jenkins/run-deploy.sh

   1 #!/bin/bash
   2
   3 DEBUG=0
   4
   5 function usage {
   6     echo >&2
   7     echo >&2 "usage: $0 [options] <identifier>"
   8     echo >&2
   9     echo >&2 "   <identifier>                 Arvados cluster name"
  10     echo >&2
  11     echo >&2 "$0 options:"
  12     echo >&2 "  -d, --debug                   Enable debug output"
  13     echo >&2 "  -h, --help                    Display this help and exit"
  14     echo >&2
  15     echo >&2 "Note: this script requires an arvados token created with these permissions:"
  16     echo >&2 '  arv api_client_authorization create_system_auth \'
  17     echo >&2 '    --scopes "[\"GET /arvados/v1/virtual_machines\",'
  18     echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/keep_services/\",'
  19     echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/groups\",'
  20     echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/links\",'
  21     echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/groups/\",'
  22     echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/collections\",'
  23     echo >&2 '               \"POST /arvados/v1/collections\",'
  24     echo >&2 '               \"POST /arvados/v1/links\"]"'
  25     echo >&2
  26 }
  27
  28 # NOTE: This requires GNU getopt (part of the util-linux package on Debian-based distros).
  29 TEMP=`getopt -o hd \
  30     --long help,debug \
  31     -n "$0" -- "$@"`
  32
  33 if [ $? != 0 ] ; then echo "Use -h for help"; exit 1 ; fi
  34 # Note the quotes around `$TEMP': they are essential!
  35 eval set -- "$TEMP"
  36
  37 while [ $# -ge 1 ]
  38 do
  39     case $1 in
  40         -d | --debug)
  41             DEBUG=1
  42             shift
  43             ;;
  44         --)
  45             shift
  46             break
  47             ;;
  48         *)
  49             usage
  50             exit 1
  51             ;;
  52     esac
  53 done
  54
  55 IDENTIFIER=$1
  56
  57 if [[ "$IDENTIFIER" == '' ]]; then
  58   usage
  59   exit 1
  60 fi
  61
  62 EXITCODE=0
  63
  64 COLUMNS=80
  65
  66 title () {
  67   date=`date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'`
  68   printf "$date $1\n"
  69 }
  70
  71 function run_puppet() {
  72   node=$1
  73   return_var=$2
  74
  75   title "Running puppet on $node"
  76   TMP_FILE=`mktemp`
  77   if [[ "$DEBUG" != "0" ]]; then
  78     ssh -t -p2222 -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C "/usr/bin/puppet agent -t" | tee $TMP_FILE
  79   else
  80     ssh -t -p2222 -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C "/usr/bin/puppet agent -t" > $TMP_FILE 2>&1
  81   fi
  82
  83   ECODE=$?
  84   RESULT=$(cat $TMP_FILE)
  85
  86   if [[ "$ECODE" != "255" && ! ("$RESULT" =~ 'already in progress') && "$ECODE" != "2" && "$ECODE" != "0"  ]]; then
  87     # Ssh exits 255 if the connection timed out. Just ignore that.
  88     # Puppet exits 2 if there are changes. For real!
  89     # Puppet prints 'Notice: Run of Puppet configuration client already in progress' if another puppet process
  90     #   was already running
  91     echo "ERROR running puppet on $node: exit code $ECODE"
  92     if [[ "$DEBUG" == "0" ]]; then
  93       title "Command output follows:"
  94       echo $RESULT
  95     fi
  96   fi
  97   if [[ "$ECODE" == "255" ]]; then
  98     title "Connection timed out"
  99     ECODE=0
 100   fi
 101   if [[ "$ECODE" == "2" ]]; then
 102     ECODE=0
 103   fi
 104   rm -f $TMP_FILE
 105   eval "$return_var=$ECODE"
 106 }
 107
 108 function run_command() {
 109   node=$1
 110   return_var=$2
 111   command=$3
 112
 113   title "Running '$command' on $node"
 114   TMP_FILE=`mktemp`
 115   if [[ "$DEBUG" != "0" ]]; then
 116     ssh -t -p2222 -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C "$command" | tee $TMP_FILE
 117   else
 118     ssh -t -p2222 -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C "$command" > $TMP_FILE 2>&1
 119   fi
 120
 121   ECODE=$?
 122   RESULT=$(cat $TMP_FILE)
 123
 124   if [[ "$ECODE" != "255" && "$ECODE" != "0"  ]]; then
 125     # Ssh exists 255 if the connection timed out. Just ignore that, it's possible that this node is
 126     #   a shell node that is down.
 127     title "ERROR running command on $node: exit code $ECODE"
 128     if [[ "$DEBUG" == "0" ]]; then
 129       title "Command output follows:"
 130       echo $RESULT
 131     fi
 132   fi
 133   if [[ "$ECODE" == "255" ]]; then
 134     title "Connection timed out"
 135     ECODE=0
 136   fi
 137   rm -f $TMP_FILE
 138   eval "$return_var=$ECODE"
 139 }
 140
 141 title "Updating API server"
 142 SUM_ECODE=0
 143 run_puppet $IDENTIFIER.arvadosapi.com ECODE
 144 SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 145 run_command $IDENTIFIER.arvadosapi.com ECODE "/usr/local/bin/arvados-api-server-upgrade.sh"
 146 SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 147 run_command $IDENTIFIER.arvadosapi.com ECODE "dpkg -L arvados-mailchimp-plugin 2>/dev/null && apt-get install arvados-mailchimp-plugin --reinstall || echo"
 148 SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 149
 150 if [[ "$SUM_ECODE" != "0" ]]; then
 151   title "ERROR: Updating API server FAILED"
 152   EXITCODE=$(($EXITCODE + $SUM_ECODE))
 153   exit $EXITCODE
 154 fi
 155
 156 title "Loading ARVADOS_API_HOST and ARVADOS_API_TOKEN"
 157 if [[ -f "$HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf" ]]; then
 158   . $HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf
 159 else
 160   title "WARNING: $HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf not found."
