jenkins/run-deploy.sh

   1 #!/bin/bash
   2
   3 DEBUG=0
   4 SSH_PORT=22
   5
   6 read -d] -r SCOPES <<EOF
   7 --scopes
   8 '["GET /arvados/v1/virtual_machines",\n
   9 "GET /arvados/v1/keep_services",\n
  10 "GET /arvados/v1/keep_services/",\n
  11 "GET /arvados/v1/groups",\n
  12 "GET /arvados/v1/groups/",\n
  13 "GET /arvados/v1/links",\n
  14 "GET /arvados/v1/collections",\n
  15 "POST /arvados/v1/collections",\n
  16 "POST /arvados/v1/links",\n
  17 "GET /arvados/v1/users/current",\n
  18 "POST /arvados/v1/users/current",\n
  19 "GET /arvados/v1/jobs",\n
  20 "POST /arvados/v1/jobs",\n
  21 "GET /arvados/v1/pipeline_instances",\n
  22 "POST /arvados/v1/pipeline_instances",\n
  23 "PUT /arvados/v1/pipeline_instances/",\n
  24 "GET /arvados/v1/collections/",\n
  25 "POST /arvados/v1/collections/",\n
  26 "GET /arvados/v1/logs"]'
  27 EOF
  28
  29 function usage {
  30     echo >&2
  31     echo >&2 "usage: $0 [options] <identifier>"
  32     echo >&2
  33     echo >&2 "   <identifier>                 Arvados cluster name"
  34     echo >&2
  35     echo >&2 "$0 options:"
  36     echo >&2 "  -p, --port <ssh port>         SSH port to use (default 22)"
  37     echo >&2 "  -d, --debug                   Enable debug output"
  38     echo >&2 "  -h, --help                    Display this help and exit"
  39     echo >&2
  40     echo >&2 "Note: this script requires an arvados token created with these permissions:"
  41     echo >&2 '  arv api_client_authorization create_system_auth \'
  42     echo -e $SCOPES"]'" >&2
  43     echo >&2
  44 }
  45
  46
  47 # NOTE: This requires GNU getopt (part of the util-linux package on Debian-based distros).
  48 TEMP=`getopt -o hdp: \
  49     --long help,debug,port: \
  50     -n "$0" -- "$@"`
  51
  52 if [ $? != 0 ] ; then echo "Use -h for help"; exit 1 ; fi
  53 # Note the quotes around `$TEMP': they are essential!
  54 eval set -- "$TEMP"
  55
  56 while [ $# -ge 1 ]
  57 do
  58     case $1 in
  59         -p | --port)
  60             SSH_PORT="$2"; shift 2
  61             ;;
  62         -d | --debug)
  63             DEBUG=1
  64             shift
  65             ;;
  66         --)
  67             shift
  68             break
  69             ;;
  70         *)
  71             usage
  72             exit 1
  73             ;;
  74     esac
  75 done
  76
  77 IDENTIFIER=$1
  78
  79 if [[ "$IDENTIFIER" == '' ]]; then
  80   usage
  81   exit 1
  82 fi
  83
  84 EXITCODE=0
  85
  86 COLUMNS=80
  87
  88 PUPPET_AGENT='
  89 now() { date +%s; }
  90 let endtime="$(now) + 600"
  91 while [ "$endtime" -gt "$(now)" ]; do
  92     puppet agent --test --detailed-exitcodes
  93     agent_exitcode=$?
  94     if [ 0 = "$agent_exitcode" ] || [ 2 = "$agent_exitcode" ]; then
  95         break
  96     else
  97         sleep 10s
  98     fi
  99 done
 100 exit ${agent_exitcode:-99}
 101 '
 102
 103 title () {
 104   date=`date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'`
 105   printf "$date $1\n"
 106 }
 107
 108 function run_puppet() {
 109   node=$1
 110
 111   title "Running puppet on $node"
 112   sleep $[ $RANDOM / 6000 ].$[ $RANDOM / 1000 ]
 113   TMP_FILE=`mktemp`
 114   if [[ "$DEBUG" != "0" ]]; then
 115     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C bash -c "'$PUPPET_AGENT'" | tee $TMP_FILE
 116   else
 117     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C bash -c "'$PUPPET_AGENT'" > $TMP_FILE 2>&1
 118   fi
 119
 120   ECODE=${PIPESTATUS[0]}
 121   RESULT=$(cat $TMP_FILE)
 122
 123   if [[ "$ECODE" != "255" && ! ("$RESULT" =~ 'already in progress') && "$ECODE" != "2" && "$ECODE" != "0"  ]]; then
 124     # Ssh exits 255 if the connection timed out. Just ignore that.
