jenkins/run-deploy.sh

   1 #!/bin/bash
   2
   3 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   4 #
   5 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   6
   7 DEBUG=0
   8 UNMANAGED=0
   9 SSH_PORT=22
  10 PUPPET_CONCURRENCY=5
  11
  12 read -d] -r SCOPES <<EOF
  13 --scopes
  14 '["GET /arvados/v1/virtual_machines",\n
  15 "GET /arvados/v1/keep_services",\n
  16 "GET /arvados/v1/keep_services/",\n
  17 "GET /arvados/v1/groups",\n
  18 "GET /arvados/v1/groups/",\n
  19 "GET /arvados/v1/links",\n
  20 "GET /arvados/v1/collections",\n
  21 "POST /arvados/v1/collections",\n
  22 "POST /arvados/v1/links",\n
  23 "GET /arvados/v1/users/current",\n
  24 "POST /arvados/v1/users/current",\n
  25 "GET /arvados/v1/jobs",\n
  26 "POST /arvados/v1/jobs",\n
  27 "GET /arvados/v1/pipeline_instances",\n
  28 "POST /arvados/v1/pipeline_instances",\n
  29 "PUT /arvados/v1/pipeline_instances/",\n
  30 "GET /arvados/v1/collections/",\n
  31 "POST /arvados/v1/collections/",\n
  32 "GET /arvados/v1/logs"]'
  33 EOF
  34
  35 function usage {
  36     echo >&2
  37     echo >&2 "usage: $0 [options] <identifier>"
  38     echo >&2
  39     echo >&2 "   <identifier>                 Arvados cluster name"
  40     echo >&2
  41     echo >&2 "$0 options:"
  42     echo >&2 "  -n, --node <node>             Single machine to deploy, use fqdn, optional"
  43     echo >&2 "  -p, --port <ssh port>         SSH port to use (default 22)"
  44     echo >&2 "  -c, --concurrency <max>       Maximum concurrency for puppet runs (default 5)"
  45     echo >&2 "  -u, --unmanaged               Deploy to unmanaged node/cluster"
  46     echo >&2 "  -d, --debug                   Enable debug output"
  47     echo >&2 "  -h, --help                    Display this help and exit"
  48     echo >&2
  49     echo >&2 "Note: this script requires an arvados token created with these permissions:"
  50     echo >&2 '  arv api_client_authorization create_system_auth \'
  51     echo -e $SCOPES"]'" >&2
  52     echo >&2
  53 }
  54
  55
  56 # NOTE: This requires GNU getopt (part of the util-linux package on Debian-based distros).
  57 TEMP=`getopt -o hudp:c:n: \
  58     --long help,unmanaged,debug,port:,concurrency:,node: \
  59     -n "$0" -- "$@"`
  60
  61 if [ $? != 0 ] ; then echo "Use -h for help"; exit 1 ; fi
  62 # Note the quotes around `$TEMP': they are essential!
  63 eval set -- "$TEMP"
  64
  65 while [ $# -ge 1 ]
  66 do
  67     case $1 in
  68         -n | --node)
  69             NODE="$2"; shift 2
  70             ;;
  71         -p | --port)
  72             SSH_PORT="$2"; shift 2
  73             ;;
  74         -c | --concurrency)
  75             PUPPET_CONCURRENCY="$2"; shift 2
  76             ;;
  77         -u | --unmanaged)
  78             UNMANAGED=1
  79             shift
  80             ;;
  81         -d | --debug)
  82             DEBUG=1
  83             shift
  84             ;;
  85         --)
  86             shift
  87             break
  88             ;;
  89         *)
  90             usage
  91             exit 1
  92             ;;
  93     esac
  94 done
  95
  96 IDENTIFIER=$1
  97
  98 if [[ "$IDENTIFIER" == '' ]]; then
  99   usage
 100   exit 1
 101 fi
 102
 103 EXITCODE=0
 104
 105 COLUMNS=80
 106
 107 PUPPET_AGENT='
 108 __rvm_unload
 109 now() { date +%s; }
 110 let endtime="$(now) + 600"
 111 while [ "$endtime" -gt "$(now)" ]; do
 112     puppet agent --test --detailed-exitcodes
 113     agent_exitcode=$?
