jenkins/run-deploy.sh

   1 #!/bin/bash
   2
   3 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   4 #
   5 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   6
   7 DEBUG=0
   8 SSH_PORT=22
   9 PUPPET_CONCURRENCY=5
  10
  11 read -d] -r SCOPES <<EOF
  12 --scopes
  13 '["GET /arvados/v1/virtual_machines",\n
  14 "GET /arvados/v1/keep_services",\n
  15 "GET /arvados/v1/keep_services/",\n
  16 "GET /arvados/v1/groups",\n
  17 "GET /arvados/v1/groups/",\n
  18 "GET /arvados/v1/links",\n
  19 "GET /arvados/v1/collections",\n
  20 "POST /arvados/v1/collections",\n
  21 "POST /arvados/v1/links",\n
  22 "GET /arvados/v1/users/current",\n
  23 "POST /arvados/v1/users/current",\n
  24 "GET /arvados/v1/jobs",\n
  25 "POST /arvados/v1/jobs",\n
  26 "GET /arvados/v1/pipeline_instances",\n
  27 "POST /arvados/v1/pipeline_instances",\n
  28 "PUT /arvados/v1/pipeline_instances/",\n
  29 "GET /arvados/v1/collections/",\n
  30 "POST /arvados/v1/collections/",\n
  31 "GET /arvados/v1/logs"]'
  32 EOF
  33
  34 function usage {
  35     echo >&2
  36     echo >&2 "usage: $0 [options] <identifier>"
  37     echo >&2
  38     echo >&2 "   <identifier>                 Arvados cluster name"
  39     echo >&2
  40     echo >&2 "$0 options:"
  41     echo >&2 "  -n, --node <node>             Single machine to deploy, use fqdn, optional"
  42     echo >&2 "  -p, --port <ssh port>         SSH port to use (default 22)"
  43     echo >&2 "  -c, --concurrency <max>       Maximum concurrency for puppet runs (default 5)"
  44     echo >&2 "  -d, --debug                   Enable debug output"
  45     echo >&2 "  -h, --help                    Display this help and exit"
  46     echo >&2
  47     echo >&2 "Note: this script requires an arvados token created with these permissions:"
  48     echo >&2 '  arv api_client_authorization create_system_auth \'
  49     echo -e $SCOPES"]'" >&2
  50     echo >&2
  51 }
  52
  53
  54 # NOTE: This requires GNU getopt (part of the util-linux package on Debian-based distros).
  55 TEMP=`getopt -o hdp:c:n: \
  56     --long help,debug,port:,concurrency:,node: \
  57     -n "$0" -- "$@"`
  58
  59 if [ $? != 0 ] ; then echo "Use -h for help"; exit 1 ; fi
  60 # Note the quotes around `$TEMP': they are essential!
  61 eval set -- "$TEMP"
  62
  63 while [ $# -ge 1 ]
  64 do
  65     case $1 in
  66         -n | --node)
  67             NODE="$2"; shift 2
  68             ;;
  69         -p | --port)
  70             SSH_PORT="$2"; shift 2
  71             ;;
  72         -c | --concurrency)
  73             PUPPET_CONCURRENCY="$2"; shift 2
  74             ;;
  75         -d | --debug)
  76             DEBUG=1
  77             shift
  78             ;;
  79         --)
  80             shift
  81             break
  82             ;;
  83         *)
  84             usage
  85             exit 1
  86             ;;
  87     esac
  88 done
  89
  90 IDENTIFIER=$1
  91
  92 if [[ "$IDENTIFIER" == '' ]]; then
  93   usage
  94   exit 1
  95 fi
  96
  97 EXITCODE=0
  98
  99 COLUMNS=80
 100
 101 PUPPET_AGENT='
 102 __rvm_unload
 103 now() { date +%s; }
 104 let endtime="$(now) + 600"
 105 while [ "$endtime" -gt "$(now)" ]; do
 106     puppet agent --test --detailed-exitcodes
 107     agent_exitcode=$?
 108     if [ 0 = "$agent_exitcode" ] || [ 2 = "$agent_exitcode" ]; then
 109         break
 110     else
 111         sleep 10s
 112     fi
 113 done
 114 exit ${agent_exitcode:-99}
 115 '
 116
 117 title () {
 118   date=`date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'`
 119   printf "$date $1\n"
 120 }
 121
 122 function run_puppet() {
 123   node=$1
 124
 125   title "Running puppet on $node"
 126   sleep $[ $RANDOM / 6000 ].$[ $RANDOM / 1000 ]
 127   TMP_FILE=`mktemp`
 128   if [[ "$DEBUG" != "0" ]]; then
 129     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C bash -c "'$PUPPET_AGENT'" | tee $TMP_FILE
 130   else
 131     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C bash -c "'$PUPPET_AGENT'" > $TMP_FILE 2>&1
 132   fi
 133
 134   ECODE=${PIPESTATUS[0]}
 135   RESULT=$(cat $TMP_FILE)
 136
 137   if [[ "$ECODE" != "255" && ! ("$RESULT" =~ 'already in progress') && "$ECODE" != "2" && "$ECODE" != "0"  ]]; then
 138     # Ssh exits 255 if the connection timed out. Just ignore that.
