jenkins/run-deploy.sh

   1 #!/bin/bash
   2
   3 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   4 #
   5 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   6
   7 DEBUG=0
   8 UNMANAGED=0
   9 SSH_PORT=22
  10 PUPPET_CONCURRENCY=5
  11
  12 read -d] -r SCOPES <<EOF
  13 --scopes
  14 '["GET /arvados/v1/virtual_machines",\n
  15 "GET /arvados/v1/keep_services",\n
  16 "GET /arvados/v1/keep_services/",\n
  17 "GET /arvados/v1/groups",\n
  18 "GET /arvados/v1/groups/",\n
  19 "GET /arvados/v1/links",\n
  20 "GET /arvados/v1/collections",\n
  21 "POST /arvados/v1/collections",\n
  22 "POST /arvados/v1/links",\n
  23 "GET /arvados/v1/users/current",\n
  24 "POST /arvados/v1/users/current",\n
  25 "GET /arvados/v1/jobs",\n
  26 "POST /arvados/v1/jobs",\n
  27 "GET /arvados/v1/pipeline_instances",\n
  28 "POST /arvados/v1/pipeline_instances",\n
  29 "PUT /arvados/v1/pipeline_instances/",\n
  30 "GET /arvados/v1/collections/",\n
  31 "POST /arvados/v1/collections/",\n
  32 "GET /arvados/v1/logs"]'
  33 EOF
  34
  35 function usage {
  36     echo >&2
  37     echo >&2 "usage: $0 [options] <identifier>"
  38     echo >&2
  39     echo >&2 "   <identifier>                 Arvados cluster name"
  40     echo >&2
  41     echo >&2 "$0 options:"
  42     echo >&2 "  -n, --node <node>             Single machine to deploy, use fqdn, optional"
  43     echo >&2 "  -p, --port <ssh port>         SSH port to use (default 22)"
  44     echo >&2 "  -c, --concurrency <max>       Maximum concurrency for puppet runs (default 5)"
  45     echo >&2 "  -u, --unmanaged               Deploy to unmanaged node/cluster"
  46     echo >&2 "  -d, --debug                   Enable debug output"
  47     echo >&2 "  -h, --help                    Display this help and exit"
  48     echo >&2
  49     echo >&2 "Note: this script requires an arvados token created with these permissions:"
  50     echo >&2 '  arv api_client_authorization create_system_auth \'
  51     echo -e $SCOPES"]'" >&2
  52     echo >&2
  53 }
  54
  55
  56 # NOTE: This requires GNU getopt (part of the util-linux package on Debian-based distros).
  57 TEMP=`getopt -o hudp:c:n: \
  58     --long help,unmanaged,debug,port:,concurrency:,node: \
  59     -n "$0" -- "$@"`
  60
  61 if [ $? != 0 ] ; then echo "Use -h for help"; exit 1 ; fi
  62 # Note the quotes around `$TEMP': they are essential!
  63 eval set -- "$TEMP"
  64
  65 while [ $# -ge 1 ]
  66 do
  67     case $1 in
  68         -n | --node)
  69             NODE="$2"; shift 2
  70             ;;
  71         -p | --port)
  72             SSH_PORT="$2"; shift 2
  73             ;;
  74         -c | --concurrency)
  75             PUPPET_CONCURRENCY="$2"; shift 2
  76             ;;
  77         -u | --unmanaged)
  78             UNMANAGED=1
  79             shift
  80             ;;
  81         -d | --debug)
  82             DEBUG=1
  83             set -x
  84             shift
  85             ;;
  86         --)
  87             shift
  88             break
  89             ;;
  90         *)
  91             usage
  92             exit 1
  93             ;;
  94     esac
  95 done
  96
  97 IDENTIFIER=$1
  98
  99 if [[ "$IDENTIFIER" == '' ]]; then
 100   usage
 101   exit 1
 102 fi
 103
 104 EXITCODE=0
 105
 106 COLUMNS=80
 107
 108 PUPPET_AGENT='
 109 if [[ -e "/usr/local/rvm/scripts/rvm" ]]; then
 110         source /usr/local/rvm/scripts/rvm
 111         __rvm_unload
 112 fi
 113 now() { date +%s; }
 114 let endtime="$(now) + 600"
 115 while [ "$endtime" -gt "$(now)" ]; do
 116     puppet agent --test --detailed-exitcodes
 117     agent_exitcode=$?
