Contact address
[rnaseq-cwl-training.git] / bin / lesson_initialize.py
1 #!/usr/bin/env python
2
3 """Initialize a newly-created repository."""
4
5
6 from __future__ import print_function
7 import sys
8 import os
9
10 ROOT_AUTHORS = '''\
11 FIXME: list authors' names and email addresses.
12 '''
13
14 ROOT_CITATION = '''\
15 FIXME: describe how to cite this lesson.
16 '''
17
18 ROOT_CONTRIBUTING_MD = '''\
19 # Contributing
20
21 [Software Carpentry][swc-site] and [Data Carpentry][dc-site] are open source projects,
22 and we welcome contributions of all kinds:
23 new lessons,
24 fixes to existing material,
25 bug reports,
26 and reviews of proposed changes are all welcome.
27
28 ## Contributor Agreement
29
30 By contributing,
31 you agree that we may redistribute your work under [our license](LICENSE.md).
32 In exchange,
33 we will address your issues and/or assess your change proposal as promptly as we can,
34 and help you become a member of our community.
35 Everyone involved in [Software Carpentry][swc-site] and [Data Carpentry][dc-site]
36 agrees to abide by our [code of conduct](CONDUCT.md).
37
38 ## How to Contribute
39
40 The easiest way to get started is to file an issue
41 to tell us about a spelling mistake,
42 some awkward wording,
43 or a factual error.
44 This is a good way to introduce yourself
45 and to meet some of our community members.
46
47 1.  If you do not have a [GitHub][github] account,
48     you can [send us comments by email][contact].
49     However,
50     we will be able to respond more quickly if you use one of the other methods described below.
51
52 2.  If you have a [GitHub][github] account,
53     or are willing to [create one][github-join],
54     but do not know how to use Git,
55     you can report problems or suggest improvements by [creating an issue][issues].
56     This allows us to assign the item to someone
57     and to respond to it in a threaded discussion.
58
59 3.  If you are comfortable with Git,
60     and would like to add or change material,
61     you can submit a pull request (PR).
62     Instructions for doing this are [included below](#using-github).
63
64 ## Where to Contribute
65
66 1.  If you wish to change this lesson,
67     please work in <https://github.com/swcarpentry/FIXME>,
68     which can be viewed at <https://swcarpentry.github.io/FIXME>.
69
70 2.  If you wish to change the example lesson,
71     please work in <https://github.com/swcarpentry/lesson-example>,
72     which documents the format of our lessons
73     and can be viewed at <https://swcarpentry.github.io/lesson-example>.
74
75 3.  If you wish to change the template used for workshop websites,
76     please work in <https://github.com/swcarpentry/workshop-template>.
77     The home page of that repository explains how to set up workshop websites,
78     while the extra pages in <https://swcarpentry.github.io/workshop-template>
79     provide more background on our design choices.
80
81 4.  If you wish to change CSS style files, tools,
82     or HTML boilerplate for lessons or workshops stored in `_includes` or `_layouts`,
83     please work in <https://github.com/swcarpentry/styles>.
84
85 ## What to Contribute
86
87 There are many ways to contribute,
88 from writing new exercises and improving existing ones
89 to updating or filling in the documentation
90 and and submitting [bug reports][issues]
91 about things that don't work, aren't clear, or are missing.
92 If you are looking for ideas,
93 please see [the list of issues for this repository][issues],
94 or the issues for [Data Carpentry][dc-issues]
95 and [Software Carpentry][swc-issues] projects.
96
97 Comments on issues and reviews of pull requests are just as welcome:
98 we are smarter together than we are on our own.
99 Reviews from novices and newcomers are particularly valuable:
100 it's easy for people who have been using these lessons for a while
101 to forget how impenetrable some of this material can be,
102 so fresh eyes are always welcome.
103
104 ## What *Not* to Contribute
105
106 Our lessons already contain more material than we can cover in a typical workshop,
107 so we are usually *not* looking for more concepts or tools to add to them.
108 As a rule,
109 if you want to introduce a new idea,
110 you must (a) estimate how long it will take to teach
111 and (b) explain what you would take out to make room for it.
112 The first encourages contributors to be honest about requirements;
113 the second, to think hard about priorities.
