jenkins/run-deploy.sh

   1 #!/bin/bash
   2
   3 DEBUG=0
   4 SSH_PORT=22
   5
   6 function usage {
   7     echo >&2
   8     echo >&2 "usage: $0 [options] <identifier>"
   9     echo >&2
  10     echo >&2 "   <identifier>                 Arvados cluster name"
  11     echo >&2
  12     echo >&2 "$0 options:"
  13     echo >&2 "  -p, --port <ssh port>         SSH port to use (default 22)"
  14     echo >&2 "  -d, --debug                   Enable debug output"
  15     echo >&2 "  -h, --help                    Display this help and exit"
  16     echo >&2
  17     echo >&2 "Note: this script requires an arvados token created with these permissions:"
  18     echo >&2 '  arv api_client_authorization create_system_auth \'
  19     echo >&2 '    --scopes "[\"GET /arvados/v1/virtual_machines\",'
  20     echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/keep_services\",'
  21     echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/keep_services/\",'
  22     echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/groups\",'
  23     echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/groups/\",'
  24     echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/links\",'
  25     echo >&2 '               \"GET /arvados/v1/collections\",'
  26     echo >&2 '               \"POST /arvados/v1/collections\",'
  27     echo >&2 '               \"POST /arvados/v1/links\"]"'
  28     echo >&2
  29 }
  30
  31 # NOTE: This requires GNU getopt (part of the util-linux package on Debian-based distros).
  32 TEMP=`getopt -o hdp: \
  33     --long help,debug,port: \
  34     -n "$0" -- "$@"`
  35
  36 if [ $? != 0 ] ; then echo "Use -h for help"; exit 1 ; fi
  37 # Note the quotes around `$TEMP': they are essential!
  38 eval set -- "$TEMP"
  39
  40 while [ $# -ge 1 ]
  41 do
  42     case $1 in
  43         -p | --port)
  44             SSH_PORT="$2"; shift 2
  45             ;;
  46         -d | --debug)
  47             DEBUG=1
  48             shift
  49             ;;
  50         --)
  51             shift
  52             break
  53             ;;
  54         *)
  55             usage
  56             exit 1
  57             ;;
  58     esac
  59 done
  60
  61 IDENTIFIER=$1
  62
  63 if [[ "$IDENTIFIER" == '' ]]; then
  64   usage
  65   exit 1
  66 fi
  67
  68 EXITCODE=0
  69
  70 COLUMNS=80
  71
  72 PUPPET_AGENT='
  73 now() { date +%s; }
  74 let endtime="$(now) + 600"
  75 while [ "$endtime" -gt "$(now)" ]; do
  76     puppet agent --test --detailed-exitcodes
  77     agent_exitcode=$?
  78     if [ 0 = "$agent_exitcode" ] || [ 2 = "$agent_exitcode" ]; then
  79         break
  80     else
  81         sleep 10s
  82     fi
  83 done
  84 exit ${agent_exitcode:-99}
  85 '
  86
  87 title () {
  88   date=`date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'`
  89   printf "$date $1\n"
  90 }
  91
  92 function run_puppet() {
  93   node=$1
  94   return_var=$2
  95
  96   title "Running puppet on $node"
  97   TMP_FILE=`mktemp`
  98   if [[ "$DEBUG" != "0" ]]; then
  99     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C bash -c "'$PUPPET_AGENT'" | tee $TMP_FILE
 100   else
 101     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C bash -c "'$PUPPET_AGENT'" > $TMP_FILE 2>&1
 102   fi
 103
 104   ECODE=${PIPESTATUS[0]}
 105   RESULT=$(cat $TMP_FILE)
 106
 107   if [[ "$ECODE" != "255" && ! ("$RESULT" =~ 'already in progress') && "$ECODE" != "2" && "$ECODE" != "0"  ]]; then
 108     # Ssh exits 255 if the connection timed out. Just ignore that.
 109     # Puppet exits 2 if there are changes. For real!