 114     if [ 0 = "$agent_exitcode" ] || [ 2 = "$agent_exitcode" ]; then
 115         break
 116     else
 117         sleep 10s
 118     fi
 119 done
 120 exit ${agent_exitcode:-99}
 121 '
 122
 123 APT_AGENT='
 124 now() { date +%s; }
 125 let endtime="$(now) + 600"
 126 while [ "$endtime" -gt "$(now)" ]; do
 127   apt-get update
 128   apt-get -y upgrade
 129   apt_exitcode=$?
 130   if [ 0 = "$apt_exitcode" ]; then
 131     break
 132   else
 133     sleep 10s
 134   fi
 135 done
 136 exit ${apt_exitcode:-99}
 137 '
 138
 139 title () {
 140   date=`date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'`
 141   printf "$date $1\n"
 142 }
 143
 144 function update_node() {
 145   if [[ $UNMANAGED -ne 0 ]]; then
 146     run_apt $@
 147   else
 148     run_puppet $@
 149   fi
 150 }
 151
 152 function run_apt() {
 153   node=$1
 154
 155   title "Running apt on $node"
 156   sleep $[ $RANDOM / 6000 ].$[ $RANDOM / 1000 ]
 157   TMP_FILE=`mktemp`
 158   if [[ "$DEBUG" != "0" ]]; then
 159     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C bash -c "'$APT_AGENT'" | tee $TMP_FILE
 160   else
 161     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C bash -c "'$APT_AGENT'" > $TMP_FILE 2>&1
 162   fi
 163
 164   ECODE=${PIPESTATUS[0]}
 165   RESULT=$(cat $TMP_FILE)
 166
 167   if [[ "$ECODE" != "255" && "$ECODE" != "0"  ]]; then
 168     # Ssh exits 255 if the connection timed out. Just ignore that.
 169     echo "ERROR running apt on $node: exit code $ECODE"
 170     if [[ "$DEBUG" == "0" ]]; then
 171       title "Command output follows:"
 172       echo $RESULT
 173     fi
 174   fi
 175   if [[ "$ECODE" == "255" ]]; then
 176     title "Connection timed out"
 177     ECODE=0
 178   fi
 179
 180   if [[ "$ECODE" == "0" ]]; then
 181       rm -f $TMP_FILE
 182       echo $node successfully updated
 183   else
 184       echo $node exit code: $ECODE see $TMP_FILE for details
 185   fi
 186 }
 187
 188 function run_puppet() {
 189   node=$1
 190
 191   title "Running puppet on $node"
 192   sleep $[ $RANDOM / 6000 ].$[ $RANDOM / 1000 ]
 193   TMP_FILE=`mktemp`
 194   if [[ "$DEBUG" != "0" ]]; then
 195     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C bash -c "'$PUPPET_AGENT'" | tee $TMP_FILE
 196   else
 197     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C bash -c "'$PUPPET_AGENT'" > $TMP_FILE 2>&1
 198   fi
 199
 200   ECODE=${PIPESTATUS[0]}
 201   RESULT=$(cat $TMP_FILE)
 202
 203   if [[ "$ECODE" != "255" && ! ("$RESULT" =~ 'already in progress') && "$ECODE" != "2" && "$ECODE" != "0"  ]]; then
 204     # Ssh exits 255 if the connection timed out. Just ignore that.
 205     # Puppet exits 2 if there are changes. For real!
 206     # Puppet prints 'Notice: Run of Puppet configuration client already in progress' if another puppet process
 207     #   was already running
 208     echo "ERROR running puppet on $node: exit code $ECODE"
 209     if [[ "$DEBUG" == "0" ]]; then
 210       title "Command output follows:"
 211       echo $RESULT
 212     fi
 213   fi
 214   if [[ "$ECODE" == "255" ]]; then
 215     title "Connection timed out"
 216     ECODE=0
 217   fi
 218   if [[ "$ECODE" == "2" ]]; then
 219     ECODE=0
 220   fi
 221
 222   if [[ "$ECODE" == "0" ]]; then
 223       rm -f $TMP_FILE
 224       echo $node successfully updated
 225   else
 226       echo $node exit code: $ECODE see $TMP_FILE for details
 227   fi
 228 }
 229
 230 function run_command() {
 231   node=$1;shift
 232   return_var=$1;shift
 233   command=$@
 234
 235   title "Running '$command' on $node"
 236   TMP_FILE=`mktemp`
 237   if [[ "$DEBUG" != "0" ]]; then
 238     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 125" root@$node -C "$command" | tee $TMP_FILE
 239   else
 240     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 125" root@$node -C "$command" > $TMP_FILE 2>&1
 241   fi
 242
 243   ECODE=$?
 244   RESULT=$(cat $TMP_FILE)
 245
 246   if [[ "$ECODE" != "255" && "$ECODE" != "0"  ]]; then
 247     # Ssh exists 255 if the connection timed out. Just ignore that, it's possible that this node is
 248     #   a shell node that is down.