 161 fi
 162 if [[ "$ARVADOS_API_HOST" == "" ]] || [[ "$ARVADOS_API_TOKEN" == "" ]]; then
 163   title "ERROR: ARVADOS_API_HOST and/or ARVADOS_API_TOKEN environment variables are not set."
 164   exit 1
 165 fi
 166
 167 title "Locating Arvados Standard Docker images project"
 168
 169 JSON_FILTER="[[\"name\", \"=\", \"Arvados Standard Docker Images\"], [\"owner_uuid\", \"=\", \"$IDENTIFIER-tpzed-000000000000000\"]]"
 170 DOCKER_IMAGES_PROJECT=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv --format=uuid group list --filters="$JSON_FILTER"`
 171
 172 if [[ "$DOCKER_IMAGES_PROJECT" == "" ]]; then
 173   title "Warning: Arvados Standard Docker Images project not found. Creating it."
 174
 175   DOCKER_IMAGES_PROJECT=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv --format=uuid group create --group "{\"owner_uuid\":\"$IDENTIFIER-tpzed-000000000000000\", \"name\":\"Arvados Standard Docker Images\", \"group_class\":\"project\"}"`
 176   ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv link create --link "{\"tail_uuid\":\"$IDENTIFIER-j7d0g-fffffffffffffff\", \"head_uuid\":\"$DOCKER_IMAGES_PROJECT\", \"link_class\":\"permission\", \"name\":\"can_read\" }"
 177   if [[ "$?" != "0" ]]; then
 178     title "ERROR: could not create standard Docker images project Please create it, cf. http://doc.arvados.org/install/create-standard-objects.html"
 179     exit 1
 180   fi
 181 fi
 182
 183 title "Found Arvados Standard Docker Images project with uuid $DOCKER_IMAGES_PROJECT"
 184 GIT_COMMIT=`ssh -o "StrictHostKeyChecking no" $IDENTIFIER cat /usr/local/arvados/src/git-commit.version`
 185
 186 if [[ "$?" != "0" ]] || [[ "$GIT_COMMIT" == "" ]]; then
 187   title "ERROR: unable to get arvados/jobs Docker image git revision"
 188   exit 1
 189 else
 190   title "Found git commit for arvados/jobs Docker image: $GIT_COMMIT"
 191 fi
 192
 193 run_command shell.$IDENTIFIER ECODE "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN /usr/local/rvm/bin/rvm-exec default arv keep docker" |grep -q $GIT_COMMIT
 194
 195 if [[ "$?" == "0" ]]; then
 196   title "Found latest arvados/jobs Docker image, nothing to upload"
 197 else
 198   title "Installing latest arvados/jobs Docker image"
 199   ssh -o "StrictHostKeyChecking no" shell.$IDENTIFIER "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN /usr/local/rvm/bin/rvm-exec default arv keep docker --pull --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs $GIT_COMMIT"
 200   if [[ "$?" -ne 0 ]]; then
 201     title "'git pull' failed exiting..."
 202     exit 1
 203   fi
 204 fi
 205
 206 title "Gathering list of shell and Keep nodes"
 207 SHELL_NODES=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv virtual_machine list |jq .items[].hostname -r`
 208 KEEP_NODES=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv keep_service list |jq .items[].service_host -r`
 209
 210 title "Updating workbench"
 211 SUM_ECODE=0
 212 if [[ `host workbench.$ARVADOS_API_HOST` != `host $ARVADOS_API_HOST` ]]; then
 213   # Workbench runs on a separate host. We need to run puppet there too.
 214   run_puppet workbench.$IDENTIFIER ECODE
 215   SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 216 fi
 217
 218 run_command workbench.$IDENTIFIER ECODE "/usr/local/bin/arvados-workbench-upgrade.sh"
 219 SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 220
 221 if [[ "$SUM_ECODE" != "0" ]]; then
 222   title "ERROR: Updating workbench FAILED"
 223   EXITCODE=$(($EXITCODE + $SUM_ECODE))
 224   exit $EXITCODE
 225 fi
 226
 227 for n in manage switchyard $SHELL_NODES $KEEP_NODES; do
 228   ECODE=0
 229   if [[ $n =~ $ARVADOS_API_HOST$ ]]; then
 230     # e.g. keep.qr1hi.arvadosapi.com
 231     node=$n
 232   else
 233     # e.g. shell
 234     node=$n.$ARVADOS_API_HOST
 235   fi
 236
 237   # e.g. keep.qr1hi
 238   node=${node%.arvadosapi.com}
 239
 240   title "Updating $node"
 241   run_puppet $node ECODE
 242   if [[ "$ECODE" != "0" ]]; then
 243     title "ERROR: Updating $node node FAILED: exit code $ECODE"
 244     EXITCODE=$(($EXITCODE + $ECODE))
 245     exit $EXITCODE
 246   fi
 247 done