jenkins/run-deploy.sh

   1 #!/bin/bash
   2
   3 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   4 #
   5 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   6
   7 DEBUG=0
   8 UNMANAGED=0
   9 SSH_PORT=22
  10 PUPPET_CONCURRENCY=5
  11
  12 read -d] -r SCOPES <<EOF
  13 --scopes
  14 '["GET /arvados/v1/virtual_machines",\n
  15 "GET /arvados/v1/keep_services",\n
  16 "GET /arvados/v1/keep_services/",\n
  17 "GET /arvados/v1/groups",\n
  18 "GET /arvados/v1/groups/",\n
  19 "GET /arvados/v1/links",\n
  20 "GET /arvados/v1/collections",\n
  21 "POST /arvados/v1/collections",\n
  22 "POST /arvados/v1/links",\n
  23 "GET /arvados/v1/users/current",\n
  24 "POST /arvados/v1/users/current",\n
  25 "GET /arvados/v1/jobs",\n
  26 "POST /arvados/v1/jobs",\n
  27 "GET /arvados/v1/pipeline_instances",\n
  28 "POST /arvados/v1/pipeline_instances",\n
  29 "PUT /arvados/v1/pipeline_instances/",\n
  30 "GET /arvados/v1/collections/",\n
  31 "POST /arvados/v1/collections/",\n
  32 "GET /arvados/v1/logs"]'
  33 EOF
  34
  35 function usage {
  36     echo >&2
  37     echo >&2 "usage: $0 [options] <identifier>"
  38     echo >&2
  39     echo >&2 "   <identifier>                 Arvados cluster name"
  40     echo >&2
  41     echo >&2 "$0 options:"
  42     echo >&2 "  -n, --node <node>             Single machine to deploy, use fqdn, optional"
  43     echo >&2 "  -p, --port <ssh port>         SSH port to use (default 22)"
  44     echo >&2 "  -c, --concurrency <max>       Maximum concurrency for puppet runs (default 5)"
  45     echo >&2 "  -u, --unmanaged               Deploy to unmanaged node/cluster"
  46     echo >&2 "  -d, --debug                   Enable debug output"
  47     echo >&2 "  -h, --help                    Display this help and exit"
  48     echo >&2
  49     echo >&2 "Note: this script requires an arvados token created with these permissions:"
  50     echo >&2 '  arv api_client_authorization create_system_auth \'
  51     echo -e $SCOPES"]'" >&2
  52     echo >&2
  53 }
  54
  55
  56 # NOTE: This requires GNU getopt (part of the util-linux package on Debian-based distros).
  57 TEMP=`getopt -o hudp:c:n: \
  58     --long help,unmanaged,debug,port:,concurrency:,node: \
  59     -n "$0" -- "$@"`
  60
  61 if [ $? != 0 ] ; then echo "Use -h for help"; exit 1 ; fi
  62 # Note the quotes around `$TEMP': they are essential!
  63 eval set -- "$TEMP"
  64
  65 while [ $# -ge 1 ]
  66 do
  67     case $1 in
  68         -n | --node)
  69             NODE="$2"; shift 2
  70             ;;
  71         -p | --port)
  72             SSH_PORT="$2"; shift 2
  73             ;;
  74         -c | --concurrency)
  75             PUPPET_CONCURRENCY="$2"; shift 2
  76             ;;
  77         -u | --unmanaged)
  78             UNMANAGED=1
  79             shift
  80             ;;
  81         -d | --debug)
  82             DEBUG=1
  83             set -x
  84             shift
  85             ;;
  86         --)
  87             shift
  88             break
  89             ;;
  90         *)
  91             usage
  92             exit 1
  93             ;;
  94     esac
  95 done
  96
  97 IDENTIFIER=$1
  98
  99 if [[ "$IDENTIFIER" == '' ]]; then
 100   usage
 101   exit 1
 102 fi
 103
 104 EXITCODE=0
 105
 106 COLUMNS=80
 107
 108 PUPPET_AGENT='
 109 __rvm_unload
 110 now() { date +%s; }
 111 let endtime="$(now) + 600"
 112 while [ "$endtime" -gt "$(now)" ]; do
 113     puppet agent --test --detailed-exitcodes
 114     agent_exitcode=$?