 249     title "ERROR running command on $node: exit code $ECODE"
 250     if [[ "$DEBUG" == "0" ]]; then
 251       title "Command output follows:"
 252       echo $RESULT
 253     fi
 254   fi
 255   if [[ "$ECODE" == "255" ]]; then
 256     title "Connection timed out"
 257     ECODE=0
 258   fi
 259   rm -f $TMP_FILE
 260   eval "$return_var=$ECODE"
 261 }
 262
 263 if [[ "$NODE" == "" ]] || [[ "$NODE" == "$IDENTIFIER.arvadosapi.com" ]]; then
 264   title "Updating API server"
 265   SUM_ECODE=0
 266   update_node $IDENTIFIER.arvadosapi.com ECODE
 267   SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 268
 269   if [[ "$SUM_ECODE" != "0" ]]; then
 270     title "ERROR: Updating API server FAILED"
 271     EXITCODE=$(($EXITCODE + $SUM_ECODE))
 272     exit $EXITCODE
 273   fi
 274 fi
 275
 276 if [[ "$NODE" == "$IDENTIFIER.arvadosapi.com" ]]; then
 277         # we are done
 278         exit 0
 279 fi
 280
 281 title "Loading ARVADOS_API_HOST and ARVADOS_API_TOKEN"
 282 if [[ -f "$HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf" ]]; then
 283   . $HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf
 284 else
 285   title "WARNING: $HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf not found."
 286 fi
 287 if [[ "$ARVADOS_API_HOST" == "" ]] || [[ "$ARVADOS_API_TOKEN" == "" ]]; then
 288   title "ERROR: ARVADOS_API_HOST and/or ARVADOS_API_TOKEN environment variables are not set."
 289   exit 1
 290 fi
 291
 292 title "Gathering list of nodes"
 293 if [[ "$IDENTIFIER" == "ce8i5" ]]; then
 294   start_nodes="keep keep0"
 295   SHELL_NODE_FOR_ARV_KEEPDOCKER=""
 296 else
 297   SHELL_NODES=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv virtual_machine list |jq .items[].hostname -r`
 298   KEEP_NODES=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv keep_service list |jq .items[].service_host -r`
 299   SHELL_NODE_FOR_ARV_KEEPDOCKER="shell.$IDENTIFIER"
 300   start_nodes="workbench manage switchyard $SHELL_NODES $KEEP_NODES"
 301 fi
 302
 303 nodes=""
 304 for n in $start_nodes; do
 305   ECODE=0
 306   if [[ $n =~ $ARVADOS_API_HOST$ ]]; then
 307     # e.g. keep.qr1hi.arvadosapi.com
 308     node=$n
 309   else
 310     # e.g. shell
 311     node=$n.$ARVADOS_API_HOST
 312   fi
 313         if [[ "$NODE" == "" ]] || [[ "$NODE" == "$node" ]]; then
 314           # e.g. keep.qr1hi
 315           nodes="$nodes ${node%.arvadosapi.com}"
 316         fi
 317 done
 318
 319 if [[ "$nodes" != "" ]]; then
 320   ## at this point nodes should be an array containing
 321   ## manage.qr1hi,  keep.qr1hi, etc
 322   ## that should be defined in the .ssh/config file
 323   title "Updating in parallel: $nodes"
 324   export -f update_node
 325   export -f run_puppet
 326   export -f run_apt
 327   export -f title
 328   export SSH_PORT
 329   export PUPPET_AGENT
 330   export APT_AGENT
 331   export UNMANAGED
 332   echo $nodes|xargs -d " " -n 1 -P $PUPPET_CONCURRENCY -I {} bash -c "update_node {}"
 333 fi
 334
 335 if [[ "$NODE" == "" ]]; then
 336   title "Locating Arvados Standard Docker images project"
 337
 338   JSON_FILTER="[[\"name\", \"=\", \"Arvados Standard Docker Images\"], [\"owner_uuid\", \"=\", \"$IDENTIFIER-tpzed-000000000000000\"]]"
 339   DOCKER_IMAGES_PROJECT=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv --format=uuid group list --filters="$JSON_FILTER"`
 340
 341   if [[ "$DOCKER_IMAGES_PROJECT" == "" ]]; then
 342     title "Warning: Arvados Standard Docker Images project not found. Creating it."
