: this script requires an arvados token created with these permissions:"
  16     echo >&2 '  arv api_client_authorization create_system_auth \'
  17     echo >&2 '    --scopes "[\"GET /arvados/v1/virtual_machines\",'
  18     echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/keep_services\",'
  19     echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/keep_services/\",'
  20     echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/groups\",'
  21     echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/groups/\",'
  22     echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/links\",'
  23     echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/collections\",'
  24     echo >&2 '               \"POST /arvados/v1/collections\",'
  25     echo >&2 '               \"POST /arvados/v1/links\"]"'
  26     echo >&2
  27 }
  28
  29 # NOTE: This requires GNU getopt (part of the util-linux package on Debian-based distros).
  30 TEMP=`getopt -o hd \
  31     --long help,debug \
  32     -n "$0" -- "$@"`
  33
  34 if [ $? != 0 ] ; then echo "Use -h for help"; exit 1 ; fi
  35 # Note the quotes around `$TEMP': they are essential!
  36 eval set -- "$TEMP"
  37
  38 while [ $# -ge 1 ]
  39 do
  40     case $1 in
  41         -d | --debug)
  42             DEBUG=1
  43             shift
  44             ;;
  45         --)
  46             shift
  47             break
  48             ;;
  49         *)
  50             usage
  51             exit 1
  52             ;;
  53     esac
  54 done
  55
  56 IDENTIFIER=$1
  57
  58 if [[ "$IDENTIFIER" == '' ]]; then
  59   usage
  60   exit 1
  61 fi
  62
  63 EXITCODE=0
  64
  65 COLUMNS=80
  66
  67 title () {
  68   date=`date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'`
  69   printf "$date $1\n"
  70 }
  71
  72 function run_puppet() {
  73   node=$1
  74   return_var=$2
  75
  76   title "Running puppet on $node"
  77   TMP_FILE=`mktemp`
  78   if [[ "$DEBUG" != "0" ]]; then
  79     ssh -t -p2222 -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C "/usr/bin/puppet agent -t" | tee $TMP_FILE
  80   else
  81     ssh -t -p2222 -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C "/usr/bin/puppet agent -t" > $TMP_FILE 2>&1
  82   fi
  83
  84   ECODE=$?
  85   RESULT=$(cat $TMP_FILE)
  86
  87   if [[ "$ECODE" != "255" && ! ("$RESULT" =~ 'already in progress') && "$ECODE" != "2" && "$ECODE" != "0"  ]]; then
  88     # Ssh exits 255 if the connection timed out. Just ignore that.
  89     # Puppet exits 2 if there are changes. For real!
  90     # Puppet prints 'Notice: Run of Puppet configuration client already in progress' if another puppet process
  91     #   was already running
  92     echo "ERROR running puppet on $node: exit code $ECODE"
  93     if [[ "$DEBUG" == "0" ]]; then
  94       title "Command output follows:"
  95       echo $RESULT
  96     fi
  97   fi
  98   if [[ "$ECODE" == "255" ]]; then
  99     title "Connection timed out"
 100     ECODE=0
 101   fi
 102   if [[ "$ECODE" == "2" ]]; then
 103     ECODE=0
 104   fi
 105   rm -f $TMP_FILE
 106   eval "$return_var=$ECODE"
 107 }
 108
 109 function run_command() {
 110   node=$1
 111   return_var=$2
 112   command=$3
 113
 114   title "Running '$command' on $node"
 115   TMP_FILE=`mktemp`
 116   if [[ "$DEBUG" != "0" ]]; then
 117     ssh -t -p2222 -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C "$command" | tee $TMP_FILE
 118   else
 119     ssh -t -p2222 -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C "$command" > $TMP_FILE 2>&1
 120   fi
 121
 122   ECODE=$?
 123   RESULT=$(cat $TMP_FILE)
 124
 125   if [[ "$ECODE" != "255" && "$ECODE" != "0"  ]]; then
 126     # Ssh exists 255 if the connection timed out. Just ignore that, it's possible that this node is
 127     #   a shell node that is down.
 128     title "ERROR running command on $node: exit code $ECODE"
 129     if [[ "$DEBUG" == "0" ]]; then
 130       title "Command output follows:"
 131       echo $RESULT
 132     fi
 133   fi
 134   if [[ "$ECODE" == "255" ]]; then
 135     title "Connection timed out"
 136     ECODE=0
 137   fi
 138   rm -f $TMP_FILE
 139   eval "$return_var=$ECODE"
 140 }
 141
 142 title "Updating API server"
 143 SUM_ECODE=0
 144 run_puppet $IDENTIFIER.arvadosapi.com ECODE
 145 SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 146 run_command $IDENTIFIER.arvadosapi.com ECODE "/usr/local/bin/arvados-api-server-upgrade.sh"
 147 SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 148 if [ ! "$IDENTIFIER" = "c97qk" ]
 149 then
 150   run_command $IDENTIFIER.arvadosapi.com ECODE "dpkg -L arvados-mailchimp-plugin 2>/dev/null && apt-get install arvados-mailchimp-plugin --reinstall || echo"
 151   SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 152 fi
 153
 154 if [[ "$SUM_ECODE" != "0" ]]; then
 155   title "ERROR: Updating API server FAILED"
 156   EXITCODE=$(($EXITCODE + $SUM_ECODE))
 157   exit $EXITCODE
 158 fi
 159
 160 title "Loading ARVADOS_API_HOST and ARVADOS_API_TOKEN"
 161 if [[ -f "$HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf" ]]; then
 162   . $HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf
 163 else
 164   title "WARNING: $HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf not found."