 125     # Puppet exits 2 if there are changes. For real!
 126     # Puppet prints 'Notice: Run of Puppet configuration client already in progress' if another puppet process
 127     #   was already running
 128     echo "ERROR running puppet on $node: exit code $ECODE"
 129     if [[ "$DEBUG" == "0" ]]; then
 130       title "Command output follows:"
 131       echo $RESULT
 132     fi
 133   fi
 134   if [[ "$ECODE" == "255" ]]; then
 135     title "Connection timed out"
 136     ECODE=0
 137   fi
 138   if [[ "$ECODE" == "2" ]]; then
 139     ECODE=0
 140   fi
 141
 142   if [[ "$ECODE" == "0" ]]; then
 143       rm -f $TMP_FILE
 144       echo $node successfully updates
 145   else
 146       echo $node exit code: $ECODE see $TMP_FILE for details
 147   fi
 148 }
 149
 150 function run_command() {
 151   node=$1
 152   return_var=$2
 153   command=$3
 154
 155   title "Running '$command' on $node"
 156   TMP_FILE=`mktemp`
 157   if [[ "$DEBUG" != "0" ]]; then
 158     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 125" root@$node -C "$command" | tee $TMP_FILE
 159   else
 160     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 125" root@$node -C "$command" > $TMP_FILE 2>&1
 161   fi
 162
 163   ECODE=$?
 164   RESULT=$(cat $TMP_FILE)
 165
 166   if [[ "$ECODE" != "255" && "$ECODE" != "0"  ]]; then
 167     # Ssh exists 255 if the connection timed out. Just ignore that, it's possible that this node is
 168     #   a shell node that is down.
 169     title "ERROR running command on $node: exit code $ECODE"
 170     if [[ "$DEBUG" == "0" ]]; then
 171       title "Command output follows:"
 172       echo $RESULT
 173     fi
 174   fi
 175   if [[ "$ECODE" == "255" ]]; then
 176     title "Connection timed out"
 177     ECODE=0
 178   fi
 179   rm -f $TMP_FILE
 180   eval "$return_var=$ECODE"
 181 }
 182
 183 title "Updating API server"
 184 SUM_ECODE=0
 185 run_puppet $IDENTIFIER.arvadosapi.com ECODE
 186 SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 187 if [ ! "$IDENTIFIER" = "c97qk" ]
 188 then
 189   run_command $IDENTIFIER.arvadosapi.com ECODE "dpkg -L arvados-mailchimp-plugin 2>/dev/null && apt-get install arvados-mailchimp-plugin --reinstall || echo"
 190   SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 191 fi
 192
 193 if [[ "$SUM_ECODE" != "0" ]]; then
 194   title "ERROR: Updating API server FAILED"
 195   EXITCODE=$(($EXITCODE + $SUM_ECODE))
 196   exit $EXITCODE
 197 fi
 198
 199 title "Loading ARVADOS_API_HOST and ARVADOS_API_TOKEN"
 200 if [[ -f "$HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf" ]]; then
 201   . $HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf
 202 else
 203   title "WARNING: $HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf not found."
 204 fi
 205 if [[ "$ARVADOS_API_HOST" == "" ]] || [[ "$ARVADOS_API_TOKEN" == "" ]]; then
 206   title "ERROR: ARVADOS_API_HOST and/or ARVADOS_API_TOKEN environment variables are not set."