 139     # Puppet exits 2 if there are changes. For real!
 140     # Puppet prints 'Notice: Run of Puppet configuration client already in progress' if another puppet process
 141     #   was already running
 142     echo "ERROR running puppet on $node: exit code $ECODE"
 143     if [[ "$DEBUG" == "0" ]]; then
 144       title "Command output follows:"
 145       echo $RESULT
 146     fi
 147   fi
 148   if [[ "$ECODE" == "255" ]]; then
 149     title "Connection timed out"
 150     ECODE=0
 151   fi
 152   if [[ "$ECODE" == "2" ]]; then
 153     ECODE=0
 154   fi
 155
 156   if [[ "$ECODE" == "0" ]]; then
 157       rm -f $TMP_FILE
 158       echo $node successfully updates
 159   else
 160       echo $node exit code: $ECODE see $TMP_FILE for details
 161   fi
 162 }
 163
 164 function run_command() {
 165   node=$1
 166   return_var=$2
 167   command=$3
 168
 169   title "Running '$command' on $node"
 170   TMP_FILE=`mktemp`
 171   if [[ "$DEBUG" != "0" ]]; then
 172     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 125" root@$node -C "$command" | tee $TMP_FILE
 173   else
 174     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 125" root@$node -C "$command" > $TMP_FILE 2>&1
 175   fi
 176
 177   ECODE=$?
 178   RESULT=$(cat $TMP_FILE)
 179
 180   if [[ "$ECODE" != "255" && "$ECODE" != "0"  ]]; then
 181     # Ssh exists 255 if the connection timed out. Just ignore that, it's possible that this node is
 182     #   a shell node that is down.
 183     title "ERROR running command on $node: exit code $ECODE"
 184     if [[ "$DEBUG" == "0" ]]; then
 185       title "Command output follows:"
 186       echo $RESULT
 187     fi
 188   fi
 189   if [[ "$ECODE" == "255" ]]; then
 190     title "Connection timed out"
 191     ECODE=0
 192   fi
 193   rm -f $TMP_FILE
 194   eval "$return_var=$ECODE"
 195 }
 196
 197 if [[ "$NODE" == "" ]] || [[ "$NODE" == "$IDENTIFIER.arvadosapi.com" ]]; then
 198   title "Updating API server"
 199   SUM_ECODE=0
 200   run_puppet $IDENTIFIER.arvadosapi.com ECODE
 201   SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 202
 203   if [[ "$SUM_ECODE" != "0" ]]; then
 204     title "ERROR: Updating API server FAILED"
 205     EXITCODE=$(($EXITCODE + $SUM_ECODE))
 206     exit $EXITCODE
 207   fi
 208 fi
 209
 210 if [[ "$NODE" == "$IDENTIFIER.arvadosapi.com" ]]; then
 211         # we are done
 212         exit 0
 213 fi
 214
 215 title "Loading ARVADOS_API_HOST and ARVADOS_API_TOKEN"
 216 if [[ -f "$HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf" ]]; then
 217   . $HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf
 218 else
 219   title "WARNING: $HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf not found."
 220 fi
 221 if [[ "$ARVADOS_API_HOST" == "" ]] || [[ "$ARVADOS_API_TOKEN" == "" ]]; then
 222   title "ERROR: ARVADOS_API_HOST and/or ARVADOS_API_TOKEN environment variables are not set."
