Adopt email instead of contact as keyword
[rnaseq-cwl-training.git] / bin / lesson_initialize.py
1 #!/usr/bin/env python
2
3 """Initialize a newly-created repository."""
4
5
6 from __future__ import print_function
7 import sys
8 import os
9
10 ROOT_AUTHORS = '''\
11 FIXME: list authors' names and email addresses.
12 '''
13
14 ROOT_CITATION = '''\
15 FIXME: describe how to cite this lesson.
16 '''
17
18 ROOT_CONTRIBUTING_MD = '''\
19 # Contributing
20
21 [Software Carpentry][swc-site] and [Data Carpentry][dc-site] are open source projects,
22 and we welcome contributions of all kinds:
23 new lessons,
24 fixes to existing material,
25 bug reports,
26 and reviews of proposed changes are all welcome.
27
28 ## Contributor Agreement
29
30 By contributing,
31 you agree that we may redistribute your work under [our license](LICENSE.md).
32 In exchange,
33 we will address your issues and/or assess your change proposal as promptly as we can,
34 and help you become a member of our community.
35 Everyone involved in [Software Carpentry][swc-site] and [Data Carpentry][dc-site]
36 agrees to abide by our [code of conduct](CONDUCT.md).
37
38 ## How to Contribute
39
40 The easiest way to get started is to file an issue
41 to tell us about a spelling mistake,
42 some awkward wording,
43 or a factual error.
44 This is a good way to introduce yourself
45 and to meet some of our community members.
46
47 1.  If you do not have a [GitHub][github] account,
48     you can [send us comments by email][email].
49     However,
50     we will be able to respond more quickly if you use one of the other methods described below.
51
52 2.  If you have a [GitHub][github] account,
53     or are willing to [create one][github-join],
54     but do not know how to use Git,
55     you can report problems or suggest improvements by [creating an issue][issues].
56     This allows us to assign the item to someone
57     and to respond to it in a threaded discussion.
58
59 3.  If you are comfortable with Git,
60     and would like to add or change material,
61     you can submit a pull request (PR).
62     Instructions for doing this are [included below](#using-github).
63
64 ## Where to Contribute
65
66 1.  If you wish to change this lesson,
67     please work in <https://github.com/swcarpentry/FIXME>,
68     which can be viewed at <https://swcarpentry.github.io/FIXME>.
69
70 2.  If you wish to change the example lesson,
71     please work in <https://github.com/swcarpentry/lesson-example>,
72     which documents the format of our lessons
73     and can be viewed at <https://swcarpentry.github.io/lesson-example>.
74
75 3.  If you wish to change the template used for workshop websites,
76     please work in <https://github.com/swcarpentry/workshop-template>.
77     The home page of that repository explains how to set up workshop websites,
78     while the extra pages in <https://swcarpentry.github.io/workshop-template>
79     provide more background on our design choices.
80
81 4.  If you wish to change CSS style files, tools,
82     or HTML boilerplate for lessons or workshops stored in `_includes` or `_layouts`,
83     please work in <https://github.com/swcarpentry/styles>.
84
85 ## What to Contribute
86
87 There are many ways to contribute,
88 from writing new exercises and improving existing ones
89 to updating or filling in the documentation
90 and and submitting [bug reports][issues]
91 about things that don't work, aren't clear, or are missing.
92 If you are looking for ideas,
93 please see [the list of issues for this repository][issues],
94 or the issues for [Data Carpentry][dc-issues]
95 and [Software Carpentry][swc-issues] projects.
96
97 Comments on issues and reviews of pull requests are just as welcome:
98 we are smarter together than we are on our own.
99 Reviews from novices and newcomers are particularly valuable:
100 it's easy for people who have been using these lessons for a while
101 to forget how impenetrable some of this material can be,
102 so fresh eyes are always welcome.
103
104 ## What *Not* to Contribute
105
106 Our lessons already contain more material than we can cover in a typical workshop,
107 so we are usually *not* looking for more concepts or tools to add to them.
108 As a rule,
109 if you want to introduce a new idea,
110 you must (a) estimate how long it will take to teach
111 and (b) explain what you would take out to make room for it.
112 The first encourages contributors to be honest about requirements;
113 the second, to think hard about priorities.
114
115 We are also not looking for exercises or other material that only run on one platform.
116 Our workshops typically contain a mixture of Windows, Mac OS X, and Linux users;
117 in order to be usable,
118 our lessons must run equally well on all three.
119
120 ## Using GitHub
121
122 If you choose to contribute via GitHub,
123 you may want to look at
124 [How to Contribute to an Open Source Project on GitHub][how-contribute].
125 In brief:
126
127 1.  The published copy of the lesson is in the `gh-pages` branch of the repository
128     (so that GitHub will regenerate it automatically).