114
115 We are also not looking for exercises or other material that only run on one platform.
116 Our workshops typically contain a mixture of Windows, Mac OS X, and Linux users;
117 in order to be usable,
118 our lessons must run equally well on all three.
119
120 ## Using GitHub
121
122 If you choose to contribute via GitHub,
123 you may want to look at
124 [How to Contribute to an Open Source Project on GitHub][how-contribute].
125 In brief:
126
127 1.  The published copy of the lesson is in the `gh-pages` branch of the repository
128     (so that GitHub will regenerate it automatically).
129     Please create all branches from that,
130     and merge the [master repository][repo]'s `gh-pages` branch into your `gh-pages` branch
131     before starting work.
132     Please do *not* work directly in your `gh-pages` branch,
133     since that will make it difficult for you to work on other contributions.
134
135 2.  We use [GitHub flow][github-flow] to manage changes:
136     1.  Create a new branch in your desktop copy of this repository for each significant change.
137     2.  Commit the change in that branch.
138     3.  Push that branch to your fork of this repository on GitHub.
139     4.  Submit a pull request from that branch to the [master repository][repo].
140     5.  If you receive feedback,
141         make changes on your desktop and push to your branch on GitHub:
142         the pull request will update automatically.
143
144 Each lesson has two maintainers who review issues and pull requests
145 or encourage others to do so.
146 The maintainers are community volunteers,
147 and have final say over what gets merged into the lesson.
148
149 ## Other Resources
150
151 General discussion of [Software Carpentry][swc-site] and [Data Carpentry][dc-site]
152 happens on the [discussion mailing list][discuss-list],
153 which everyone is welcome to join.
154 You can also [reach us by email][contact].
155
156 [contact]: mailto:admin@software-carpentry.org
157 [dc-issues]: https://github.com/issues?q=user%3Adatacarpentry
158 [dc-lessons]: http://datacarpentry.org/lessons/
159 [dc-site]: http://datacarpentry.org/
160 [discuss-list]: http://lists.software-carpentry.org/listinfo/discuss
161 [example-site]: https://swcarpentry.github.io/lesson-example/
162 [github]: http://github.com
163 [github-flow]: https://guides.github.com/introduction/flow/
164 [github-join]: https://github.com/join
165 [how-contribute]: https://egghead.io/series/how-to-contribute-to-an-open-source-project-on-github
166 [issues]: https://github.com/swcarpentry/FIXME/issues/
167 [repo]: https://github.com/swcarpentry/FIXME/
168 [swc-issues]: https://github.com/issues?q=user%3Aswcarpentry
169 [swc-lessons]: http://software-carpentry.org/lessons/
170 [swc-site]: http://software-carpentry.org/
171 '''
172
173 ROOT_CONFIG_YML = '''\
174 #------------------------------------------------------------
175 # Values for this lesson.
176 #------------------------------------------------------------
177
178 # Which carpentry is this ("swc", "dc", or "lc")?
179 carpentry: "swc"
180
181 # Overall title for pages.
182 title: "Lesson Title"
183
184 # Contact.  This *must* include the protocol: if it's an email
185 # address, it must look like "mailto:lessons@software-carpentry.org",
186 # or if it's a URL, "https://gitter.im/username/ProjectName".
187 contact: mailto:lessons@software-carpentry.org
188
189 #------------------------------------------------------------
190 # Generic settings (should not need to change).
191 #------------------------------------------------------------
192
193 # What kind of thing is this ("workshop" or "lesson")?
194 kind: "lesson"
195
196 # Magic to make URLs resolve both locally and on GitHub.
197 # See https://help.github.com/articles/repository-metadata-on-github-pages/.
198 repository: <USERNAME>/<PROJECT>
199
200 # Sites.
201 amy_site: "https://amy.software-carpentry.org/workshops"
202 dc_site: "http://datacarpentry.org"
203 swc_github: "https://github.com/swcarpentry"
204 swc_site: "https://software-carpentry.org"
205 swc_pages: "https://swcarpentry.github.io"
206 template_repo: "https://github.com/swcarpentry/styles"
207 example_repo: "https://github.com/swcarpentry/lesson-example"
208 example_site: "https://swcarpentry.github.com/lesson-example"
209 workshop_repo: "https://github.com/swcarpentry/workshop-template"
210 workshop_site: "https://swcarpentry.github.io/workshop-template"
211 training_site: "https://swcarpentry.github.io/instructor-training"
212
213 # Surveys.