 115     if [ 0 = "$agent_exitcode" ] || [ 2 = "$agent_exitcode" ]; then
 116         break
 117     else
 118         sleep 10s
 119     fi
 120 done
 121 exit ${agent_exitcode:-99}
 122 '
 123
 124 APT_AGENT='
 125 now() { date +%s; }
 126 let endtime="$(now) + 600"
 127 while [ "$endtime" -gt "$(now)" ]; do
 128   apt-get update
 129   apt-get -y upgrade
 130   apt_exitcode=$?
 131   if [ 0 = "$apt_exitcode" ]; then
 132     break
 133   else
 134     sleep 10s
 135   fi
 136 done
 137 exit ${apt_exitcode:-99}
 138 '
 139
 140 title () {
 141   date=`date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'`
 142   printf "$date $1\n"
 143 }
 144
 145 function update_node() {
 146   if [[ $UNMANAGED -ne 0 ]]; then
 147     run_apt $@
 148   else
 149     run_puppet $@
 150   fi
 151 }
 152
 153 function run_apt() {
 154   node=$1
 155
 156   title "Running apt on $node"
 157   sleep $[ $RANDOM / 6000 ].$[ $RANDOM / 1000 ]
 158   TMP_FILE=`mktemp`
 159   if [[ "$DEBUG" != "0" ]]; then
 160     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C bash -c "'$APT_AGENT'" | tee $TMP_FILE
 161   else
 162     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C bash -c "'$APT_AGENT'" > $TMP_FILE 2>&1
 163   fi
 164
 165   ECODE=${PIPESTATUS[0]}
 166   RESULT=$(cat $TMP_FILE)
 167
 168   if [[ "$ECODE" != "255" && "$ECODE" != "0"  ]]; then
 169     # Ssh exits 255 if the connection timed out. Just ignore that.
 170     echo "ERROR running apt on $node: exit code $ECODE"
 171     if [[ "$DEBUG" == "0" ]]; then
 172       title "Command output follows:"
 173       echo $RESULT
 174     fi
 175   fi
 176   if [[ "$ECODE" == "255" ]]; then
 177     title "Connection timed out"
 178     ECODE=0
 179   fi
 180
 181   if [[ "$ECODE" == "0" ]]; then
 182       rm -f $TMP_FILE
 183       echo $node successfully updated
 184   else
 185       echo $node exit code: $ECODE see $TMP_FILE for details
 186   fi
 187 }
 188
 189 function run_puppet() {
 190   node=$1
 191
 192   title "Running puppet on $node"
 193   sleep $[ $RANDOM / 6000 ].$[ $RANDOM / 1000 ]
 194   TMP_FILE=`mktemp`
 195   if [[ "$DEBUG" != "0" ]]; then
 196     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C bash -c "'$PUPPET_AGENT'" | tee $TMP_FILE
 197   else
 198     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C bash -c "'$PUPPET_AGENT'" > $TMP_FILE 2>&1
 199   fi
 200
 201   ECODE=${PIPESTATUS[0]}
 202   RESULT=$(cat $TMP_FILE)
 203
 204   if [[ "$ECODE" != "255" && ! ("$RESULT" =~ 'already in progress') && "$ECODE" != "2" && "$ECODE" != "0"  ]]; then
 205     # Ssh exits 255 if the connection timed out. Just ignore that.
 206     # Puppet exits 2 if there are changes. For real!
 207     # Puppet prints 'Notice: Run of Puppet configuration client already in progress' if another puppet process
 208     #   was already running
 209     echo "ERROR running puppet on $node: exit code $ECODE"
 210     if [[ "$DEBUG" == "0" ]]; then
 211       title "Command output follows:"
 212       echo $RESULT
 213     fi
 214   fi
 215   if [[ "$ECODE" == "255" ]]; then
 216     title "Connection timed out"
 217     ECODE=0
 218   fi
 219   if [[ "$ECODE" == "2" ]]; then
 220     ECODE=0
 221   fi
 222
 223   if [[ "$ECODE" == "0" ]]; then
 224       rm -f $TMP_FILE
 225       echo $node successfully updated
 226   else
 227       echo $node exit code: $ECODE see $TMP_FILE for details
 228   fi
 229 }
 230
 231 function run_command() {
 232   node=$1;shift
 233   return_var=$1;shift
 234   command=$@
 235
 236   title "Running '$command' on $node"
 237   TMP_FILE=`mktemp`
 238   if [[ "$DEBUG" != "0" ]]; then
 239     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 125" root@$node -C "$command" | tee $TMP_FILE
 240   else
 241     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 125" root@$node -C "$command" > $TMP_FILE 2>&1
 242   fi
 243
 244   ECODE=$?
 245   RESULT=$(cat $TMP_FILE)
 246
 247   if [[ "$ECODE" != "255" && "$ECODE" != "0"  ]]; then
 248     # Ssh exists 255 if the connection timed out. Just ignore that, it's possible that this node is
 249     #   a shell node that is down.