 165 fi
 166 if [[ "$ARVADOS_API_HOST" == "" ]] || [[ "$ARVADOS_API_TOKEN" == "" ]]; then
 167   title "ERROR: ARVADOS_API_HOST and/or ARVADOS_API_TOKEN environment variables are not set."
 168   exit 1
 169 fi
 170
 171 title "Locating Arvados Standard Docker images project"
 172
 173 JSON_FILTER="[[\"name\", \"=\", \"Arvados Standard Docker Images\"], [\"owner_uuid\", \"=\", \"$IDENTIFIER-tpzed-000000000000000\"]]"
 174 DOCKER_IMAGES_PROJECT=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv --format=uuid group list --filters="$JSON_FILTER"`
 175
 176 if [[ "$DOCKER_IMAGES_PROJECT" == "" ]]; then
 177   title "Warning: Arvados Standard Docker Images project not found. Creating it."
 178
 179   DOCKER_IMAGES_PROJECT=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv --format=uuid group create --group "{\"owner_uuid\":\"$IDENTIFIER-tpzed-000000000000000\", \"name\":\"Arvados Standard Docker Images\", \"group_class\":\"project\"}"`
 180   ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv link create --link "{\"tail_uuid\":\"$IDENTIFIER-j7d0g-fffffffffffffff\", \"head_uuid\":\"$DOCKER_IMAGES_PROJECT\", \"link_class\":\"permission\", \"name\":\"can_read\" }"
 181   if [[ "$?" != "0" ]]; then
 182     title "ERROR: could not create standard Docker images project Please create it, cf. http://doc.arvados.org/install/create-standard-objects.html"
 183     exit 1
 184   fi
 185 fi
 186
 187 title "Found Arvados Standard Docker Images project with uuid $DOCKER_IMAGES_PROJECT"
 188 GIT_COMMIT=`ssh -o "StrictHostKeyChecking no" $IDENTIFIER cat /usr/local/arvados/src/git-commit.version`
 189
 190 if [[ "$?" != "0" ]] || [[ "$GIT_COMMIT" == "" ]]; then
 191   title "ERROR: unable to get arvados/jobs Docker image git revision"
 192   exit 1
 193 else
 194   title "Found git commit for arvados/jobs Docker image: $GIT_COMMIT"
 195 fi
 196
 197 run_command shell.$IDENTIFIER ECODE "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN /usr/local/rvm/bin/rvm-exec default arv keep docker" |grep -q $GIT_COMMIT
 198
 199 if [[ "$?" == "0" ]]; then
 200   title "Found latest arvados/jobs Docker image, nothing to upload"
 201 else
 202   title "Installing latest arvados/jobs Docker image"
 203   ssh -o "StrictHostKeyChecking no" shell.$IDENTIFIER "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN /usr/local/rvm/bin/rvm-exec default arv keep docker --pull --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs $GIT_COMMIT"
 204   if [[ "$?" -ne 0 ]]; then
 205     title "'git pull' failed exiting..."
 206     exit 1
 207   fi
 208 fi
 209
 210 title "Gathering list of shell and Keep nodes"
 211 SHELL_NODES=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv virtual_machine list |jq .items[].hostname -r`
 212 KEEP_NODES=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv keep_service list |jq .items[].service_host -r`
 213
 214 title "Updating workbench"
 215 SUM_ECODE=0
 216 if [[ `host workbench.$ARVADOS_API_HOST |cut -f4 -d' '` != `host $ARVADOS_API_HOST |cut -f4 -d' '` ]]; then
 217   # Workbench runs on a separate host. We need to run puppet there too.
 218   run_puppet workbench.$IDENTIFIER ECODE
 219   SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 220 fi
 221
 222 run_command workbench.$IDENTIFIER ECODE "/usr/local/bin/arvados-workbench-upgrade.sh"
 223 SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 224
 225 if [[ "$SUM_ECODE" != "0" ]]; then
 226   title "ERROR: Updating workbench FAILED"
 227   EXITCODE=$(($EXITCODE + $SUM_ECODE))
 228   exit $EXITCODE
 229 fi
 230
 231 for n in manage switchyard $SHELL_NODES $KEEP_NODES; do
 232   ECODE=0
 233   if [[ $n =~ $ARVADOS_API_HOST$ ]]; then
 234     # e.g. keep.qr1hi.arvadosapi.com
 235     node=$n
 236   else
 237     # e.g. shell
 238     node=$n.$ARVADOS_API_HOST
 239   fi
 240
 241   # e.g. keep.qr1hi
 242   node=${node%.arvadosapi.com}
 243
 244   title "Updating $node"
 245   run_puppet $node ECODE
 246   if [[ "$ECODE" != "0" ]]; then
 247     title "ERROR: Updating $node node FAILED: exit code $ECODE"
 248     EXITCODE=$(($EXITCODE + $ECODE))
 249     exit $EXITCODE
 250   fi
 251 done