 118     if [ 0 = "$agent_exitcode" ] || [ 2 = "$agent_exitcode" ]; then
 119         break
 120     else
 121         sleep 10s
 122     fi
 123 done
 124 exit ${agent_exitcode:-99}
 125 '
 126
 127 APT_AGENT='
 128 now() { date +%s; }
 129 let endtime="$(now) + 600"
 130 while [ "$endtime" -gt "$(now)" ]; do
 131   apt-get update
 132   apt-get -y upgrade
 133   apt_exitcode=$?
 134   if [ 0 = "$apt_exitcode" ]; then
 135     break
 136   else
 137     sleep 10s
 138   fi
 139 done
 140 exit ${apt_exitcode:-99}
 141 '
 142
 143 title () {
 144   date=`date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'`
 145   printf "$date $1\n"
 146 }
 147
 148 function update_node() {
 149   if [[ $UNMANAGED -ne 0 ]]; then
 150     run_apt $@
 151   else
 152     run_puppet $@
 153   fi
 154 }
 155
 156 function run_apt() {
 157   node=$1
 158
 159   title "Running apt on $node"
 160   sleep $[ $RANDOM / 6000 ].$[ $RANDOM / 1000 ]
 161   TMP_FILE=`mktemp`
 162   if [[ "$DEBUG" != "0" ]]; then
 163     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C bash -c "'$APT_AGENT'" 2>&1 | sed 's/^/['"${node}"'] /' | tee $TMP_FILE
 164   else
 165     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C bash -c "'$APT_AGENT'" 2>&1 | sed 's/^/['"${node}"'] /' > $TMP_FILE 2>&1
 166   fi
 167
 168   ECODE=${PIPESTATUS[0]}
 169   RESULT=$(cat $TMP_FILE)
 170
 171   if [[ "$ECODE" != "255" && "$ECODE" != "0"  ]]; then
 172     # Ssh exits 255 if the connection timed out. Just ignore that.
 173     echo "ERROR running apt on $node: exit code $ECODE"
 174     if [[ "$DEBUG" == "0" ]]; then
 175       title "Command output follows:"
 176       echo $RESULT
 177     fi
 178   fi
 179   if [[ "$ECODE" == "255" ]]; then
 180     title "Connection timed out"
 181     ECODE=0
 182   fi
 183
 184   if [[ "$ECODE" == "0" ]]; then
 185       rm -f $TMP_FILE
 186       echo $node successfully updated
 187   else
 188       echo $node exit code: $ECODE see $TMP_FILE for details
 189   fi
 190 }
 191
 192 function run_puppet() {
 193   node=$1
 194
 195   title "Running puppet on $node"
 196   sleep $[ $RANDOM / 6000 ].$[ $RANDOM / 1000 ]
 197   TMP_FILE=`mktemp`
 198   if [[ "$DEBUG" != "0" ]]; then
 199     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C bash -c "'$PUPPET_AGENT'" 2>&1 | sed 's/^/['"${node}"'] /' | tee $TMP_FILE
 200   else
 201     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 5" root@$node -C bash -c "'$PUPPET_AGENT'" 2>&1 | sed 's/^/['"${node}"'] /' > $TMP_FILE 2>&1
 202   fi
 203
 204   ECODE=${PIPESTATUS[0]}
 205   RESULT=$(cat $TMP_FILE)
 206
 207   if [[ "$ECODE" != "255" && ! ("$RESULT" =~ 'already in progress') && "$ECODE" != "2" && "$ECODE" != "0"  ]]; then
 208     # Ssh exits 255 if the connection timed out. Just ignore that.
 209     # Puppet exits 2 if there are changes. For real!