 250     title "ERROR running command on $node: exit code $ECODE"
 251     if [[ "$DEBUG" == "0" ]]; then
 252       title "Command output follows:"
 253       echo $RESULT
 254     fi
 255   fi
 256   if [[ "$ECODE" == "255" ]]; then
 257     title "Connection timed out"
 258     ECODE=0
 259   fi
 260   rm -f $TMP_FILE
 261   echo $RESULT
 262   eval "$return_var=$ECODE"
 263 }
 264
 265 if [[ "$NODE" == "" ]] || [[ "$NODE" == "$IDENTIFIER.arvadosapi.com" ]]; then
 266   title "Updating API server"
 267   SUM_ECODE=0
 268   update_node $IDENTIFIER.arvadosapi.com ECODE
 269   SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 270
 271   if [[ "$SUM_ECODE" != "0" ]]; then
 272     title "ERROR: Updating API server FAILED"
 273     EXITCODE=$(($EXITCODE + $SUM_ECODE))
 274     exit $EXITCODE
 275   fi
 276 fi
 277
 278 if [[ "$NODE" == "$IDENTIFIER.arvadosapi.com" ]]; then
 279         # we are done
 280         exit 0
 281 fi
 282
 283 title "Loading ARVADOS_API_HOST and ARVADOS_API_TOKEN"
 284 if [[ -f "$HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf" ]]; then
 285   . $HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf
 286 else
 287   title "WARNING: $HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf not found."
 288 fi
 289 if [[ "$ARVADOS_API_HOST" == "" ]] || [[ "$ARVADOS_API_TOKEN" == "" ]]; then
 290   title "ERROR: ARVADOS_API_HOST and/or ARVADOS_API_TOKEN environment variables are not set."
 291   exit 1
 292 fi
 293
 294 title "Gathering list of nodes"
 295 start_nodes="workbench"
 296 if [[ "$IDENTIFIER" != "ce8i5" ]]; then
 297   start_nodes="$start_nodes manage switchyard"
 298 fi
 299 SHELL_NODES=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv virtual_machine list |jq .items[].hostname -r`
 300 KEEP_NODES=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv keep_service list |jq .items[].service_host -r`
 301 SHELL_NODE_FOR_ARV_KEEPDOCKER="shell.$IDENTIFIER"
 302 start_nodes="$start_nodes $SHELL_NODES $KEEP_NODES $ARVADOS_API_HOST"
 303
 304 nodes=""
 305 for n in $start_nodes; do
 306   ECODE=0
 307   if [[ $n =~ $ARVADOS_API_HOST$ ]]; then
 308     # e.g. keep.qr1hi.arvadosapi.com
 309     node=$n
 310   else
 311     # e.g. shell
 312     node=$n.$ARVADOS_API_HOST
 313   fi
 314         if [[ "$NODE" == "" ]] || [[ "$NODE" == "$node" ]]; then
 315           # e.g. keep.qr1hi
 316           nodes="$nodes ${node%.arvadosapi.com}"
 317         fi
 318 done
 319
 320 if [[ "$nodes" != "" ]]; then
 321   ## at this point nodes should be an array containing
 322   ## manage.qr1hi,  keep.qr1hi, etc
 323   ## that should be defined in the .ssh/config file
 324   title "Updating in parallel: $nodes"
 325   export -f update_node
 326   export -f run_puppet
 327   export -f run_apt
 328   export -f title
 329   export SSH_PORT
 330   export PUPPET_AGENT
 331   export APT_AGENT
 332   export UNMANAGED
 333   echo $nodes|xargs -d " " -n 1 -P $PUPPET_CONCURRENCY -I {} bash -c "update_node {}"
 334 fi
 335
 336 if [[ "$NODE" == "" ]]; then
 337   title "Locating Arvados Standard Docker images project"
 338
 339   JSON_FILTER="[[\"name\", \"=\", \"Arvados Standard Docker Images\"], [\"owner_uuid\", \"=\", \"$IDENTIFIER-tpzed-000000000000000\"]]"
 340   DOCKER_IMAGES_PROJECT=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv --format=uuid group list --filters="$JSON_FILTER"`
 341
 342   if [[ "$DOCKER_IMAGES_PROJECT" == "" ]]; then
 343     title "Warning: Arvados Standard Docker Images project not found. Creating it."
