scripts/genomeGenerate.sh

   1 #!/bin/bash
   2
   3 # Generate STAR genome index
   4
   5 STAR --runThreadN 4 \
   6 --runMode genomeGenerate \
   7 --genomeDir unix_lesson/reference_data \
   8 --genomeFastaFiles unix_lesson/reference_data/chr1.fa \
   9 --sjdbGTFfile unix_lesson/reference_data/chr1-hg19_genes.gtf \
  10 --sjdbOverhang 99