bin/generate_md_episodes.R

   1 generate_md_episodes <- function() {
   2
   3     library("methods")
   4
   5     if (require("knitr") && packageVersion("knitr") < '1.9.19')
   6         stop("knitr must be version 1.9.20 or higher")
   7
   8     if (!require("stringr"))
   9         stop("The package stringr is required for generating the lessons.")
  10
  11     if (require("checkpoint") && packageVersion("checkpoint") >=  '0.4.0') {
  12         required_pkgs <-
  13              checkpoint:::scanForPackages(project = "_episodes_rmd",
  14                                           verbose=FALSE, use.knitr = TRUE)$pkgs
  15     } else {
  16         stop("The checkpoint package (>= 0.4.0) is required to build the lessons.")
  17     }
  18
  19     missing_pkgs <- required_pkgs[!(required_pkgs %in% rownames(installed.packages()))]
  20
  21     if (length(missing_pkgs)) {
  22         message("Installing missing required packages: ",
  23                 paste(missing_pkgs, collapse=", "))
  24         install.packages(missing_pkgs)
  25     }
  26
  27     ## get the Rmd file to process from the command line, and generate the path for their respective outputs
  28     args  <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
  29     if (length(args) != 2){
  30       stop("input and output file must be passed to the script")
  31     }
  32
  33     src_rmd <- args[1]
  34     dest_md <- args[2]
  35
  36     ## knit the Rmd into markdown
  37     knitr::knit(src_rmd, output = dest_md)
  38
  39     # Read the generated md files and add comments advising not to edit them
  40     vapply(dest_md, function(y) {
  41       con <- file(y)
  42       mdfile <- readLines(con)
  43       if (mdfile[1] != "---")
  44         stop("Input file does not have a valid header")
  45       mdfile <- append(mdfile, "# Please do not edit this file directly; it is auto generated.", after = 1)
  46       mdfile <- append(mdfile, paste("# Instead, please edit",
  47                                      basename(y), "in _episodes_rmd/"), after = 2)
  48       writeLines(mdfile, con)
  49       close(con)
  50       return(paste("Warning added to YAML header of", y))
  51     },
  52     character(1))
  53 }
  54
  55 generate_md_episodes()