 210     # Puppet prints 'Notice: Run of Puppet configuration client already in progress' if another puppet process
 211     #   was already running
 212     echo "ERROR running puppet on $node: exit code $ECODE"
 213     if [[ "$DEBUG" == "0" ]]; then
 214       title "Command output follows:"
 215       echo $RESULT
 216     fi
 217   fi
 218   if [[ "$ECODE" == "255" ]]; then
 219     title "Connection timed out"
 220     ECODE=0
 221   fi
 222   if [[ "$ECODE" == "2" ]]; then
 223     ECODE=0
 224   fi
 225
 226   if [[ "$ECODE" == "0" ]]; then
 227       rm -f $TMP_FILE
 228       echo $node successfully updated
 229   else
 230       echo $node exit code: $ECODE see $TMP_FILE for details
 231   fi
 232 }
 233
 234 if [[ "$NODE" == "" ]] || [[ "$NODE" == "$IDENTIFIER.arvadosapi.com" ]]; then
 235   title "Updating API server"
 236   SUM_ECODE=0
 237   update_node $IDENTIFIER.arvadosapi.com ECODE
 238   SUM_ECODE=$(($SUM_ECODE + $ECODE))
 239
 240   if [[ "$SUM_ECODE" != "0" ]]; then
 241     title "ERROR: Updating API server FAILED"
 242     EXITCODE=$(($EXITCODE + $SUM_ECODE))
 243     exit $EXITCODE
 244   fi
 245 fi
 246
 247 if [[ "$NODE" == "$IDENTIFIER.arvadosapi.com" ]]; then
 248         # we are done
 249         exit 0
 250 fi
 251
 252 title "Loading ARVADOS_API_HOST and ARVADOS_API_TOKEN"
 253 if [[ -f "$HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf" ]]; then
 254   . $HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf
 255 else
 256   title "WARNING: $HOME/.config/arvados/$IDENTIFIER.arvadosapi.com.conf not found."
 257 fi
 258 if [[ "$ARVADOS_API_HOST" == "" ]] || [[ "$ARVADOS_API_TOKEN" == "" ]]; then
 259   title "ERROR: ARVADOS_API_HOST and/or ARVADOS_API_TOKEN environment variables are not set."
 260   exit 1
 261 fi
 262
 263 title "Gathering list of nodes"
 264 start_nodes="workbench"
 265 if [[ "$IDENTIFIER" != "ce8i5" ]]; then
 266   start_nodes="$start_nodes manage switchyard"
 267 fi
 268 SHELL_NODES=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv virtual_machine list |jq .items[].hostname -r`
 269 KEEP_NODES=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv keep_service list |jq .items[].service_host -r`
 270 SHELL_NODE_FOR_ARV_KEEPDOCKER="shell.$IDENTIFIER"
 271 start_nodes="$start_nodes $SHELL_NODES $KEEP_NODES $ARVADOS_API_HOST"
 272
 273 nodes=""
 274 for n in $start_nodes; do
 275   ECODE=0
 276   if [[ $n =~ $ARVADOS_API_HOST$ ]]; then
 277     # e.g. keep.qr1hi.arvadosapi.com
 278     node=$n
 279   else
 280     # e.g. shell
 281     node=$n.$ARVADOS_API_HOST
 282   fi
 283         if [[ "$NODE" == "" ]] || [[ "$NODE" == "$node" ]]; then
 284           # e.g. keep.qr1hi
 285           nodes="$nodes ${node%.arvadosapi.com}"
 286         fi
 287 done
 288
 289 if [[ "$nodes" != "" ]]; then
 290   ## at this point nodes should be an array containing
 291   ## manage.qr1hi,  keep.qr1hi, etc
 292   ## that should be defined in the .ssh/config file
 293   title "Updating in parallel: $nodes"
 294   export -f update_node
 295   export -f run_puppet
 296   export -f run_apt
 297   export -f title
 298   export SSH_PORT
 299   export PUPPET_AGENT
 300   export APT_AGENT
 301   export UNMANAGED
 302   echo $nodes|xargs -d " " -n 1 -P $PUPPET_CONCURRENCY -I {} bash -c "update_node {}"
 303 fi
 304
 305 if [[ "$NODE" == "" ]]; then
 306   title "Locating Arvados Standard Docker images project"
 307
 308   JSON_FILTER="[[\"name\", \"=\", \"Arvados Standard Docker Images\"], [\"owner_uuid\", \"=\", \"$IDENTIFIER-tpzed-000000000000000\"]]"
 309   DOCKER_IMAGES_PROJECT=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv --format=uuid group list --filters="$JSON_FILTER"`
 310
 311   if [[ "$DOCKER_IMAGES_PROJECT" == "" ]]; then
 312     title "Warning: Arvados Standard Docker Images project not found. Creating it."