129     Please create all branches from that,
130     and merge the [master repository][repo]'s `gh-pages` branch into your `gh-pages` branch
131     before starting work.
132     Please do *not* work directly in your `gh-pages` branch,
133     since that will make it difficult for you to work on other contributions.
134
135 2.  We use [GitHub flow][github-flow] to manage changes:
136     1.  Create a new branch in your desktop copy of this repository for each significant change.
137     2.  Commit the change in that branch.
138     3.  Push that branch to your fork of this repository on GitHub.
139     4.  Submit a pull request from that branch to the [master repository][repo].
140     5.  If you receive feedback,
141         make changes on your desktop and push to your branch on GitHub:
142         the pull request will update automatically.
143
144 Each lesson has two maintainers who review issues and pull requests
145 or encourage others to do so.
146 The maintainers are community volunteers,
147 and have final say over what gets merged into the lesson.
148
149 ## Other Resources
150
151 General discussion of [Software Carpentry][swc-site] and [Data Carpentry][dc-site]
152 happens on the [discussion mailing list][discuss-list],
153 which everyone is welcome to join.
154 You can also [reach us by email][email].
155
156 [email]: mailto:admin@software-carpentry.org
157 [dc-issues]: https://github.com/issues?q=user%3Adatacarpentry
158 [dc-lessons]: http://datacarpentry.org/lessons/
159 [dc-site]: http://datacarpentry.org/
160 [discuss-list]: http://lists.software-carpentry.org/listinfo/discuss
161 [github]: http://github.com
162 [github-flow]: https://guides.github.com/introduction/flow/
163 [github-join]: https://github.com/join
164 [how-contribute]: https://egghead.io/series/how-to-contribute-to-an-open-source-project-on-github
165 [issues]: https://github.com/swcarpentry/FIXME/issues/
166 [repo]: https://github.com/swcarpentry/FIXME/
167 [swc-issues]: https://github.com/issues?q=user%3Aswcarpentry
168 [swc-lessons]: http://software-carpentry.org/lessons/
169 [swc-site]: http://software-carpentry.org/
170 '''
171
172 ROOT_CONFIG_YML = '''\
173 #------------------------------------------------------------
174 # Values for this lesson.
175 #------------------------------------------------------------
176
177 # Which carpentry is this ("swc", "dc", or "lc")?
178 carpentry: "swc"
179
180 # Overall title for pages.
181 title: "Lesson Title"
182
183 # Contact.  This *must* include the protocol: if it's an email
184 # address, it must look like "mailto:lessons@software-carpentry.org",
185 # or if it's a URL, "https://gitter.im/username/ProjectName".
186 email: "mailto:lessons@software-carpentry.org"
187
188 #------------------------------------------------------------
189 # Generic settings (should not need to change).
190 #------------------------------------------------------------
191
192 # What kind of thing is this ("workshop" or "lesson")?
193 kind: "lesson"
194
195 # Magic to make URLs resolve both locally and on GitHub.
196 # See https://help.github.com/articles/repository-metadata-on-github-pages/.
197 repository: <USERNAME>/<PROJECT>
198
199 # Sites.
200 amy_site: "https://amy.software-carpentry.org/workshops"
201 dc_site: "http://datacarpentry.org"
202 swc_github: "https://github.com/swcarpentry"
203 swc_site: "https://software-carpentry.org"
204 swc_pages: "https://swcarpentry.github.io"
205 lc_site: "http://librarycarpentry.github.io/"
206 template_repo: "https://github.com/swcarpentry/styles"
207 example_repo: "https://github.com/swcarpentry/lesson-example"
208 example_site: "https://swcarpentry.github.com/lesson-example"
209 workshop_repo: "https://github.com/swcarpentry/workshop-template"
210 workshop_site: "https://swcarpentry.github.io/workshop-template"
211 training_site: "https://swcarpentry.github.io/instructor-training"
212
213 # Surveys.
214 pre_survey: "https://www.surveymonkey.com/r/swc_pre_workshop_v1?workshop_id="
215 post_survey: "https://www.surveymonkey.com/r/swc_post_workshop_v1?workshop_id="
216 training_post_survey: "https://www.surveymonkey.com/r/post-instructor-training"
217
218 # Start time in minutes (0 to be clock-independent, 540 to show a start at 09:00 am).
219 start_time: 0
220
221 # Specify that things in the episodes collection should be output.
222 collections:
223   episodes:
224     output: true
225     permalink: /:path/index.html
226   extras:
227     output: true
228     permalink: /:path/index.html
229
230 # Set the default layout for things in the episodes collection.
231 defaults:
232   - values:
233       root: ..
234   - scope:
235       path: ""
236       type: episodes
237     values:
238       layout: episode
239
240 # Files and directories that are not to be copied.
241 exclude:
242   - Makefile
243   - bin
244
245 # Turn off built-in syntax highlighting.