 343
 344     DOCKER_IMAGES_PROJECT=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv --format=uuid group create --group "{\"owner_uuid\":\"$IDENTIFIER-tpzed-000000000000000\", \"name\":\"Arvados Standard Docker Images\", \"group_class\":\"project\"}"`
 345     ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv link create --link "{\"tail_uuid\":\"$IDENTIFIER-j7d0g-fffffffffffffff\", \"head_uuid\":\"$DOCKER_IMAGES_PROJECT\", \"link_class\":\"permission\", \"name\":\"can_read\" }"
 346     if [[ "$?" != "0" ]]; then
 347       title "ERROR: could not create standard Docker images project Please create it, cf. http://doc.arvados.org/install/create-standard-objects.html"
 348       exit 1
 349     fi
 350   fi
 351
 352   title "Found Arvados Standard Docker Images project with uuid $DOCKER_IMAGES_PROJECT"
 353
 354   VERSION=`ssh -o "StrictHostKeyChecking no" $IDENTIFIER apt-cache policy python-arvados-cwl-runner|grep Candidate`
 355   VERSION=`echo $VERSION|cut -f2 -d' '|cut -f1 -d-`
 356
 357   if [[ "$?" != "0" ]] || [[ "$VERSION" == "" ]]; then
 358     title "ERROR: unable to get arvados/jobs Docker image version"
 359     exit 1
 360   else
 361     title "Found version for arvados/jobs Docker image: $VERSION"
 362   fi
 363
 364   if [[ "$SHELL_NODE_FOR_ARV_KEEPDOCKER" == "" ]]; then
 365     ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker |grep -q $VERSION
 366     if [[ "$?" == "0" ]]; then
 367       title "Found latest arvados/jobs Docker image, nothing to upload"
 368       # Just in case it isn't yet, tag the image as latest
 369       title "Tag arvados/jobs Docker image $VERSION as latest"
 370       ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs latest
 371       if [[ $? -ne 0 ]]; then
 372         title "'arv-keepdocker' failed..."
 373         exit 1
 374       fi
 375     else
 376       title "Installing latest arvados/jobs Docker image"
 377       ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker --pull --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs $VERSION
 378       if [[ $? -ne 0 ]]; then
 379         title "'arv-keepdocker' failed..."
 380         exit 1
 381       fi
 382       ## adding latest tag too  refs 9254
 383       docker tag arvados/jobs:$VERSION arvados/jobs:latest
 384       ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs latest
 385       if [[ $? -ne 0 ]]; then
 386         title "'arv-keepdocker' failed..."
 387         exit 1
 388       fi
 389     fi
 390   else
 391     run_command $SHELL_NODE_FOR_ARV_KEEPDOCKER ECODE "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker" |grep -q $VERSION
 392
 393     if [[ "$?" == "0" ]]; then
 394       title "Found latest arvados/jobs Docker image, nothing to upload"
 395       # Just in case it isn't yet, tag the image as latest
 396       title "Tag arvados/jobs Docker image $VERSION as latest"
 397       ssh -o "StrictHostKeyChecking no" $SHELL_NODE_FOR_ARV_KEEPDOCKER "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs latest"
 398       if [[ $? -ne 0 ]]; then
 399         title "'arv-keepdocker' failed..."
 400         exit 1
 401       fi
 402     else
 403       title "Installing latest arvados/jobs Docker image"
 404       ssh -o "StrictHostKeyChecking no" $SHELL_NODE_FOR_ARV_KEEPDOCKER "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker --pull --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs $VERSION"
 405       if [[ $? -ne 0 ]]; then
 406         title "'arv-keepdocker' failed..."
 407         exit 1
 408       fi
 409       ## adding latest tag too  refs 9254
 410       ssh -o "StrictHostKeyChecking no" $SHELL_NODE_FOR_ARV_KEEPDOCKER docker tag arvados/jobs:$VERSION arvados/jobs:latest
 411       ssh -o "StrictHostKeyChecking no" $SHELL_NODE_FOR_ARV_KEEPDOCKER "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs latest"
 412       if [[ $? -ne 0 ]]; then
 413         title "'arv-keepdocker' failed..."
 414         exit 1
 415       fi
 416     fi
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