 344
 345     DOCKER_IMAGES_PROJECT=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv --format=uuid group create --group "{\"owner_uuid\":\"$IDENTIFIER-tpzed-000000000000000\", \"name\":\"Arvados Standard Docker Images\", \"group_class\":\"project\"}"`
 346     ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv link create --link "{\"tail_uuid\":\"$IDENTIFIER-j7d0g-fffffffffffffff\", \"head_uuid\":\"$DOCKER_IMAGES_PROJECT\", \"link_class\":\"permission\", \"name\":\"can_read\" }"
 347     if [[ "$?" != "0" ]]; then
 348       title "ERROR: could not create standard Docker images project Please create it, cf. http://doc.arvados.org/install/create-standard-objects.html"
 349       exit 1
 350     fi
 351   fi
 352
 353   title "Found Arvados Standard Docker Images project with uuid $DOCKER_IMAGES_PROJECT"
 354
 355   VERSION=`ssh -o "StrictHostKeyChecking no" $IDENTIFIER apt-cache policy python-arvados-cwl-runner|grep Candidate`
 356   VERSION=`echo $VERSION|cut -f2 -d' '|cut -f1 -d-`
 357
 358   if [[ "$?" != "0" ]] || [[ "$VERSION" == "" ]]; then
 359     title "ERROR: unable to get arvados/jobs Docker image version"
 360     exit 1
 361   else
 362     title "Found version for arvados/jobs Docker image: $VERSION"
 363   fi
 364
 365   if [[ "$SHELL_NODE_FOR_ARV_KEEPDOCKER" == "" ]]; then
 366     ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker |grep -q $VERSION
 367     if [[ "$?" == "0" ]]; then
 368       title "Found latest arvados/jobs Docker image, nothing to upload"
 369       # Just in case it isn't yet, tag the image as latest
 370       title "Tag arvados/jobs Docker image $VERSION as latest"
 371       ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs latest
 372       if [[ $? -ne 0 ]]; then
 373         title "'arv-keepdocker' failed..."
 374         exit 1
 375       fi
 376     else
 377       title "Installing latest arvados/jobs Docker image"
 378       ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker --pull --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs $VERSION
 379       if [[ $? -ne 0 ]]; then
 380         title "'arv-keepdocker' failed..."
 381         exit 1
 382       fi
 383       ## adding latest tag too  refs 9254
 384       docker tag arvados/jobs:$VERSION arvados/jobs:latest
 385       ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs latest
 386       if [[ $? -ne 0 ]]; then
 387         title "'arv-keepdocker' failed..."
 388         exit 1
 389       fi
 390     fi
 391   else
 392     run_command $SHELL_NODE_FOR_ARV_KEEPDOCKER ECODE "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker" |grep -q $VERSION
 393
 394     if [[ "$?" == "0" ]]; then
 395       title "Found latest arvados/jobs Docker image, nothing to upload"
 396       # Just in case it isn't yet, tag the image as latest
 397       title "Tag arvados/jobs Docker image $VERSION as latest"
 398       ssh -o "StrictHostKeyChecking no" $SHELL_NODE_FOR_ARV_KEEPDOCKER "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs latest"
 399       if [[ $? -ne 0 ]]; then
 400         title "'arv-keepdocker' failed..."
 401         exit 1
 402       fi
 403     else
 404       title "Installing latest arvados/jobs Docker image"
 405       ssh -o "StrictHostKeyChecking no" $SHELL_NODE_FOR_ARV_KEEPDOCKER "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker --pull --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs $VERSION"
 406       if [[ $? -ne 0 ]]; then
 407         title "'arv-keepdocker' failed..."
 408         exit 1
 409       fi
 410       ## adding latest tag too  refs 9254
 411       ssh -o "StrictHostKeyChecking no" $SHELL_NODE_FOR_ARV_KEEPDOCKER docker tag arvados/jobs:$VERSION arvados/jobs:latest
 412       ssh -o "StrictHostKeyChecking no" $SHELL_NODE_FOR_ARV_KEEPDOCKER "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs latest"
 413       if [[ $? -ne 0 ]]; then
 414         title "'arv-keepdocker' failed..."
 415         exit 1
 416       fi
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 419 fi