 313
 314     DOCKER_IMAGES_PROJECT=`ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv --format=uuid group create --group "{\"owner_uuid\":\"$IDENTIFIER-tpzed-000000000000000\", \"name\":\"Arvados Standard Docker Images\", \"group_class\":\"project\"}"`
 315     ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv link create --link "{\"tail_uuid\":\"$IDENTIFIER-j7d0g-fffffffffffffff\", \"head_uuid\":\"$DOCKER_IMAGES_PROJECT\", \"link_class\":\"permission\", \"name\":\"can_read\" }"
 316     if [[ "$?" != "0" ]]; then
 317       title "ERROR: could not create standard Docker images project Please create it, cf. http://doc.arvados.org/install/create-standard-objects.html"
 318       exit 1
 319     fi
 320   fi
 321
 322   title "Found Arvados Standard Docker Images project with uuid $DOCKER_IMAGES_PROJECT"
 323
 324   if [[ "$SHELL_NODE_FOR_ARV_KEEPDOCKER" == "" ]]; then
 325     VERSION=`ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 125" $IDENTIFIER apt-cache policy python3-arvados-cwl-runner|grep Candidate`
 326     VERSION=`echo $VERSION|cut -f2 -d' '|cut -f1 -d-`
 327
 328     if [[ "$?" != "0" ]] || [[ "$VERSION" == "" ]]; then
 329       title "ERROR: unable to get arvados/jobs Docker image version"
 330       exit 1
 331     else
 332       title "Found version for arvados/jobs Docker image: $VERSION"
 333     fi
 334
 335     ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker |grep -qP "arvados/jobs +$VERSION "
 336     if [[ $? -eq 0 ]]; then
 337       title "Found latest arvados/jobs Docker image, nothing to upload"
 338       # Just in case it isn't yet, tag the image as latest
 339       title "Tag arvados/jobs Docker image $VERSION as latest"
 340       ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs latest
 341       if [[ $? -ne 0 ]]; then
 342         title "'arv-keepdocker' failed..."
 343         exit 1
 344       fi
 345     else
 346       title "Installing latest arvados/jobs Docker image"
 347       ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker --pull --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs $VERSION
 348       if [[ $? -ne 0 ]]; then
 349         title "'arv-keepdocker' failed..."
 350         exit 1
 351       fi
 352       ## adding latest tag too  refs 9254
 353       docker tag arvados/jobs:$VERSION arvados/jobs:latest
 354       ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs latest
 355       if [[ $? -ne 0 ]]; then
 356         title "'arv-keepdocker' failed..."
 357         exit 1
 358       fi
 359     fi
 360   else
 361     VERSION=`ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 125" $SHELL_NODE_FOR_ARV_KEEPDOCKER apt-cache policy python3-arvados-cwl-runner|grep Candidate`
 362     VERSION=`echo $VERSION|cut -f2 -d' '|cut -f1 -d-`
 363
 364     if [[ "$?" != "0" ]] || [[ "$VERSION" == "" ]]; then
 365       title "ERROR: unable to get arvados/jobs Docker image version"
 366       exit 1
 367     else
 368       title "Found version for arvados/jobs Docker image: $VERSION"
 369     fi
 370
 371     ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 125" $SHELL_NODE_FOR_ARV_KEEPDOCKER "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker" |grep -qP "arvados/jobs +$VERSION "
 372
 373     if [[ $? -eq 0 ]]; then
 374       title "Found latest arvados/jobs Docker image, nothing to upload"
 375       # Just in case it isn't yet, tag the image as latest
 376       title "Tag arvados/jobs Docker image $VERSION as latest"
 377       ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 125" $SHELL_NODE_FOR_ARV_KEEPDOCKER docker tag arvados/jobs:$VERSION arvados/jobs:latest
 378       ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 125" $SHELL_NODE_FOR_ARV_KEEPDOCKER "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs latest"
 379       if [[ $? -ne 0 ]]; then
 380         title "'arv-keepdocker' failed..."
 381         exit 1
 382       fi
 383     else
 384       title "Installing latest arvados/jobs Docker image"
 385       ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 125" $SHELL_NODE_FOR_ARV_KEEPDOCKER "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker --pull --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs $VERSION"
 386       if [[ $? -ne 0 ]]; then
 387         title "'arv-keepdocker' failed..."
 388         exit 1
 389       fi
 390       ## adding latest tag too  refs 9254
 391       ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 125" $SHELL_NODE_FOR_ARV_KEEPDOCKER docker tag arvados/jobs:$VERSION arvados/jobs:latest
 392       ssh -t -p$SSH_PORT -o "StrictHostKeyChecking no" -o "ConnectTimeout 125" $SHELL_NODE_FOR_ARV_KEEPDOCKER "ARVADOS_API_HOST=$ARVADOS_API_HOST ARVADOS_API_TOKEN=$ARVADOS_API_TOKEN arv-keepdocker --project-uuid=$DOCKER_IMAGES_PROJECT arvados/jobs latest"
 393       if [[ $? -ne 0 ]]; then
 394         title "'arv-keepdocker' failed..."
 395         exit 1
 396       fi
 397     fi
 398   fi
 399 fi