 223   exit 1
 224 fi
 225
 226 title "Gathering list of shell and Keep nodes"
 227 SHELL_NODES=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv virtual_machine list |jq .items[].hostname -r`
 228 KEEP_NODES=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv keep_service list |jq .items[].service_host -r`
 229
 230 nodes=""
 231 for n in workbench manage switchyard $SHELL_NODES $KEEP_NODES; do
 232   ECODE=0
 233   if [[ $n =~ $ARVADOS_API_HOST$ ]]; then
 234     # e.g. keep.qr1hi.arvadosapi.com
 235     node=$n
 236   else
 237     # e.g. shell
 238     node=$n.$ARVADOS_API_HOST
 239   fi
 240         if [[ "$NODE" == "" ]] || [[ "$NODE" == "$node" ]]; then
 241           # e.g. keep.qr1hi
 242           nodes="$nodes ${node%.arvadosapi.com}"
 243         fi
 244 done
 245
 246 if [[ "$nodes" != "" ]]; then
 247   ## at this point nodes should be an array containing
 248   ## manage.qr1hi,  keep.qr1hi, etc
 249   ## that should be defined in the .ssh/config file
 250   title "Updating in parallel: $nodes"
 251   export -f run_puppet
 252   export -f title
 253   export SSH_PORT
 254   export PUPPET_AGENT
 255   echo $nodes|xargs -d " " -n 1 -P $PUPPET_CONCURRENCY -I {} bash -c "run_puppet {}"
 256 fi
 257
 258 if [[ "$NODE" == "" ]]; then
 259   title "Locating Arvados Standard Docker images project"
 260
 261   JSON_FILTER="[[\"name\", \"=\", \"Arvados Standard Docker Images\"], [\"owner_uuid\", \"=\", \"$IDENTIFIER-tpzed-000000000000000\"]]"
 262   DOCKER_IMAGES_PROJECT=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv --format=uuid group list --filters="$JSON_FILTER"`
 263
 264   if [[ "$DOCKER_IMAGES_PROJECT" == "" ]]; then
 265     title "Warning: Arvados Standard Docker Images project not found. Creating it."
 266
 267     DOCKER_IMAGES_PROJECT=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv --format=uuid group create --group "{\"owner_uuid\":\"$IDENTIFIER-tpzed-000000000000000\", \"name\":\"Arvados Standard Docker Images\", \"group_class\":\"project\"}"`
 268     ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv link create --link "{\"tail_uuid\":\"$IDENTIFIER-j7d0g-fffffffffffffff\", \"head_uuid\":\"$DOCKER_IMAGES_PROJECT\", \"link_class\":\"permission\", \"name\":\"can_read\" }"
 269     if [[ "$?" != "0" ]]; then
 270       title "ERROR: could not create standard Docker images project Please create it, cf. http://doc.arvados.org/install/create-standard-objects.html"
 271       exit 1
 272     fi
 273   fi
 274
 275   title "Found Arvados Standard Docker Images project with uuid $DOCKER_IMAGES_PROJECT"
 276
 277         # from 1.4 onwards, we use the python executable that is part of the python-arvados-cwl-runner package
 278   GIT_COMMIT=`ssh -o "StrictHostKeyChecking no" shell.$IDENTIFIER "bash -s" <<EOF
 279 if [[ -e "/usr/share/python2.7/dist/python-arvados-cwl-runner/bin/python" ]]; then
 280   /usr/share/python2.7/dist/python-arvados-cwl-runner/bin/python -c 'import arvados_cwl ; print arvados_cwl.__version__'
 281 else
 282   /usr/bin/python -c 'import arvados_cwl ; print arvados_cwl.__version__'
 283 fi
 284 EOF
 285 `
 286
 287   if [[ "$?" != "0" ]] || [[ "$GIT_COMMIT" == "" ]]; then
 288     title "ERROR: unable to get arvados/jobs Docker image git revision"
 289     exit 1
 290   else
 291     title "Found git commit for arvados/jobs Docker image: $GIT_COMMIT"
 292   fi
 293
 294   run_command shell.$IDENTIFIER ECODE "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker" |grep -q $GIT_COMMIT
 295
 296   if [[ "$?" == "0" ]]; then
 297     title "Found latest arvados/jobs Docker image, nothing to upload"
 298     # Just in case it isn't yet, tag the image as latest
 299     title "Tag arvados/jobs Docker image $GIT_COMMIT as latest"
 300     ssh -o "StrictHostKeyChecking no" shell.$IDENTIFIER "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs latest"
 301   else
 302     title "Installing latest arvados/jobs Docker image"
 303     ssh -o "StrictHostKeyChecking no" shell.$IDENTIFIER "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker --pull --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs $GIT_COMMIT"
 304     ssh -o "StrictHostKeyChecking no" shell.$IDENTIFIER docker tag --force >/dev/null 2>&1
 305     # docker 1.13 no longer supports --force. Sigh.
 306     if [[ "$?" == "125" ]]; then
 307       FORCE_TAG=""
 308     else
 309       FORCE_TAG="--force"
 310     fi
 311     ## adding latest tag too  refs 9254
 312     ssh -o "StrictHostKeyChecking no" shell.$IDENTIFIER docker tag $FORCE_TAG arvados/jobs:$GIT_COMMIT arvados/jobs:latest
 313     ssh -o "StrictHostKeyChecking no" shell.$IDENTIFIER "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs latest"
 314     if [[ "$?" -ne 0 ]]; then
 315       title "'arv-keepdocker' failed, exit code $?..."
 316       exit 1
 317     fi
 318   fi
 319 fi