Merge pull request #169 from jsta/patch-1
[rnaseq-cwl-training.git] / bin / generate_md_episodes.R
1 generate_md_episodes <- function() {
2
3     library("methods")
4     
5     if (require("knitr") && packageVersion("knitr") < '1.9.19')
6         stop("knitr must be version 1.9.20 or higher")
7
8     if (!require("stringr"))
9         stop("The package stringr is required for generating the lessons.")
10
11     if (require("checkpoint") && packageVersion("checkpoint") >=  '0.4.0') {
12         required_pkgs <-
13              checkpoint:::scanForPackages(project = "_episodes_rmd",
14                                           verbose=FALSE, use.knitr = TRUE)$pkgs
15     } else {
16         stop("The checkpoint package (>= 0.4.0) is required to build the lessons.")
17     }
18
19     missing_pkgs <- required_pkgs[!(required_pkgs %in% rownames(installed.packages()))]
20
21     if (length(missing_pkgs)) {
22         message("Installing missing required packages: ",
23                 paste(missing_pkgs, collapse=", "))
24         install.packages(missing_pkgs)
25     }
26
27     ## find all the Rmd files, and generate the paths for their respective outputs
28     src_rmd <- list.files(pattern = "??-*.Rmd$", path = "_episodes_rmd", full.names = TRUE)
29     dest_md <- file.path("_episodes", gsub("Rmd$", "md", basename(src_rmd)))
30
31     ## knit the Rmd into markdown
32     mapply(function(x, y) {
33         knitr::knit(x, output = y)
34     }, src_rmd, dest_md)
35
36 }
37
38 generate_md_episodes()