214 pre_survey: "https://www.surveymonkey.com/r/swc_pre_workshop_v1?workshop_id="
215 post_survey: "https://www.surveymonkey.com/r/swc_post_workshop_v1?workshop_id="
216
217 # Start time in minutes (0 to be clock-independent, 540 to show a start at 09:00 am).
218 start_time: 0
219
220 # Specify that things in the episodes collection should be output.
221 collections:
222   episodes:
223     output: true
224     permalink: /:path/
225   extras:
226     output: true
227
228 # Set the default layout for things in the episodes collection.
229 defaults:
230   - values:
231       root: ..
232   - scope:
233       path: ""
234       type: episodes
235     values:
236       layout: episode
237
238 # Files and directories that are not to be copied.
239 exclude:
240   - Makefile
241   - bin
242
243 # Turn off built-in syntax highlighting.
244 highlighter: false
245 '''
246
247 ROOT_INDEX_MD = '''\
248 ---
249 layout: lesson
250 root: .
251 ---
252 FIXME: home page introduction
253
254 > ## Prerequisites
255 >
256 > FIXME
257 {: .prereq}
258 '''
259
260 ROOT_REFERENCE_MD = '''\
261 ---
262 layout: reference
263 permalink: /reference/
264 ---
265
266 ## Glossary
267
268 FIXME
269 '''
270
271 ROOT_SETUP_MD = '''\
272 ---
273 layout: page
274 title: Setup
275 permalink: /setup/
276 ---
277 FIXME
278 '''
279
280 EPISODES_INTRODUCTION_MD = '''\
281 ---
282 title: "Introduction"
283 teaching: 0
284 exercises: 0
285 questions:
286 - "Key question"
287 objectives:
288 - "First objective."
289 keypoints:
290 - "First key point."
291 ---
292 '''
293
294 EXTRAS_ABOUT_MD = '''\
295 ---
296 layout: page
297 title: About
298 permalink: /about/
299 ---
300 {% include carpentries.html %}
301 '''
302
303 EXTRAS_DISCUSS_MD = '''\
304 ---
305 layout: page
306 title: Discussion
307 permalink: /discuss/
308 ---
309 FIXME
310 '''
311
312 EXTRAS_FIGURES_MD = '''\
313 ---
314 layout: page
315 title: Figures
316 permalink: /figures/
317 ---
318 {% include all_figures.html %}
319 '''
320
321 EXTRAS_GUIDE_MD = '''\
322 ---
323 layout: page
324 title: "Instructor Notes"
325 permalink: /guide/
326 ---
327 FIXME
328 '''
329
330 INCLUDES_ALL_FIGURES_HTML = '''\
331 <!-- empty -->
332 '''
333
334 BOILERPLATE = (
335     ('AUTHORS', ROOT_AUTHORS),
336     ('CITATION', ROOT_CITATION),
337     ('CONTRIBUTING.md', ROOT_CONTRIBUTING_MD),
338     ('_config.yml', ROOT_CONFIG_YML),
339     ('index.md', ROOT_INDEX_MD),
340     ('reference.md', ROOT_REFERENCE_MD),
341     ('setup.md', ROOT_SETUP_MD),
342     ('_episodes/01-introduction.md', EPISODES_INTRODUCTION_MD),
343     ('_extras/about.md', EXTRAS_ABOUT_MD),
344     ('_extras/discuss.md', EXTRAS_DISCUSS_MD),
345     ('_extras/figures.md', EXTRAS_FIGURES_MD),
346     ('_extras/guide.md', EXTRAS_GUIDE_MD),
347     ('_includes/all_figures.html', INCLUDES_ALL_FIGURES_HTML)
348 )
349
350
351 def main():
352     """Check for collisions, then create."""
353
354     # Check.
355     errors = False
356     for (path, _) in BOILERPLATE:
357         if os.path.exists(path):
358             print('Warning: {0} already exists.'.format(path), file=sys.stderr)
359             errors = True
360     if errors:
361         print('**Exiting without creating files.**', file=sys.stderr)
362         sys.exit(1)
363
364     # Create.
365     for (path, content) in BOILERPLATE:
366         with open(path, 'w') as writer:
367             writer.write(content)
368
369
370 if __name__ == '__main__':
371     main()