 110     # Puppet prints 'Notice: Run of Puppet configuration client already in progress' if another puppet process
 111     #   was already running
 112     echo "ERROR running puppet on $node: exit code $ECODE"
 113     if [[ "$DEBUG" == "0" ]]; then
 114       title "Command output follows:"
 115       echo $RESULT
 116     fi
 117   fi
 118   if [[ "$ECODE" == "255" ]]; then
 119     title "Connection timed out"
 120     ECODE=0
 121   fi
 122   if [[ "$ECODE" == "2" ]]; then
 123     ECODE=0
 124   fi
 125   rm -f $TMP_FILE
 126   eval "$return_var=$ECODE"
 127 }
 128
 129 function run_command() {
 130   node=$1
 131   return_var=$2
 132   command=$3
 133
 134   title "Running '$command' on $node"
 135   TMP_FILE=`mktemp`
 136   if [[ "$DEBUG" != "0" ]]; then
 137     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C "$command" | tee $TMP_FILE
 138   else
 139     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C "$command" > $TMP_FILE 2>&1
 140   fi
 141
 142   ECODE=$?
 143   RESULT=$(cat $TMP_FILE)
 144
 145   if [[ "$ECODE" != "255" && "$ECODE" != "0"  ]]; then
 146     # Ssh exists 255 if the connection timed out. Just ignore that, it's possible that this node is
 147     #   a shell node that is down.
 148     title "ERROR running command on $node: exit code $ECODE"
 149     if [[ "$DEBUG" == "0" ]]; then
 150       title "Command output follows:"
 151       echo $RESULT
 152     fi
 153   fi
 154   if [[ "$ECODE" == "255" ]]; then
 155     title "Connection timed out"
 156     ECODE=0
 157   fi
 158   rm -f $TMP_FILE
 159   eval "$return_var=$ECODE"
 160 }
 161
 162 title "Updating API server"
 163 SUM_ECODE=0
 164 run_puppet $IDENTIFIER.arvadosapi.com ECODE
 165 SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 166 run_command $IDENTIFIER.arvadosapi.com ECODE "/usr/local/rvm/bin/rvm-exec /usr/local/bin/arvados-api-server-upgrade.sh"
 167 SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 168 if [ ! "$IDENTIFIER" = "c97qk" ]
 169 then
 170   run_command $IDENTIFIER.arvadosapi.com ECODE "dpkg -L arvados-mailchimp-plugin 2>/dev/null && apt-get install arvados-mailchimp-plugin --reinstall || echo"
 171   SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 172 fi
 173
 174 if [[ "$SUM_ECODE" != "0" ]]; then
 175   title "ERROR: Updating API server FAILED"
 176   EXITCODE=$(($EXITCODE + $SUM_ECODE))
 177   exit $EXITCODE
 178 fi
 179
 180 title "Loading ARVADOS_API_HOST and ARVADOS_API_TOKEN"
 181 if [[ -f "$HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf" ]]; then
 182   . $HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf
 183 else
 184   title "WARNING: $HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf not found."
 185 fi
 186 if [[ "$ARVADOS_API_HOST" == "" ]] || [[ "$ARVADOS_API_TOKEN" == "" ]]; then
 187   title "ERROR: ARVADOS_API_HOST and/or ARVADOS_API_TOKEN environment variables are not set."
 188   exit 1
 189 fi
 190
 191 title "Locating Arvados Standard Docker images project"
 192
 193 JSON_FILTER="[[\"name\", \"=\", \"Arvados Standard Docker Images\"], [\"owner_uuid\", \"=\", \"$IDENTIFIER-tpzed-000000000000000\"]]"
 194 DOCKER_IMAGES_PROJECT=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv --format=uuid group list --filters="$JSON_FILTER"`
 195
 196 if [[ "$DOCKER_IMAGES_PROJECT" == "" ]]; then
 197   title "Warning: Arvados Standard Docker Images project not found. Creating it."
