Merge pull request #214 from katrinleinweber/resolve-DOIs-securely

Link DOIs to preferred resolver

Link DOIs to preferred resolver

Merge pull request #213 from ErinBecker/update-coc

Remove out-of-date CoC language

Remove out-of-date CoC language

Merge pull request #203 from swcarpentry/fix-svg

fix svg files

Fix issue with CSS

Merge pull request #209 from rgaiacs/gh-pages

Related with lesson-example/pull/172

Requested changes

Merge pull request #206 from rgaiacs/gh-pages

Fix broken link for Contact

Fix broken link for Contact

Merge pull request #205 from rgaiacs/gh-pages

Add current year to copyright of workshop footer

Add current year to copyright of workshop footer

Merge pull request #188 from wclose/update_lesson_initialize

Updated lesson_initialize

Merge pull request #202 from rgaiacs/gh-pages

Fix CSS to use .language-X class

fix svg files

Merge pull request #200 from mawds/commentgenerated

Advise users not to edit .md files generated from .Rmd files

Implement using @naupaka 's suggestions

Fix CSS to use .language-X class

Insert comment in YAML header advising not to edit

Merge pull request #196 from katrinleinweber/patch-1

secure hyperlinks to pre-empt server-side HTTPS redirects

pre-empt server-side redirects

Made minor revision to order of information

Reorganized description of process for contributing to clarify/increase readability

Made requested revisions to lesson_initialize

Changed the keyword for emailing from 'contact' to 'email' per https://github.com/swcarpentry/styles/issues/178 and changed the description for how to use GitHub to reflect usage of the web interface.

Fix problem with {% link reference.md %}

Merge pull request #193 from rgaiacs/gh-pages

Fix bin/lesson_initialize.py

Fix bin/lesson_initialize.py

If _extras/figures.md exists,

    $ ./bin/lesson_initialize.py

will return

    Warning: _extras/figures.md already exists.
    **Exiting without creating files.**

Copy _extras/figures.md from lesson example

Port changes from workshop

Port changes from workshop

Rename _includes/lc/syllabys.html to _includes/lc/syllabus.html

Close #150

Fix usage instruction at bin/workshop_check.py

Close #152.

Merge pull request #192 from rgaiacs/syntax-highlight

Syntax highlight

Remove check for all_figures.html now that we are using Javascript

Fix validation for syntax highlight

Change bin/chunk-options.R to use .language-r instead of r

Enable syntax highlighting

Based on https://github.com/swcarpentry/lesson-example/pull/144/files

Fix broken link

Close https://github.com/swcarpentry/lesson-example/issues/145.

Updated lesson_initialize

Clarified instructions for using GitHub to contribute, altered link for [issues] to direct to GitHub page on navigating issues to avoid FIXME issue with link when initializing, removed link to master repo to avoid FIXME issue with link when initializing. These suggestions were based on a pull request initially done elsewhere swcarpentry/shell-novice#639

Fix root YAML variable in bin/lesson_initialize.py

Close #186

Fix email as keyword in bin/lesson_check.py

Merge pull request #185 from rgaiacs/178

Adopt email instead of contact as keyword

Adopt email instead of contact as keyword

Close #178

Merge pull request #184 from rgaiacs/styles-js-load-images

Replace extract_figures.py with Javacript

Replace extract_figures.py with Javacript

Demo at https://github.com/swcarpentry/lesson-example/pull/132/.

Merge pull request #165 from brandoncurtis/keyboard-keys

add keyboard key style

Merge pull request #183 from rgaiacs/gh-pages

Fix concept-maps link

Fix concept-maps link

Close #176

Merge pull request #182 from rgaiacs/gh-pages

Fix github-importer link

Fix github-importer link

Close #177

Merge pull request #181 from rgaiacs/styles-offline

Add "Offline" Capable

Add "Offline" Capable

This is based on https://github.com/swcarpentry/lesson-example/pull/127/.

Merge pull request #174 from IanLee1521/fix-episode-nav-wrapping

Fix episode nav wrapping

Pull left / right arrows in episode nav to outside of row

Converted to `col-xs-*` from `col-md-*` classes for navbar div

By doing this, when a page is heavily zoomed in (e.g. 500%) the navbar
icons stay in the same row, rather than breaking onto two different rows.