 207   exit 1
 208 fi
 209
 210 title "Gathering list of shell and Keep nodes"
 211 SHELL_NODES=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv virtual_machine list |jq .items[].hostname -r`
 212 KEEP_NODES=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv keep_service list |jq .items[].service_host -r`
 213
 214 nodes=""
 215 for n in workbench manage switchyard $SHELL_NODES $KEEP_NODES; do
 216   ECODE=0
 217   if [[ $n =~ $ARVADOS_API_HOST$ ]]; then
 218     # e.g. keep.qr1hi.arvadosapi.com
 219     node=$n
 220   else
 221     # e.g. shell
 222     node=$n.$ARVADOS_API_HOST
 223   fi
 224   # e.g. keep.qr1hi
 225   nodes="$nodes ${node%.arvadosapi.com}"
 226 done
 227
 228 ## at this point nodes should be an array containing
 229 ## manage.qr1hi,  keep.qr1hi, etc
 230 ## that should be defined in the .ssh/config file
 231 title "Updating in parallel: $nodes"
 232 export -f run_puppet
 233 export -f title
 234 export SSH_PORT
 235 export PUPPET_AGENT
 236 echo $nodes|xargs -d " " -n 1 -P 10 -I {} bash -c "run_puppet {}"
 237
 238 title "Locating Arvados Standard Docker images project"
 239
 240 JSON_FILTER="[[\"name\", \"=\", \"Arvados Standard Docker Images\"], [\"owner_uuid\", \"=\", \"$IDENTIFIER-tpzed-000000000000000\"]]"
 241 DOCKER_IMAGES_PROJECT=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv --format=uuid group list --filters="$JSON_FILTER"`
 242
 243 if [[ "$DOCKER_IMAGES_PROJECT" == "" ]]; then
 244   title "Warning: Arvados Standard Docker Images project not found. Creating it."
 245
 246   DOCKER_IMAGES_PROJECT=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv --format=uuid group create --group "{\"owner_uuid\":\"$IDENTIFIER-tpzed-000000000000000\", \"name\":\"Arvados Standard Docker Images\", \"group_class\":\"project\"}"`
 247   ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv link create --link "{\"tail_uuid\":\"$IDENTIFIER-j7d0g-fffffffffffffff\", \"head_uuid\":\"$DOCKER_IMAGES_PROJECT\", \"link_class\":\"permission\", \"name\":\"can_read\" }"
 248   if [[ "$?" != "0" ]]; then
 249     title "ERROR: could not create standard Docker images project Please create it, cf. http://doc.arvados.org/install/create-standard-objects.html"
 250     exit 1
 251   fi
 252 fi
 253
 254 title "Found Arvados Standard Docker Images project with uuid $DOCKER_IMAGES_PROJECT"
 255 GIT_COMMIT=`ssh -o "StrictHostKeyChecking no" shell.$IDENTIFIER "python -c 'import arvados_cwl ; print arvados_cwl.__version__'"`
 256
 257 if [[ "$?" != "0" ]] || [[ "$GIT_COMMIT" == "" ]]; then
 258   title "ERROR: unable to get arvados/jobs Docker image git revision"
 259   exit 1
 260 else
 261   title "Found git commit for arvados/jobs Docker image: $GIT_COMMIT"
 262 fi
 263
 264 run_command shell.$IDENTIFIER ECODE "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN /usr/local/rvm/bin/rvm-exec default arv keep docker" |grep -q $GIT_COMMIT
 265
 266 if [[ "$?" == "0" ]]; then
 267   title "Found latest arvados/jobs Docker image, nothing to upload"
 268   # Just in case it isn't yet, tag the image as latest
 269   ssh -o "StrictHostKeyChecking no" shell.$IDENTIFIER "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker arvados/jobs latest"
 270 else
 271   title "Installing latest arvados/jobs Docker image"
 272   ssh -o "StrictHostKeyChecking no" shell.$IDENTIFIER "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN /usr/local/rvm/bin/rvm-exec default arv keep docker --pull --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs $GIT_COMMIT"
 273   ## adding latest tag too  refs 9254
 274   ssh -o "StrictHostKeyChecking no" shell.$IDENTIFIER docker tag -f arvados/jobs:$GIT_COMMIT arvados/jobs:latest
 275   ssh -o "StrictHostKeyChecking no" shell.$IDENTIFIER "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs latest"
 276   if [[ "$?" -ne 0 ]]; then
 277     title "'git pull' failed exiting..."
 278     exit 1
 279   fi
 280 fi