246 highlighter: false
247 '''
248
249 ROOT_INDEX_MD = '''\
250 ---
251 layout: lesson
252 root: .
253 permalink: index.html  # Is the only page that don't follow the partner /:path/index.html
254 ---
255 FIXME: home page introduction
256
257 > ## Prerequisites
258 >
259 > FIXME
260 {: .prereq}
261 '''
262
263 ROOT_REFERENCE_MD = '''\
264 ---
265 layout: reference
266 ---
267
268 ## Glossary
269
270 FIXME
271 '''
272
273 ROOT_SETUP_MD = '''\
274 ---
275 layout: page
276 title: Setup
277 ---
278 FIXME
279 '''
280
281 ROOT_AIO_MD = '''\
282 ---
283 layout: page 
284 ---
285 <script>
286   window.onload = function() {
287     var lesson_episodes = [
288     {% for episode in site.episodes %}
289     "{{ episode.url}}"{% unless forloop.last %},{% endunless %}
290     {% endfor %}
291     ];
292     var xmlHttp = [];  /* Required since we are going to query every episode. */
293     for (i=0; i < lesson_episodes.length; i++) {
294       xmlHttp[i] = new XMLHttpRequest();
295       xmlHttp[i].episode = lesson_episodes[i];  /* To enable use this later. */
296       xmlHttp[i].onreadystatechange = function() {
297       if (this.readyState == 4 && this.status == 200) {
298         var article_here = document.getElementById(this.episode);
299         var parser = new DOMParser();
300         var htmlDoc = parser.parseFromString(this.responseText,"text/html");
301         var htmlDocArticle = htmlDoc.getElementsByTagName("article")[0];
302         article_here.innerHTML = htmlDocArticle.innerHTML;
303         }
304       }
305       episode_url = "{{ page.root }}" + lesson_episodes[i];
306       xmlHttp[i].open("GET", episode_url);
307       xmlHttp[i].send(null);
308     }
309   }
310 </script>
311 {% comment %}
312 Create anchor for each one of the episodes.
313 {% endcomment %}
314 {% for episode in site.episodes %}
315 <article id="{{ episode.url }}"></article>
316 {% endfor %}
317 '''
318
319 EPISODES_INTRODUCTION_MD = '''\
320 ---
321 title: "Introduction"
322 teaching: 0
323 exercises: 0
324 questions:
325 - "Key question"
326 objectives:
327 - "First objective."
328 keypoints:
329 - "First key point."
330 ---
331 '''
332
333 EXTRAS_ABOUT_MD = '''\
334 ---
335 layout: page
336 title: About
337 ---
338 {% include carpentries.html %}
339 '''
340
341 EXTRAS_DISCUSS_MD = '''\
342 ---
343 layout: page
344 title: Discussion
345 ---
346 FIXME
347 '''
348
349 EXTRAS_FIGURES_MD = '''\
350 ---
351 layout: page
352 title: Figures
353 ---
354 {% include all_figures.html %}
355 '''
356
357 EXTRAS_GUIDE_MD = '''\
358 ---
359 layout: page
360 title: "Instructor Notes"
361 ---
362 FIXME
363 '''
364
365 INCLUDES_ALL_FIGURES_HTML = '''\
366 <!-- empty -->
367 '''
368
369 BOILERPLATE = (
370     ('AUTHORS', ROOT_AUTHORS),
371     ('CITATION', ROOT_CITATION),
372     ('CONTRIBUTING.md', ROOT_CONTRIBUTING_MD),
373     ('_config.yml', ROOT_CONFIG_YML),
374     ('index.md', ROOT_INDEX_MD),
375     ('reference.md', ROOT_REFERENCE_MD),
376     ('setup.md', ROOT_SETUP_MD),
377     ('aio.md', ROOT_AIO_MD),
378     ('_episodes/01-introduction.md', EPISODES_INTRODUCTION_MD),
379     ('_extras/about.md', EXTRAS_ABOUT_MD),
380     ('_extras/discuss.md', EXTRAS_DISCUSS_MD),
381     ('_extras/figures.md', EXTRAS_FIGURES_MD),
382     ('_extras/guide.md', EXTRAS_GUIDE_MD),
383     ('_includes/all_figures.html', INCLUDES_ALL_FIGURES_HTML)
384 )
385
386
387 def main():
388     """Check for collisions, then create."""
389
390     # Check.
391     errors = False
392     for (path, _) in BOILERPLATE:
393         if os.path.exists(path):
394             print('Warning: {0} already exists.'.format(path), file=sys.stderr)
395             errors = True
396     if errors:
397         print('**Exiting without creating files.**', file=sys.stderr)
398         sys.exit(1)
399
400     # Create.
401     for (path, content) in BOILERPLATE:
402         with open(path, 'w') as writer:
403             writer.write(content)
404
405
406 if __name__ == '__main__':
407     main()