bin/chunk-options.R

   1 # These settings control the behavior of all chunks in the novice R materials.
   2 # For example, to generate the lessons with all the output hidden, simply change
   3 # `results` from "markup" to "hide".
   4 # For more information on available chunk options, see
   5 # http://yihui.name/knitr/options#chunk_options
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   7 library("knitr")
   8
   9 fix_fig_path <- function(pth) file.path("..", pth)
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  12 ## We set the path for the figures globally below, so if we want to
  13 ## customize it for individual episodes, we can append a prefix to the
  14 ## global path. For instance, if we call knitr_fig_path("01-") in the
  15 ## first episode of the lesson, it will generate the figures in
  16 ## `fig/rmd-01-`
  17 knitr_fig_path <- function(prefix) {
  18     new_path <- paste0(opts_chunk$get("fig.path"),
  19                       prefix)
  20     opts_chunk$set(fig.path = new_path)
  21 }
  22
  23 ## We use the rmd- prefix for the figures generated by the lessons so
  24 ## they can be easily identified and deleted by `make clean-rmd`.  The
  25 ## working directory when the lessons are generated is the root so the
  26 ## figures need to be saved in fig/, but when the site is generated,
  27 ## the episodes will be one level down. We fix the path using the
  28 ## `fig.process` option.
  29
  30 opts_chunk$set(tidy = FALSE, results = "markup", comment = NA,
  31                fig.align = "center", fig.path = "fig/rmd-",
  32                fig.process = fix_fig_path,
  33                fig.width = 8.5, fig.height = 8.5,
  34                fig.retina = 2)
  35
  36 # The hooks below add html tags to the code chunks and their output so that they
  37 # are properly formatted when the site is built.
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  39 hook_in <- function(x, options) {
  40   stringr::str_c("\n\n~~~\n",
  41                  paste0(x, collapse="\n"),
  42                  "\n~~~\n{: .language-r}\n\n")
  43 }
  44
  45 hook_out <- function(x, options) {
  46   x <- gsub("\n$", "", x)
  47   stringr::str_c("\n\n~~~\n",
  48                  paste0(x, collapse="\n"),
  49                  "\n~~~\n{: .output}\n\n")
  50 }
  51
  52 hook_error <- function(x, options) {
  53   x <- gsub("\n$", "", x)
  54   stringr::str_c("\n\n~~~\n",
  55                  paste0(x, collapse="\n"),
  56                  "\n~~~\n{: .error}\n\n")
  57 }
  58
  59 knit_hooks$set(source = hook_in, output = hook_out, warning = hook_error,
  60                error = hook_error, message = hook_out)