 198
 199   DOCKER_IMAGES_PROJECT=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv --format=uuid group create --group "{\"owner_uuid\":\"$IDENTIFIER-tpzed-000000000000000\", \"name\":\"Arvados Standard Docker Images\", \"group_class\":\"project\"}"`
 200   ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv link create --link "{\"tail_uuid\":\"$IDENTIFIER-j7d0g-fffffffffffffff\", \"head_uuid\":\"$DOCKER_IMAGES_PROJECT\", \"link_class\":\"permission\", \"name\":\"can_read\" }"
 201   if [[ "$?" != "0" ]]; then
 202     title "ERROR: could not create standard Docker images project Please create it, cf. http://doc.arvados.org/install/create-standard-objects.html"
 203     exit 1
 204   fi
 205 fi
 206
 207 title "Found Arvados Standard Docker Images project with uuid $DOCKER_IMAGES_PROJECT"
 208 GIT_COMMIT=`ssh -o "StrictHostKeyChecking no" $IDENTIFIER cat /usr/local/arvados/src/git-commit.version`
 209
 210 if [[ "$?" != "0" ]] || [[ "$GIT_COMMIT" == "" ]]; then
 211   title "ERROR: unable to get arvados/jobs Docker image git revision"
 212   exit 1
 213 else
 214   title "Found git commit for arvados/jobs Docker image: $GIT_COMMIT"
 215 fi
 216
 217 run_command shell.$IDENTIFIER ECODE "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN /usr/local/rvm/bin/rvm-exec default arv keep docker" |grep -q $GIT_COMMIT
 218
 219 if [[ "$?" == "0" ]]; then
 220   title "Found latest arvados/jobs Docker image, nothing to upload"
 221 else
 222   title "Installing latest arvados/jobs Docker image"
 223   ssh -o "StrictHostKeyChecking no" shell.$IDENTIFIER "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN /usr/local/rvm/bin/rvm-exec default arv keep docker --pull --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs $GIT_COMMIT"
 224   if [[ "$?" -ne 0 ]]; then
 225     title "'git pull' failed exiting..."
 226     exit 1
 227   fi
 228 fi
 229
 230 title "Gathering list of shell and Keep nodes"
 231 SHELL_NODES=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv virtual_machine list |jq .items[].hostname -r`
 232 KEEP_NODES=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv keep_service list |jq .items[].service_host -r`
 233
 234 title "Updating workbench"
 235 SUM_ECODE=0
 236 if [[ `host workbench.$ARVADOS_API_HOST |cut -f4 -d' '` != `host $ARVADOS_API_HOST |cut -f4 -d' '` ]]; then
 237   # Workbench runs on a separate host. We need to run puppet there too.
 238   run_puppet workbench.$IDENTIFIER ECODE
 239   SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 240 fi
 241
 242 run_command workbench.$IDENTIFIER ECODE "/usr/local/rvm/bin/rvm-exec /usr/local/bin/arvados-workbench-upgrade.sh"
 243 SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 244
 245 if [[ "$SUM_ECODE" != "0" ]]; then
 246   title "ERROR: Updating workbench FAILED"
 247   EXITCODE=$(($EXITCODE + $SUM_ECODE))
 248   exit $EXITCODE
 249 fi
 250
 251 for n in manage switchyard $SHELL_NODES $KEEP_NODES; do
 252   ECODE=0
 253   if [[ $n =~ $ARVADOS_API_HOST$ ]]; then
 254     # e.g. keep.qr1hi.arvadosapi.com
 255     node=$n
 256   else
 257     # e.g. shell
 258     node=$n.$ARVADOS_API_HOST
 259   fi
 260
 261   # e.g. keep.qr1hi
 262   node=${node%.arvadosapi.com}
 263
 264   title "Updating $node"
 265   run_puppet $node ECODE
 266   if [[ "$ECODE" != "0" ]]; then
 267     title "ERROR: Updating $node node FAILED: exit code $ECODE"
 268     EXITCODE=$(($EXITCODE + $ECODE))
 269     exit $EXITCODE
 270   fi
 271 done