Merge pull request #169 from jsta/patch-1

Load methods package

Load methods package

Building `md` from `Rmd` in a script like this will break if the `methods` package is not called and the code includes class object routines. See https://github.com/r-spatial/sf/issues/478

use <kbd></kbd> for keyboard keys

SWC uses block inline attribute lists for e.g. code blocks, but I think this HTML tag is much simpler and more understandable than <pre>*Enter*{:.keyboard} ...</pre>

add keyboard key style

Merge pull request #163 from mawds/sortfigs

Output episode figures in correct order

Sort HTML_DST output

Sort episodes before producing figures

Merge pull request #159 from rgaiacs/lc-svg-logo

Add Library Carpentry SVG logo

Update Library Carpentry logo

Add Library Carpentry SVG logo

Merge pull request #158 from rgaiacs/fix-logo-nav

Fix logo at navbar

Fix logo at navbar

by run

~~~
$ find _includes -type f -exec sed -i "s/page.carpentry/site.carpentry/g" {} \;
$ find _layouts -type f -exec sed -i "s/page.carpentry/site.carpentry/g" {} \;
$ find _extras -type f -exec sed -i "s/page.carpentry/site.carpentry/g" {} \;
$ find _episodes -type f -exec sed -i "s/page.carpentry/site.carpentry/g" {} \;
$ find bin -type f -exec sed -i "s/page.carpentry/site.carpentry/g" {} \;
$ find assets -type f -exec sed -i "s/page.carpentry/site.carpentry/g" {} \;
~~~

Merge pull request #157 from rgaiacs/155

Unify Library Carpentry logo

Unify Library Carpentry logo

Close #155

Merge pull request #156 from jnothman/patch-1

Link LC as for SWC and DC

Link LC as for SWC and DC

Handler for collaborative_notes

See https://github.com/swcarpentry/workshop-template/issues/410

Revert "Remove CONDUCT.md since it should be generate by bin/lesson_initialize.py"

This reverts commit 1e56203d492a1a13d86756fb5e9d754ed2cae0f8.

Fix bug with Python script

Remove CONDUCT.md since it should be generate by bin/lesson_initialize.py

Remove extra link to Library Carpentry

Merge pull request #149 from rgaiacs/styles-print

Add all in one lesson build with Javascript

Add all in one lesson build with Javascript

Merge pull request #148 from rgaiacs/show-challenges

Make challenges and discussion visibles

Make challenges and discussion visibles

This is based on
https://github.com/swcarpentry/instructor-training/pull/437/files and
https://github.com/swcarpentry/instructor-training/pull/439/files,
both write by @ErinBecker.

Merge pull request #147 from rgaiacs/update-coc

Updated CONDUCT.md

Updated CONDUCT.md

Rebased of https://github.com/swcarpentry/lesson-example/pull/116/.

Thanks to @tracyteal.

Merge pull request #143 from ErinBecker/gh-pages

Suggest template language

Merge pull request #142 from rgaiacs/styles-library-carpentry

Add Library Carpentry to the workshop template

Merge pull request #146 from fmichonneau/check-version-checkpoint

make sure that checkpoint version is 0.4.0 or higher

make sure that checkpoint version is 0.4.0 or higher

Merge pull request #145 from fmichonneau/fix-checkpoint

fix swcarpentry/lesson-example#118: use checkpoint::scanForPackages

fix swcarpentry/lesson-examples#118: use checkpoint::scanForPackages

Suggest template language

Add Library Carpentry to the workshop template

Includes @drjwbaker's description of Library Carpentry.

Merge pull request #139 from rgaiacs/improve-wording

Improve wording on syllabus.html

Improve wording on syllabus.html

As suggested by @gcapes.

Merge pull request #138 from swcarpentry/revert-129-dt-ids

Revert "ensure dt elements have an id set"

Revert "ensure dt elements have an id set"

Merge pull request #137 from rgaiacs/styles-numbering

Numbering the lessons in the schedule

Numbering the lessons in the schedule

Related with https://github.com/swcarpentry/styles/issues/80.

Merge pull request #136 from rgaiacs/styles-edit-on-github

Edit on GitHub

Fix issue with link to GitHub from RMarkdown files

Jekyll doesn't export the _episodes_rmd so we need to flag the files.
Each Rmd file must have in the YAML header

    source: Rmd

Adopt @lexnederbragt suggestion for Edit link

https://github.com/swcarpentry/lesson-example/pull/104#issuecomment-283310978

Change Edit on GitHub link to edit page

Add link to Edit on GitHub